簡明生物信息學

第1章 緒論
1．1 生物信息學的產(chǎn)生與發(fā)展
1．1．1生物學發(fā)展與計算機應用
1．1．2生物信息學及分支學科
1．1．3生物信息學發(fā)展階段與研究方向
1．1．4我國生物信息學研究的發(fā)展方向
1．2 生物信息學基本方法與前沿技術(shù)
1．2．1基本方法
1．2．2前沿技術(shù)
1．3 生物信息學的應用
1．3．1生物信息的經(jīng)濟價值與生物信息學市場
1．3．2基因組分析
1．3．3基因芯片
1．3．4藥物開發(fā)
1．3．5其他應用領(lǐng)域
1．4 生物信息學教育與學習
1．4．1生物信息學教育項目
1．4．2生物信息學的學習與實踐
1．4．3本書要點
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參考文獻
第2章 生物信息學的計算機基礎
2．1 數(shù)據(jù)管理與數(shù)據(jù)庫技術(shù)
2．1．1數(shù)據(jù)管理的3種形式及其特點
2．1．2數(shù)據(jù)庫基本概念
2．1．3數(shù)據(jù)庫體系結(jié)構(gòu)的3個抽象級別和兩級數(shù)據(jù)獨立性
2．1．4關(guān)系數(shù)據(jù)庫
2．1．5數(shù)據(jù)庫的保護
2．1．6數(shù)據(jù)庫是高層應用的基礎
2．2 計算機網(wǎng)絡與Internet
2．2：1局域網(wǎng)與廣域網(wǎng)
2．2．2客戶機／服務器體系結(jié)構(gòu)
2．2．3網(wǎng)絡中的常用組件
2．2．4Internet及其發(fā)展
2．2．5TCP／IP協(xié)議
2．2．6IP地址和域名服務
2．2．7與Internet的連接方式
2．2．8Internet提供的服務
2．3 Internet上的高級信息管理
2．4 Java及移動計算
2．5 數(shù)據(jù)倉庫和數(shù)據(jù)挖掘
2．6 其他的計算機知識
2．6．1算法和算法分析
2．6．2相似性度量
2．6．3配對算法
2．6．4分類與聚類
2．6．5隱馬爾可夫模型
2．6．6人工神經(jīng)網(wǎng)絡
思考題
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參考文獻
第3章 生物信息學資源與數(shù)據(jù)挖掘工具
3．1 引言
3．2 生物信息學資源
3．2．1基因組信息
3．2．2蛋白質(zhì)信息
3．2．3整合生物學信息
3．3 分子數(shù)據(jù)挖掘工具
3．3．1序列相似性查詢軟件
3．3．2通用序列查詢和模式識別工具
3．3．3構(gòu)建序列查詢協(xié)議
3．3．4數(shù)據(jù)挖掘工具例子——GeneMine
思考題
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參考文獻
第4章 DNA序列分析
4．1 引言
4．1．1為什么要分析DNA序列
4．1．2基因結(jié)構(gòu)與DNA序列分析
4．2 表達序列標簽分析
4．2．1CDNA文庫與表達序列標簽
4．2．2EST數(shù)據(jù)庫
4．2．3EST分析
4．2．4電子克隆CDNA全長序列
4．3 序列對位排列
4．3．1記分矩陣
4．3．2點標方法
4．3．3全局排列與局部排列
4．3．4CLUSTAL軟件
思考題
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參考文獻
第5章 分子系統(tǒng)發(fā)育分析
5．1 分子進化的基本概念
5．1．1同源性與同源性狀
5．1．2類群
5．1．3系統(tǒng)（發(fā)育）樹
5．2 分子進化模型與序列分歧度計算
5．2．1核苷酸序列進化
5．2．2蛋白質(zhì)編碼序列進化
5．2．3核苷酸序列分歧度
5．2．4蛋白質(zhì)編碼序列分歧度
5．3 分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建
5．3．1距離矩陣法
5．3．2簡約法
5．4 分子系統(tǒng)樹檢驗
5．4．1一致性指數(shù)與一致樹
5．4．2統(tǒng)計檢驗
5．5 分子系統(tǒng)發(fā)育分析軟件及應用
5．5．1軟件包
5．5．2應用實例
思考題
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參考文獻
第6章 基因組分析
6．1 引言
6．2 基因組分析原理
6．2．1基因組的結(jié)構(gòu)組成與穩(wěn)定性
6．2．2基因組作圖
6．2．3基因組計劃
6．3 功能基因組學
6．3．1功能基因與功能基因組學
6．3．2非確定讀碼（uRF)
6．3．3直系同源體簇（COG)
6．4 比較基因組學
6．4．1基本原理
6．4．2主要方法
6．4．3功能網(wǎng)絡
6．5 基因組分析系統(tǒng)實例——ACeDB
6．5．1ACeDB的主要結(jié)構(gòu)與功能
6．5．2ACeDB的應用實例
思考題
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參考文獻
第7章 蛋白質(zhì)組分析
7．1 引言
7．1．1什么是蛋白質(zhì)組
7．1．2為什么需要蛋白質(zhì)組學
7．1．3蛋白質(zhì)組研究的發(fā)展
7．1．4蛋白質(zhì)組分析中的信息學工具
7．2 蛋白質(zhì)組分析技術(shù)
7．2．1蛋白質(zhì)組分析的出發(fā)點
7．2．2蛋白質(zhì)組分析的技術(shù)路線
7．2．3蛋白質(zhì)組分析的關(guān)鍵技術(shù)
7．2．4蛋白質(zhì)組分析模型與數(shù)據(jù)庫
7．2．5SWISS-PROT應用實例
思考題
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參考文獻
附錄1生物信息學相關(guān)網(wǎng)址
附錄2生物信息學相關(guān)刊物
附錄3英漢名詞索引
附錄4縮略詞表