生物信息學：基礎與臨床醫(yī)學應用指南

上篇 生物信息學基礎
第一章 生物信息學概述
1.1 生物信息學的定義和研究范疇
1.1.1 生物信息學的定義
1.1.2 生物信息學中的數據庫與網絡
1.1.3 生物信息學的主要研究范疇
1.2 生物信息學的建立與發(fā)展
1.3 醫(yī)學生物信息學的發(fā)展與展望
1.3.1 醫(yī)學生物信息學的主要研究內容
1.3.2 生物信息學的發(fā)展和展望
第二章 醫(yī)學生物信息數據庫
2.1 醫(yī)學生物信息數據庫簡介
2.2 國外常用醫(yī)學文獻數據庫
2.2.1 PubMed文獻數據庫
2.2.2 HighWire Press電子期刊數據庫
2.3 國內常用生物醫(yī)學文獻檢索數據庫
2.3.1 萬方數據資源系統(tǒng)
2.3.2 中國期刊網
第三章 核酸數據庫的應用
3.1 常用的DNA數據庫及軟件
3.1.1 GenBank--NCBI核酸序列數據庫
3.1.2 EMBL--歐洲核酸序列數據庫
3.1.3 DDBJ--日本DNA數據庫
3.2 常用的RNA數據庫及軟件
3.2.1 Transterm--mRNA序列和翻譯調控元件數據庫
3.2.2 RDP-II--核糖體數據庫
3.2.3 RNA二級結構預測
3.3 核酸同源性序列比對的策略和方法
3.3.1 數據庫中的相似性搜索
3.3.2 BLAST簡介
3.3.3 BLAST應用舉例
3.4 新序列的提交
第四章 人類基因組變異數據庫
4.1 SNP數據庫
4.1.1 dbSNP數據庫
4.1.2 人類基因組變異數據庫
4.2 突變數據庫
4.3 基因標記物與微衛(wèi)星數據庫
4.4 觀察SNP和突變的工具
4.4.1 在基因組水平上觀察SNP和突變的工具
4.4.2 在基因水平上觀察SNP和突變的工具
第五章 蛋白質資源數據庫
5.1 SWISS-PORT蛋白序列數據庫
5.1.1 SWISS-PORT蛋白序列數據庫區(qū)別于其他蛋白序列數據庫的優(yōu)點
5.1.2 SWISS-PROT數據庫的結構與級別
5.1.3 序列條目的結構
5.1.4 不同的行類型
5.1.5 數據庫的檢索
5.2 ASTRAL--蛋白質結構和序列分析體系
第六章 生物芯片
6.1 概述
6.1.1 生物芯片簡介
6.1.2 生物芯片分類
6.1.3 幾種常見的生物芯片
6.2 基因芯片基本原理和基本流程
6.2.1 基因芯片的基本原理
6.2.2 基因芯片的基本流程
6.3 幾種新型的芯片技術
6.4 生物芯片的應用
6.5 生物信息學中的新技術
附 基因芯片進行基因差異表達實際操作舉例
第七章 疾病相關數據庫
7.1 綜合臨床數據庫
7.2 腫瘤相關數據庫
7.2.1 Cancer.gov--腫瘤網
7.2.2 Oncolink
7.2.3 癌癥基因組剖析計劃(CGAP)
7.2.4 中國癌癥網
7.3 心血管疾病相關數據庫
7.3.1 心血管疾病相關醫(yī)學數據庫(Cardio)
7.3.2 中華心血管醫(yī)學網
7.4 遺傳性疾病數據庫
7.5 感染性疾病數據庫
第八章 生物信息學與藥物設計
8.1 概述
8.2 生物信息學在藥物設計中的優(yōu)勢
8.3 生物信息學在藥物設計環(huán)節(jié)中的應用
8.3.1 初始階段：事半功倍的效果
8.3.2 生物活性篩選階段：提高篩選命中率
8.3.3 藥物開發(fā)階段：聯系遺傳信息與藥物療效的橋梁
8.4 藥物設計過程中生物信息學應用流程
8.4.1 綜合分子生物學方法
8.4.2 EST數據庫搜尋
8.4.3 結構生物學方法
8.5 生物信息學在藥物設計中的其他應用
8.5.1 藥物作用的機制
8.5.2 藥物的藥代動力學及毒理性質的研究
8.5.3 計算機輔助藥物設計
8.6 后基因組時代藥物研究的新進展和新趨勢
附 藥物設計實例
第九章 常用軟件介紹
9.1 Omiga介紹
9.2 Antheprot介紹
9.3 MACAW介紹
9.4 Primer Premier介紹
9.5 Reference Manager介紹
9.6 常用限制酶分析與質粒作圖軟件
9.6.1 Gene Construction Kit 2.5
9.6.2 Clone Manager 7
9.7 RNA二級結構預測及分析軟件
9.7.1 RNAdraw 1.1b
9.7.2 RNA Structure 3.2
9.8 序列綜合分析軟件
第十章 基因芯片微陣列數據分析
10.1 常用基因芯片及其數據簡介
10.2 基因芯片數據處理與分析
10.3 基因芯片數據分析的基本策略與方法
10.4 基因微陣列數據分析中的常用軟件
10.4.1 Excel
10.4.2 SAM
10.4.3 R及其在基因表達數據分析中的應用
下篇 生物信息學與功能基因組學互動平臺
第十一章 生物信息學與基因組學技術
11.1 新基因分析的生物信息學策略
11.2 新基因的分離——cDNA末端快速擴增技術
11.3 基因突變檢測（分析）技術
11.4 mRNA差異顯示技術
11.5 比較基因組雜交技術
11.6 微陣列-比較基因組雜交技術
11.7 基因表達分析技術
11.8 SNPs、ESTs在研究新（未知）基因中的應用
第十二章 RNA組學及常用研究技術
12.1 反義核酸技術
12.2 核酶技術
12.3 RNA錯折疊技術
12.4 RNA干擾技術
第十三章 模式生物體研究
13.1 轉基因動物
13.1.1 轉基因動物概念
13.1.2 基本原理
13.1.3 嵌合體動物
13.1.4 轉基因動物模型在醫(yī)學研究中的應用
13.2 基因打靶技術
13.2.1 基因打靶技術的原理
13.2.2 基因打靶的操作要點
13.2.3 提高基因打靶效率的途徑
13.2.4 基因打靶技術的應用
13.3 時空可調節(jié)性基因打靶技術與基因陷阱
13.3.1 時空可調節(jié)性基因打靶
13.3.2 基因陷阱
13.3.3 誘變技術在功能基因組學中的應用
第十四章 蛋白質組學技術
14.1 蛋白質組分離技術
14.1.1 二維聚丙烯酰胺凝膠電泳
14.1.2 高效液相色譜(HPLC)
14.1.3 毛細管電泳及電色譜(CE／CEC)
14.2 鑒定技術
14.2.1 質譜技術
14.2.2 圖像分析技術
14..2.3 高流通量篩選(HTS)
14.3 蛋白質芯片技術
14.4 酵母雙雜交系統(tǒng)
附錄 生物信息學及分子生物學術語