《中國少數民族教育史教程》是根據費孝通先生中華民族多元一體格局的理論來編寫的。教材采用歷時性和共時性縱橫交錯的結構來謀篇布局。在縱向的時間布局方面,根據學術界一般公認的把中國歷史劃分為古代、近代和現代的歷史分期方法,《中國少數民族教育史教程》分為三編,即:中國少數民族古代教育史(遠古至1840年鴉片戰(zhàn)爭)、中國少數民族近代教育史(1840年鴉片戰(zhàn)爭至1949年中華民國結束)和中國少數民族現代教育史(中華人民共和國時期)。在橫向的空間布局方面,根據民族學界經濟-文化類型學說和地域文化分類法,《中國少數民族教育史教程》在每一編里安排五章,按照東北、北方、西北、西南和中東南的順序,分別書寫各地域的少數民族階段教育史。