基因組學(xué)概論

譯者序
第二版前言
第一版前言
第二版概述
第二版新內(nèi)容
第1章基因組學(xué)概論
1.1人類基因組
1.2人類基因組的內(nèi)容
1.3編碼蛋白質(zhì)組的基因
1.4基因組結(jié)構(gòu)種類
1.4.1染色體、細(xì)胞器和質(zhì)粒
1.4.2基因
1.4.3基因組的動(dòng)態(tài)組成
1.5基因組測(cè)序計(jì)劃
1.6種群內(nèi)和種群間的差異
1.7人類基因組測(cè)序
1.8人類基因組和醫(yī)學(xué)
1.8.1疾病的預(yù)防
1.8.2檢測(cè)和精確診斷
1.8.3有效治療手段的發(fā)現(xiàn)和實(shí)施
1.8.4衛(wèi)生保健服務(wù)
1.9數(shù)據(jù)庫的進(jìn)化和發(fā)展
1.9.1數(shù)據(jù)庫的進(jìn)化和發(fā)展（evo—deVo）
1.9.2基因組瀏覽器
1.10蛋白質(zhì)進(jìn)化：物種內(nèi)和物種間序列及結(jié)構(gòu)的分歧
1.11倫理、法律和社會(huì)問題
1.12推薦閱讀
1.13練習(xí)、問題和網(wǎng)絡(luò)問題
第2章基因組是生物學(xué)的集線器（Hub）
2.1個(gè)體、群體、生物圈：過去、現(xiàn)在和未來
2.2中心法則和周邊規(guī)則
2.3表達(dá)模式
2.3.1基因表達(dá)的調(diào)控
2.3.2蛋白質(zhì)組學(xué)
2.3.3基因組學(xué)和發(fā)育生物學(xué)
2.3.4基因和思維：神經(jīng)基因組學(xué)
2.4群體
2.4.1單核苷酸多態(tài)性和單體型
2.4.2臨床上重要的單體型：主要組織相容性復(fù)合物
2.4.3突變和疾病
2.5遺傳性疾病的誘因及其治療的病例
2.5.1血紅蛋白病是由異常血紅蛋白引發(fā)的分子疾病
2.5.2苯丙酮尿癥
2.5.3阿爾茨海默病
2.5.4SNP和癌癥
2.6物種
2.7生物圈
2.7.1物種滅絕
2.7.2袋狼的滅絕
2.7.3麋鹿的幸存
2.8推薦閱讀
2.9練習(xí)、問題和網(wǎng)絡(luò)問題
第3章圖譜、測(cè)序、注釋和數(shù)據(jù)庫
3.1經(jīng)典遺傳學(xué)背景
3.2圖譜和旅行指南
3.2.1遺傳圖譜
3.2.2連鎖
3.2.3連鎖不平衡
3.2.4染色體帶型圖
3.2.5直接基于DNA序列的高分辨率圖譜
3.2.6限制性酶切圖譜
3.3DNA結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)
3.4DNA測(cè)序
3.4.1FrederickSanger和DNA測(cè)序的發(fā)展
3.4.2Maxam—Gilbert化學(xué)裂解法
3.4.3DNA自動(dòng)化測(cè)序
3.5組織大規(guī)模測(cè)序計(jì)劃
3.5.1產(chǎn)生克隆：分層或“BACtoBAC”基因組測(cè)序
3.5.2全基因組鳥槍法測(cè)序
3.5.3高通量測(cè)序
3.5.4生命科學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展（lifeinthefastlane）
3.6分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫
3.6.1核酸序列數(shù)據(jù)庫
3.6.2蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫
3.6.3遺傳性疾病數(shù)據(jù)庫：OMIM和OMIA
3.6.4結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
3.6.5蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分類
3.6.6專業(yè)或精品（boutique）數(shù)據(jù)庫
3.6.7表達(dá)和蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)庫
3.6.8代謝路徑數(shù)據(jù)庫
3.6.9文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫
3.6.10分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫和服務(wù)器概觀
3.7推薦閱讀
3.8練習(xí)、問題、網(wǎng)絡(luò)問題
第4章比較基因組學(xué)
4.1引言
4.2生命的一致性和多樣性
4.3基因組的大小和結(jié)構(gòu)
4.4病毒基因組
4.4.1重組病毒
4.4.2流感：過去和當(dāng)前的威脅
4.5原核生物的基因組結(jié)構(gòu)
4.5.1復(fù)制和轉(zhuǎn)錄
4.5.2基因轉(zhuǎn)移
4.6真核生物基因組結(jié)構(gòu)
4.7如何區(qū)別基因組
4.7.1單核苷酸水平的多樣性
4.7.2復(fù)制
4.7.3染色體水平上的比較：共線性
4.8是什么讓我們成為人類？
4.8.1比較基因組學(xué)
4.8.2結(jié)合的方法：OXP2基因
4.9黑猩猩和人類基因組
4.10小鼠和大鼠基因組
4.11研究人類疾病的模式生物
4.11.1秀麗隱桿線蟲基因組
4.11.2黑腹果蠅基因組
4.11.3人類、線蟲和果蠅的同源基因
4.12DNA元件百科全書計(jì)劃
4.13推薦閱讀
4.14練習(xí)、問題和網(wǎng)絡(luò)問題
第5章進(jìn)化和基因組變化
5.1進(jìn)化是探索
5.2生物系統(tǒng)學(xué)
5.2.1生物學(xué)命名
5.2.2生物學(xué)相似性和差異性的測(cè)定
5.3同源性和家族
5.4模式匹配——生物信息學(xué)的基本工具
5.4.1序列比對(duì)
5.4.2最佳比對(duì)的定義
5.4.3快速掃描數(shù)據(jù)庫的近似方法
5.4.4三維結(jié)構(gòu)的匹配模式
5.5蛋白質(zhì)序列、結(jié)構(gòu)及功能的進(jìn)化
5.5.1單個(gè)點(diǎn)突變的影響
5.5.2蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能的進(jìn)化
5.6系統(tǒng)發(fā)育
5.6.1系統(tǒng)進(jìn)化樹
5.6.2聚類法
5.6.3分支法
5.6.4進(jìn)化率變化的問題
5.6.5貝葉斯法
5.7快速進(jìn)化：遺傳工程
5.8推薦閱讀
5.9練習(xí)、問題及網(wǎng)絡(luò)問題
第6章原核生物基因組
6.1原核生物進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)育的關(guān)系
6.1.1原核生物的主要類型
6.1.2是否了解生命系統(tǒng)發(fā)生樹的根源？
6.2古細(xì)菌
6.2.1甲烷球菌基因組
6.2.2極端溫度下的生命
6.2.3超嗜熱古菌比較基因組學(xué)：熱球菌和火球菌
6.3細(xì)菌
6.3.1致病菌基因組
6.3.2基因組學(xué)和疫苗的研發(fā)
6.4宏基因組學(xué)：同一個(gè)環(huán)境樣品中收集的全部基因組
6.5推薦閱讀
6.6練習(xí)、問題和網(wǎng)絡(luò)問題
……
第7章真核生物基因組
第8章基因組學(xué)和人類生物學(xué)
第9章芯片和轉(zhuǎn)錄組學(xué)
第10章蛋白質(zhì)組學(xué)
第11章系統(tǒng)生物學(xué)
索引
后記