林木遺傳模型統(tǒng)計分析及R語言實(shí)現(xiàn)

前言
1　固定效應(yīng)模型和隨機(jī)效應(yīng)模型
　1.1　固定效應(yīng)模型
　　1.1.1　模型表達(dá)式
　　1.1.2　無約束模型的參數(shù)估計
　　1.1.3　約束模型的參數(shù)估計
　1.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　1.2.1　方差分量估計
　　1.2.2　方差分量的假設(shè)檢驗
　1.3　R語言程序
　　1.3.1　無約束固定效應(yīng)模型計算程序
　　1.3.2　約束固定效應(yīng)模型計算程序
　　1.3.3　遺機(jī)效應(yīng)模型計算程序
　思考與練習(xí)
2　半同胞子代測定遺傳模型
　2.1　單點(diǎn)多株小區(qū)試驗統(tǒng)計模型
　　2.1.1　一般配合力
　　2.1.2　遺傳方差估計與假設(shè)檢驗
　　2.1.3　遺傳力
　　2.1.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　2.2　多點(diǎn)多株小區(qū)試驗統(tǒng)計模型
　　2.2.1　一般配合力
　　2.2.2　遺傳方差估計與假設(shè)檢驗
　　2.2.3　遺傳力
　　2.2.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　2.3　實(shí)例分析及其R語言計算程序
　　2.3.1　單點(diǎn)多株小區(qū)試驗實(shí)例
　　2.3.2　多點(diǎn)多株小區(qū)試驗實(shí)例
　思考與練習(xí)
3　巢式設(shè)計遺傳模型
　3.1　包含區(qū)組和重復(fù)的巢式設(shè)計統(tǒng)計模型
　　3.1.1　固定效應(yīng)模型
　　3.1.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　3.1.3　遺傳力
　　3.1.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　3.2　包含區(qū)組但不含重復(fù)的巢式設(shè)計統(tǒng)計模型
　　3.2.1　固定效應(yīng)模型
　　3.2.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　3.2.3　遺傳力
　　3.2.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　3.3　不包含區(qū)組和重復(fù)的巢式設(shè)計統(tǒng)計模型
　3.4　實(shí)例及R語言計算程序
　　3.4.1　包含區(qū)組和重復(fù)的巢式設(shè)計實(shí)例
　　3.4.2　包含區(qū)組但不包含重復(fù)的巢式設(shè)計實(shí)例
　思考與練習(xí)
4　因子交配設(shè)計遺傳模型
　4.1　多地點(diǎn)多區(qū)組因子交配設(shè)計統(tǒng)計模型
　　4.1.1　固定效應(yīng)模型
　　4.1.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　4.1.3　遺傳力
　　4.1.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　4.2　單地點(diǎn)多區(qū)組因子交配設(shè)計統(tǒng)計模型
　　4.2.1　固定效應(yīng)模型
　　4.2.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　4.2.3　遺傳力
　　4.2.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　4.3　單地點(diǎn)不含區(qū)組因子交配設(shè)計統(tǒng)計模型
　4.4　實(shí)例及R語言計算程序
　　4.4.1　多地點(diǎn)多區(qū)組因子交配設(shè)計實(shí)例
　　4.4.2　單地點(diǎn)多區(qū)組因子交配設(shè)計實(shí)例
　思考與練習(xí)
5　雙列雜交設(shè)計遺傳模型
　5.1　半雙列雜交遺傳模型
　　5.1.1　固定效應(yīng)模型
　　5.1.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　5.1.3　遺傳力
　　5.1.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　5.2　全雙列雜交遺傳模型
　　5.2.1　固定效應(yīng)模型
　　5.2.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　5.2.3　遺傳力
　　5.2.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　5.3　多地點(diǎn)半雙列雜交遺傳模型
　　5.3.1　固定效應(yīng)模型
　　5.3.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　5.3.3　遺傳力
　　5.3.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　5.4　多地點(diǎn)全雙列雜交遺傳模型
　　5.4.1　固定效應(yīng)模型
　　5.4.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　5.4.3　遺傳力
　　5.4.4　遺傳相關(guān)系數(shù)
　5.5　實(shí)例及R語言計算程序
　　5.5.1　半雙列雜交設(shè)計實(shí)例
　　5.5.2　全雙列雜交設(shè)計實(shí)例
　　5.5.3　多地點(diǎn)全雙列雜交設(shè)計實(shí)例
　思考與練習(xí)
6　多地點(diǎn)多年份家系試驗遺傳模型
　6.1　多地點(diǎn)家系試驗統(tǒng)計模型
　　6.1.1　固定效應(yīng)模型
　　6.1.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　6.1.3　遺傳相關(guān)系數(shù)
　6.2　多年份家系試驗統(tǒng)計模型
　　6.2.1　固定效應(yīng)模型
　　6.2.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　6.2.3　遺傳相關(guān)系數(shù)
　6.3　多地點(diǎn)多年份家系試驗統(tǒng)計模型
　　6.3.1　固定效應(yīng)模型
　　6.3.2　隨機(jī)效應(yīng)模型
　　6.3.3　遺傳相關(guān)系數(shù)
　6.4　實(shí)例及R語言計算程序
　　6.4.1　多地點(diǎn)家系試驗實(shí)例
　　6.4.2　多年份家系試驗實(shí)例
　　6.4.3　多地點(diǎn)多年份家系試驗實(shí)例
　思考與練習(xí)
7　方差分量約束極大似然估計
　7.1　ML估計
　7.2　REML估計
　7.3　實(shí)例及R語言計算程序
　思考與練習(xí)
8　育種值的最佳線性無偏預(yù)測
　8.1　混合模型方程
　8.2　動物模型
　8.3　多地點(diǎn)半同胞子代測定試驗育種值計算
　思考與練習(xí)
參考文獻(xiàn)
附錄A　矩陣基本概念和運(yùn)算
　A1　矩陣的定義
　A2　矩陣的運(yùn)算
　A3　矩陣的分塊運(yùn)算
　A4　特征值和特征向量
　A5　正定矩陣和半正定矩陣
　思考與練習(xí)
附錄B　林木遺傳模型統(tǒng)計分析軟件
　B1　半同胞子代測定遺傳模型分析軟件HalfsibSS
　B2　巢氏設(shè)計遺傳模型分析軟件WinNCl
　B3　因子交配設(shè)計遺傳模型分析軟件WinNC2
　B4　雙列雜交設(shè)計配合力分析軟件GSCA
附錄C　R語言簡介
　C1　R語言軟件下載與安裝
　C2　R語言工作窗口
　C3　R語言矩陣運(yùn)算符和控制語句