大規(guī)模生物網絡構建與分析

第1章 生物網絡的信息學分析方法
1．1 靜態(tài)網絡屬性分析
1．1．1 單個節(jié)點的屬性
1．1．2 子網絡
1．1．3 總體屬性
1．2 單個節(jié)點的動態(tài)屬性分析
1．3 條件特異子網的構建與分析
1．3．1 動態(tài)蛋白質復合物的發(fā)現
1．3．2 組織特異子網的構建與分析
1．3．3 內容相關子網的識別
1．4 網絡動態(tài)的分析與模擬
1．4．1 物理相互作用網絡的動態(tài)研究
1．4．2 遺傳相互作用網絡的動態(tài)研究
1．4．3 網絡動態(tài)的建模與仿真
1．5 生物網絡構建與分析的未來預期
參考文獻
第2章 生物網絡中單個蛋白質重要性的度量
2．1 數據集
2．1．1 小鼠的海馬神經元中的信號轉導網絡
2．1．2 小鼠基因敲除表型
2．1．3 小鼠進化速率
2．2 用于度量蛋白質重要性的新指標sigFlux
2．2．1 SigFlux定義
2．2．2 SigFlux計算
2．3 SigFlux與蛋白質的必要性顯著相關
2．4 SigFlux可以指示蛋白質的進化速率
2．5 SigFlux與連接度的比較
2．5．1 SigFlux和連接度分別表征蛋白質的整體屬性和局部屬性
2．5．2 蛋白質的SigFlux和連接度分布
參考文獻
第3章 蛋白質相互作用中的信號流走向預測
3．1 基于結構域的預測方法
3．1．1 數據集
3．1．2 基于結構域預測蛋白質相互作用中信號流走向的方法
3．1．3 方法評估
3．2 基于蛋白質功能注釋的預測方法
3．2．1 蛋白質功能注釋
3．2．2 根據功能注釋預測蛋白質相互作用中信號流走向的方法
3．2．3 方法評估
3．3 基于蛋白質序列的預測方法
3．3．1 蛋白質序列的數學表示方法
3．3．2 支持向量機方法介紹
3．3．3 根據蛋白質序列預測蛋白質相互作用中信號流走向的方法
3．3．4 方法評估
3．4 基于貝葉斯方法的整合方法
3．4．1 貝葉斯整合方法的建立
3．4．2 貝葉斯方法評估
3．4．3 預測蛋白質相互作用中信號流走向的網頁工具
3．4．4 基于結構域、功能注釋和蛋白質序列的方法與貝葉斯方法比較
3．5 在整合的人蛋白質相互作用網絡中推斷潛在信號通路并進行屬性分析
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