保護區(qū)內藥用植物資源十分豐富，共有175科576屬1034種，分別占保護區(qū)植物總科、屬、種數的75.6%、70.9%、59.4%，占浙江省藥用植物種數的32.9%，占中國藥用植物種數的8.6%。藥用植物中，苔蘚植物有20科27屬35種，蕨類植物有27科51屬89種，裸子植物有5科7屬8種，雙子葉植物有107科402屬755種，單子葉植物有16科89屬147種。藥用植物中，被《中華人民共和國藥典（2020年版）》收錄的有130種；被《浙江省中藥炮制規(guī)范（2015年版）》收錄的有194種；被《國家重點保護野生植物名錄》（2021）收錄的有25種；被《浙江省重點保護野生植物名錄（批）》收錄的有8種；被《中國生物多樣性紅色名錄——高等植物卷》（簡稱《中國多樣性紅色名錄》）評估為易危（VU）及以上等級的有21種，其中，極危（CR）1種，瀕危（EN）3種，易危17種；被《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（簡稱CITES）列入附錄Ⅱ的有25種。
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