紫膠蟲的遺傳與進化

目錄
第1章概述1
1.1紫膠與紫膠蟲1
1.2紫膠蟲的生活史2
1.3紫膠的理化性質2
1.4紫膠蟲的泌膠特性3
1.5紫膠的經濟價值4
1.6紫膠的生態(tài)價值6
參考文獻7
第2章紫膠蟲的形態(tài)特征和支序進化8
2.1紫膠蟲的形態(tài)分類特征9
2.1.1分類特征的確定9
2.1.2形態(tài)特征的觀察與測量10
2.1.3所選特征性狀的極性確定11
2.1.4外類群的選擇11
2.2紫膠蟲形態(tài)特征圖與顯微測量12
2.2.1紫膠蚧Kerria lacca(Kerr)12
2.2.2普薩紫膠蟲Kerria pusana(Misra)12
2.2.3尼泊爾紫膠蟲Kerria nepalensis Varshney14
2.2.4田紫膠蟲Kerria ruralis Wang15
2.2.5信德紫膠蟲Kerria sindica(Mahdihassan)16
2.2.6中華紫膠蟲Kerria chinensis(Mahdihassan)17
2.2.7云南紫膠蟲Kerria yunnanensis Ou et Hong18
2.3紫膠蟲支序進化分析19
2.3.1紫膠蟲的形態(tài)特征測量19
2.3.2極性賦值20
2.3.3數據矩陣21
2.3.4紫膠蟲的支序進化分析21
2.3.5紫膠蟲形態(tài)特征與生態(tài)適應性23
參考文獻25
第3章紫膠蟲的染色體核型進化分析26
3.1紫膠蟲染色體的二倍體數目27
3.2染色體大小28
3.3紫膠蟲主要種類核型比較29
3.3.1中華紫膠蟲Kerria chinensis(Mahdihassan)30
3.3.2云南紫膠蟲Kerria yunnanensis Ou et Hong31
3.3.3紫膠蚧Kerria lacca(Kerr)32
3.3.4田紫膠蟲Kerria ruralis Wang33
3.3.5普薩紫膠蟲Kerria pusana(Misra)35
3.3.6尼泊爾紫膠蟲Kerria nepalensis Varshney36
3.3.7信德紫膠蟲Kerria sindica(Mahdihassan)37
3.4田紫膠蟲紅、黃兩種色型的染色體比較38
3.4.1染色體形狀與數量38
3.4.2核型分析對比39
3.5種間核型比較與親緣關系42
3.6紫膠蟲的核型似近系數聚類分析結果44
3.7核型進化47
3.8核型與產膠質量的關系48
參考文獻49
第4章紫膠蟲全基因組掃描51
4.1DNA建庫52
4.2測序深度53
4.3測序質量評估53
4.4K-mer分析55
4.5基因組組裝56
4.6GC含量分布57
4.7結論58
參考文獻58
第5章紫膠蟲分子進化分析60
5.1基因測序63
5.2序列堿基組成和特征64
5.3基于核糖體28SrRNA數據的系統(tǒng)發(fā)育分析67
5.4基于核基因EF1α數據的系統(tǒng)發(fā)育分析68
5.5基于合并數據的系統(tǒng)發(fā)育分析70
5.6親緣關系分析71
參考文獻74
第6章紫膠蟲生物地理學分析76
6.1不同地理種群DNA保存與多基因測序76
6.2序列特征78
6.3基于多基因序列獨立及聯(lián)合構建系統(tǒng)樹78
6.3.1基于EF1α基因系統(tǒng)發(fā)育關系分析79
6.3.2基于28SrRNA基因系統(tǒng)發(fā)育關系分析80
6.3.3多基因聯(lián)合序列系統(tǒng)樹建立81
6.4中國特有種分類地位確定84
6.5生物地理學分析84
參考文獻89
第7章紫膠合成通路關鍵基因及其表達規(guī)律分析91
7.1個體泌膠速率91
7.2轉錄組學分析策略92
7.3高通量測序和組裝93
7.4轉錄組注釋94
7.5GO、KEGG、KOG注釋結果95
7.6差異基因表達分析98
7.6.1蛋白質代謝99
7.6.2物質代謝途徑101
7.6.3非中樞代謝途徑102
7.6.4參與泌膠的候選基因102
7.7差異表達基因的熒光定量PCR驗證104
參考文獻107