網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)導(dǎo)論

第1章網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)理論與網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)
1.1網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)： 下一代藥物研究模式
1.2中醫(yī)藥在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)起源和發(fā)展中的關(guān)鍵作用
1.3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)核心理論： 網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)
1.3.1網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)理論的提出與發(fā)展
1.3.2網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)的概念
1.4網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究模式和特點概述
1.4.1“單靶標(biāo)局部對抗”研究模式
1.4.2“網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)系統(tǒng)調(diào)節(jié)”研究模式
1.4.3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析典型場景
1.4.4網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究特點、挑戰(zhàn)及發(fā)展方向
參考文獻(xiàn)
第2章基于人工智能算法的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)在藥物研發(fā)中的應(yīng)用
2.1運用于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的人工智能方法介紹
2.1.1人工智能算法簡介
2.1.2人工智能算法性能評價方法
2.1.3人工智能方法應(yīng)用條件
2.1.4人工智能方法的前沿和展望
2.2人工智能在網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究中的應(yīng)用
2.2.1藥物靶點的預(yù)測和發(fā)現(xiàn)
2.2.2藥物作用機制的研究
2.2.3藥物新用途的發(fā)現(xiàn)
2.2.4中藥物質(zhì)基礎(chǔ)與中醫(yī)治療理論的研究
2.3人工智能方法的應(yīng)用展望
參考文獻(xiàn)
第3章網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用數(shù)據(jù)庫
3.1網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫
3.1.1ETCM： 中醫(yī)藥百科全書
3.1.2SymMap： 關(guān)注證候關(guān)聯(lián)的中醫(yī)藥整合數(shù)據(jù)庫
3.1.3BATMANTCM： 中藥分子機制的生物信息學(xué)分析平臺
3.1.4TCMID： 用于中藥分子機制分析的中醫(yī)藥整合數(shù)據(jù)庫
3.1.5其他中醫(yī)藥數(shù)據(jù)庫
3.2網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用生物相關(guān)數(shù)據(jù)庫
3.2.1OMIM： 人類孟德爾遺傳病在線數(shù)據(jù)庫
3.2.2HPO： 人類表型本體數(shù)據(jù)庫
3.2.3DisGeNET： 疾病基因關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫
3.2.4MalaCards： 疾病信息數(shù)據(jù)庫
3.3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用靶標(biāo)相關(guān)數(shù)據(jù)庫
3.3.1TTD： 治療靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫
3.3.2PDB： 蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫
3.3.3GeneCards： 基因信息數(shù)據(jù)庫
3.3.4KEGG： 京都基因與基因組百科全書
3.4網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.1BioGRID： 生物學(xué)通用相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.2DIP： 蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.3IntAct： 分子相互作用數(shù)據(jù)庫
3.4.4STRING： 基因/蛋白相互作用關(guān)系數(shù)據(jù)庫
參考文獻(xiàn)
第4章網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用軟件
4.1網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)軟件功能框架及分類
4.1.1總體軟件功能需求
4.1.2網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)軟件功能框架及分類
4.2網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用的Web軟件
4.2.1藥物靶標(biāo)預(yù)測Web軟件
4.2.2藥物適應(yīng)癥分析Web軟件
4.2.3基因功能富集分析Web軟件
4.2.4蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建Web軟件
4.3基于圖形化界面操作的軟件
4.3.1差異基因富集分析軟件
4.3.2網(wǎng)絡(luò)分析軟件
4.4基于編程語言的工具包
4.4.1C 、Java工具包的使用
4.4.2Python、R工具包的使用
參考文獻(xiàn)
第5章網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和中醫(yī)藥現(xiàn)代化研究案例
5.1網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與中醫(yī)證候研究案例
5.1.1寒、熱證候及對證方劑的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究案例分析
5.1.2慢性乙型肝炎致肝纖維化的“同病異證”研究案例分析
5.2網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與中藥方劑研究案例
5.3網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與中藥創(chuàng)制研究案例
5.4網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與民族藥研究案例
參考文獻(xiàn)
第6章網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與現(xiàn)代藥物研發(fā)案例
6.1復(fù)雜疾病內(nèi)在機制和干預(yù)靶標(biāo)
6.2藥物系統(tǒng)性作用機制
6.3多靶標(biāo)藥物研發(fā)
6.3.1缺血性中風(fēng)： 從單一藥物靶標(biāo)到協(xié)同的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)
6.3.2聯(lián)合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)與表型篩選開發(fā)新的止痛類藥物
6.4藥物重新定位
6.4.1基于網(wǎng)絡(luò)的藥物重定位預(yù)測及基于人群的驗證
6.4.2基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的藥物重定位發(fā)現(xiàn)新的抗抑郁藥物
6.5組合藥物研發(fā)
參考文獻(xiàn)
第7章基于藥物的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)實踐流程
7.1尋找單味中藥或方劑的有效成分
7.1.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.1.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.1.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.1.4驗證與總結(jié)
7.2闡述單味中藥或方劑的藥效機制
7.2.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.2.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.2.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.2.4驗證與總結(jié)
7.3詮釋中藥配伍理論的科學(xué)內(nèi)涵
7.3.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.3.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.3.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.3.4驗證與總結(jié)
7.4解釋中藥與西藥之間的相互作用
7.4.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.4.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.4.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.4.4驗證與總結(jié)
7.5藥物臨床應(yīng)用的重定位——中藥成分保護(hù)腦缺血再灌注損傷的新用途
7.5.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.5.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.5.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.5.4驗證與總結(jié)
7.6多靶點藥物的開發(fā)——中藥配伍保護(hù)低密度脂蛋白誘導(dǎo)的內(nèi)皮細(xì)胞
損傷
7.6.1數(shù)據(jù)采集與處理
7.6.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
7.6.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
7.6.4驗證與總結(jié)
參考文獻(xiàn)
第8章基于疾病的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)實踐流程
8.1冠心病疾病網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及分析
8.1.1數(shù)據(jù)采集與處理
8.1.2網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與可視化
8.1.3網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測
8.1.4驗證與總結(jié)
8.2疾病網(wǎng)絡(luò)用于中藥方劑的研究實踐
8.2.1中藥方劑的整合作用機制研究
8.2.2中藥方劑的“君臣佐使”配伍規(guī)律研究
8.2.3中藥方劑的“益氣、活血”功效研究
參考文獻(xiàn)
第9章基于藥物疾病的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)實踐流程
9.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究
9.1.1化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點預(yù)測
9.1.2化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的作用靶點驗證
9.1.3化橘紅治療呼吸系統(tǒng)疾病的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
9.2丹紅注射液治療心血管疾病的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究
9.2.1丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點預(yù)測
9.2.2丹紅注射液治療心血管疾病的作用靶點驗證
9.2.3丹紅注射液治療心血管疾病的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
參考文獻(xiàn)
附錄A網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)評價方法指南
附錄B網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)評價要素與評價指標(biāo)
附錄C網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究報告示例
后記