豬基因組選擇

第1章|導(dǎo)論
1.1選擇的基本原理
1.1.1繁育生產(chǎn)體系
1.1.2選種、選配流程
1.1.3育種值的概念
1.1.4選擇反應(yīng)
1.2育種值的傳統(tǒng)估計
1.2.1單性狀
1.2.2多性狀
1.3優(yōu)線性無偏預(yù)測
1.3.1基本原理
1.3.2模型偏差
1.3.3實際應(yīng)用
1.4標(biāo)記輔助選擇與基因組選擇
1.4.1標(biāo)記輔助選擇
1.4.2基因組選擇
1.5全國生豬遺傳改良計劃·
1.5.109-計劃
1.5.221-35計劃
第2章|優(yōu)線性無偏預(yù)測
2.1單性狀BLUP模型
2.1.1模型方法
2.1.2數(shù)據(jù)演示
2.1.3程序代碼
2.2多性狀BLUP模型
2.2.1模型方法
2.2.2數(shù)據(jù)演示
2.2.3程序代碼
2.3縱向數(shù)據(jù)隨機回歸模型
2.3.1模型方法
2.3.2 數(shù)據(jù)演示
2.3.3 程序代碼
第3章|貝葉斯基因組預(yù)測
3.1基因組選擇
3.2貝葉斯方法
3.2.1模型
3.2.2 BayesA
3.2.3
3.2.4
3.2.5 Bayes Lasso
3.3案例演示
3.3.1數(shù)據(jù)
3.3.2使用代碼
3.3.3結(jié)果分析
第4章|基因組優(yōu)線性無偏預(yù)測
4.1 GBLUP原理
4.1.1小二乘法
4.1.2 SNP-BLUP
4.1.3 GBLUP
4.2基因組親緣關(guān)系矩陣的構(gòu)建方法
4.2.1 VanRaden法
4.2.2賦權(quán)法
4.3考慮顯性效應(yīng)的模型
4.4多性狀模型
4.5GBLUP的應(yīng)用
4.5.1模擬數(shù)據(jù)
4.5.2基因組預(yù)測
第5章|一步法基因組預(yù)測
5.GBLUP原理
5.2 G矩陣與A矩陣的兼容性
5.3一步貝葉斯回歸法（ssBR）
5.4多性狀模型
5.5 多群體ssGBLUP
5.6一步法在豬基因組選擇中的應(yīng)用
5.7基因組選擇性及其影響因素
5.7.1基因組選擇性的衡量指標(biāo)
5.7.2影響基因組選擇性的因素
第6章|基于機器學(xué)因組預(yù)測
6.1算法模型·
6.1.1人工神網(wǎng)絡(luò)
6.1.2決策樹
6.1.3集成學(xué)
6.1.4 SVM
6.2案例演示
6.3程序代碼
第7章|兼顧與遺傳X環(huán)境互作的基因組預(yù)測
7.1兼顧與純種的預(yù)測模式·
7.1.1基于BLUP的兼顧的預(yù)測方法
7.1.2兼顧的基因組選擇方法
7.2兼顧遺傳與環(huán)境互作的基因組選擇·
7.2.1遺傳與環(huán)境互作對我國養(yǎng)豬業(yè)的影響
7.2.2互作模型
7.2.3多性狀模型
7.2.4反應(yīng)規(guī)范模型
7.3實例演示?
7.3.1兼顧的基因組選擇
7.3.2兼顧遺傳與環(huán)境互作的基因組選擇
第8章|選種與選配
8.1選種
8.1.1佳貢獻選擇法
8.1.2優(yōu)單倍體值法
8.1.3優(yōu)群體值法
8.1.4前瞻選擇法
8.2選配
第9章|表型組測定
9.1圍繞育種目標(biāo)的表型性狀
9.1.1繁殖性狀
……
11.2.3 胴體與肉質(zhì)性狀.
11.2.4健康性狀與環(huán)境數(shù)據(jù)監(jiān)測
11.2.5 體型外貌·
11.3基因組數(shù)據(jù)處理規(guī)范
原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估與過濾.
11.3.2 去重（demultiplex）與文庫質(zhì)量評估
11.3.3測序數(shù)據(jù)到參考基因組的比對：
第12章|聯(lián)合育種
12.1聯(lián)合方式
12.1.1繁育體系結(jié)構(gòu)
12.1.2大白豬的聯(lián)合育種模式
12.1.3長白豬的聯(lián)合育種模式
12.1.4杜洛克豬的聯(lián)合育種模式
12.1.5種豬繁育區(qū)域布局
12.2基于基因組的跨場親緣關(guān)系矩陣
12.2.1直接構(gòu)建
12.2.2兼顧各群體遺傳結(jié)構(gòu)的構(gòu)建方法
12.3多群體基因組選擇
12.3.1多性狀、單一親緣關(guān)系矩陣模型
12.3.2多性狀、雙親緣關(guān)系矩陣模型
12.4實例演示
12.4.1利用PyAGH軟件構(gòu)建多群體親緣關(guān)系矩陣
12.4.2多群體基因組選擇案例
第13章|網(wǎng)絡(luò)平臺
13.1 Alpha index數(shù)據(jù)資源
13.1.1用于基因組填單體型資源
13.1.2表型資源
13.2 Alpha index應(yīng)用
13.2.1基因組填和管理平臺
13.2.2豬場生產(chǎn)管理
13.2.3育種值計算個性化選擇指數(shù)制定
13.2.4同態(tài)加密基因組選擇平臺
參考文獻