蕭允字叔佐，蘭陵人。其曾祖父蕭思話，為宋征西將軍、開府儀同三司、尚書右仆射，爵位封陽穆公。祖父蕭惠..，任散騎常侍、太府卿、左民尚書。父親蕭介，為梁侍中、都官尚書。

　　蕭允少時(shí)出名，他神采莊重，性情豁達(dá)有鑒賞力，舉止含蓄不露，行為合符禮法。初任邵陵王法曹參軍，轉(zhuǎn)任湘東王主簿，遷任太子洗馬。侯景攻陷臺城，百官逃散，蕭允獨(dú)自衣冠齊楚端坐在官署，侯景軍人很是敬佩他，因而沒有威逼他。不久出京師居京口，當(dāng)時(shí)寇賊恣肆橫行無所忌憚，百姓騷動(dòng)不安，百官士族，四出逃散，獨(dú)蕭允安然不動(dòng)。

　　有人問他緣故，他回答說：“性命之歷數(shù)，自天意，豈能出逃就活命呢？只是患難的產(chǎn)生，皆起于利欲熏心，如果不追逐名利，災(zāi)禍怎么能產(chǎn)生呢？方今百姓振臂而起以此建立大功，因一句善言而取卿相之位，我一書生會(huì)有什么作為呢？莊周像躲避自己的影子一樣而顧慮重重，我不會(huì)這樣。”便閉門靜處，隔日而食，最后避免了災(zāi)禍。

　　侯景亂平后，高祖鎮(zhèn)守南徐州，致信召引他，蕭允又稱病推辭。永定年間，侯安都任南徐州刺史，親自臨廬拜訪，表達(dá)他尊敬長輩之意。天嘉三年(562)，征辟為太子庶子。三年授職為棱威將軍、丹陽尹丞。五年兼侍中，出使北周，回朝任中書侍郎、大匠卿。

　　高宗即位，遷任黃門侍郎。五年573出京任前晉安王長史。六年(574)，晉安王治南豫州，蕭允再次任王長史，當(dāng)時(shí)晉安王年紀(jì)還小，不能親自管治民政事務(wù)，所以委托蕭允代理府州事務(wù)。入京任光祿卿。蕭允性情敦厚，未曾因追求名利影響自己的情緒。晉安王出鎮(zhèn)湘州后，又苦求攜蕭允同行，蕭允年少時(shí)和蔡景歷要好，景歷的兒子蔡征送干肉給蕭允以表對父親朋友的敬意，聽說蕭允要隨行，便對蕭允說：“公年歲已高德高望重，為國家的元老，從容鎮(zhèn)守，早晚會(huì)做高官，何需再辛辛苦苦到地方陳書為官！”蕭允回答說：“已答應(yīng)晉安王，豈能食言?！彼麑s譽(yù)坦然到如此地步。

　　至德三年(585)，任中衛(wèi)豫章王長史，歷任通直散騎常侍、光勝將軍、司徒左長史、安德宮少府。鎮(zhèn)衛(wèi)鄱陽王出鎮(zhèn)會(huì)稽，蕭允又任長史，兼會(huì)稽郡丞。蕭允行經(jīng)延陵季子廟，擺放..藻祭祀延陵，假托為異代之交寫詩以表達(dá)自己的心意，文辭清麗典雅，后主曾問蔡征說：“卿父子與蕭允為摯友，你認(rèn)為此公志操如何？”征回答說：“他那種清凈無為玄遠(yuǎn)高深的思想，深不可測，至于文章，看了這首詩后就不用說了?！庇谑潜痴b蕭允的詩來對答，后主深為嘆賞，同年任光祿大夫。

　　隋軍渡江后，蕭允遷到關(guān)右。那時(shí)陳朝官吏到長安的，一概照例授官，只有蕭允和尚書仆射謝亻由以年老多病推辭，隋文帝覺得他倆德行高尚，便厚賜錢帛。不久因病于長安去世，時(shí)年八十四歲，其弟為蕭引。