島夷桓玄，字敬道，本是譙國(guó)龍亢的楚人。是偽晉大司馬桓溫之子，桓溫很喜愛他，臨終時(shí)囑令他作為自己的繼承人?；感邭q的時(shí)候，襲承父爵被封為南郡公。登國(guó)五年(390)，任司馬昌明的太子洗馬?；感練鉄o(wú)與倫比，總是要以雄豪來稱許自己。朝臣議論因?yàn)榛笢赜星址傅畚坏呐f跡，所以壓制桓玄兄弟，把他貶謫為義興太守，因此他不得志。不多時(shí)就去職。
皇始初年(396)，司馬德宗即位，他的會(huì)稽王司馬道子擅權(quán)，信任尚書仆射王國(guó)寶，為當(dāng)時(shí)人所憎惡。桓玄游說荊州刺史殷仲堪，要他推舉司馬德宗的兗州刺史王恭為盟主，共同討伐王國(guó)寶，殷仲堪聽從他的意見。恰好王恭派遣的使者也來了，兩下在中途相逢，便相約一同舉事，并且進(jìn)表起兵。不久就平定了王國(guó)寶等。天興初年(398)，司馬德宗授任桓玄為使持節(jié)、督交、廣二州諸軍事、建威將軍、平越中郎將、廣州刺史。
后來王恭又與司馬德宗的豫州刺史庾楷共同起兵，討伐其江州刺史王愉及司馬尚之兄弟?；感妄?bào)J將軍楊..期、荊州刺史殷仲堪等率軍響應(yīng)王恭?；感热诉M(jìn)軍到了石頭。當(dāng)時(shí)司馬德宗的征虜將軍司馬元顯一軍仍據(jù)守在石頭，陳列戰(zhàn)船攔斷淮水口。司馬道子出兵，準(zhǔn)備屯守中堂，忽然有馬被驚，軍中騷亂，人馬掉進(jìn)江中的非常多，過了許久才安定下來?；感热瞬恢澜I(yè)城已十分危弱，而且王恭不久兵敗，桓玄甚為惶恐，就回軍到了蔡洲。王恭的司馬劉牢之率北府軍前來駐扎在新亭。于是司馬德宗以桓..為荊州刺史，殷仲堪為廣州刺史，桓玄為江州刺史，楊..期為雍州刺史，刺史郗恢為尚書。殷仲堪回軍返還南邊，就派人宣示桓玄等各軍說：“如果不各自散開退回，大軍到了江陵，大家都會(huì)遭到殺戮。”殷仲堪的偏將劉系原先領(lǐng)兵二千人隸屬于楊..期，這時(shí)就率領(lǐng)部隊(duì)退回，桓玄等人大為驚懼，狼狽而走。庾楷也拋棄部下逃奔到南軍。桓玄就駕輕舟追趕殷仲堪，到尋陽(yáng)才趕上，大家共推桓玄為盟主，鎮(zhèn)守夏口。司馬德宗加授桓玄都督荊州四郡，任命桓玄的哥哥西昌公桓?jìng)檩o國(guó)將軍、南蠻校尉。司馬德宗寵信桓玄兄弟，想要借他們來削減荊、雍各州的勢(shì)力。
起先荊州遭遇大水，殷仲堪的倉(cāng)庫(kù)空竭，桓玄就乘他內(nèi)部空虛而向他進(jìn)攻，先派兵襲擊巴陵。梁州刺史郭銓正要到他的鎮(zhèn)所，半路遇到桓玄，桓玄就派他為前驅(qū)?；感谙目诎l(fā)兵，傳書與殷仲堪說：“現(xiàn)在我正要入沔，討除楊..期，屯兵在長(zhǎng)江口。如果你對(duì)我沒有二心，就可殺掉楊廣，如若不這樣做，我就要率軍進(jìn)入長(zhǎng)江?！绷硗庥纸o桓?jìng)懥藭?，要他到期作為?nèi)應(yīng)，桓?jìng)ジ械交炭?，就把書信拿給殷仲堪看，殷仲堪對(duì)他進(jìn)行一番撫慰，把他送回，到了夜晚就將桓?jìng)タ垩浩饋?。殷仲堪派龍?bào)J將軍殷邁、振威將軍劉山民等人領(lǐng)兵七千人到了西江口?；感犝f殷邁到來，就同他的親信苻永道一起帶領(lǐng)其帳下部眾進(jìn)行攻擊，殷邁等人敗走?；感蛙姲土?，收集這里的兵眾和糧食，又在夏口打敗楊廣。殷仲堪既然失去了巴陵的積蓄，加之各部將都被打敗，江陵恐懼震驚，城內(nèi)大鬧饑荒，軍民都以胡麻充饑。當(dāng)初，殷仲堪收到桓玄的書信時(shí)，急忙召楊..期來，楊..期回話說：“江陵沒有糧食，用什么來抵御敵軍？你可以到我這里來，共同據(jù)守襄陽(yáng)?！币笾倏罢J(rèn)為自己的軍隊(duì)還很完整，沒有理由要棄城逃走，又非常擔(dān)心楊..期不肯來，就欺騙他說：“近來收集糧食，已經(jīng)有了儲(chǔ)存，可以供數(shù)萬(wàn)人吃一百天?！睏?.期相信了他，就率領(lǐng)步騎兵八千人來到江陵，到達(dá)之后，殷仲堪只有飯給他的軍隊(duì)吃。楊..期大怒說：“如今就要失敗了！”他不肯與殷仲堪相見，派人在艦船上用箭射桓玄軍，桓玄部眾也用箭回射，楊..期就退兵回去。桓玄于是率軍渡江到了馬頭，命令各部軍隊(duì)一齊進(jìn)攻，大敗殷仲堪并把他殺死，又殺了楊廣、楊..期、殷道護(hù)和殷仲堪的參軍羅企生等人。
司馬德宗任命桓玄為持節(jié)、都督荊司雍秦梁益寧江八州及揚(yáng)豫八郡諸軍事、后將軍、荊江二州刺史?；感笳摴p，以長(zhǎng)史卞范之兼任南郡相，對(duì)他委以心腹重任。竟然截?cái)嚅L(zhǎng)江上游交通，阻絕商旅往來。司馬德宗下詔說道：“小人桓玄，已故大司馬不善的子息，年輕時(shí)心性狡惡，年長(zhǎng)后不思悔改，與王恭互相勾結(jié)謀劃，擁兵侮慢朝廷，多方集合兵馬，意在問鼎，窺視皇位。幸賴祖宗威靈，宰相神略，忠義奮發(fā)，罪人得以受誅。桓玄等猖狂失卻主意，回舟作鳥獸散。本應(yīng)當(dāng)乘此機(jī)會(huì)，殲除奸邪之源，但當(dāng)時(shí)朝中議論各異，朝廷謀略遲疑不決，致使朝廷法令受到阻撓，桓玄得到非分的寵信任用。本希望桓玄會(huì)洗心革面，對(duì)他小的過錯(cuò)加以懲誡以接受教訓(xùn)，但他卻野心不改，對(duì)朝廷悖慢日益嚴(yán)重，竟然割據(jù)江、湘，擅威于荊、郢，偽托朝命假借名義，手握生殺予奪之權(quán)。又對(duì)侍中王謐大放厥詞，妄圖放縱兇險(xiǎn)之心，侵犯并攻取京都。無(wú)視君主的野心，已見之于他的書信；不甘為臣的行跡，每日每月更加顯露。是可忍，孰不可忍？應(yīng)當(dāng)明示九伐之法對(duì)他予以制裁，以使中原西部得以安寧。尚書令、后將軍司馬元顯可任征討大都督、督十八州諸軍事、驃騎大將軍、儀同三司。”于是，以劉牢之為前鋒，任征西將軍，暫兼江州刺史；又令司馬尚之進(jìn)軍沔水。
桓玄聽說司馬元顯將要領(lǐng)兵前來征討，非常驚駭恐懼，想要保住江陵。長(zhǎng)史卞范之勸說桓玄領(lǐng)兵東下，桓玄十分猶豫，卞范之苦苦相勸，桓玄才決定留下桓?jìng)?jù)守江陵，自己率軍東下。到了夏口，桓玄就建牙旗傳檄說：“案揚(yáng)州刺史司馬元顯：其兇暴之性，自幼以來愈加滋長(zhǎng)；違犯禮法毀壞教化，輕而易舉早有準(zhǔn)備。居喪時(shí)無(wú)一日有哀痛之惑，把喪服當(dāng)作夜行的服裝，在應(yīng)深切憂傷之時(shí)卻弦歌飲酒，在報(bào)答父恩之日卻窮極色欲，把王國(guó)寶的妓妾劫掠一空，這只是他一切惡行的開始，就足以驚駭人們視聽了。
“相王道子有病，元顯毫無(wú)恐懼之情，趁機(jī)假稱皇帝之命，篡奪揚(yáng)州刺史的大權(quán)，于是就有父子同就官職，比肩連銜奏事。他在把持朝廷大權(quán)之后，多有險(xiǎn)惡暴虐的行為，惟恐相王得知，就杜絕其一切視聽。惡聲無(wú)處不聞，佞譽(yù)與日俱至。國(guó)家萬(wàn)機(jī)之重，委付給這等孽障，致使國(guó)典朝政，日趨紛紜混亂。又以婉辭向皇帝要求任尚書令，致使朝廷隨意授任錄尚書事之職，錄公之位，并不是可以隨意送人的。他茍且自得尊貴之位，就悖離朝廷禮法。又在妖賊侵侮肆虐，兵敗民亡之后，自己身為都督，親任刺史，在應(yīng)當(dāng)降伏妖賊之時(shí)，反而對(duì)其加以崇敬進(jìn)用。于弱冠之年如此妄為，古今無(wú)人與之相比。宰相本應(yīng)懲處邪惡，他卻擅自為自己解脫，推脫罪責(zé)，歸罪于人，自古以來僭越悖逆之人沒有像他這樣嚴(yán)重的。
“元顯娶妾超越禮制，幾乎同婚姻的六禮相同，竟然叫尚書仆射為媒人，長(zhǎng)史為迎客，受其寵幸的貪殘之徒，前往慶賀如同對(duì)皇后一樣，所謂目無(wú)君主的野心，隨時(shí)隨事都顯露出來。八日觀看佛事，搶掠良家女子，到民家住宿，恣意侮辱人家妻妾。從慶封至今，方才見易室之飲；自晉靈公以來，忽然有肢解之刑。憑個(gè)人喜怒輕易殺戮，隨意把人宰割肢解，治政殘暴，一瞬間就問斬。又把四歲的孽子，封為東海王。吳興郡遭妖賊殘暴之后，恃勢(shì)專橫又達(dá)到這種地步。妖賊之興，實(shí)在是由此人引起的。居喪之時(shí)極盡美味，是孫泰供給他的膳食；夜間想要出外游玩，也是孫泰接待他的車馬。孫泰倚仗他的權(quán)勢(shì)，得以作威作福，雖然最終受到誅戮，百姓已經(jīng)深受其荼毒。加之他大量征發(fā)人丁，許多人被他非法征集，驅(qū)趕遷徙到京師，死亡和叛離后所剩無(wú)幾。將年號(hào)改為元興，用來作為自己的吉祥之兆，比當(dāng)年王莽接受祥瑞的符命有過之而無(wú)不及。閉塞到了極點(diǎn)必然轉(zhuǎn)向通達(dá)順利，他的禍害充盈天地之間，對(duì)君不義對(duì)親不昵，勢(shì)必崩潰喪亡，自取滅亡，就在于這個(gè)時(shí)機(jī)。三軍將士文武官員，一齊憤發(fā)踴躍上路出征?！?br />
桓玄也失去荊楚的人心，而且興師不順名分，他的兵力雖然強(qiáng)大，卻擔(dān)心將士不會(huì)替他賣命，常常有回兵的想法。軍隊(duì)過了尋陽(yáng)，卻不見東面司馬元顯的人馬，桓玄的主意才堅(jiān)定。于是就擊鼓行軍向前進(jìn)發(fā)，徑直到達(dá)姑熟，又攻克歷陽(yáng)。劉牢之派兒子劉敬宣到桓玄那里請(qǐng)求投降，桓玄大喜過望，給劉敬宣設(shè)置酒宴以示歡迎?；感M(jìn)至新亭，司馬元顯丟棄戰(zhàn)船，退入國(guó)子堂，在宣陽(yáng)門前列陣以待。司馬元顯想要挾持司馬德宗出戰(zhàn)，但軍隊(duì)中自相驚擾，說是桓玄已經(jīng)到了南桁，只得退兵回到宮中。到了中堂，元顯軍一時(shí)間崩潰逃散。司馬元顯逃往東府，只剩張法順一人跟隨他?；感谑鞘苋螢槭讨?、都督中外諸軍、丞相、錄尚書事、揚(yáng)州牧、領(lǐng)徐州刺史，持節(jié)、荊江二州刺史，公的爵位仍照舊；賜予黃鉞、羽葆、鼓吹、班劍二十人等儀仗；置左右長(zhǎng)史，設(shè)從事中郎四人；準(zhǔn)帶甲仗二百人入殿。于是將司馬道子逮捕交付廷尉，黜為庶人，遷徙到安城郡；誅殺司馬元顯和他的兒子，以及豫州刺史司馬尚之、吏部郎袁遵、張法順等人。又在豫章消滅了庾楷。把司馬尚之的弟弟丹陽(yáng)尹司馬恢之、輔國(guó)將軍司馬允之，以及王國(guó)寶、王緒的幾個(gè)兒子都貶徙到交州和廣州。任命劉牢之為會(huì)稽內(nèi)史，打算解除他的兵權(quán)。當(dāng)初，劉敬宣已經(jīng)投降，隨桓玄進(jìn)入東府，到這時(shí)要求回去。桓玄希望劉牢之受命于自己，就送他回去了。劉敬宣回來以后，劉牢之知道自己將不會(huì)幸免于禍，就想要襲擊桓玄，但部下全都逃離四散，只得從班瀆往北逃走，在新洲自縊身亡。他的首級(jí)被送到建業(yè)。劉敬宣逃到長(zhǎng)江之北。
桓玄稟告司馬德宗，實(shí)行大赦，把年號(hào)改為大亨?；感尦隽素┫?、荊江徐三州刺史及錄尚書事的職位。朝廷改授他為太尉、都督中外、揚(yáng)州牧、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史等職；賜給深綠色綬帶，加袞冕之服，享受佩劍穿履朝見皇帝的待遇，入朝時(shí)不需快步行走，贊拜時(shí)不需自報(bào)姓名，增加班劍六十人，準(zhǔn)帶甲仗二百人隨之入殿。桓玄于是鎮(zhèn)守姑熟。不久就大興土木建造府第，出外游獵沒有限度，處理政務(wù)朝令夕改，驕奢縱欲，聚集朋黨，敗壞朝廷內(nèi)外法制。一切朝政都要向他征詢，小事則決斷于左仆射桓謙和丹陽(yáng)尹卞范之?；感又卣魇杖齾歉皇业馁x稅，用來賑濟(jì)饑民，但還是無(wú)濟(jì)于事。東部各郡由于連年兵戰(zhàn)遭到掠奪，以致大鬧饑荒，百姓死亡眾多。三吳地區(qū)民戶減少了一半，會(huì)稽則只剩十分之三四，臨海、永嘉的人口幾乎全都死亡或逃散。原先的富室人家都穿著輕軟的絲綢，佩帶著金玉飾物，關(guān)上門戶相守而死。
桓玄自封為豫章郡公，食邑安成七千五百戶；后封為桂陽(yáng)郡公，食邑二千五百戶；本封南郡公照舊。不久他毒殺了司馬道子?；感鲓Z了司馬德宗享受的供奉待遇，一切都盡量簡(jiǎn)單粗陋，使他接近于饑餓受凍的地步。雖沒有弒殺，但君臣的體統(tǒng)已經(jīng)完全不顧了?；感诌M(jìn)位為大將軍，增加前后部羽葆鼓吹等儀仗，奏事時(shí)不報(bào)姓名。又上奏請(qǐng)求自己統(tǒng)率諸軍，命各邊境地區(qū)的蕃兵掃平關(guān)、洛，司馬德宗未予準(zhǔn)許?；感緛頉]有資歷和能力，但卻喜歡說大話，既不履行手續(xù)，就說是奉詔行事?；感]有別的什么處置，只是事先就制作打仗行軍時(shí)的服裝玩器，并制作裝書畫用的器具。有人勸他說：“今日的出行，必然是有征無(wú)戰(zhàn)，輜重之物自然會(huì)準(zhǔn)備充足一同運(yùn)走，不必?zé)﹦谟至硗馊ブ圃??！被感f：“書畫服玩等物，應(yīng)當(dāng)經(jīng)常帶在身邊，況且眼下兵兇戰(zhàn)危，倘若有意外，也便于運(yùn)送?！北娙寺犃硕夹λ?。
桓玄所親信倚仗的人，惟有桓?jìng)ザ?，先前想把他征召回來，作為自己的輔佐?；?jìng)ニ懒艘院螅感鯙榭只挪话?。起初，桓玄常常因?yàn)樗赣H王業(yè)垂成，而自己年富力強(qiáng)，不能振興前輩造就的王業(yè)，心里總是滿懷憤慨。到司馬昌明死后，他就有了志在四方的心懷，攻下建業(yè)城以后，就再也沒有居人之下的心思。及至桓?jìng)ニ廊?，他憂懼自己一個(gè)人力量單薄，越發(fā)想要盡快地成就大業(yè)。卞范之之流，既擔(dān)心事態(tài)有變，又希望從中謀得私利，就一起催促桓玄行事，殷仲文等人甚至已經(jīng)撰寫整理好各種策書命令。司馬德宗又加授桓玄為相國(guó)，總領(lǐng)文武百官，封賜他南郡、南平、宜都、天門、零陵、桂陽(yáng)、營(yíng)陽(yáng)、衡陽(yáng)、義陽(yáng)、建平十郡為楚王，備九錫之禮，揚(yáng)州牧、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史等職照舊。派司徒王謐授予他相國(guó)的印綬，光祿大夫武陵王司馬遵授予他楚王的璽策。司馬德宗先派百官前去迎請(qǐng)，又說要親自前去敦請(qǐng)。十二月，司馬德宗將皇位禪讓給桓玄，桓玄大赦所部，稱年號(hào)為永始元年(403)。起初要改年號(hào)為建始，左丞王納之說：“建始，是晉代趙王倫的年號(hào)?！庇谑蔷透臑橛朗迹趾屯趺假F之年類同。
桓玄進(jìn)入建業(yè)宮中，突然逆風(fēng)迅疾猛烈，旌旗、服章、儀飾全部被大風(fēng)吹倒。這一月天氣酷寒，這一天尤其寒冷?；感次缓蠖嘈锌琳袝r(shí)施以小惠。他迎奉桓溫的神主送進(jìn)太廟?；感幌虺鲂杏潍C沒有節(jié)制，到這時(shí)就不再外出。他在殿堂上設(shè)置金匾、流蘇和絳紗帳，裝飾得頗像運(yùn)載棺木的車需車和王莽的仙蓋。太廟之祭和郊祀之祭都只進(jìn)行兩天而已。還有，桓玄的廟祭不及于祖輩，因?yàn)樗脑娓敢陨厦徊伙@著，所以不予排列次序。而且由于王莽曾立九廟，被前人史書所譏諷，他就只立一廟來加以矯正。他還毀壞晉朝的小廟，用來修造臺(tái)榭。他庶母的祭祀之位，沒有定所。侮慢祖先忘掉親情，當(dāng)時(shí)的人們都知道他不會(huì)長(zhǎng)久。這一月，桓玄出游水南，一陣旋風(fēng)刮走了他車上的儀蓋。他就想制造一輛大車，使它能容納三十人坐，用二百人推拉?；感溡莼目v，不顧時(shí)事，奏案積壓，全不覽閱；有時(shí)過問小事，代替史官親手注記，代替令史自撰文書，隨意變動(dòng)制度，主管的官員應(yīng)接不暇。從早到晚外出游獵，文武官員困乏不堪。直侍的官員，都把馬系在宮禁之內(nèi)；休假的官吏，都留下來充當(dāng)建筑的差役。朝中之士操勞憔悴，天下百姓財(cái)力殆盡，民眾當(dāng)中盼望動(dòng)亂的，十戶就有八戶。
司馬德宗的彭城內(nèi)史劉裕乘機(jī)在京口斬殺了徐州刺史桓..，與沛國(guó)的劉毅、東海的何無(wú)忌等收集部眾渡過長(zhǎng)江?；感谌位钢t為征討都督，召集侍從官員留住在宮禁之內(nèi)?；感w回到上宮，文武百官都步行跟從。又大赦揚(yáng)、豫、徐、兗、青、冀等六州。派頓丘太守吳甫之、右衛(wèi)將軍皇甫敷在江乘抗拒北邊的劉裕。劉裕斬了吳甫之，進(jìn)軍到了羅落橋，又?jǐn)亓嘶矢Ψ蟮氖准?jí)?；感砻嫔洗质柰?，骨子里怯懦恐懼，及至聽說兩將已死，主意已經(jīng)窮盡，無(wú)計(jì)可施，天天和巫術(shù)道士作詛咒制勝之法。于是他問眾人道：“我難道失敗了嗎？”黃門侍郎曹靖回答說：“神明發(fā)怒民眾忿怨，為臣實(shí)在憂慮恐懼?！被感f：“民眾忿怨尚可理解，神明為何發(fā)怒？”曹靖回答說：“遷走了晉朝的宗廟，使其祖宗飄泊沒有定所；大楚朝的廟祭，又不能及于祖先。這就是神明發(fā)怒的原因啊?！被感f：“你為何早不對(duì)我諫勸？”回答說：“朝中諸位君子都認(rèn)為大楚是堯舜之世，為臣怎么敢諫勸?！被感苫钢t、何澹之屯兵于東陵口，卞范之屯兵于覆舟山之西，兩下合兵共二萬(wàn)人。又派武衛(wèi)庾賾之配備精銳的士卒武器，前往援助桓謙等人?；钢t等大敗，桓玄揚(yáng)言要親往作戰(zhàn)，帶領(lǐng)子侄出南掖門，向西到達(dá)石頭城。先已派殷仲文在渡口準(zhǔn)備了船只，于是就一道乘船往南逃走。一連幾天找不到糧食，左右只得用粗糧做的粥送給他吃，難于吞咽下去?；感踊干胖晃辶鶜q，抱著桓玄的胸脯撫摸他，桓玄見狀悲不自勝?；感冻炙抉R德宗從尋陽(yáng)出發(fā)，到達(dá)江陵，西中郎將桓石康接納了他們?；感诮瓿悄洗钇饚つ?，設(shè)置文武百官，以卞范之為尚書仆射，殷仲文為徐州刺史，其余各官都予以顯要的任用?；感?duì)諸侍臣說：“你們都是通過清凈的途徑得以榮升，翼從于我的身邊，京都中那些竊居官位者正應(yīng)當(dāng)來軍門謝罪，等到他們看見你們?cè)俅芜M(jìn)入石頭城，你們就無(wú)異于云霄中的人了?！被感?yàn)樵谑√油鲋螅ε路畈荒苷C，就輕易動(dòng)怒妄殺無(wú)辜，越發(fā)變得暴虐。殷仲文對(duì)他進(jìn)行諫勸，桓玄大怒道：“漢高祖、魏武帝屢次遭遇失敗，只是因?yàn)樗麄兊牟繉⒆鲬?zhàn)失利而已。由于上天縱容邪惡，所以我回來以舊楚為都，但群小愚昧無(wú)知，妄生是非，正應(yīng)當(dāng)用威猛予以追究，不應(yīng)對(duì)他們施以恩惠?！鼻G、江一帶的郡守，由于桓玄流亡到此，都派使者來進(jìn)表交結(jié)，其中有不安定的言辭，桓玄一概不予接受，就命令所在各郡進(jìn)表慶賀他遷都之喜。桓玄在逃亡路上自己撰寫《起居注》，敘述他抗拒劉裕的事，自稱他的謀略沒有失誤之處，而是諸將違背節(jié)制調(diào)度，以至于失敗。他沒有時(shí)間去謀劃議論軍事，只是述說記錄他的經(jīng)歷而已。
劉裕派遣他的冠軍將軍劉毅從建鄴發(fā)兵，追擊桓玄。桓玄軍屢次打敗仗?；感?jīng)常在他的大船旁邊裝配輕便小舟以備不時(shí)之需，所以他的將士沒有斗志?；感箒G棄部下而逃，其余軍隊(duì)就依次崩潰逃散，他就與司馬德宗一起逃回到江陵。起初，桓玄把司馬德宗的妻兒留在巴陵，殷仲文與桓玄同在一條船上，就勸說桓玄尋找別的船只收集散軍，于是把司馬德宗之妻送回到建鄴?；感M(jìn)入江陵城，南平太守馮該勸桓玄再戰(zhàn)?；感胍霭l(fā)到漢中，投奔梁州刺史桓希，夜晚安排停當(dāng)將要出發(fā)，城內(nèi)已經(jīng)大亂，他的命令已不能執(zhí)行，只好帶領(lǐng)其心腹百余人往城北逃出。走到城門邊，左右就在黑暗中迎面砍殺桓玄，前后相互廝殺，人馬交錯(cuò)塞滿了道路?；感H僅得以逃到船上。司馬德宗則進(jìn)入了南郡府第?；感呀?jīng)下船，還想要往漢中逃走?；感耐万T校尉毛..之誘騙他進(jìn)入蜀地，他就同桓石康等人溯江而上。船到枚回洲，被益州參軍費(fèi)恬等人迎面射擊，箭如雨下。桓玄一中了流矢，他的兒子桓升就把箭拔出來。益州督護(hù)馮遷抽刀登上桓玄的艦船，桓玄叫道：“你是何人，敢殺天子！”馮遷說：“我就是要?dú)⒌籼熳拥哪尜\?！庇谑菙叵禄感约盎甘档热说氖准?jí)，把桓升斬于江陵街市，將桓玄首級(jí)傳送到建業(yè)，懸掛在朱雀門示眾。
桓玄已經(jīng)失敗，桓謙在沮中藏匿起來。桓振逃到華容水濱，暗中聚集黨徒數(shù)千人，在早晨襲擊江陵城，把它占領(lǐng)了?；钢t也就聚眾而出?；刚竦搅私?，打聽桓玄之子桓升之所在，得知桓升已死，就要?dú)⒌羲抉R德宗，桓謙苦苦相勸才得以住手。于是桓振等人就為桓玄舉哀，給他定謚號(hào)為武悼皇帝?；钢t率領(lǐng)群官又立司馬德宗為帝，桓振自任為都督八州、鎮(zhèn)軍將軍、荊州刺史，桓謙恢復(fù)原職，又加授江豫二州刺史。后來，司馬德宗的益州刺史毛璩在漢中殺了桓希?；刚袢肭纸?，被唐興所殺。他的其余親信隨從，有的當(dāng)時(shí)被擒獲，有的逃散到外地，幾年之間，全都被消滅。
皇始初年(396)，司馬德宗即位，他的會(huì)稽王司馬道子擅權(quán)，信任尚書仆射王國(guó)寶，為當(dāng)時(shí)人所憎惡。桓玄游說荊州刺史殷仲堪，要他推舉司馬德宗的兗州刺史王恭為盟主，共同討伐王國(guó)寶，殷仲堪聽從他的意見。恰好王恭派遣的使者也來了，兩下在中途相逢，便相約一同舉事，并且進(jìn)表起兵。不久就平定了王國(guó)寶等。天興初年(398)，司馬德宗授任桓玄為使持節(jié)、督交、廣二州諸軍事、建威將軍、平越中郎將、廣州刺史。
后來王恭又與司馬德宗的豫州刺史庾楷共同起兵，討伐其江州刺史王愉及司馬尚之兄弟?；感妄?bào)J將軍楊..期、荊州刺史殷仲堪等率軍響應(yīng)王恭?；感热诉M(jìn)軍到了石頭。當(dāng)時(shí)司馬德宗的征虜將軍司馬元顯一軍仍據(jù)守在石頭，陳列戰(zhàn)船攔斷淮水口。司馬道子出兵，準(zhǔn)備屯守中堂，忽然有馬被驚，軍中騷亂，人馬掉進(jìn)江中的非常多，過了許久才安定下來?；感热瞬恢澜I(yè)城已十分危弱，而且王恭不久兵敗，桓玄甚為惶恐，就回軍到了蔡洲。王恭的司馬劉牢之率北府軍前來駐扎在新亭。于是司馬德宗以桓..為荊州刺史，殷仲堪為廣州刺史，桓玄為江州刺史，楊..期為雍州刺史，刺史郗恢為尚書。殷仲堪回軍返還南邊，就派人宣示桓玄等各軍說：“如果不各自散開退回，大軍到了江陵，大家都會(huì)遭到殺戮。”殷仲堪的偏將劉系原先領(lǐng)兵二千人隸屬于楊..期，這時(shí)就率領(lǐng)部隊(duì)退回，桓玄等人大為驚懼，狼狽而走。庾楷也拋棄部下逃奔到南軍。桓玄就駕輕舟追趕殷仲堪，到尋陽(yáng)才趕上，大家共推桓玄為盟主，鎮(zhèn)守夏口。司馬德宗加授桓玄都督荊州四郡，任命桓玄的哥哥西昌公桓?jìng)檩o國(guó)將軍、南蠻校尉。司馬德宗寵信桓玄兄弟，想要借他們來削減荊、雍各州的勢(shì)力。
起先荊州遭遇大水，殷仲堪的倉(cāng)庫(kù)空竭，桓玄就乘他內(nèi)部空虛而向他進(jìn)攻，先派兵襲擊巴陵。梁州刺史郭銓正要到他的鎮(zhèn)所，半路遇到桓玄，桓玄就派他為前驅(qū)?；感谙目诎l(fā)兵，傳書與殷仲堪說：“現(xiàn)在我正要入沔，討除楊..期，屯兵在長(zhǎng)江口。如果你對(duì)我沒有二心，就可殺掉楊廣，如若不這樣做，我就要率軍進(jìn)入長(zhǎng)江?！绷硗庥纸o桓?jìng)懥藭?，要他到期作為?nèi)應(yīng)，桓?jìng)ジ械交炭?，就把書信拿給殷仲堪看，殷仲堪對(duì)他進(jìn)行一番撫慰，把他送回，到了夜晚就將桓?jìng)タ垩浩饋?。殷仲堪派龍?bào)J將軍殷邁、振威將軍劉山民等人領(lǐng)兵七千人到了西江口?；感犝f殷邁到來，就同他的親信苻永道一起帶領(lǐng)其帳下部眾進(jìn)行攻擊，殷邁等人敗走?；感蛙姲土?，收集這里的兵眾和糧食，又在夏口打敗楊廣。殷仲堪既然失去了巴陵的積蓄，加之各部將都被打敗，江陵恐懼震驚，城內(nèi)大鬧饑荒，軍民都以胡麻充饑。當(dāng)初，殷仲堪收到桓玄的書信時(shí)，急忙召楊..期來，楊..期回話說：“江陵沒有糧食，用什么來抵御敵軍？你可以到我這里來，共同據(jù)守襄陽(yáng)?！币笾倏罢J(rèn)為自己的軍隊(duì)還很完整，沒有理由要棄城逃走，又非常擔(dān)心楊..期不肯來，就欺騙他說：“近來收集糧食，已經(jīng)有了儲(chǔ)存，可以供數(shù)萬(wàn)人吃一百天?！睏?.期相信了他，就率領(lǐng)步騎兵八千人來到江陵，到達(dá)之后，殷仲堪只有飯給他的軍隊(duì)吃。楊..期大怒說：“如今就要失敗了！”他不肯與殷仲堪相見，派人在艦船上用箭射桓玄軍，桓玄部眾也用箭回射，楊..期就退兵回去。桓玄于是率軍渡江到了馬頭，命令各部軍隊(duì)一齊進(jìn)攻，大敗殷仲堪并把他殺死，又殺了楊廣、楊..期、殷道護(hù)和殷仲堪的參軍羅企生等人。
司馬德宗任命桓玄為持節(jié)、都督荊司雍秦梁益寧江八州及揚(yáng)豫八郡諸軍事、后將軍、荊江二州刺史?；感笳摴p，以長(zhǎng)史卞范之兼任南郡相，對(duì)他委以心腹重任。竟然截?cái)嚅L(zhǎng)江上游交通，阻絕商旅往來。司馬德宗下詔說道：“小人桓玄，已故大司馬不善的子息，年輕時(shí)心性狡惡，年長(zhǎng)后不思悔改，與王恭互相勾結(jié)謀劃，擁兵侮慢朝廷，多方集合兵馬，意在問鼎，窺視皇位。幸賴祖宗威靈，宰相神略，忠義奮發(fā)，罪人得以受誅。桓玄等猖狂失卻主意，回舟作鳥獸散。本應(yīng)當(dāng)乘此機(jī)會(huì)，殲除奸邪之源，但當(dāng)時(shí)朝中議論各異，朝廷謀略遲疑不決，致使朝廷法令受到阻撓，桓玄得到非分的寵信任用。本希望桓玄會(huì)洗心革面，對(duì)他小的過錯(cuò)加以懲誡以接受教訓(xùn)，但他卻野心不改，對(duì)朝廷悖慢日益嚴(yán)重，竟然割據(jù)江、湘，擅威于荊、郢，偽托朝命假借名義，手握生殺予奪之權(quán)。又對(duì)侍中王謐大放厥詞，妄圖放縱兇險(xiǎn)之心，侵犯并攻取京都。無(wú)視君主的野心，已見之于他的書信；不甘為臣的行跡，每日每月更加顯露。是可忍，孰不可忍？應(yīng)當(dāng)明示九伐之法對(duì)他予以制裁，以使中原西部得以安寧。尚書令、后將軍司馬元顯可任征討大都督、督十八州諸軍事、驃騎大將軍、儀同三司。”于是，以劉牢之為前鋒，任征西將軍，暫兼江州刺史；又令司馬尚之進(jìn)軍沔水。
桓玄聽說司馬元顯將要領(lǐng)兵前來征討，非常驚駭恐懼，想要保住江陵。長(zhǎng)史卞范之勸說桓玄領(lǐng)兵東下，桓玄十分猶豫，卞范之苦苦相勸，桓玄才決定留下桓?jìng)?jù)守江陵，自己率軍東下。到了夏口，桓玄就建牙旗傳檄說：“案揚(yáng)州刺史司馬元顯：其兇暴之性，自幼以來愈加滋長(zhǎng)；違犯禮法毀壞教化，輕而易舉早有準(zhǔn)備。居喪時(shí)無(wú)一日有哀痛之惑，把喪服當(dāng)作夜行的服裝，在應(yīng)深切憂傷之時(shí)卻弦歌飲酒，在報(bào)答父恩之日卻窮極色欲，把王國(guó)寶的妓妾劫掠一空，這只是他一切惡行的開始，就足以驚駭人們視聽了。
“相王道子有病，元顯毫無(wú)恐懼之情，趁機(jī)假稱皇帝之命，篡奪揚(yáng)州刺史的大權(quán)，于是就有父子同就官職，比肩連銜奏事。他在把持朝廷大權(quán)之后，多有險(xiǎn)惡暴虐的行為，惟恐相王得知，就杜絕其一切視聽。惡聲無(wú)處不聞，佞譽(yù)與日俱至。國(guó)家萬(wàn)機(jī)之重，委付給這等孽障，致使國(guó)典朝政，日趨紛紜混亂。又以婉辭向皇帝要求任尚書令，致使朝廷隨意授任錄尚書事之職，錄公之位，并不是可以隨意送人的。他茍且自得尊貴之位，就悖離朝廷禮法。又在妖賊侵侮肆虐，兵敗民亡之后，自己身為都督，親任刺史，在應(yīng)當(dāng)降伏妖賊之時(shí)，反而對(duì)其加以崇敬進(jìn)用。于弱冠之年如此妄為，古今無(wú)人與之相比。宰相本應(yīng)懲處邪惡，他卻擅自為自己解脫，推脫罪責(zé)，歸罪于人，自古以來僭越悖逆之人沒有像他這樣嚴(yán)重的。
“元顯娶妾超越禮制，幾乎同婚姻的六禮相同，竟然叫尚書仆射為媒人，長(zhǎng)史為迎客，受其寵幸的貪殘之徒，前往慶賀如同對(duì)皇后一樣，所謂目無(wú)君主的野心，隨時(shí)隨事都顯露出來。八日觀看佛事，搶掠良家女子，到民家住宿，恣意侮辱人家妻妾。從慶封至今，方才見易室之飲；自晉靈公以來，忽然有肢解之刑。憑個(gè)人喜怒輕易殺戮，隨意把人宰割肢解，治政殘暴，一瞬間就問斬。又把四歲的孽子，封為東海王。吳興郡遭妖賊殘暴之后，恃勢(shì)專橫又達(dá)到這種地步。妖賊之興，實(shí)在是由此人引起的。居喪之時(shí)極盡美味，是孫泰供給他的膳食；夜間想要出外游玩，也是孫泰接待他的車馬。孫泰倚仗他的權(quán)勢(shì)，得以作威作福，雖然最終受到誅戮，百姓已經(jīng)深受其荼毒。加之他大量征發(fā)人丁，許多人被他非法征集，驅(qū)趕遷徙到京師，死亡和叛離后所剩無(wú)幾。將年號(hào)改為元興，用來作為自己的吉祥之兆，比當(dāng)年王莽接受祥瑞的符命有過之而無(wú)不及。閉塞到了極點(diǎn)必然轉(zhuǎn)向通達(dá)順利，他的禍害充盈天地之間，對(duì)君不義對(duì)親不昵，勢(shì)必崩潰喪亡，自取滅亡，就在于這個(gè)時(shí)機(jī)。三軍將士文武官員，一齊憤發(fā)踴躍上路出征?！?br />
桓玄也失去荊楚的人心，而且興師不順名分，他的兵力雖然強(qiáng)大，卻擔(dān)心將士不會(huì)替他賣命，常常有回兵的想法。軍隊(duì)過了尋陽(yáng)，卻不見東面司馬元顯的人馬，桓玄的主意才堅(jiān)定。于是就擊鼓行軍向前進(jìn)發(fā)，徑直到達(dá)姑熟，又攻克歷陽(yáng)。劉牢之派兒子劉敬宣到桓玄那里請(qǐng)求投降，桓玄大喜過望，給劉敬宣設(shè)置酒宴以示歡迎?；感M(jìn)至新亭，司馬元顯丟棄戰(zhàn)船，退入國(guó)子堂，在宣陽(yáng)門前列陣以待。司馬元顯想要挾持司馬德宗出戰(zhàn)，但軍隊(duì)中自相驚擾，說是桓玄已經(jīng)到了南桁，只得退兵回到宮中。到了中堂，元顯軍一時(shí)間崩潰逃散。司馬元顯逃往東府，只剩張法順一人跟隨他?；感谑鞘苋螢槭讨?、都督中外諸軍、丞相、錄尚書事、揚(yáng)州牧、領(lǐng)徐州刺史，持節(jié)、荊江二州刺史，公的爵位仍照舊；賜予黃鉞、羽葆、鼓吹、班劍二十人等儀仗；置左右長(zhǎng)史，設(shè)從事中郎四人；準(zhǔn)帶甲仗二百人入殿。于是將司馬道子逮捕交付廷尉，黜為庶人，遷徙到安城郡；誅殺司馬元顯和他的兒子，以及豫州刺史司馬尚之、吏部郎袁遵、張法順等人。又在豫章消滅了庾楷。把司馬尚之的弟弟丹陽(yáng)尹司馬恢之、輔國(guó)將軍司馬允之，以及王國(guó)寶、王緒的幾個(gè)兒子都貶徙到交州和廣州。任命劉牢之為會(huì)稽內(nèi)史，打算解除他的兵權(quán)。當(dāng)初，劉敬宣已經(jīng)投降，隨桓玄進(jìn)入東府，到這時(shí)要求回去。桓玄希望劉牢之受命于自己，就送他回去了。劉敬宣回來以后，劉牢之知道自己將不會(huì)幸免于禍，就想要襲擊桓玄，但部下全都逃離四散，只得從班瀆往北逃走，在新洲自縊身亡。他的首級(jí)被送到建業(yè)。劉敬宣逃到長(zhǎng)江之北。
桓玄稟告司馬德宗，實(shí)行大赦，把年號(hào)改為大亨?；感尦隽素┫?、荊江徐三州刺史及錄尚書事的職位。朝廷改授他為太尉、都督中外、揚(yáng)州牧、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史等職；賜給深綠色綬帶，加袞冕之服，享受佩劍穿履朝見皇帝的待遇，入朝時(shí)不需快步行走，贊拜時(shí)不需自報(bào)姓名，增加班劍六十人，準(zhǔn)帶甲仗二百人隨之入殿。桓玄于是鎮(zhèn)守姑熟。不久就大興土木建造府第，出外游獵沒有限度，處理政務(wù)朝令夕改，驕奢縱欲，聚集朋黨，敗壞朝廷內(nèi)外法制。一切朝政都要向他征詢，小事則決斷于左仆射桓謙和丹陽(yáng)尹卞范之?；感又卣魇杖齾歉皇业馁x稅，用來賑濟(jì)饑民，但還是無(wú)濟(jì)于事。東部各郡由于連年兵戰(zhàn)遭到掠奪，以致大鬧饑荒，百姓死亡眾多。三吳地區(qū)民戶減少了一半，會(huì)稽則只剩十分之三四，臨海、永嘉的人口幾乎全都死亡或逃散。原先的富室人家都穿著輕軟的絲綢，佩帶著金玉飾物，關(guān)上門戶相守而死。
桓玄自封為豫章郡公，食邑安成七千五百戶；后封為桂陽(yáng)郡公，食邑二千五百戶；本封南郡公照舊。不久他毒殺了司馬道子?；感鲓Z了司馬德宗享受的供奉待遇，一切都盡量簡(jiǎn)單粗陋，使他接近于饑餓受凍的地步。雖沒有弒殺，但君臣的體統(tǒng)已經(jīng)完全不顧了?；感诌M(jìn)位為大將軍，增加前后部羽葆鼓吹等儀仗，奏事時(shí)不報(bào)姓名。又上奏請(qǐng)求自己統(tǒng)率諸軍，命各邊境地區(qū)的蕃兵掃平關(guān)、洛，司馬德宗未予準(zhǔn)許?；感緛頉]有資歷和能力，但卻喜歡說大話，既不履行手續(xù)，就說是奉詔行事?；感]有別的什么處置，只是事先就制作打仗行軍時(shí)的服裝玩器，并制作裝書畫用的器具。有人勸他說：“今日的出行，必然是有征無(wú)戰(zhàn)，輜重之物自然會(huì)準(zhǔn)備充足一同運(yùn)走，不必?zé)﹦谟至硗馊ブ圃??！被感f：“書畫服玩等物，應(yīng)當(dāng)經(jīng)常帶在身邊，況且眼下兵兇戰(zhàn)危，倘若有意外，也便于運(yùn)送?！北娙寺犃硕夹λ?。
桓玄所親信倚仗的人，惟有桓?jìng)ザ?，先前想把他征召回來，作為自己的輔佐?；?jìng)ニ懒艘院螅感鯙榭只挪话?。起初，桓玄常常因?yàn)樗赣H王業(yè)垂成，而自己年富力強(qiáng)，不能振興前輩造就的王業(yè)，心里總是滿懷憤慨。到司馬昌明死后，他就有了志在四方的心懷，攻下建業(yè)城以后，就再也沒有居人之下的心思。及至桓?jìng)ニ廊?，他憂懼自己一個(gè)人力量單薄，越發(fā)想要盡快地成就大業(yè)。卞范之之流，既擔(dān)心事態(tài)有變，又希望從中謀得私利，就一起催促桓玄行事，殷仲文等人甚至已經(jīng)撰寫整理好各種策書命令。司馬德宗又加授桓玄為相國(guó)，總領(lǐng)文武百官，封賜他南郡、南平、宜都、天門、零陵、桂陽(yáng)、營(yíng)陽(yáng)、衡陽(yáng)、義陽(yáng)、建平十郡為楚王，備九錫之禮，揚(yáng)州牧、領(lǐng)平西將軍、豫州刺史等職照舊。派司徒王謐授予他相國(guó)的印綬，光祿大夫武陵王司馬遵授予他楚王的璽策。司馬德宗先派百官前去迎請(qǐng)，又說要親自前去敦請(qǐng)。十二月，司馬德宗將皇位禪讓給桓玄，桓玄大赦所部，稱年號(hào)為永始元年(403)。起初要改年號(hào)為建始，左丞王納之說：“建始，是晉代趙王倫的年號(hào)?！庇谑蔷透臑橛朗迹趾屯趺假F之年類同。
桓玄進(jìn)入建業(yè)宮中，突然逆風(fēng)迅疾猛烈，旌旗、服章、儀飾全部被大風(fēng)吹倒。這一月天氣酷寒，這一天尤其寒冷?；感次缓蠖嘈锌琳袝r(shí)施以小惠。他迎奉桓溫的神主送進(jìn)太廟?；感幌虺鲂杏潍C沒有節(jié)制，到這時(shí)就不再外出。他在殿堂上設(shè)置金匾、流蘇和絳紗帳，裝飾得頗像運(yùn)載棺木的車需車和王莽的仙蓋。太廟之祭和郊祀之祭都只進(jìn)行兩天而已。還有，桓玄的廟祭不及于祖輩，因?yàn)樗脑娓敢陨厦徊伙@著，所以不予排列次序。而且由于王莽曾立九廟，被前人史書所譏諷，他就只立一廟來加以矯正。他還毀壞晉朝的小廟，用來修造臺(tái)榭。他庶母的祭祀之位，沒有定所。侮慢祖先忘掉親情，當(dāng)時(shí)的人們都知道他不會(huì)長(zhǎng)久。這一月，桓玄出游水南，一陣旋風(fēng)刮走了他車上的儀蓋。他就想制造一輛大車，使它能容納三十人坐，用二百人推拉?；感溡莼目v，不顧時(shí)事，奏案積壓，全不覽閱；有時(shí)過問小事，代替史官親手注記，代替令史自撰文書，隨意變動(dòng)制度，主管的官員應(yīng)接不暇。從早到晚外出游獵，文武官員困乏不堪。直侍的官員，都把馬系在宮禁之內(nèi)；休假的官吏，都留下來充當(dāng)建筑的差役。朝中之士操勞憔悴，天下百姓財(cái)力殆盡，民眾當(dāng)中盼望動(dòng)亂的，十戶就有八戶。
司馬德宗的彭城內(nèi)史劉裕乘機(jī)在京口斬殺了徐州刺史桓..，與沛國(guó)的劉毅、東海的何無(wú)忌等收集部眾渡過長(zhǎng)江?；感谌位钢t為征討都督，召集侍從官員留住在宮禁之內(nèi)?；感w回到上宮，文武百官都步行跟從。又大赦揚(yáng)、豫、徐、兗、青、冀等六州。派頓丘太守吳甫之、右衛(wèi)將軍皇甫敷在江乘抗拒北邊的劉裕。劉裕斬了吳甫之，進(jìn)軍到了羅落橋，又?jǐn)亓嘶矢Ψ蟮氖准?jí)?；感砻嫔洗质柰?，骨子里怯懦恐懼，及至聽說兩將已死，主意已經(jīng)窮盡，無(wú)計(jì)可施，天天和巫術(shù)道士作詛咒制勝之法。于是他問眾人道：“我難道失敗了嗎？”黃門侍郎曹靖回答說：“神明發(fā)怒民眾忿怨，為臣實(shí)在憂慮恐懼?！被感f：“民眾忿怨尚可理解，神明為何發(fā)怒？”曹靖回答說：“遷走了晉朝的宗廟，使其祖宗飄泊沒有定所；大楚朝的廟祭，又不能及于祖先。這就是神明發(fā)怒的原因啊?！被感f：“你為何早不對(duì)我諫勸？”回答說：“朝中諸位君子都認(rèn)為大楚是堯舜之世，為臣怎么敢諫勸?！被感苫钢t、何澹之屯兵于東陵口，卞范之屯兵于覆舟山之西，兩下合兵共二萬(wàn)人。又派武衛(wèi)庾賾之配備精銳的士卒武器，前往援助桓謙等人?；钢t等大敗，桓玄揚(yáng)言要親往作戰(zhàn)，帶領(lǐng)子侄出南掖門，向西到達(dá)石頭城。先已派殷仲文在渡口準(zhǔn)備了船只，于是就一道乘船往南逃走。一連幾天找不到糧食，左右只得用粗糧做的粥送給他吃，難于吞咽下去?；感踊干胖晃辶鶜q，抱著桓玄的胸脯撫摸他，桓玄見狀悲不自勝?；感冻炙抉R德宗從尋陽(yáng)出發(fā)，到達(dá)江陵，西中郎將桓石康接納了他們?；感诮瓿悄洗钇饚つ?，設(shè)置文武百官，以卞范之為尚書仆射，殷仲文為徐州刺史，其余各官都予以顯要的任用?；感?duì)諸侍臣說：“你們都是通過清凈的途徑得以榮升，翼從于我的身邊，京都中那些竊居官位者正應(yīng)當(dāng)來軍門謝罪，等到他們看見你們?cè)俅芜M(jìn)入石頭城，你們就無(wú)異于云霄中的人了?！被感?yàn)樵谑√油鲋螅ε路畈荒苷C，就輕易動(dòng)怒妄殺無(wú)辜，越發(fā)變得暴虐。殷仲文對(duì)他進(jìn)行諫勸，桓玄大怒道：“漢高祖、魏武帝屢次遭遇失敗，只是因?yàn)樗麄兊牟繉⒆鲬?zhàn)失利而已。由于上天縱容邪惡，所以我回來以舊楚為都，但群小愚昧無(wú)知，妄生是非，正應(yīng)當(dāng)用威猛予以追究，不應(yīng)對(duì)他們施以恩惠?！鼻G、江一帶的郡守，由于桓玄流亡到此，都派使者來進(jìn)表交結(jié)，其中有不安定的言辭，桓玄一概不予接受，就命令所在各郡進(jìn)表慶賀他遷都之喜。桓玄在逃亡路上自己撰寫《起居注》，敘述他抗拒劉裕的事，自稱他的謀略沒有失誤之處，而是諸將違背節(jié)制調(diào)度，以至于失敗。他沒有時(shí)間去謀劃議論軍事，只是述說記錄他的經(jīng)歷而已。
劉裕派遣他的冠軍將軍劉毅從建鄴發(fā)兵，追擊桓玄。桓玄軍屢次打敗仗?；感?jīng)常在他的大船旁邊裝配輕便小舟以備不時(shí)之需，所以他的將士沒有斗志?；感箒G棄部下而逃，其余軍隊(duì)就依次崩潰逃散，他就與司馬德宗一起逃回到江陵。起初，桓玄把司馬德宗的妻兒留在巴陵，殷仲文與桓玄同在一條船上，就勸說桓玄尋找別的船只收集散軍，于是把司馬德宗之妻送回到建鄴?；感M(jìn)入江陵城，南平太守馮該勸桓玄再戰(zhàn)?；感胍霭l(fā)到漢中，投奔梁州刺史桓希，夜晚安排停當(dāng)將要出發(fā)，城內(nèi)已經(jīng)大亂，他的命令已不能執(zhí)行，只好帶領(lǐng)其心腹百余人往城北逃出。走到城門邊，左右就在黑暗中迎面砍殺桓玄，前后相互廝殺，人馬交錯(cuò)塞滿了道路?；感H僅得以逃到船上。司馬德宗則進(jìn)入了南郡府第?；感呀?jīng)下船，還想要往漢中逃走?；感耐万T校尉毛..之誘騙他進(jìn)入蜀地，他就同桓石康等人溯江而上。船到枚回洲，被益州參軍費(fèi)恬等人迎面射擊，箭如雨下。桓玄一中了流矢，他的兒子桓升就把箭拔出來。益州督護(hù)馮遷抽刀登上桓玄的艦船，桓玄叫道：“你是何人，敢殺天子！”馮遷說：“我就是要?dú)⒌籼熳拥哪尜\?！庇谑菙叵禄感约盎甘档热说氖准?jí)，把桓升斬于江陵街市，將桓玄首級(jí)傳送到建業(yè)，懸掛在朱雀門示眾。
桓玄已經(jīng)失敗，桓謙在沮中藏匿起來。桓振逃到華容水濱，暗中聚集黨徒數(shù)千人，在早晨襲擊江陵城，把它占領(lǐng)了?；钢t也就聚眾而出?；刚竦搅私?，打聽桓玄之子桓升之所在，得知桓升已死，就要?dú)⒌羲抉R德宗，桓謙苦苦相勸才得以住手。于是桓振等人就為桓玄舉哀，給他定謚號(hào)為武悼皇帝?；钢t率領(lǐng)群官又立司馬德宗為帝，桓振自任為都督八州、鎮(zhèn)軍將軍、荊州刺史，桓謙恢復(fù)原職，又加授江豫二州刺史。后來，司馬德宗的益州刺史毛璩在漢中殺了桓希?；刚袢肭纸?，被唐興所殺。他的其余親信隨從，有的當(dāng)時(shí)被擒獲，有的逃散到外地，幾年之間，全都被消滅。
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