馮子琮，字子琮，長樂信都人，北燕主馮弘的后代。祖父馮嗣興，任相州刺史。父親馮靈紹，任尚書郎、太中大夫。子琮官職顯貴后，朝廷贈封靈紹為開府儀同三司。

　　子琮聰明敏捷，被外祖父滎陽人鄭伯猷所奇異。最初繼承爵位為滎陽縣子。北齊天保初年，改封為長安縣男?；式ǔ跄?，任尚書駕部郎中，負(fù)責(zé)庫部。孝昭帝曾檢查府庫的簿冊，讓他用嘴陳述，他對答得沒有任何錯失。這時，南梁的丞相王琳要回國，孝昭帝命子琮同他一起行動，以觀察他的動靜。王琳即與馮子琮一起到鄴城，他很被王琳贊賞。子琮的妻子是胡皇后的妹妹，所以，天子下詔命他與胡長粲輔導(dǎo)太子。后來，他又轉(zhuǎn)任為太子中庶子。

　　后主天統(tǒng)元年(565)，武成帝禪位給后主，他對子琮說：“少主的左右，應(yīng)該安置正派的人。你心地坦蕩正直，我現(xiàn)在把后事委托給你?！弊隅w升為散騎常侍，奏報門下省的事情。不久，又兼任省祠部尚書。后來，他與胡長粲有矛盾，武成帝告誡他說：“唇亡齒寒，不要再這樣?！蔽涑傻墼跁x陽，居住在原來的宮殿，少帝沒有住的地方，便下詔命子琮監(jiān)造大明宮。宮殿建成后，武成帝嫌不夠高大宏麗，子琮說：“陛下您從小就繼承管理天下的大業(yè)，想養(yǎng)成淳厚節(jié)儉的風(fēng)氣，以昭示天下萬邦。再加上這座宮殿北面與皇宮相接，不應(yīng)該過于高大。”武成帝連連稱是。朝廷又命他監(jiān)修五禮，他與趙郡王高睿互爭異同，不分上下，很被人們所鄙視。

　　武成帝駕崩，和士開封鎖喪訊三天，子琮問他原因，他援引神武帝高歡、文襄帝高澄最初去世時，都密不發(fā)喪的事例，說幼主年幼，恐怕王公大臣會有二心，想把他們集合在一起，然后與他們認(rèn)真商議。當(dāng)時，趙郡王高睿早就參與了朝廷大事的謀劃，子琮平常知道和士開忌恨高睿和領(lǐng)軍婁定遠(yuǎn)，恐怕他假借武成帝的遺詔把高睿調(diào)出京城任外職，奪去婁定遠(yuǎn)禁衛(wèi)軍的權(quán)力，因而對他說：“已故的武成帝是神武帝的兒子，現(xiàn)今的皇上是先皇傳位的，群臣的榮華富貴，都是當(dāng)今皇上他們父子給的。朝廷一旦改易，群臣們一定沒有異志。時代不同，事情也不一樣，今天不能與過去相比。況且您已有數(shù)日不出宮門，先帝辭世升天的事情，走路的人都在傳說，長時間不發(fā)喪，恐怕會發(fā)生別的事變。”

　　發(fā)喪以后，元文遙因為子琮是胡太后的妹夫，擔(dān)心他會支持太后干預(yù)朝政，便勸說趙郡王高睿以及和士開，將他調(diào)出朝廷。任他為鄭州刺史。這不是后主的本意，所以對他賞賜十分豐厚。他轉(zhuǎn)任為滄州別駕，封為寧都縣伯。胡太后替齊安王納子琮的大女兒為妃，他又轉(zhuǎn)任吏部尚書。他的妻子胡氏放縱自己，公開請謁說情，收受的賄賂堆放得到處都是。地方長官的任命，先講定送給錢帛的數(shù)目，然后再奏聞太后。她請求辦的事情，沒有不成功的。子琮對她也不加禁止，聽之任之。他們向旁鄰的房宅開拓，擴(kuò)修家宅屋宇，夜以繼日，不曾停工休息過。斛律光率兵過玉壁，到達(dá)龍門。北周送來書信，需要另外商議。朝廷命子琮乘坐四匹馬拉的車趕赴斛律光的軍隊，與周朝將領(lǐng)韋孝寬當(dāng)面談判訂約。龍門等五座城池因此歸附北齊。后主認(rèn)為這是子琮的功勞，封他為昌黎郡公。遷升為尚書右仆射，仍負(fù)責(zé)銓選人才，侍中的職務(wù)不變。

　　和士開居于顯要的位置已經(jīng)很久。子琮過去曾經(jīng)依附過他，中間雖然有過嫌隙，后來逐漸彌合。士開的弟弟士休與盧家的女兒結(jié)婚，子琮為他奔走忙碌，與和士開府中的幕僚沒有兩樣。其時，朝廷內(nèi)外官吏的任免，大多由和士開擬議奏報。子琮既依仗有內(nèi)戚的關(guān)系，加上自己負(fù)責(zé)銓選人才，專擅權(quán)力，又受天子的寵愛，與和士開逐漸產(chǎn)生隔閡。此時，陸苓萱權(quán)勢震動天下，胡太后與她結(jié)為姊妹，而和士開與太后關(guān)系曖昧。子琮想暗中殺死陸媼及和士開，廢除后主而擁立瑯邪王高儼。他把這個打算告訴了高儼，高儼同意，便假借天子的詔命殺死和士開。高儼被捕，供出是子琮教自己這樣干的。太后惱怒，派人抓來子琮，派右衛(wèi)大將軍侯呂芬在內(nèi)省用弓弦將他勒死，派宦官用庫車載上他的尸體送回他家。他的兒子正在握槊游戲，聽說宮中庫車到來，以為又是朝廷賞賜的東西，非常高興，打開一看是父親的尸體，便哭了起來。

　　子琮多少有些鑒別人的能力，頗有公心。聲望隆重顯赫之后，完全改變了過去的品格，選拔引薦的官吏大多不是正派人物。只要與他關(guān)系密切，就是他們的子弟，也不按照品位次序，予以錄用。他又專門給自家的女婿謀求官職。女兒訂婚之后，他照例給女婿許諾官爵，不到一個月就能實現(xiàn)。頓丘的李克、范陽的盧思道、隴西的李胤伯、李子希、滎陽的鄭庭堅都是他的女婿，也都被破格提拔，他的驕縱自為就像這一樣。