沈鯉，字仲化，歸德人。祖父沈瀚，任過建寧知府。沈鯉，嘉靖年間鄉(xiāng)試中舉。師尚詔叛亂，攻占歸德，而后向西逃去。沈鯉謀思賊民必將再來，急忙告誡駐守大臣，捕殺城中與賊民勾通的人，嚴加防守。賊民返回，逼近城池，看見有了防備便離去了。有奸人倡議屠城，準備驅(qū)逐劫掠城中居民，沈鯉請求下令阻止，民眾這才安定。嘉靖四十四年(1565)，考中進士，改任庶吉士，授職為檢討。大學士高拱，是他的主考官和同鄉(xiāng)，在外以禮序見，但未曾因私事拜訪。神宗在東宮的時候，沈鯉任講官，神宗曾經(jīng)指令諸位講官在扇子上書寫文字。沈鯉書寫了魏卞闌的《太子頌》進奉，神宗要他很詳盡解釋大義。神宗做了贊美，使他備受寵愛。當神宗即位，因為在東宮任幕僚的恩惠，晉升為編修。很快晉升左贊善。每次秉直講授，舉止端莊雅正，陳說的事情獨合皇帝的心意。皇帝極為稱賞他。他接連遭受父母逝世的打擊，皇帝多次詢問沈講官在哪里，又詢問喪服期滿了沒有，指令讓他先補任講官。萬歷九年(1581)，返回朝廷。按理應(yīng)該暫停講授，皇帝特意命令延長一天，以示對他特別優(yōu)厚。

　　第二年秋天，晉升為侍講學士，再升任禮都右侍郎。不久改任吏部職，升任左侍郎。摒絕私交，推舉賢士不使人知曉。萬歷十二年(1584)冬季，任命為禮部尚書。離六品官任才兩年就做了正卿。不負眾望，當時的輿論沒有認為他升官太快。此后很久，《會典》撰成，他被加封太子少保。沈鯉起初做翰林官時，宦官黃錦攀同鄉(xiāng)送錢幣給他，他拒不接收。教導于內(nèi)書堂，侍講經(jīng)筵，都多次與大宦官接觸，未曾同他們交往。等到官階愈高，更加不與他們勾連，即使皇上下令以及政府的旨意，他也沒有徇私順從。

　　萬歷十四年(1586)春季，鄭貴妃生了兒子，加封為皇貴妃。沈鯉率領(lǐng)僚屬請求冊封皇長子，進而加封他的母親，神宗不同意。不久，他又以此勸諫，并請求寬恕因為建議立儲遭貶官的姜應(yīng)麟等人。違背圣旨，被痛加責備。神宗已對群臣的冊立請求一概拒絕，于是下詔稍候二三年再說。到了萬歷十六年，預(yù)定的時間已到，沈鯉拿著先前的圣旨堅持請求，神宗又不依從。

　　沈鯉一向正直、光明。他在禮部主持典禮，有許多建議?？紤]到時俗的侈靡，考察先朝的典禮制度，從喪祭、冠婚、宮室、器服來確定國家的制度，頒行全國。又因為士人的習尚不端正，請施行學政八件事。又奏請恢復(fù)建文的年號，重新審定《景帝實錄》，不要稱成阝戾王。大同巡撫胡來貢提議將北岳的祭祀移到渾源，他極力駁斥他沒有根據(jù)。太廟的祭祀，請將親王和諸位功臣移到兩邊的廂房，不要與皇帝、皇后混雜祭祀。將世廟的諸位葬在金山的妃子，配祭于永陵。各位帝陵的祭祀，請求分別派遣官員不要兼任。諸王和妃子的墳祝版稱謂不相配的，請全部重新確定。神宗擔憂旱災(zāi)，前往郊壇祈禱，議論分別派遣大臣到全國的名山大川祈禱。沈鯉勸諫，說使臣往來滋擾，恐怕又加重百姓負擔，奏請皇帝齋戒三日，用文告授予太常負責此事，罷除寺觀的祈禱，神宗大都同意了他的奏疏。鄭貴妃的父親成憲為父親請求撫恤，援引皇后的父親永年伯為例子，沈鯉極力駁斥。詔令給與五千金的葬禮費，沈鯉又稱過多了。順義王以三娘子為妻請求加封，沈鯉不給予她妃號，只稱夫人。道教真人張國祥稱肅皇在位長久，是虔誠信奉玄學修煉的結(jié)果，勸神宗效法，沈鯉彈劾國祥是詆毀圣祖誘導阿諛，請求將他以刑辟正法。事情也就中止了。秦王誼漶原是由中尉即位，卻請求封他的弟弟任郡王，中貴們替他請求，申時行也幫助他，沈鯉不同意。唐王府違反定制請求冊封妾的兒子，他堅持不同意，神宗都以特別圣旨予以批準。京師長期干旱，沈鯉陳述恤民的實政根本在于以推崇節(jié)儉戒除奢靡，并請求減少織造。不久，京師發(fā)生地震，又請求神宗謹循天戒，體恤百姓的貧窮。京郊大荒，他奏請皇上臣下多交流，話語很懇切?；实垡驗樗姆降臑?zāi)難，敕令朝廷大臣反省，沈鯉于是奏請大量減少營造的供給，以賑濟、救助百姓。神宗常常嘉許并接納了。

　　起初，藩府有事奏請，賄賂中貴為內(nèi)援，禮部大臣不敢違背，動輒如其所請。到了沈鯉執(zhí)政時，一概阻隔。得勢的宦官都很怨恨，多次借事端在皇帝面前挑撥。神宗漸漸開始生疑，多次責難他，并剝奪了他的俸祿。沈鯉從此有了辭退的想法。而且申時行懷恨沈鯉不依附自己，也忌恨他。一天，沈鯉請求告退，他便草擬旨令放他回鄉(xiāng)。神宗詢問“：沈尚書是位好官，怎么讓他離去？”傳旨告諭他留任。申時行更加忌恨。他的私交給事中陳與郊替別人求考官的職位沒有得到，怨恨沈鯉，囑咐同官陳尚象彈劾沈鯉。陳與郊又以險惡之言攻擊沈鯉，沈鯉更加請求辭職。神宗有意要重用沈鯉，暗地說：“沈尚書不通曉人意?！庇形焕蠈m人的侄子是宮內(nèi)小宦官，他跑去告訴沈鯉；司禮張誠也囑咐沈鯉的同鄉(xiāng)宦官廖某秘密地告訴了他。沈鯉一概拒絕了，說：“禁宮中的話，不是我敢聽的。”他們都恨恨而去。沈鯉最終多次上奏稱病回鄉(xiāng)。多次被推舉入內(nèi)閣或吏部尚書，都沒被任用。萬歷二十二年(1594)，要他出任南京禮部尚書，他推辭不就職。

　　萬歷二十九年(1601)，趙志皋去世，沈一貫獨掌國政。朝廷推舉內(nèi)閣大臣，詔令沈鯉官復(fù)原職并兼任東閣大學士參與機要事務(wù)，與朱賡同時受命。沈鯉多次推辭，神宗都不同意。第二年七月才入朝廷，當時年齡為七十一歲。沈一貫因為士人的心都傾附于沈鯉，很忌恨他，送信給李三才稱“：歸德公回來必定奪走我的職位，將拿什么對付他呢？”歸德是沈鯉鄉(xiāng)邑的名稱，想譏諷沈鯉推辭詔令。李三才回函，稱沈鯉忠誠實在，沒有其他心思，勸沈一貫與他同心執(zhí)政。沈一貫從此也不滿意李三才。沈鯉到任，詳細陳說路途所見礦稅的危害。隔日又與朱賡奏疏評論?；实鄱紱]有接納。楚地出現(xiàn)假王事件，禮部侍郎郭正域請求核查，沈鯉稱是。等到奸人所撰定的《續(xù)憂危..議》事發(fā)，沈一貫等人夸大其事，指令黨羽錢夢皋誣奏郭正域是沈鯉的門生，協(xié)力制造妖言，并且羅織沈鯉貪贓等數(shù)罪?；实鄄煊X其中的誣陷，沒有追究。然而沈一貫一伙派巡邏的士兵日夜率兵丁圍守他的官邸。不久事情解決了，又誣陷沈鯉有所詛咒。沈鯉曾在閣中放置小屏風，列寫有謹慎天戒、體恤民窮、開擴言路、轉(zhuǎn)發(fā)奏章、重用大官、補充庶官、起用廢棄者、舉行考選、釋放冤獄者、撤除稅使等十件事，而且上面書寫“天啟圣聰，撥亂反治”八個字。每次進內(nèi)閣，就焚香拜祝它，讒言的人于是指責這是詛咒。皇帝取去察看，說：“這難道是詛咒嗎？”讒言者稱“：他詛咒的話當然不說出口。”由于神宗對沈鯉深為了解，不相信此事。

　　在此之前，閣臣的奏揭不輕易呈入宮中，呈入的就沒有不答復(fù)的。當時朝廷內(nèi)外阻隔，奏揭繁多，大都留宮中而不下發(fā)。沈鯉認為失職，屢次稱病請求退休。神宗對他多方獎諭，但最終不答應(yīng)他的請求。萬歷三十二年(1604)，敘論平定皮林的功績，被加封太子太保。不久因官秩已滿，加封為少保，改任文淵閣。

　　沈鯉初次任宰相，就請求清除礦稅。在位幾年，多次因此勸諫。遇上長陵明樓遭災(zāi)，沈鯉告訴沈一貫、朱賡各寫一份奏章，等待時機呈上。一天下大雨，沈鯉說：“可以了?！眱扇嗽儐栐?，沈鯉說：“皇上厭惡談礦稅的事，奏疏呈入后大多不看，現(xiàn)在我們冒雨穿白衣到文華殿啟奏此事，皇上驚訝而后取奏閱覽，也是一個機會?！眱扇寺爮牧怂脑挕Ｉ褡诘玫阶嗍?，說：“必定有緊急的事?！遍喿嗪蠊恍膭?，卻不罷除礦稅。第二年夏至，沈一貫在休假，沈鯉、朱賡到仁德門朝賀。神宗賞賜御食，司禮太監(jiān)陳矩侍候，小太監(jiān)多次往來竊聽，并執(zhí)筆等候。沈鯉極力陳述礦稅危害百姓的情況，陳矩聽后也覺得凄慘。沈鯉進一步說“：礦使派出后，將天下名山大川的靈氣破壞殆盡了，恐怕對圣體不利。”陳矩嘆息著回去，詳細向皇帝述說了?；实垠@悚，派遣陳矩向沈鯉咨詢補救的辦法。沈鯉說“：沒有別的什么，趕緊停止開鑿，則靈氣自然恢復(fù)。”皇帝聽了后點頭同意。沈一貫擔心沈鯉獨占功勞，趕緊草擬奏疏呈上?；实鄄桓吲d，又終止了此事。然而過了一個月又下達了停止礦稅的命令，這是沈鯉的努力呀。

　　沈鯉遇事秉正不屈服。被沈一貫壓抑，志向得不到全面實現(xiàn)。而此時沈一貫多次被議論，稱病閉戶，沈鯉得以處理內(nèi)閣事務(wù)?；蕦O出生，詔令大赦天下?；鹿僬埱笳魇詹柘灪瓦^去的拖欠，沈鯉認為這有悖于圣上旨意，再次上奏，最終停止了這件事?；实鄣娜槟格词シ蛉私鹗?，她的丈夫任都督同知，死后，請求由侄子繼任。沈鯉稱都督不是世襲的官職，事情才作罷。真人張國祥稱皇孫的誕生，自己有祝愿賜予的功勞，請求三代享有皇帝的賜令并且世襲詹事主簿。沈鯉極力斥責他的荒謬，于是賞賜給他金幣。神宗聽信宦官之言，準備考察核實京郊的牧地，詔諭沈鯉撰寫敕令。沈鯉勸諫“：近年來，百利的源頭，都被朝廷掌握，我經(jīng)常擔憂事情到了極點產(chǎn)生變故。況且這些牧地，難道真的有豪右隱瞞新開墾地沒科稅？奸民的傳言，未必值得相信。”事情遂得終止。云南的武弁殺了稅使楊榮?；实酆軔琅瑴蕚渑汕补賳T將他們逮捕懲治。沈鯉詳細陳述了楊榮的罪狀，請求誅殺帶頭殺楊榮的人，而寬免其他的人，于是果然沒有廣泛拘捕。陜西稅使梁永請求負責鎮(zhèn)守的事務(wù)，也因為沈鯉的勸諫作罷。遼東稅使高淮假借進貢的名義，率領(lǐng)所統(tǒng)領(lǐng)的兵丁來到京師城門。沈鯉半夜密奏此不能行，皇帝下詔指責高淮而阻止了他。當時沈一貫雖然稱病閉門在家，而奏章大多送到家中由他擬旨，沈鯉極力數(shù)說這沒有先例。

　　沈鯉既然與沈一貫積怨，沈一貫即將離職，顧慮沈鯉在職，給自己留下后顧之憂，想與他一起離開內(nèi)閣，秘密傾覆他。神宗也嫌沈鯉剛正，趁著沈鯉請求退休，于是指令他與沈一貫一起退休。朱賡上奏請求挽留沈鯉，沒有答復(fù)。抵家后，他上奏答謝，仍然極力陳述懈怠政務(wù)的弊端，顯明進取規(guī)章。他八十歲時，神宗派官去探視，賞給他銀兩。沈鯉上奏答謝，又陳述當時政治的要務(wù)。又過了五年沈鯉去世，享年八十五歲。贈封為太師，謚號文端。