孫瑋，字純玉，陜西渭南人。萬歷五年(1577)進士，任命為行人，提升兵科給事中。彈劾中官魏及、東廠辦事官鄭如金的罪行，鄭如金被皇帝下詔定罪。二人都是馮保的心腹。

　　當初，張居正因為刑部侍郎同安洪朝選減輕遼王的罪責而懷恨在心。后來勞堪巡撫福建，迎合張居正的意圖，含蓄地暗示同安知縣金枝搜集摘取洪朝選的事情，勞堪趕緊上奏奏明，命令還沒有下達，就將他逮捕關進了監(jiān)牢，三天不讓他吃飯，餓死了，禁止裝殮，尸體在牢獄里腐爛了。勞堪不久征召升為左副都御史，人還沒有到北京張居正就已死了。洪朝選的兒子、都察院僉校洪競到城門下叫冤，勞堪又飛快寫信給馮保，剝奪了洪競的官籍，受廷杖刑然后遣送回家。直到此時，孫瑋向皇帝揭發(fā)了這件事以及勞堪各種貪婪暴虐的情形，免了勞堪的官。不多久，洪朝選的妻子上訴冤屈，丘木舜也為他申訴，洪競又援引胡木賈、王宗載的故事，請求和勞堪一起死，于是將勞堪流放戍邊。

　　這個時候，廠衛(wèi)繼承馮保的余威，隨便接受老百姓的訴訟官司；巡撫巡按官員尋訪察問奸情，大多連累無辜的人；有關部門斷案，往往在本罪之外加重刑罰，皇帝喜歡用“立枷”，重達三百多斤，受這刑的人馬上就死。孫瑋都極力陳述它們的危害。下詔除“立枷”照原樣外，其余的都按孫瑋說的改了。因為母親病了，不等皇帝命令就擅自跑回家，被定罪貶職為桃源縣主簿。過了很久，調任提升為太常寺卿。

　　萬歷三十年(1602)以右副都御史的身份巡撫保定。朝鮮戰(zhàn)爭期間駐兵天津，每月六萬兩糧餉，都從民間征集。前任巡撫汪應蛟役使士兵大修水田，收獲所得充為軍餉。孫瑋繼承他，開墾田地更多，從而免除另外加派賦稅。連年遭災，不是旱災、蝗災就是大水，莊稼歉收，孫瑋想方設法賑救災民，皇帝也時常從國庫拿錢出來幫助他。上報救荒措施，都答應了。京城附近的礦使是其他省份的一倍，礦開采完了搜刮卻沒有停止，到了每年責備百姓賠償貢納的地步。孫瑋多次上疏陳述它的危害，并且條列了天津稅使馬堂的六大罪狀，皇帝都不省悟。

　　升任兵部侍郎，征召任命為右都御史，監(jiān)督倉場。提拔為戶部尚書，依舊監(jiān)督倉場。大官多有空缺，命令他代理軍政。不久，又兼理兵部。孫瑋說：“陛下把國家的三個大印都交給卑職，難道國家真的沒有人才嗎？據卑職所知，大官就有呂坤、劉元震、汪應蛟，一般的官僚就有鄒元標、孟一脈、趙南星、姜士昌、劉九經，臺諫官就有王德完、馮從吾等一批人，都是道德品行雙美之士，足以擔當重任。假使再過幾年，陛下想要用他們，已經不能夠了。”皇帝不聽。

　　都御史自從溫純離開后，已經空缺八年了。等到萬歷四十年(1612)十二月，在外官員的考期臨近，才命令孫瑋以兵部尚書的身份掌管左都御史的事情。孫瑋的聲譽一向很好。正準備整頓紀律，但這時朋黨勢力已經形成，言路勢力強盛，趕上南畿巡按御史荊養(yǎng)喬同提學御史熊廷弼相互攻訐，孫瑋奏議將熊廷弼解職，等候調查。熊廷弼的同伙官應震、吳亮嗣等一幫人于是接連上疏攻擊孫瑋。孫瑋多次上疏乞求辭職，皇帝都安慰他讓他留下來。沒過多久，吏部按每年慣例派二御史外出，沒有告知都察院，孫瑋以為自己失職，便更加請求離職，上了十多道疏。第二年七月在文華門磕頭，到城門外等候命令。到了十月份，才批準告老還鄉(xiāng)。

　　天啟元年(1621)，起用為南京吏部尚書，改任兵部，參贊機要事務。三年征召授職刑部尚書。拘囚的罪犯太多，以至于監(jiān)獄都容納不下。孫瑋請求讓京都附近的州縣就地拘囚。內使王文進殺人，交給司禮判罪，他的同謀交給法律部門。孫瑋說一件案子不能分在兩個地方，請求將王文進一起下獄，皇帝不聽。這一年冬天，以吏部尚書的身份又一次執(zhí)掌左都御史的事情，多次以年老多病相推辭，不準。第二年秋天，病重，上疏說：“現在天災不斷，民不聊生。對內則國家堪憂，對外則邊防不穩(wěn)。法紀松弛，人心渙散。陛下想要國家太平，應該先安定民心，要想安定民心，應該先起用好人。原來的輔臣劉一火景，憲臣鄒元標，尚書周嘉謨、王紀、孫慎行、盛以弘、鐘羽正等，侍郎曹于汴，詞臣文震孟，科臣侯震..，臺臣江秉謙，寺臣滿朝薦，部臣徐大相，都是老成持重、品行正直的人，卻埋沒民間，多么令人感嘆、惋惜。倘若蒙陛下選拔起用，一定能夠發(fā)揚美德、杜絕邪惡，替陛下安撫民心。卑臣懇切希望陛下節(jié)制欲望以保養(yǎng)圣體，勤奮學習以增進美德，態(tài)度寬厚以增廣言路，決斷英明從而掌握國家大權。臣患病太重，沒有機會報答皇上，冒昧地竭盡我微小的心意，權當以死勸諫。”不久逝世，贈為太子太保。魏忠賢當權，陜西巡撫喬應甲彈劾孫瑋平素與李三才、趙南星結黨，不應當貪圖冒領皇上的恩恤?；噬舷略t將誥命收回，剝奪他的蔭庇。崇禎初年又予以恢復。后來謚號為“莊毅”。