臺灣海防兼南路理番同知（督臺、鳳、諸三縣捕務(wù)），光緒元年欽差沈葆楨奏改為卑南同知，仍兼南路理番，移駐卑南覓社，管帶綏靖軍一營，安輯后山一帶番民，臺灣海防缺裁。

秩正五品職，任稽查臺、澎各港口船只出入事務(wù)；雍正初年添設(shè)淡水縣海防同知、澎湖通判。淡水一帶海口船只，歸淡水廳稽查；澎湖一帶?？诖唬瑲w澎湖廳稽查。乾隆三十四年，復(fù)于彰化之鹿港地方，添設(shè)鹿港同知。彰化一帶海口船只，婦其稽查。本廳則稽查鹿耳門港、大港、旗后港、東港出入船只。又志云：茄藤港凡大小商船、漁船、艇船等出口，均有規(guī)費。按定梁頭之大小，或百余元，或數(shù)十元，或十余元不等。臺防分府專恃此類津貼辦公諸費。設(shè)有配運總科，承辦船務(wù)。又設(shè)有金迎祥、金安瀾等報銷，以報船只出入。凡漳、泉各府船只一到，由報館送牌呈驗，船內(nèi)貨物起卸裝載完備，仍由報館繳費領(lǐng)牌出口。將出口時，分府憲派家丁及書差會同武口汛弁，前往船上查明果無私載違禁、漏稅貨物，然后聽其開棹。自臺防廳移住卑南而后，各口船發(fā)出入，由各縣委派家丁，書差查驗；又安、鳳二屬放■〈纟索〉、新港、搭樓三屯化番事務(wù)，亦歸管理。計屯千總一員、把總一員、外委三員，均屬轄下。有出缺者，徑詳?shù)缿椏简灠窝a(bǔ)。屯餉亦歸散放；番黎控爭事件，亦歸審判。設(shè)有理番經(jīng)承，辦理屯政。又，海東書院產(chǎn)業(yè)，從前亦歸管理，每月應(yīng)發(fā)膏伙、山長束修及諸款項，由監(jiān)院申請給發(fā)。設(shè)有膏伙書經(jīng)，承其事。光緒初年，改卑南廳后，海東產(chǎn)業(yè)，道憲札歸海東監(jiān)院兼理。又，大南門外之竹溪寺，系前分府憲所建；油香田園，亦其所充。寺中住持僧，必向本衙門稟請頂充。

衙署在西定坊西向（舊在鹿耳門，雍正八年移駐于此），署后有內(nèi)省軒（同知何愷建）、澹懷軒、研北書屋（俱同知朱景英建，錄縣志）。按分府署前為照墻，環(huán)以木柵，有東西兩轅門，對墻者為儀門，儀門內(nèi)左為禮房、工房、福德祠，右為兵房、承發(fā)房、皂快班房，中為大堂，大堂后為川堂，川堂后為花廳，花廳后為內(nèi)眷住宿之所。澹懷軒即花廳。研北書屋在花廳之左，內(nèi)省軒在內(nèi)署后。研北書屋之左有媽祖廳，奉祀天上圣母。光緒元年，臺防同知改為卑南同知，移駐卑南，臺灣鎮(zhèn)軍暫借為行臺（因撫軍駐鎮(zhèn)署，故鎮(zhèn)憲借寓于此）。后鎮(zhèn)憲回駐本轅，分府署仍舊空虛。光緒十四年，詳準(zhǔn)改為按司獄衙門。監(jiān)獄在其左焉。

俸薪年給銀八十兩，養(yǎng)廉年給銀五百兩（鳳山縣解二百兩，諸羅縣解三百兩，錄府縣志）。又，以大小船只出口領(lǐng)牌費為津貼辦公之用。

額設(shè)左典吏一人、右典吏一人，兵房、工房、禮房、承發(fā)房，另外又有配運總科、理番總科，每房、科首書一人，供應(yīng)公事，幫書則多少不等。又有膏伙房，辦理海東膏伙事件。

配運總科，經(jīng)承配運臺灣倉榖，供福建內(nèi)地兵食。配多、配少，以船之梁頭為定。自一百八十石起，至三十石止。凡大小船只出口，均有規(guī)費，名曰「領(lǐng)牌費」，由其鳩收轉(zhuǎn)繳分憲，并協(xié)同分憲丁差、武口汛弁查驗進(jìn)出口有無私載違禁貨物。此科書辦，隨任更換，不專一人，由新任者批準(zhǔn)何人頂充。要充當(dāng)配運首書，須先繳典規(guī)二、三千元。因領(lǐng)費配運首書，應(yīng)得四分之一為辦公諸用，有盈余故也。按姚石甫籌議商運臺谷，云閩省內(nèi)地，水陸官兵五十三營，與駐防旗兵不下十萬，歸征糧米，惟延平、建寧、邵武、汀州、興化五府產(chǎn)米之區(qū)給兵外，尚有余米以濟(jì)他府。福州、福寧、泉州、漳州四府，兵多米少，協(xié)濟(jì)猶不足，則半給折色，督標(biāo)金廈、漳鎮(zhèn)、銅山、云霄、龍巖、南澳諸營，有全折者。雍正間，先后題請半支本色，于臺灣額征供粟內(nèi)撥運。又增給戍臺兵眷米，亦以臺榖運給。于是，臺灣歲運內(nèi)地兵眷米谷八萬五千二百九十七石，有閏之年八萬九千五百九十五石。乾隆十一年，巡撫周學(xué)健奏定分配商船運赴各倉，此商運臺榖所由來也。商船之大者，載貨六、七千石，小者載貨二、三千石。定制梁頭寬二丈以上者，配官榖百八十石；一丈六尺以上者，配一百三十石。每石給運腳銀六分六厘。嘉慶十四年，總督方維甸以臺榖積滯，奏開八里坌口（八里坌臺北港口），與鹿耳門、鹿港一律配運。凡渡海漁船梁頭寬五尺以上至一丈二尺者，皆令配榖三十石至八十余石。然奸商詭譎，往往減報梁頭，巧為規(guī)避，官榖積滯如故。后有欲除其弊以恤商，議罷商人配榖，請官船海運，以語臺灣縣姚瑩（石甫其字也）?，撋蠗l陳以阻之?？偠节w文恪深以為然。繼而臺灣各官會議，亦皆謂商運不可罷。時，福建巡撫孫爾準(zhǔn)，以改折抵餉之說，密訪于臺灣府方傳穟。傳穟詳覆，亦以為不可。孫公納之。文恪與傳穟書曰：此閱陳議所見正同。事關(guān)國制不可不盡言也。然已違眾議，不罷商運（以上錄「東槎紀(jì)略」）。究之臺地配榖，僅有其名，私皆易銀置貨，其返也亦折色交倉，不可，然后買榖以應(yīng)。官吏挾持為利，久之遂成陋規(guī)（趙慎軫賜謚文?。?。

理番總科經(jīng)承所管放新搭屯政及近山一帶設(shè)置通事、土官、隘丁事務(wù)，凡遇新官到任，通事土官必繳舊戳，換給新戳，屯兵腰牌亦歸辦給，一切撫墾事宜、屯番互控案件，概歸經(jīng)承。

禮房經(jīng)承一切祭祀事務(wù)。竹溪寺稟充往持僧亦歸送稿，每月配運科貼費金三元。又各房書辦頂充革故，均由注冊。兵房經(jīng)承配運軍械及戍臺班滿兵丁分起送回內(nèi)地、故兵骨骸暨解省命盜各獲船只遭風(fēng)救護(hù)、一切海防應(yīng)辦事件，凡各班役頂充革故，均由登注卯冊。

工房經(jīng)承開通河港、道路，商民、漁戶修造船只以及地震回祿化番互控、房屋地基事務(wù)。

承發(fā)房經(jīng)承收發(fā)一切公事、登記號簿、化番控爭戶婚、田土事務(wù)。

膏伙房經(jīng)承征收海東書院產(chǎn)業(yè)生息銀元以便逐月海東監(jiān)院請領(lǐng)膏伙及山長束修、監(jiān)院薪水等費，就額設(shè)步快、皂隸稟派兩名，為膏伙差。

額設(shè)門子二名、步快八名、轎傘扇夫七名，共一十七名，每名年給工食銀六兩。又勻給銀二錢，共給銀一百五兩四錢。又，嘉義縣原解皂隸一十二名工食銀七十四兩四錢，乾隆十年改歸臺邑就近解給，年共給役食銀一百七十九兩八錢（錄臺灣縣志）。