2000年底“夏商周斷代工程”告一段落后，在國家科技計劃的大力支持下，由中國社會科學院考古研究所和北京大學考古文博學院作為牽頭單位，組織全國五十余家科研單位的400余名科研人員，以田野考古為核心，以自然科學與人文社會科學聯(lián)合攻關為手段，分若干階段實施了“中華文明起源與早期發(fā)展綜合研究”（簡稱“中華文明探源工程”）重大項目。
2020年底啟動了中華文明探源工程第五期研究，自開展以來，在如下幾個方面取得了較大的進展：
三星堆祭祀?yún)^(qū)3號坑
其一，開展了系統(tǒng)的田野工作，20余處田野工作項目取得了重要突破，其中三星堆、雞叫城遺址兩項工作獲評國家文物局2021年度“考古十大發(fā)現(xiàn)”。
其二，年代學課題對重點遺址的關鍵時間節(jié)點有了新的認識，也嘗試采用不同測年技術探索古代遺存的絕對年代。對以石峁為中心的中國北方長城沿線石城和大型聚落的年代研究取得了突破性進展。
其三，古環(huán)境研究進一步揭示了不同遺址所在區(qū)域的基本環(huán)境特征及主要的環(huán)境變化過程存在顯著差異。
其四，生業(yè)課題發(fā)現(xiàn)，在中華文明的起源與早期發(fā)展階段，生業(yè)經(jīng)濟模式反映出明顯的區(qū)域差異，并在文明化進程中有不同的區(qū)域演變模式。
其五，手工業(yè)經(jīng)濟專門化是各地區(qū)文明起源進程中的主要表現(xiàn)，不同區(qū)域文明對手工業(yè)生產(chǎn)體系的控制能力和控制程度存在明顯差別，因資源、技術差異有不同體現(xiàn)，但集中的專門化和規(guī)?；a(chǎn)是各區(qū)域社會復雜化的共同特征。
其六，項目組以體質人類學、病理學、分子生物學和同位素分析技術，對中華文明起源與早期發(fā)展階段的人骨材料，以不同地區(qū)的人群流動與飲食結構為研究目標進行集中攻關，為早期人群遷徙、流動和社會文化發(fā)展提供了新的線索和實證。研究發(fā)現(xiàn)，中國新石器時代存在的五種生業(yè)經(jīng)濟類型與齲病存在直接的對應關系。同時，項目嘗試利用人類骨骼開展行為重建工作，探討古代社會勞動分工、社會等級差異、經(jīng)濟模式等。
湖南澧縣雞叫城遺址
項目組在兩年的研究中，進一步確認，中華大地內(nèi)部具有多個地理單元，不同的環(huán)境導致了不同的經(jīng)濟形態(tài)、孕育了不同的文化，各地的文明化進程各具特色，呈現(xiàn)出多元起源、豐富多彩的樣態(tài)。另一方面，各區(qū)域的史前文化密切聯(lián)系，交流融合，形成了共同的文化基因，由此奠定了統(tǒng)一多民族國家形成與發(fā)展的基礎。在中華文明形成和發(fā)展過程中，始終保持開放包容的態(tài)度，積極吸收其他文明的先進文化因素，在此基礎上不斷創(chuàng)新，延綿不絕。
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