袁世凱做夢也想不到這件刺宋案只是三四天就被破獲。
宋死后的當(dāng)天，黃興和陳其美就聯(lián)名致電上海的閘北警局和上海租界總巡捕，請其加緊偵探，緝捕兇手。當(dāng)時上海電報局局長吳佩璜，是奉陳的命令擔(dān)任情報工作的同志，陳令吳詳查各方來往電報，發(fā)現(xiàn)了不少線索。同時有一個買賣古董字畫的河南人王阿發(fā)前往四馬路中央捕房報案，遂使這一駭人的政治謀殺案水落石出，真相大白。王在捕房說：
“十天前我在文元坊應(yīng)桂馨的家里兜賣古董，因為應(yīng)是我的老主顧，平素很熟，應(yīng)這天拿了一張照片叫我在某時某地把這個人暗殺掉，許以事成之后給我一千元作報酬，我因為只懂得作買賣，從沒殺過人，因此不肯承擔(dān)這件事。當(dāng)時我并不知道照片上的人是誰？今天我在報上看見宋先生的照片，正是應(yīng)桂馨叫我去暗殺的人，我相信如果找到了應(yīng)，便可找到兇手?！?br/>
上海捕房根據(jù)王阿發(fā)提供的線索，于3月1日派偵探到湖北路迎春坊228號妓女胡翡云（原名李桂紅）的家中捉到了應(yīng)桂馨。第二天繼續(xù)搜查文元坊的應(yīng)宅，又在宅內(nèi)捉到了正兇武士英，就是他在車站開槍狙擊宋的，同時又搜出應(yīng)桂馨和內(nèi)務(wù)部秘書洪述祖往來的密電本及函電多起載、明清之際王夫之等人將有無之辨與元氣論相結(jié)合，認(rèn)為，五響手槍一支，還有其他證據(jù)多件。從這些證件中證明：
殺人的主使者是大總統(tǒng)袁世凱，同謀犯是國務(wù)總理趙秉鈞，擔(dān)任聯(lián)絡(luò)的是內(nèi)務(wù)部秘書洪述祖，布置行兇的是上海大流氓應(yīng)桂馨，直接行兇的是失業(yè)軍痞武士英。
根據(jù)江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎后來制版公布的刺宋兇手鐵證，有以下各種，足以證明上面幾個人與宋案有關(guān)：
一、民國二年一月十四日趙秉鈞致應(yīng)函：密碼送請檢收，以后有電，直寄國務(wù)院可也（外附密碼一本，上面注明國務(wù)院應(yīng)密，民國二年一月十四日）。
二、應(yīng)寄趙的“應(yīng)密冬電”內(nèi)有：民黨主宋任總理。已由日本購孫、黃、宋劣史，印十萬冊，擬從橫濱發(fā)行。
三、民國元年二月一日，洪述祖致應(yīng)桂馨函：大題目總以做一篇激烈文章方有價值也。二月二日洪致應(yīng)函：弟須于事前逕電老趙索一數(shù)目。
四、洪稱應(yīng)為弟，應(yīng)稱洪為蔭之老伯。
五、二月四日洪致應(yīng)函：冬電到趙處，即交兄（洪自稱）手，面呈總統(tǒng)，閱后頗喜，說弟頗有本事，既有把握，即望進(jìn)行。
六、二月廿二日洪致應(yīng)函：來函已面呈總統(tǒng)、總理閱過。以后勿通電國務(wù)院，因智（稱趙秉鈞）已將密本交來，統(tǒng)歸兄一人經(jīng)理。
七、三月十三日洪致應(yīng)電：毀宋酬勛位，相度機宜，妥籌辦理。
八、三月十四日應(yīng)致洪“應(yīng)密”寒電：梁山匪魁四出擾亂（按此系指宋在各大城市演說指責(zé)袁世凱），危險實甚，已發(fā)緊急命令設(shè)法剿捕之。
九、三月廿一日應(yīng)致洪“川密”個電：匪魁已滅，我軍無一傷亡。
刺宋案破獲得如此迅速，絕非袁世凱所想得到，主要原因由于案子發(fā)生在上海，不是在袁勢力下。袁在此以前也使用過好多次政治暗殺，都得心應(yīng)手，死無對證，除了辛亥年吳祿貞被刺一案前面已經(jīng)提過而外，泄露在外的還有這么兩則：
一是在南北和議成立后，革命志士羅明典、吳定安聯(lián)名發(fā)表告國人書，揭破袁的政治陰謀，不久有人到旅館去拜訪他們，表示敬意，以后便經(jīng)常請他們吃酒看戲，一連有一星期之久。有一天那人又約了另一個人來，請他們在齊化門外二閘觀水，他們四人分別乘兩部馬車前往，走到城外荒僻地點，那兩個人抽出刀子把羅、吳二人殺害后拋尸而去。吳定安的朋友帥根坤找到了兩人的尸體，即向法院控告，法院置之不理。
另一則是清末年，河南人曾廣福兄弟四人，因為上書攝政王載灃被遞解回籍，民國成立后又因反袁再被遞解回籍，途中遭人暗殺，尸體沒有下落。
上述這類暗殺，因為被殺的人沒有背景和社會地位，所以死了不為人所關(guān)心。宋教仁不同了，他是赫赫有名的革命領(lǐng)袖，又是國民黨的領(lǐng)導(dǎo)人，他遭暗殺當(dāng)然被全國甚至國際上所注意的。
依照前述的刺宋證據(jù)看來，袁刺宋不僅事先知道，且與趙秉鈞共同制定了暗殺計劃，通過洪述祖物色到應(yīng)桂馨。應(yīng)是個流氓頭子，洪于1月14日發(fā)給應(yīng)一本密碼電本“應(yīng)密”，令應(yīng)直接和國務(wù)院通電聯(lián)系，后來因為趙太忙，乃派洪述祖到上海和應(yīng)接頭。洪赴上海接洽畢回到北京，把經(jīng)過報告袁和趙，袁答應(yīng)“毀宋酬勛位”，洪電應(yīng)以后電報由洪轉(zhuǎn)，不要直接向國務(wù)院聯(lián)系，怕國務(wù)院人多嘴雜，容易把機密文件泄漏。洪給應(yīng)電報中要他作一篇“激烈文章”，就是催應(yīng)提前動手的隱語。
應(yīng)桂馨和武士英被捕后，在捕房中口供是：
應(yīng)桂馨又名應(yīng)夔丞，是“中國共進(jìn)會的會長”，據(jù)應(yīng)自稱共進(jìn)會有會員一萬萬人。
武士英山西人，年22歲，曾在云南當(dāng)過營長，被裁后流浪來上海。他的供詞中說：“宋案是我一人下手，與應(yīng)夔丞無關(guān)。”
應(yīng)夔丞在辛亥革命前是青紅幫頭目，武昌起義時，幫會頗有貢獻(xiàn)，其組織改名共進(jìn)會，自以有功，驕恣跋扈，為害地方，浙督朱瑞要拿辦他，黎元洪為之緩頰。應(yīng)到湖北后又勾結(jié)軍隊，所行不法，黎亦通緝他，他乃投奔蘇督程德全，又曾赴北京商榷改組共進(jìn)會，遂與洪述祖互相勾結(jié)。
洪述祖早年在臺灣胡作非為，臺灣巡撫劉銘傳擬將其正法，辛亥革命時在上海和應(yīng)夔丞一塊，據(jù)說他小有文才，唐紹儀組閣時本有意任命他為內(nèi)閣秘書長，后來發(fā)覺他不正派，才改派魏宸組，洪于是被趙秉鈞延攬為內(nèi)務(wù)部秘書。
由于宋案急轉(zhuǎn)直下，不僅兇手被捕，而且鐵證如山，足以證明袁世凱、趙秉鈞都是主謀殺宋的人，使得袁、趙非常難堪，不得不做一篇遮蓋文章。這篇文章表面上看起來是一篇倒亂千秋的手筆，據(jù)說由“智多星”趙秉鈞想出“移尸嫁禍”的妙計。這篇文章是于3月26日以國務(wù)院名義通電各省，內(nèi)稱：“據(jù)應(yīng)夔丞23日函稱，上海發(fā)現(xiàn)一種監(jiān)督政府裁判機關(guān)，其宣告文內(nèi)列有宋教仁、梁啟超、袁世凱、趙秉鈞、汪榮寶等罪狀，特先判處宋以死刑，即時執(zhí)行”云云。趙想以此轉(zhuǎn)移國人視線，把梁啟超、汪榮寶等風(fēng)馬牛不相及的人物列為陪客，并且把殺人主使犯也擺在一起，以為這樣就能混淆事實，就能使人相信上海真有這樣一個暗殺組織，這個組織不但要暗殺國民黨領(lǐng)袖，也要暗殺其他政黨領(lǐng)袖，甚至還要暗殺北京政府的首腦。
袁為了表示“壞我棟梁”，乃命工商總長劉揆一以吊喪為名，到上海來疏通黃興。他殺了一個湖南人，卻請出一個湖南人到上海來疏通另一位湖南人。劉揆一也是國民黨，竟為了一個總長地位，不惜替袁作說客，黃興對劉毫不客氣，他弄得很沒趣，回到北京后便向袁稱病辭職。
上海地方檢察廳公然宣布要票傳趙秉鈞出庭，這一來可把袁和趙搞得很頭痛，他們也妙，只好橫了心黑了臉，宣布在北京破了一個暗殺組織，名叫“血光團(tuán)”，黃興是團(tuán)長，北京法院也要票傳黃興。袁的嫡系報紙《北京國報》公然用大字標(biāo)題“偉人造反”，說湖北季雨霖謀反，是黃興主使。而國民黨的報紙則大字標(biāo)題“總統(tǒng)殺人”以做報復(fù)。
應(yīng)、武兩犯是于4月16日由上海租界的會審公堂移交給上海地方檢查廳看管的。江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎親自從南京到上海來，會同上海地方檢查廳長陳英，在上海交涉員署內(nèi)執(zhí)行檢查手續(xù)。
4月26日江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎發(fā)表通電把有關(guān)宋案的證件全部發(fā)表。袁命令北京的司法部通電否認(rèn)地方長官有宣布宋案證據(jù)之權(quán)，認(rèn)為這樣是干涉了司法獨立。
宋案發(fā)生牽連到趙秉鈞后，趙很沒趣，袁也很光火，于是趙乃避嫌辭職，袁在趙辭呈上批為準(zhǔn)予請假暫時休息。4月3日趙在北京《新紀(jì)元報》發(fā)表了一段談話，把他自己說成是宋教仁的最好朋友，他說：“我和鈍初一任內(nèi)務(wù)一任農(nóng)林，以同僚而為至友，他住西直門外農(nóng)事試驗場，離城十里，有時天晚來不及出城，他總住到我家中，我們感情甚洽，無話不談。他離北京南下時，欠了五千余元的債，都是我替他償還的。”
當(dāng)孫中山把中華民國大總統(tǒng)讓位給袁世凱時，革命黨對袁修筑了三道圍墻：一是臨時政府設(shè)于南京，二是袁必須到南京就職，三是袁發(fā)誓必須遵守《臨時約法》。
可是袁在宣布要南下時，在北京制造了兵變事件，于是臨時政府設(shè)在南京的計劃為之粉碎，袁也不需南下就職。其后唐紹儀辭職和軍警威脅臨時參議院，把遵守《約法》的規(guī)定也粉碎了。孫中山和黃興到北京參加巨頭會議，本想用至誠感人的方法，使袁改邪歸正，為了委曲求全，在“四巨頭宣言”中，連遷都南京和貫徹責(zé)任內(nèi)閣主張都沒有提出來。在袁看來，不是革命領(lǐng)袖寬宏忍讓，而是認(rèn)為他可以用花拳繡腿的手段來對付革命黨，因之鼓勵了袁的予智自雄的野心。自唐紹儀被迫辭職后，責(zé)任內(nèi)閣的路袁是絕對不走的，即使宋教仁組閣，袁也不會放松。張振武案不了了之，使袁膽子大了，認(rèn)為可以用血案來解決政治問題，宋案就在這時發(fā)生。
3月25日，孫中山自日返抵上海，距離他2月11日赴日考察，前后不過一個半月。孫登岸后即邀集在上海的國民黨領(lǐng)袖在上海同孚路廿一號黃興寓邸會商宋案應(yīng)付辦法，安徽都督柏文蔚也托詞到上海省親，參加了這個會議。這時袁向五國銀行團(tuán)進(jìn)行大借款的消息也傳到上海，國民黨認(rèn)為這是袁恃以發(fā)動內(nèi)戰(zhàn)的軍費來源，更加憤慨。孫和戴傳賢主張用兵。孫中山有“聯(lián)日速戰(zhàn)”的討袁方略，主張國民黨應(yīng)該先發(fā)制人，通電各國阻止大借款，并由國民黨控制下各省區(qū)組成討袁軍。黃興對這個計劃不贊成，他認(rèn)為在國際方面中華民國還沒有被任何一個國家承認(rèn)，邊疆形勢日益險惡，如果國內(nèi)再發(fā)生戰(zhàn)事，中國豈不成為朝鮮第二；至于在國內(nèi)的形勢對比，國民黨不敵北洋派，因為革命陣營中許多意志薄弱只想做官的人，都已經(jīng)投向北洋派了，國民黨控制的地區(qū)僅只有江西、湖南、安徽、廣東四省，而這四省的內(nèi)部也并不統(tǒng)一，國民黨必需量力而行，知彼知己。
由于國民黨多數(shù)領(lǐng)袖主張避免使用武力而采循法律途徑，因此經(jīng)由江蘇都督程德全建議袁成立一個特別法庭，推黃郛為主裁，王寵惠、伍廷芳為承審官，以避免來自任何方面的壓力，全權(quán)處理宋案。袁表面上接受，卻由司法總長許世英以“不合編制”為借口而反對成立這個法庭。
黃興主張不用兵可于他致袁的秘書長梁士詒一電中看出。3月27日黃電梁：“宋案連日經(jīng)英廨審訊，聞發(fā)現(xiàn)證據(jù)頗多，外間疑團(tuán)實非無關(guān)。興以鈍初已死，不可復(fù)救，而民國要基未固，美國又將承認(rèn)，甚不愿此事傳播擴大，使外交橫生障礙。日來正為鈍初謀置身后事宜，亟思一面維持，而措詞匪易，其苦更甚于死者，公有何法以解之？乞密示。”梁對黃這通電報未予答復(fù)。
上海租界捕房在4月16日把刺宋案兇手應(yīng)桂馨和武士英移交給上海地方檢察廳，4月24日武士英忽然在獄中暴斃，死得不明不白。
刺宋案的另一兇手應(yīng)桂馨在獄中過著非常舒適的生活，他有阿芙蓉的嗜好，開始時還用手帕涂上嗎啡漿過癮，隨后竟公然要求抽鴉片煙，而法院方面怕他又來一個“死無對證”，也只好特準(zhǔn)他在獄中公開抽煙。
至于洪述祖呢？宋案破獲后，他不敢在北京公開活動，乃從容不迫地“逃”到青島。德國派在青島的膠州總督因為他是聞名全國的殺人兇犯同謀者，所以把他扣押起來，袁世凱竟公然派內(nèi)務(wù)部次長言敦源到青島交涉，要求引渡。德國總督同意引渡后，洪就等于獲釋。5月3日洪公然在青島發(fā)表通電，極力吹噓他協(xié)助唐紹儀完成南京議和，建立共和的功勞，痛罵宋教仁：“借政黨內(nèi)容之名以遂其植黨營私之計”。并且用一種荒謬絕倫的理由為他自己狡辯說：“毀宋僅欲毀其名，何得認(rèn)為謀殺之證據(jù)?！?br/>
趙秉鈞在對記者談話中談到洪述祖，表示洪和他毫無關(guān)系，更不是他的私人，而是少川（唐紹儀的字）介紹到內(nèi)務(wù)部來的。袁看到宋案鬧得很厲害，自己陷于極不利地步，乃想設(shè)法解釋一下，恰遇北京各界舉行“宋教仁先生追悼大會”，袁乃授意京兆尹王治馨參加大會時相機為他解釋。不料這個京兆尹是個糊涂鬼，他自作聰明地在大會上編造一段故事，他說：“去年應(yīng)桂馨到了北京，向趙總理自告奮勇，要動手殺害宋先生，關(guān)于這個問題，總理曾向總統(tǒng)請示過，總統(tǒng)認(rèn)為政見雖有不同，暗殺決不是個手段，所以不予同意，由此可見宋案與總統(tǒng)和總理都無關(guān)，完全是應(yīng)桂馨和洪述祖搞的?！彼倪@番解釋，簡直是欲蓋彌彰，氣得袁世凱跺腳，趙秉鈞扔茶碗。
趙秉鈞過分想遠(yuǎn)離刺宋案，這使到袁世凱很不高興，趙辭職后被袁改為給假養(yǎng)疴，其意思就是“你越想避，我就越不答應(yīng)”。
趙秉鈞除了對報館記者解釋外，還給了上海地方檢察廳一封公開信為自己辯護(hù)。趙函如下：
……宋案一端，語涉秉鈞，為秉鈞一人之關(guān)系，雖不容借詞掩飾，逆拒忠言，亦豈能含冤不伸，致同默認(rèn)，茲特詳細(xì)解答如左：原電內(nèi)稱宋案詞連政府，洪犯固宜速求引渡歸案訊辦，趙總理亦應(yīng)出庭受質(zhì)，方能表白等語。查政府云者，乃國務(wù)總理及各國務(wù)員合同構(gòu)成之有機體之謂也。此種有機體之政府，上負(fù)政治上之責(zé)任，此次宋案，純?nèi)环申P(guān)系，而非政治關(guān)系，即云責(zé)任，何關(guān)政府，故謂詞連秉鈞則可，若謂詞連政府則不可。不過秉鈞以個人名義負(fù)責(zé)，決非以國務(wù)總理負(fù)責(zé)，揆之法理，皎然易明，渾稱之曰政府，將與政治上連帶責(zé)任有相混之處，未免失辭，此不可不辯者一也。宋之被刺，正犯為武士英，嫌疑犯為應(yīng)夔丞，與洪述祖容有如何干系，尚未判定，出庭受質(zhì)與誰對勘，此不可不辯者二也。程都督、應(yīng)民政長宣布宋案證據(jù)，其涉及秉鈞者，惟手書兩件，然一為發(fā)給密碼，一為請領(lǐng)津貼，均屬因公，已于勘電聲明，原函可查，豈肯謀刺。若必以此影射，鍛煉成獄，則程都督等所送全案證據(jù)中，又有應(yīng)致洪函，內(nèi)稱“近往同孚路黃克強家，又為克強介紹，將私存公債六十萬，皆夔為之轉(zhuǎn)抵義豐銀行，計五十萬元，昨被撥去二萬，專任蘇浙兩處，暨運動徐皖軍隊之需，夔因勢利用，欲擒故縱，不得不勉為許可，直陳于內(nèi)以免受讒”等語。足見黃克強君亦與應(yīng)關(guān)系密切，書信往來與銀錢往來孰輕孰重，彼此俱立于嫌疑地位，而潛投巨貲煽惑徐皖軍隊，陰謀內(nèi)亂，比之秉鈞，豈不更多一重罪案，何以克強獲免于訴追，而秉鈞必須質(zhì)訊，事同一律，辦法兩歧，此不可不辯者三也。以上三端，言之有故，敢陳衷曲，用質(zhì)高明，抑更有說者。自武漢舉義，彷徨受任，出領(lǐng)民部，又統(tǒng)一政府成立，始廁內(nèi)務(wù)之席，獵總理之位，首尾年余，奉職無狀，而于維持秩序，贊助共和，雖不敢告勞，亦幸免于罪。不圖野心梟桀，攘奪政權(quán)，借端發(fā)難，含血噴人，而盲從附和者，誤信流言，愈滋疑竇，其實秉鈞與應(yīng)、洪手函，業(yè)經(jīng)印刷流播，萬目俱瞻，與殺害是一是二，自無須辯護(hù)也?？傊x如果系謀殺共犯，供證確鑿，自應(yīng)束身司憲，無所逃刑，將來洪述祖到案，不難詳加研訊，此時何憑與此案毫不相涉之二紙手書，便欲赴滬逮質(zhì)，自蹈危機，區(qū)區(qū)之愚，殊難索解，知我罪我，惟命是聽。
上海地方檢查廳要票傳趙秉鈞，是5月8日的事，趙已于5月1日請準(zhǔn)病假，國務(wù)總理是由段祺瑞代理。趙既然抗傳不到案，袁復(fù)命北京總檢察廳長羅文干，令其宣稱刺宋兇手為黃興和陳其美。5月16日有一個自稱“女子暗殺團(tuán)團(tuán)長”的周予儆，向北京地方檢察廳自首，說是奉了“血光團(tuán)團(tuán)長”黃興的命令，到北京來進(jìn)行政治暗殺。第二天，北京軍政執(zhí)法處逮捕了參議院議員謝持，指控謝是血光團(tuán)團(tuán)員，于是“血光團(tuán)”三字便不脛而走，人人爭相傳說，說這個“團(tuán)”是個殺人不眨眼的秘密機關(guān)，繪聲繪影，一若雍正的血滴子。北京地方檢察廳便根據(jù)這個捏造的故事，票傳黃興到案對質(zhì)。這樣一來，使得本已復(fù)雜動蕩的局面，增加戲劇性。同時使一般不明底蘊的人民如墜五里霧中。
6月11日，上海租界的會審公堂根據(jù)北京地方檢察廳的來文，票傳黃興，出乎一般人的意料之外，黃一傳就到，并且保證以后隨傳隨到?！秶瘛冯s志社曾有一篇訪黃的通訊稿，報導(dǎo)黃被票傳后的光明磊落態(tài)度：
“本社駐滬通訊員一日特訪黃克強先生，談及某黨報紙誣蔑事，黃先生不禁唏噓感慨而謂曰：邪說橫行，甚于洪水猛獸，今之謂也。但誣蔑我個人之不足惜，為害中華民國則大足惜。通訊員又問及法庭召喚事，先生謂曰，是非自有公論，余辯亦無益，總期望大眾常把中華民國四字放在心中，則幸甚矣。言畢，唏噓不置，憂國憂民亦云至矣?！?br/>
北京國務(wù)院還發(fā)表了這么一個荒謬聲明：
“宋在南方主張袁為總統(tǒng)，而己任內(nèi)閣，陳其美一派深忌之，黃亦惡其不舉己為總統(tǒng)，且疑其為親袁派也，亦欲排而去之。陳于是乘其隙，日嗾其徒，倡為舉黃之說，以離間黃、宋之交，而使他日內(nèi)閣總理之庶歸之于己。宋、陳之間暗潮已極激烈，應(yīng)本陳舊部，武又黃之私人，適洪述祖因宋爭內(nèi)閣，恐趙不能安于其位，欲敗宋之名譽，以全趙之位置，托應(yīng)求宋之劣跡，應(yīng)以之告陳，陳乃利用此時機，假應(yīng)、武之手以殺宋，而歸其罪于中央。其用心之狠毒，實為意料所不及。其破案之速，亦由于陳者。蓋應(yīng)、武初不料主使之人忽為反陷之舉，遂毫不設(shè)備，亦不遁逃。而陳事前既為間接唆使之人，故一索即得也。既獲之后，武士英在法公堂已經(jīng)供出。陳以廿余萬之巨款賄通法公堂，將供詞全數(shù)抽改，復(fù)以威嚇應(yīng)謂能誣趙、洪則其罪決不至死，且能以巨資相贈，若直供不諱必置之死地而后已。及移交檢察廳后，陳慮武仍如前供，乃毒殺之以滅口，而以巨金賄西醫(yī)剖驗以為病死，于是應(yīng)益有所憚而不敢言。此皆應(yīng)親告其所延之律師，且謂非轉(zhuǎn)移他處不在若輩范圍以內(nèi)，則此案真象，必不可得。渠在監(jiān)內(nèi)日夜防護(hù)，以巨金賂典獄者，每食必與人共座，俟人先嘗，然后下箸，否則不食，其危險之狀已可想見。黃克強前此主張組織特別法庭，實欲以一手掩盡天下耳目也。既為法部所扼，計不得售，則以暗殺之說要挾廳長，必欲其入趙以罪。日前竟有要求審判官下缺席裁判，宣布趙、洪死刑之請。幸廳長尚未允諾，然聞若輩之意，非辦到此層不可。裁判所移轉(zhuǎn)之事，不知是否為法律所許，若能辦到，但移至湖北，則此案不難水落石出矣?！?br/>
宋教仁被刺后，凡牽連宋案的人都在后來不得善終，如：
武士英在監(jiān)中糊里糊涂死去。
應(yīng)桂馨在民國2年7月25日被一群流氓劫獄救出來，逃到青島躲避風(fēng)聲。國民黨討袁戰(zhàn)爭（所謂二次革命）失敗后，應(yīng)認(rèn)為是個出頭的機會了，于是公開發(fā)出請“平反冤獄”的通電。第一通電報說：“叛變削平，宋實禍?zhǔn)?，武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒明令平反冤獄?！钡诙妶笳f：“宋為主謀內(nèi)亂之人，而竟死有余榮；武有為民除害之功，而竟冤沉海底。彼國民黨不過實行宋策，而種種戲劇實由宋所編制，當(dāng)時若無武之一擊，恐今日之域中，未必有具體之民國矣。桂馨棲身窮島，骨肉分離，舊部星散，自念因奔走革命而已破其家，復(fù)因維持共和而幾喪其身，伏求迅頒明令，平反斯獄，朝聞夕死，亦所欣慰?！?0月20日他公然由青島到北京，住在李鐵拐斜街同和旅館，他的舊相識胡翡云此時也搬到北京，在松翠班搭班，兩人往來如舊。他寫信要求袁實踐“毀宋酬勛”的諾言，并且張開獅子大口要求給他“勛二位”和現(xiàn)金50萬元。袁本想賞他一筆錢叫他離開北京，但他仍堅持他所提出的兩大條件，少一條都不成。有人提醒他說：“老袁不是好惹的，你莫要在太歲頭上動土?！彼钢亲涌癜恋卣f：“我應(yīng)桂馨是什么人？他敢拿我怎樣?！边@些話當(dāng)然都傳到袁的耳朵里。由于應(yīng)經(jīng)常住在櫻桃街胡翡云的班子里，民國3年1月18日晚上，有四個彪形大漢以搜查煙土為名爬墻進(jìn)來，剛巧這天晚上，應(yīng)不住在這兒，四個大漢搜了一會兒便失望而去。經(jīng)此一搜，應(yīng)才知道老袁真不是好惹的，第二天便匆匆地離開了北京。他雖然走得快，袁下手得更急，就在他所乘的京津鐵路頭等客車中，他便被軍政執(zhí)法處的偵探長郝占一和另一個偵探王雙喜殺死。
至于洪述祖一直避居青島，到民國6年，大家對宋案已經(jīng)忘得一干二凈時，他認(rèn)為沒有問題了，才化名張皎安回到上海，卻因為債務(wù)關(guān)系，被一個德國商人扭送到巡捕房。當(dāng)他償清債務(wù)，請求原告撤消訴訟，從捕房里跑出來剛要上汽車時，就被年僅15歲的宋振呂（宋教仁的兒子）和劉白（宋的秘書）死死扭住，扭到上海法院，后來轉(zhuǎn)解到北京，以主使殺人罪名于民國8年4月5日被處絞刑。他在獄中作詞以自挽，挽聯(lián)是：“服官政，禍及其身，自覺問心無愧作；當(dāng)亂世，生不如死，本來何處著塵埃。”向例絞刑是全尸，而洪受刑時絞機忽把他的頭切了下來，實在是件怪事。洪受審時，初僅判無期徒刑，上訴后改判絞刑。
趙秉鈞因宋案引嫌辭職，不久調(diào)任為直隸都督。應(yīng)桂馨在火車中被殺時，他正在直督任上，他當(dāng)然有兔死狐悲的感慨，因此當(dāng)他一獲應(yīng)死訊時，不請示袁就發(fā)出緝捕兇手的命令，并在長途電話中向袁發(fā)出哀鳴：“應(yīng)桂馨如此下場，以后誰還敢替總統(tǒng)辦事呢！”袁聽了更感厭憎，不過卻裝做若無其事的樣子，承認(rèn)緝兇。不到一個月，民國3年2月27日，這位袁的第一號親信，北洋系的智多星，清末民初政壇怪角趙秉鈞，竟在天津督署內(nèi)中毒，七竅流血而亡。他死時才51歲。
繼他出任天津都督的是朱家寶。
趙死后袁表面上裝出非常悼惜的樣子，送了一幅祭幛，寫“愴懷良佐”四字，上款題“智庵上將千古”。另外還送有挽聯(lián)一副是：
弼時盛業(yè)追皋益；
匡夏殊勛懋管蕭。
遜清皇帝博儀也給趙賜謚“文恭”，這位趙秉鈞當(dāng)年是代袁逼宮的，“文恭”二字似諷其不“文”不“恭”！
前面曾經(jīng)提過那位京兆尹王治馨，袁命他相機解釋，以圖撇清，不料他在北京各界追悼宋教仁大會上，卻說了許多欲蓋彌彰的話，他以為就是替袁洗刷了。袁聞后大為光火，對王印象惡劣萬分。原來王治馨也是參加刺宋案陰謀要角之一，民國3年6月，他為了500元貪贓被逮，袁立即發(fā)交步軍統(tǒng)領(lǐng)看管。10月21日北京大理院宣判王死刑，并于22日執(zhí)行槍斃。當(dāng)時貪污橫行，賄賂猖獗，區(qū)區(qū)500元實在不算一件什么事，為什么要這么認(rèn)真呢？其實乃是袁借題發(fā)揮，殺王滅口而已。
至于在火車上殺應(yīng)桂馨的兩個兇手郝占一和王雙喜也都不得善終，軍政執(zhí)法處長陸建章督陜時，袁命郝赴陜聽候任用，就命陸殺郝。王雙喜聽到郝被殺，驚悸哀痛，住在北京旅館中發(fā)了瘋，一會兒見宋向之怒目而視，一會兒又見應(yīng)血淋淋的一身向他追魂索命，不久便死了。
陸建章也是刺宋案的主角，后來被徐樹錚所殺。
宋教仁被刺，舉國哀悼，上海老百姓懷念他，于是編了“宋教仁顯圣”和“陰曹調(diào)卷會審”的神話。談因果的就說宋為一世之雄，含冤而死，死而為神，上海的許多人更憑吊宋墓以求庇護(hù)。
宋死后的當(dāng)天，黃興和陳其美就聯(lián)名致電上海的閘北警局和上海租界總巡捕，請其加緊偵探，緝捕兇手。當(dāng)時上海電報局局長吳佩璜，是奉陳的命令擔(dān)任情報工作的同志，陳令吳詳查各方來往電報，發(fā)現(xiàn)了不少線索。同時有一個買賣古董字畫的河南人王阿發(fā)前往四馬路中央捕房報案，遂使這一駭人的政治謀殺案水落石出，真相大白。王在捕房說：
“十天前我在文元坊應(yīng)桂馨的家里兜賣古董，因為應(yīng)是我的老主顧，平素很熟，應(yīng)這天拿了一張照片叫我在某時某地把這個人暗殺掉，許以事成之后給我一千元作報酬，我因為只懂得作買賣，從沒殺過人，因此不肯承擔(dān)這件事。當(dāng)時我并不知道照片上的人是誰？今天我在報上看見宋先生的照片，正是應(yīng)桂馨叫我去暗殺的人，我相信如果找到了應(yīng)，便可找到兇手?！?br/>
上海捕房根據(jù)王阿發(fā)提供的線索，于3月1日派偵探到湖北路迎春坊228號妓女胡翡云（原名李桂紅）的家中捉到了應(yīng)桂馨。第二天繼續(xù)搜查文元坊的應(yīng)宅，又在宅內(nèi)捉到了正兇武士英，就是他在車站開槍狙擊宋的，同時又搜出應(yīng)桂馨和內(nèi)務(wù)部秘書洪述祖往來的密電本及函電多起載、明清之際王夫之等人將有無之辨與元氣論相結(jié)合，認(rèn)為，五響手槍一支，還有其他證據(jù)多件。從這些證件中證明：
殺人的主使者是大總統(tǒng)袁世凱，同謀犯是國務(wù)總理趙秉鈞，擔(dān)任聯(lián)絡(luò)的是內(nèi)務(wù)部秘書洪述祖，布置行兇的是上海大流氓應(yīng)桂馨，直接行兇的是失業(yè)軍痞武士英。
根據(jù)江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎后來制版公布的刺宋兇手鐵證，有以下各種，足以證明上面幾個人與宋案有關(guān)：
一、民國二年一月十四日趙秉鈞致應(yīng)函：密碼送請檢收，以后有電，直寄國務(wù)院可也（外附密碼一本，上面注明國務(wù)院應(yīng)密，民國二年一月十四日）。
二、應(yīng)寄趙的“應(yīng)密冬電”內(nèi)有：民黨主宋任總理。已由日本購孫、黃、宋劣史，印十萬冊，擬從橫濱發(fā)行。
三、民國元年二月一日，洪述祖致應(yīng)桂馨函：大題目總以做一篇激烈文章方有價值也。二月二日洪致應(yīng)函：弟須于事前逕電老趙索一數(shù)目。
四、洪稱應(yīng)為弟，應(yīng)稱洪為蔭之老伯。
五、二月四日洪致應(yīng)函：冬電到趙處，即交兄（洪自稱）手，面呈總統(tǒng)，閱后頗喜，說弟頗有本事，既有把握，即望進(jìn)行。
六、二月廿二日洪致應(yīng)函：來函已面呈總統(tǒng)、總理閱過。以后勿通電國務(wù)院，因智（稱趙秉鈞）已將密本交來，統(tǒng)歸兄一人經(jīng)理。
七、三月十三日洪致應(yīng)電：毀宋酬勛位，相度機宜，妥籌辦理。
八、三月十四日應(yīng)致洪“應(yīng)密”寒電：梁山匪魁四出擾亂（按此系指宋在各大城市演說指責(zé)袁世凱），危險實甚，已發(fā)緊急命令設(shè)法剿捕之。
九、三月廿一日應(yīng)致洪“川密”個電：匪魁已滅，我軍無一傷亡。
刺宋案破獲得如此迅速，絕非袁世凱所想得到，主要原因由于案子發(fā)生在上海，不是在袁勢力下。袁在此以前也使用過好多次政治暗殺，都得心應(yīng)手，死無對證，除了辛亥年吳祿貞被刺一案前面已經(jīng)提過而外，泄露在外的還有這么兩則：
一是在南北和議成立后，革命志士羅明典、吳定安聯(lián)名發(fā)表告國人書，揭破袁的政治陰謀，不久有人到旅館去拜訪他們，表示敬意，以后便經(jīng)常請他們吃酒看戲，一連有一星期之久。有一天那人又約了另一個人來，請他們在齊化門外二閘觀水，他們四人分別乘兩部馬車前往，走到城外荒僻地點，那兩個人抽出刀子把羅、吳二人殺害后拋尸而去。吳定安的朋友帥根坤找到了兩人的尸體，即向法院控告，法院置之不理。
另一則是清末年，河南人曾廣福兄弟四人，因為上書攝政王載灃被遞解回籍，民國成立后又因反袁再被遞解回籍，途中遭人暗殺，尸體沒有下落。
上述這類暗殺，因為被殺的人沒有背景和社會地位，所以死了不為人所關(guān)心。宋教仁不同了，他是赫赫有名的革命領(lǐng)袖，又是國民黨的領(lǐng)導(dǎo)人，他遭暗殺當(dāng)然被全國甚至國際上所注意的。
依照前述的刺宋證據(jù)看來，袁刺宋不僅事先知道，且與趙秉鈞共同制定了暗殺計劃，通過洪述祖物色到應(yīng)桂馨。應(yīng)是個流氓頭子，洪于1月14日發(fā)給應(yīng)一本密碼電本“應(yīng)密”，令應(yīng)直接和國務(wù)院通電聯(lián)系，后來因為趙太忙，乃派洪述祖到上海和應(yīng)接頭。洪赴上海接洽畢回到北京，把經(jīng)過報告袁和趙，袁答應(yīng)“毀宋酬勛位”，洪電應(yīng)以后電報由洪轉(zhuǎn)，不要直接向國務(wù)院聯(lián)系，怕國務(wù)院人多嘴雜，容易把機密文件泄漏。洪給應(yīng)電報中要他作一篇“激烈文章”，就是催應(yīng)提前動手的隱語。
應(yīng)桂馨和武士英被捕后，在捕房中口供是：
應(yīng)桂馨又名應(yīng)夔丞，是“中國共進(jìn)會的會長”，據(jù)應(yīng)自稱共進(jìn)會有會員一萬萬人。
武士英山西人，年22歲，曾在云南當(dāng)過營長，被裁后流浪來上海。他的供詞中說：“宋案是我一人下手，與應(yīng)夔丞無關(guān)。”
應(yīng)夔丞在辛亥革命前是青紅幫頭目，武昌起義時，幫會頗有貢獻(xiàn)，其組織改名共進(jìn)會，自以有功，驕恣跋扈，為害地方，浙督朱瑞要拿辦他，黎元洪為之緩頰。應(yīng)到湖北后又勾結(jié)軍隊，所行不法，黎亦通緝他，他乃投奔蘇督程德全，又曾赴北京商榷改組共進(jìn)會，遂與洪述祖互相勾結(jié)。
洪述祖早年在臺灣胡作非為，臺灣巡撫劉銘傳擬將其正法，辛亥革命時在上海和應(yīng)夔丞一塊，據(jù)說他小有文才，唐紹儀組閣時本有意任命他為內(nèi)閣秘書長，后來發(fā)覺他不正派，才改派魏宸組，洪于是被趙秉鈞延攬為內(nèi)務(wù)部秘書。
由于宋案急轉(zhuǎn)直下，不僅兇手被捕，而且鐵證如山，足以證明袁世凱、趙秉鈞都是主謀殺宋的人，使得袁、趙非常難堪，不得不做一篇遮蓋文章。這篇文章表面上看起來是一篇倒亂千秋的手筆，據(jù)說由“智多星”趙秉鈞想出“移尸嫁禍”的妙計。這篇文章是于3月26日以國務(wù)院名義通電各省，內(nèi)稱：“據(jù)應(yīng)夔丞23日函稱，上海發(fā)現(xiàn)一種監(jiān)督政府裁判機關(guān)，其宣告文內(nèi)列有宋教仁、梁啟超、袁世凱、趙秉鈞、汪榮寶等罪狀，特先判處宋以死刑，即時執(zhí)行”云云。趙想以此轉(zhuǎn)移國人視線，把梁啟超、汪榮寶等風(fēng)馬牛不相及的人物列為陪客，并且把殺人主使犯也擺在一起，以為這樣就能混淆事實，就能使人相信上海真有這樣一個暗殺組織，這個組織不但要暗殺國民黨領(lǐng)袖，也要暗殺其他政黨領(lǐng)袖，甚至還要暗殺北京政府的首腦。
袁為了表示“壞我棟梁”，乃命工商總長劉揆一以吊喪為名，到上海來疏通黃興。他殺了一個湖南人，卻請出一個湖南人到上海來疏通另一位湖南人。劉揆一也是國民黨，竟為了一個總長地位，不惜替袁作說客，黃興對劉毫不客氣，他弄得很沒趣，回到北京后便向袁稱病辭職。
上海地方檢察廳公然宣布要票傳趙秉鈞出庭，這一來可把袁和趙搞得很頭痛，他們也妙，只好橫了心黑了臉，宣布在北京破了一個暗殺組織，名叫“血光團(tuán)”，黃興是團(tuán)長，北京法院也要票傳黃興。袁的嫡系報紙《北京國報》公然用大字標(biāo)題“偉人造反”，說湖北季雨霖謀反，是黃興主使。而國民黨的報紙則大字標(biāo)題“總統(tǒng)殺人”以做報復(fù)。
應(yīng)、武兩犯是于4月16日由上海租界的會審公堂移交給上海地方檢查廳看管的。江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎親自從南京到上海來，會同上海地方檢查廳長陳英，在上海交涉員署內(nèi)執(zhí)行檢查手續(xù)。
4月26日江蘇都督程德全、民政長應(yīng)德閎發(fā)表通電把有關(guān)宋案的證件全部發(fā)表。袁命令北京的司法部通電否認(rèn)地方長官有宣布宋案證據(jù)之權(quán)，認(rèn)為這樣是干涉了司法獨立。
宋案發(fā)生牽連到趙秉鈞后，趙很沒趣，袁也很光火，于是趙乃避嫌辭職，袁在趙辭呈上批為準(zhǔn)予請假暫時休息。4月3日趙在北京《新紀(jì)元報》發(fā)表了一段談話，把他自己說成是宋教仁的最好朋友，他說：“我和鈍初一任內(nèi)務(wù)一任農(nóng)林，以同僚而為至友，他住西直門外農(nóng)事試驗場，離城十里，有時天晚來不及出城，他總住到我家中，我們感情甚洽，無話不談。他離北京南下時，欠了五千余元的債，都是我替他償還的。”
當(dāng)孫中山把中華民國大總統(tǒng)讓位給袁世凱時，革命黨對袁修筑了三道圍墻：一是臨時政府設(shè)于南京，二是袁必須到南京就職，三是袁發(fā)誓必須遵守《臨時約法》。
可是袁在宣布要南下時，在北京制造了兵變事件，于是臨時政府設(shè)在南京的計劃為之粉碎，袁也不需南下就職。其后唐紹儀辭職和軍警威脅臨時參議院，把遵守《約法》的規(guī)定也粉碎了。孫中山和黃興到北京參加巨頭會議，本想用至誠感人的方法，使袁改邪歸正，為了委曲求全，在“四巨頭宣言”中，連遷都南京和貫徹責(zé)任內(nèi)閣主張都沒有提出來。在袁看來，不是革命領(lǐng)袖寬宏忍讓，而是認(rèn)為他可以用花拳繡腿的手段來對付革命黨，因之鼓勵了袁的予智自雄的野心。自唐紹儀被迫辭職后，責(zé)任內(nèi)閣的路袁是絕對不走的，即使宋教仁組閣，袁也不會放松。張振武案不了了之，使袁膽子大了，認(rèn)為可以用血案來解決政治問題，宋案就在這時發(fā)生。
3月25日，孫中山自日返抵上海，距離他2月11日赴日考察，前后不過一個半月。孫登岸后即邀集在上海的國民黨領(lǐng)袖在上海同孚路廿一號黃興寓邸會商宋案應(yīng)付辦法，安徽都督柏文蔚也托詞到上海省親，參加了這個會議。這時袁向五國銀行團(tuán)進(jìn)行大借款的消息也傳到上海，國民黨認(rèn)為這是袁恃以發(fā)動內(nèi)戰(zhàn)的軍費來源，更加憤慨。孫和戴傳賢主張用兵。孫中山有“聯(lián)日速戰(zhàn)”的討袁方略，主張國民黨應(yīng)該先發(fā)制人，通電各國阻止大借款，并由國民黨控制下各省區(qū)組成討袁軍。黃興對這個計劃不贊成，他認(rèn)為在國際方面中華民國還沒有被任何一個國家承認(rèn)，邊疆形勢日益險惡，如果國內(nèi)再發(fā)生戰(zhàn)事，中國豈不成為朝鮮第二；至于在國內(nèi)的形勢對比，國民黨不敵北洋派，因為革命陣營中許多意志薄弱只想做官的人，都已經(jīng)投向北洋派了，國民黨控制的地區(qū)僅只有江西、湖南、安徽、廣東四省，而這四省的內(nèi)部也并不統(tǒng)一，國民黨必需量力而行，知彼知己。
由于國民黨多數(shù)領(lǐng)袖主張避免使用武力而采循法律途徑，因此經(jīng)由江蘇都督程德全建議袁成立一個特別法庭，推黃郛為主裁，王寵惠、伍廷芳為承審官，以避免來自任何方面的壓力，全權(quán)處理宋案。袁表面上接受，卻由司法總長許世英以“不合編制”為借口而反對成立這個法庭。
黃興主張不用兵可于他致袁的秘書長梁士詒一電中看出。3月27日黃電梁：“宋案連日經(jīng)英廨審訊，聞發(fā)現(xiàn)證據(jù)頗多，外間疑團(tuán)實非無關(guān)。興以鈍初已死，不可復(fù)救，而民國要基未固，美國又將承認(rèn)，甚不愿此事傳播擴大，使外交橫生障礙。日來正為鈍初謀置身后事宜，亟思一面維持，而措詞匪易，其苦更甚于死者，公有何法以解之？乞密示。”梁對黃這通電報未予答復(fù)。
上海租界捕房在4月16日把刺宋案兇手應(yīng)桂馨和武士英移交給上海地方檢察廳，4月24日武士英忽然在獄中暴斃，死得不明不白。
刺宋案的另一兇手應(yīng)桂馨在獄中過著非常舒適的生活，他有阿芙蓉的嗜好，開始時還用手帕涂上嗎啡漿過癮，隨后竟公然要求抽鴉片煙，而法院方面怕他又來一個“死無對證”，也只好特準(zhǔn)他在獄中公開抽煙。
至于洪述祖呢？宋案破獲后，他不敢在北京公開活動，乃從容不迫地“逃”到青島。德國派在青島的膠州總督因為他是聞名全國的殺人兇犯同謀者，所以把他扣押起來，袁世凱竟公然派內(nèi)務(wù)部次長言敦源到青島交涉，要求引渡。德國總督同意引渡后，洪就等于獲釋。5月3日洪公然在青島發(fā)表通電，極力吹噓他協(xié)助唐紹儀完成南京議和，建立共和的功勞，痛罵宋教仁：“借政黨內(nèi)容之名以遂其植黨營私之計”。并且用一種荒謬絕倫的理由為他自己狡辯說：“毀宋僅欲毀其名，何得認(rèn)為謀殺之證據(jù)?！?br/>
趙秉鈞在對記者談話中談到洪述祖，表示洪和他毫無關(guān)系，更不是他的私人，而是少川（唐紹儀的字）介紹到內(nèi)務(wù)部來的。袁看到宋案鬧得很厲害，自己陷于極不利地步，乃想設(shè)法解釋一下，恰遇北京各界舉行“宋教仁先生追悼大會”，袁乃授意京兆尹王治馨參加大會時相機為他解釋。不料這個京兆尹是個糊涂鬼，他自作聰明地在大會上編造一段故事，他說：“去年應(yīng)桂馨到了北京，向趙總理自告奮勇，要動手殺害宋先生，關(guān)于這個問題，總理曾向總統(tǒng)請示過，總統(tǒng)認(rèn)為政見雖有不同，暗殺決不是個手段，所以不予同意，由此可見宋案與總統(tǒng)和總理都無關(guān)，完全是應(yīng)桂馨和洪述祖搞的?！彼倪@番解釋，簡直是欲蓋彌彰，氣得袁世凱跺腳，趙秉鈞扔茶碗。
趙秉鈞過分想遠(yuǎn)離刺宋案，這使到袁世凱很不高興，趙辭職后被袁改為給假養(yǎng)疴，其意思就是“你越想避，我就越不答應(yīng)”。
趙秉鈞除了對報館記者解釋外，還給了上海地方檢察廳一封公開信為自己辯護(hù)。趙函如下：
……宋案一端，語涉秉鈞，為秉鈞一人之關(guān)系，雖不容借詞掩飾，逆拒忠言，亦豈能含冤不伸，致同默認(rèn)，茲特詳細(xì)解答如左：原電內(nèi)稱宋案詞連政府，洪犯固宜速求引渡歸案訊辦，趙總理亦應(yīng)出庭受質(zhì)，方能表白等語。查政府云者，乃國務(wù)總理及各國務(wù)員合同構(gòu)成之有機體之謂也。此種有機體之政府，上負(fù)政治上之責(zé)任，此次宋案，純?nèi)环申P(guān)系，而非政治關(guān)系，即云責(zé)任，何關(guān)政府，故謂詞連秉鈞則可，若謂詞連政府則不可。不過秉鈞以個人名義負(fù)責(zé)，決非以國務(wù)總理負(fù)責(zé)，揆之法理，皎然易明，渾稱之曰政府，將與政治上連帶責(zé)任有相混之處，未免失辭，此不可不辯者一也。宋之被刺，正犯為武士英，嫌疑犯為應(yīng)夔丞，與洪述祖容有如何干系，尚未判定，出庭受質(zhì)與誰對勘，此不可不辯者二也。程都督、應(yīng)民政長宣布宋案證據(jù)，其涉及秉鈞者，惟手書兩件，然一為發(fā)給密碼，一為請領(lǐng)津貼，均屬因公，已于勘電聲明，原函可查，豈肯謀刺。若必以此影射，鍛煉成獄，則程都督等所送全案證據(jù)中，又有應(yīng)致洪函，內(nèi)稱“近往同孚路黃克強家，又為克強介紹，將私存公債六十萬，皆夔為之轉(zhuǎn)抵義豐銀行，計五十萬元，昨被撥去二萬，專任蘇浙兩處，暨運動徐皖軍隊之需，夔因勢利用，欲擒故縱，不得不勉為許可，直陳于內(nèi)以免受讒”等語。足見黃克強君亦與應(yīng)關(guān)系密切，書信往來與銀錢往來孰輕孰重，彼此俱立于嫌疑地位，而潛投巨貲煽惑徐皖軍隊，陰謀內(nèi)亂，比之秉鈞，豈不更多一重罪案，何以克強獲免于訴追，而秉鈞必須質(zhì)訊，事同一律，辦法兩歧，此不可不辯者三也。以上三端，言之有故，敢陳衷曲，用質(zhì)高明，抑更有說者。自武漢舉義，彷徨受任，出領(lǐng)民部，又統(tǒng)一政府成立，始廁內(nèi)務(wù)之席，獵總理之位，首尾年余，奉職無狀，而于維持秩序，贊助共和，雖不敢告勞，亦幸免于罪。不圖野心梟桀，攘奪政權(quán)，借端發(fā)難，含血噴人，而盲從附和者，誤信流言，愈滋疑竇，其實秉鈞與應(yīng)、洪手函，業(yè)經(jīng)印刷流播，萬目俱瞻，與殺害是一是二，自無須辯護(hù)也?？傊x如果系謀殺共犯，供證確鑿，自應(yīng)束身司憲，無所逃刑，將來洪述祖到案，不難詳加研訊，此時何憑與此案毫不相涉之二紙手書，便欲赴滬逮質(zhì)，自蹈危機，區(qū)區(qū)之愚，殊難索解，知我罪我，惟命是聽。
上海地方檢查廳要票傳趙秉鈞，是5月8日的事，趙已于5月1日請準(zhǔn)病假，國務(wù)總理是由段祺瑞代理。趙既然抗傳不到案，袁復(fù)命北京總檢察廳長羅文干，令其宣稱刺宋兇手為黃興和陳其美。5月16日有一個自稱“女子暗殺團(tuán)團(tuán)長”的周予儆，向北京地方檢察廳自首，說是奉了“血光團(tuán)團(tuán)長”黃興的命令，到北京來進(jìn)行政治暗殺。第二天，北京軍政執(zhí)法處逮捕了參議院議員謝持，指控謝是血光團(tuán)團(tuán)員，于是“血光團(tuán)”三字便不脛而走，人人爭相傳說，說這個“團(tuán)”是個殺人不眨眼的秘密機關(guān)，繪聲繪影，一若雍正的血滴子。北京地方檢察廳便根據(jù)這個捏造的故事，票傳黃興到案對質(zhì)。這樣一來，使得本已復(fù)雜動蕩的局面，增加戲劇性。同時使一般不明底蘊的人民如墜五里霧中。
6月11日，上海租界的會審公堂根據(jù)北京地方檢察廳的來文，票傳黃興，出乎一般人的意料之外，黃一傳就到，并且保證以后隨傳隨到?！秶瘛冯s志社曾有一篇訪黃的通訊稿，報導(dǎo)黃被票傳后的光明磊落態(tài)度：
“本社駐滬通訊員一日特訪黃克強先生，談及某黨報紙誣蔑事，黃先生不禁唏噓感慨而謂曰：邪說橫行，甚于洪水猛獸，今之謂也。但誣蔑我個人之不足惜，為害中華民國則大足惜。通訊員又問及法庭召喚事，先生謂曰，是非自有公論，余辯亦無益，總期望大眾常把中華民國四字放在心中，則幸甚矣。言畢，唏噓不置，憂國憂民亦云至矣?！?br/>
北京國務(wù)院還發(fā)表了這么一個荒謬聲明：
“宋在南方主張袁為總統(tǒng)，而己任內(nèi)閣，陳其美一派深忌之，黃亦惡其不舉己為總統(tǒng)，且疑其為親袁派也，亦欲排而去之。陳于是乘其隙，日嗾其徒，倡為舉黃之說，以離間黃、宋之交，而使他日內(nèi)閣總理之庶歸之于己。宋、陳之間暗潮已極激烈，應(yīng)本陳舊部，武又黃之私人，適洪述祖因宋爭內(nèi)閣，恐趙不能安于其位，欲敗宋之名譽，以全趙之位置，托應(yīng)求宋之劣跡，應(yīng)以之告陳，陳乃利用此時機，假應(yīng)、武之手以殺宋，而歸其罪于中央。其用心之狠毒，實為意料所不及。其破案之速，亦由于陳者。蓋應(yīng)、武初不料主使之人忽為反陷之舉，遂毫不設(shè)備，亦不遁逃。而陳事前既為間接唆使之人，故一索即得也。既獲之后，武士英在法公堂已經(jīng)供出。陳以廿余萬之巨款賄通法公堂，將供詞全數(shù)抽改，復(fù)以威嚇應(yīng)謂能誣趙、洪則其罪決不至死，且能以巨資相贈，若直供不諱必置之死地而后已。及移交檢察廳后，陳慮武仍如前供，乃毒殺之以滅口，而以巨金賄西醫(yī)剖驗以為病死，于是應(yīng)益有所憚而不敢言。此皆應(yīng)親告其所延之律師，且謂非轉(zhuǎn)移他處不在若輩范圍以內(nèi)，則此案真象，必不可得。渠在監(jiān)內(nèi)日夜防護(hù)，以巨金賂典獄者，每食必與人共座，俟人先嘗，然后下箸，否則不食，其危險之狀已可想見。黃克強前此主張組織特別法庭，實欲以一手掩盡天下耳目也。既為法部所扼，計不得售，則以暗殺之說要挾廳長，必欲其入趙以罪。日前竟有要求審判官下缺席裁判，宣布趙、洪死刑之請。幸廳長尚未允諾，然聞若輩之意，非辦到此層不可。裁判所移轉(zhuǎn)之事，不知是否為法律所許，若能辦到，但移至湖北，則此案不難水落石出矣?！?br/>
宋教仁被刺后，凡牽連宋案的人都在后來不得善終，如：
武士英在監(jiān)中糊里糊涂死去。
應(yīng)桂馨在民國2年7月25日被一群流氓劫獄救出來，逃到青島躲避風(fēng)聲。國民黨討袁戰(zhàn)爭（所謂二次革命）失敗后，應(yīng)認(rèn)為是個出頭的機會了，于是公開發(fā)出請“平反冤獄”的通電。第一通電報說：“叛變削平，宋實禍?zhǔn)?，武士英殺賊受禍，功罪難平，請速頒明令平反冤獄?！钡诙妶笳f：“宋為主謀內(nèi)亂之人，而竟死有余榮；武有為民除害之功，而竟冤沉海底。彼國民黨不過實行宋策，而種種戲劇實由宋所編制，當(dāng)時若無武之一擊，恐今日之域中，未必有具體之民國矣。桂馨棲身窮島，骨肉分離，舊部星散，自念因奔走革命而已破其家，復(fù)因維持共和而幾喪其身，伏求迅頒明令，平反斯獄，朝聞夕死，亦所欣慰?！?0月20日他公然由青島到北京，住在李鐵拐斜街同和旅館，他的舊相識胡翡云此時也搬到北京，在松翠班搭班，兩人往來如舊。他寫信要求袁實踐“毀宋酬勛”的諾言，并且張開獅子大口要求給他“勛二位”和現(xiàn)金50萬元。袁本想賞他一筆錢叫他離開北京，但他仍堅持他所提出的兩大條件，少一條都不成。有人提醒他說：“老袁不是好惹的，你莫要在太歲頭上動土?！彼钢亲涌癜恋卣f：“我應(yīng)桂馨是什么人？他敢拿我怎樣?！边@些話當(dāng)然都傳到袁的耳朵里。由于應(yīng)經(jīng)常住在櫻桃街胡翡云的班子里，民國3年1月18日晚上，有四個彪形大漢以搜查煙土為名爬墻進(jìn)來，剛巧這天晚上，應(yīng)不住在這兒，四個大漢搜了一會兒便失望而去。經(jīng)此一搜，應(yīng)才知道老袁真不是好惹的，第二天便匆匆地離開了北京。他雖然走得快，袁下手得更急，就在他所乘的京津鐵路頭等客車中，他便被軍政執(zhí)法處的偵探長郝占一和另一個偵探王雙喜殺死。
至于洪述祖一直避居青島，到民國6年，大家對宋案已經(jīng)忘得一干二凈時，他認(rèn)為沒有問題了，才化名張皎安回到上海，卻因為債務(wù)關(guān)系，被一個德國商人扭送到巡捕房。當(dāng)他償清債務(wù)，請求原告撤消訴訟，從捕房里跑出來剛要上汽車時，就被年僅15歲的宋振呂（宋教仁的兒子）和劉白（宋的秘書）死死扭住，扭到上海法院，后來轉(zhuǎn)解到北京，以主使殺人罪名于民國8年4月5日被處絞刑。他在獄中作詞以自挽，挽聯(lián)是：“服官政，禍及其身，自覺問心無愧作；當(dāng)亂世，生不如死，本來何處著塵埃。”向例絞刑是全尸，而洪受刑時絞機忽把他的頭切了下來，實在是件怪事。洪受審時，初僅判無期徒刑，上訴后改判絞刑。
趙秉鈞因宋案引嫌辭職，不久調(diào)任為直隸都督。應(yīng)桂馨在火車中被殺時，他正在直督任上，他當(dāng)然有兔死狐悲的感慨，因此當(dāng)他一獲應(yīng)死訊時，不請示袁就發(fā)出緝捕兇手的命令，并在長途電話中向袁發(fā)出哀鳴：“應(yīng)桂馨如此下場，以后誰還敢替總統(tǒng)辦事呢！”袁聽了更感厭憎，不過卻裝做若無其事的樣子，承認(rèn)緝兇。不到一個月，民國3年2月27日，這位袁的第一號親信，北洋系的智多星，清末民初政壇怪角趙秉鈞，竟在天津督署內(nèi)中毒，七竅流血而亡。他死時才51歲。
繼他出任天津都督的是朱家寶。
趙死后袁表面上裝出非常悼惜的樣子，送了一幅祭幛，寫“愴懷良佐”四字，上款題“智庵上將千古”。另外還送有挽聯(lián)一副是：
弼時盛業(yè)追皋益；
匡夏殊勛懋管蕭。
遜清皇帝博儀也給趙賜謚“文恭”，這位趙秉鈞當(dāng)年是代袁逼宮的，“文恭”二字似諷其不“文”不“恭”！
前面曾經(jīng)提過那位京兆尹王治馨，袁命他相機解釋，以圖撇清，不料他在北京各界追悼宋教仁大會上，卻說了許多欲蓋彌彰的話，他以為就是替袁洗刷了。袁聞后大為光火，對王印象惡劣萬分。原來王治馨也是參加刺宋案陰謀要角之一，民國3年6月，他為了500元貪贓被逮，袁立即發(fā)交步軍統(tǒng)領(lǐng)看管。10月21日北京大理院宣判王死刑，并于22日執(zhí)行槍斃。當(dāng)時貪污橫行，賄賂猖獗，區(qū)區(qū)500元實在不算一件什么事，為什么要這么認(rèn)真呢？其實乃是袁借題發(fā)揮，殺王滅口而已。
至于在火車上殺應(yīng)桂馨的兩個兇手郝占一和王雙喜也都不得善終，軍政執(zhí)法處長陸建章督陜時，袁命郝赴陜聽候任用，就命陸殺郝。王雙喜聽到郝被殺，驚悸哀痛，住在北京旅館中發(fā)了瘋，一會兒見宋向之怒目而視，一會兒又見應(yīng)血淋淋的一身向他追魂索命，不久便死了。
陸建章也是刺宋案的主角，后來被徐樹錚所殺。
宋教仁被刺，舉國哀悼，上海老百姓懷念他，于是編了“宋教仁顯圣”和“陰曹調(diào)卷會審”的神話。談因果的就說宋為一世之雄，含冤而死，死而為神，上海的許多人更憑吊宋墓以求庇護(hù)。
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