6年5月1日，戴戡宣布就任代理四川督軍，同時以會辦軍務(wù)署參謀長張承禮任副官長，蔣方震為參謀長，杜步云為軍需課長。戴出身佐貳，從軍6年，一身兼四川督軍、會辦軍務(wù)、省長三重任，年方40，真是時來運至。可是他深知四川局面的嚴重性，以黔軍和川軍、滇軍相比，實力最弱，自己因緣時會，所以有戰(zhàn)戰(zhàn)兢兢臨淵履冰之感。

　　羅佩金去，戴戡代理川督，對于四川來說，川人治川的目的，仍沒有達到，于是用對付羅的手段來對付戴，仇滇軍的情緒化為仇黔軍。4月30日四川省議會通電指摘戴戡“假中立之名，陰謀取利”。這時的川省議會竟也主張以岑春煊繼任四川督軍。

　　5月9日滇軍退駐簡陽，川軍完全撤出城外，戴戡正式就任代理督軍，城內(nèi)警察恢復(fù)站崗，黔軍清除成都城內(nèi)的軍事設(shè)施，市民情緒才趨于安定。

　　不過，羅佩金和劉存厚都未遵照命令卸職北上，川、滇兩軍也仍舊在省城外好多地區(qū)時打時停，劉存厚不久又回到成都，在城外設(shè)置軍司令部在，后者包括“超心”（超于心的精神存在）等。認為“超越，把以前對付羅佩金那一套來對付戴戡。這樣一來，川、黔兩軍又爆發(fā)了戰(zhàn)火，成都人民又一次受到嚴重的戰(zhàn)爭災(zāi)難。川、黔軍開火是7月5日夜半3時開始的，這時正是張勛在北京復(fù)辟政變，張勛的偽諭中任命劉存厚為“四川巡撫”。7月3日戴戡在成都皇城的督軍署召開軍事會議，邀劉存厚出席表明對北京政變的態(tài)度，一面派兵把守電報局，檢查一切郵電。劉存厚派代表吳紹良出席了會議，要求督軍署先撤去電報局的檢查員，戴予以拒絕，并提出駐省川軍應(yīng)該移川北，吳紹良代表劉存厚不予接受。7月4日劉存厚所部川軍從鄰近成都一帶的防區(qū)，源源開到省城北門外，第二天晚上川、黔軍遂告開火。

　　這真是妙極了，兩個月前川、滇軍火并時，黔軍守中立，袖手旁觀，川、滇雙方互相指責(zé)對方是“禍首”；現(xiàn)在川、黔軍又開火了，黔軍取代了滇軍的地位，而滇軍也作壁上觀，戴戡說是劉存厚所部首先炮轟督署，劉則說是黔軍首先開炮轟城外川軍。戴堅稱劉已接受張勛的偽命，劉則說絕無其事，因劉的電報被扣留不發(fā)，因此使自己立場不為各省所了解。

　　川軍師長周道剛、熊克武也正如以前川、滇軍戰(zhàn)事爆發(fā)時一樣，在川、黔軍戰(zhàn)爭中采取了中立態(tài)度，他們于7月7日發(fā)出陽電云：

　　“本月六日渝電局報稱：麻日午前三時，成都川、黔兩軍發(fā)生沖突，江門一帶火勢甚烈，槍炮聲不絕。次日接貴陽劉督軍魚日電開：頃得成都戴督軍電開，劉存厚甘受偽職分析，只有經(jīng)驗命題和邏輯命題才有意義。宣稱當并且僅當，已帶兵圍成都，戡誓死不降逆、不叛國，祈飛電各省等語。昨晚（六日）十一時，炮聲忽起，北門火光燭天，炮彈均向督、省二署亂射。炮聲隆隆，至今未息。街斷行人?！瓝?jù)戴督電傳，則指劉存厚附逆，然據(jù)積之（劉存厚號）電稱，又系擁護共和。茲擬由剛等及顧、趙（滇軍）、鐘（川軍）三師長酌帶衛(wèi)隊，兼程赴蓉（成都），公評是非，共謀解決；先在資州會齊，再為前進。若積之果系附逆，自應(yīng)一致討除，否則言歸于好，速籌北伐。川中秩序，仍由戴兼督軍主持一切。所有滇、黔軍隊，務(wù)懇唐、劉兩督軍立飭停止前進，免滋誤會。……先后得顧、趙、鐘三師長復(fù)電表示贊同，道剛等決于蒸日（十日）起程西上。”

　　川軍師長周道剛、熊克武發(fā)表通電，聯(lián)合川、滇將領(lǐng)發(fā)起武裝調(diào)停。貴州督軍劉顯世正如以前唐繼堯出兵援助羅佩金一樣，準備派三個梯團入川援戴，同時接二連三地通電痛斥劉存厚的叛變行為。

　　滇軍羅佩金率部退駐川南，他也像以前的戴戡一樣，發(fā)表青電請各軍各駐原防不得移動，并以調(diào)人自居。唐繼堯則警告劉存厚離開四川，出兵北伐，否則將令羅佩金進兵成都先平川亂。唐繼堯很想借川、黔軍火并而乘機恢復(fù)滇軍控制四川的局面。所以云南方面的軍火源源不斷地由昭通運到敘府來。

　　北京方面仍想派吳光新帶兵入川平亂，借以達到北洋派控制四川的目的。進步黨（研究系）則千方百計想維持戴戡，同時解決成都的兵亂。

　　四川和貴州兩省省議會和兩省國會議員也都根據(jù)地方觀念，發(fā)出相對控訴和呼吁。

　　川、黔軍的戰(zhàn)爭從7月5日到17日，前后共打了12天。7月6日起黔軍被圍在皇城內(nèi)，由英、法領(lǐng)事從中調(diào)停，戴戡愿意率部退出成都。13日川軍開放南門讓黔軍退走，黔軍疑有伏兵，在掠奪南門糧食后，仍然退回皇城，固守待援。17日戴戡把督軍和省長的印信咨交省議會保管，然后向南門突圍。

　　滇軍羅佩金同意參加周道剛和熊克武所吁請在資中召開的調(diào)停會議，宣稱干7月13日帶兵西上。周道剛則于7月15日由重慶赴資中主持調(diào)停會議。

　　唐繼堯于7月16日發(fā)出銑電痛斥劉存厚犯上作亂，并稱如劉不移師北伐，本人即將親率三軍，吊民伐罪。接著即組織靖國軍，自為總司令，以顧品珍、趙又新、庾恩旸、黃毓成、張開儒、方聲濤為第一至第六軍司令，以羅佩金為第一第二兩軍總司令，自兼第三至第四軍總司令，以葉荃為第五第六兩軍總司令。靖國軍于7月20日發(fā)表號電，宣稱要先平川亂，然后北伐。

　　貴州督軍劉顯世的態(tài)度與唐繼堯相同，他派王文華率領(lǐng)一支黔軍入川援助戴戡，但是戴戡已于7月17日放棄成都，突圍而出，下落不明。

　　戴戡下落不明，黔軍失敗，這一連串消息傳到北京，研究系的首領(lǐng)梁啟超十分激動地在國務(wù)會議上發(fā)言，他說：“我們一定要救援戴循薦（戴戡號），一定要制止劉積之（劉存厚號）的叛變行為。”但是段祺瑞采取了不置可否的態(tài)度。

　　7月24日段祺瑞任命“中立者”周道剛代理督軍。27日梁又在國務(wù)會議上主張懲辦劉存厚，段不好答復(fù)，曹汝霖起立發(fā)言，假口四川問題真相不明，難作決定，而把梁的建議擱了下來。

　　周道剛由重慶到了內(nèi)江，但滇軍在嘉定、青神、仁壽、資陽一帶已被川軍二三兩師擊退，資中會議無法進行，周道剛乃折返重慶。

　　由于川戰(zhàn)擴大，段祺瑞遂于8月6日派吳光新為四川查辦使，率領(lǐng)北軍入川查辦，并責(zé)成湖北督軍王占元派兵接防岳州。八月八日又下令催促羅佩金、劉存厚遵照前令迅速入京，所部軍隊均交周道剛接收統(tǒng)率。這時候，川、滇、黔軍才明白段的打算是一心一意要貫徹讓北洋系來統(tǒng)治四川。這一來大家又感到有合力抗拒北軍的必要，8月6日周道剛、熊克武建議繼續(xù)進行調(diào)停，羅佩金首先表示接受。8月10日周道剛就任代理四川督軍，熊克武在夔府和萬縣沿江地帶，布置炮兵陣地，準備迎擊北軍。

　　8月10日，從四川回到北京的蔣方震，向內(nèi)閣及國會報告戴戡已經(jīng)戰(zhàn)死的消息。研究系大受刺激。這時段祺瑞才發(fā)表劉存厚部下團長廖謙的報告：“7月21日，戴戡在成都百里外秦皇寺自殺身死。”同時發(fā)表周道剛的報告：“戴前督行抵華陽縣屬秦皇寺附近，突遇前方敗退回來之川軍，雙方因誤會開槍互擊，戴督中彈身故，其靈櫬已由川軍運回省城。”

　　事實上，戴戡是被川軍擊斃的，同時死難的還有黔軍混成旅旅長熊其勛，督署參謀長張承禮，財政廳長黃大暹等在逃往簡陽途中，也被追兵擊死，黔軍5000人全軍覆沒。

　　8月10日舉行國務(wù)會議時，段祺瑞提議追贈戴戡為陸軍上將，給銀1萬兩治喪。梁啟超卻滿腔悲憤地堅持要嚴懲劉存厚，為死者雪冤。段表示要查辦后，才能確定責(zé)任。梁啟超大為生氣，不待會議終場即拂袖而去。

　　這是研究系加入段內(nèi)閣以來首次受到的難堪待遇。本來自討平張勛政變以后，研究系在段內(nèi)閣內(nèi)如日當中，可是段和研究系的蜜月還不到一個月，研究系一向標榜溫和主義，可是矛盾的是他們并不反對段的武力統(tǒng)一政策，還出主意召集臨時參議院，公然參加賣國借款條約的簽訂。到了四川問題發(fā)生，直接地侵犯了研究系的利益，才與段有了沖突，到這時才發(fā)現(xiàn)段一點也不留情面。

　　研究系在政治舞臺上最紅的時期，也是它政治上開始墮落的時期，他們本是改良主義者，在依附北洋軍閥后，受到這次打擊，從此在政治上的影響越來越少，終于淪為一個無足輕重的政客集團。

　　川、滇、黔軍的第二次調(diào)停也無效果。10月下旬，川軍第二師在榮縣，第三師在資州、內(nèi)江一帶又和滇軍大打起來。10月14日周道剛卸下了“中立”偽裝，通電斥責(zé)滇軍顧品珍在內(nèi)江首先進攻川軍第三師。而劉存厚則一再催促北京政府下令討伐唐繼堯。

　　四川這場戰(zhàn)爭，川軍占有地利，利用川人反對滇軍，所以頗占上風(fēng)。

　　段祺瑞的內(nèi)弟吳光新是一個膽小如鼠的將軍，他奉命入川，卻在宜昌逗留了一個多月不敢前進。段把屬于國民黨的熊克武調(diào)為川邊鎮(zhèn)守使，把川軍第三師長鐘體道調(diào)為重慶鎮(zhèn)守使，鐘體道和劉存厚很接近。同時電令陜西督軍陳樹藩派陜南鎮(zhèn)守使管金聚統(tǒng)率一個混成旅開進川北，以策應(yīng)由湖北開入四川的北軍。

　　10月中旬，川、滇兩軍在北江、威遠、榮縣展開了拉鋸戰(zhàn)，唐繼堯把后援部隊庚恩旸、黃毓成兩軍都開到永寧和敘州。

　　段打算下令討伐唐繼堯，責(zé)成劉存厚驅(qū)逐滇軍出川。馮國璋持相反的意見，認為大事應(yīng)該化小。段又建議調(diào)唐繼堯到北京擔(dān)任參謀總長，如唐不肯北來，即下令討伐。馮也不以為然。馮最后作這樣的讓步，就是只討伐滇軍，不提唐繼堯。因此10月17日北京政府下令譴責(zé)在川的滇軍將領(lǐng)黃毓成等，令其迅速退出四川，責(zé)成唐繼堯查復(fù)。

　　10月24日吳光新率領(lǐng)李炳之混成旅開入重慶，熊克武將所部川軍第五師移駐重慶城外50里。但本人仍留在重慶。這期間川軍第二三兩師奪回內(nèi)江、威遠、榮縣、自流井、富順。滇軍向瀘敘退卻。10月30日，北京政府下令斥責(zé)滇軍將領(lǐng)顧品珍、趙又新、黃毓成籌集結(jié)兵力于瀘縣、富順、自流井向川軍攻擊，均予褫職通緝處分。11月12日授周道剛為四川督軍，劉存厚為四川軍務(wù)會辦。

　　段把吳光新督川任命廷擱，是因為劉存厚有電到北京說：“川事川人可了。”段要利用川軍打滇軍，所以只好將就川軍。

　　11月6日，唐繼堯由昆明移駐畢節(jié)，想親自出馬挽救滇軍一蹶不振的局勢?？墒亲?1月16日到28日，川軍第二三兩師繼續(xù)占領(lǐng)瀘縣、納溪、南溪、敘州。黃毓成作戰(zhàn)受傷，被迫下令停戰(zhàn)。11月20日，北京政府加授周道剛陸軍上將銜，升任川北道道尹張瀾為四川省長。

　　就在這個時候，湖南局勢突然轉(zhuǎn)趨對段不利，段內(nèi)閣搖搖欲墜，而四川戰(zhàn)事也并非一面倒，因為滇軍究竟還是一支作戰(zhàn)能力很強的部隊。12月1日，滇軍忽出奇兵繞道偷襲重慶，在重慶西門外15里的浮圖關(guān)上出現(xiàn)，同時駐綦江的黔軍也開到重慶對岸。熊克武的川軍也開回重慶。于是吳光新和周道剛都逃之夭夭。

　　12月8日，北京政府任命劉存厚為四川督軍。