民國7年3月18日北軍攻占岳州，捷訊到達(dá)北京，馮國璋仍想貫徹他的和平主張：“北軍對(duì)南的軍事行動(dòng)以岳州為止”。他認(rèn)為岳州既已收復(fù)，北洋派的聲威得到恢復(fù)，而桂系又愿意談和，則何必一定要?jiǎng)趲焺?dòng)眾，對(duì)南用兵。他的主張正在擬成命令尚未發(fā)出時(shí)，3月19日接到了督軍們的聯(lián)名電報(bào)，這通電報(bào)以曹錕為首，包括長江三督在內(nèi)，共有15省三特區(qū)的北洋軍閥們，他們要求段祺瑞再起組閣，內(nèi)云：“錕等互相約定，我公復(fù)任揆席，則同人誓當(dāng)一致，共扶危局，否則亦惟從公高蹈，不問世事，全國安危，同人離合，均系我公一身。”馮接到這個(gè)電報(bào)，簡直像接到哀的美敦書一樣，沒奈何只好再請(qǐng)段勉應(yīng)眾命，以北洋團(tuán)體為重，接受組閣大命。段仍表示“無意于此”；馮則指天誓日地表示愿與段同生死，共患難。并且自動(dòng)承認(rèn)五個(gè)條件：（一）參陸辦公處仍然遷回國務(wù)院，以靳云鵬為主任以代師景云。（二）國務(wù)院決議，總統(tǒng)保證不擅改一字。（三）閣員由總理選擇，不必征求總統(tǒng)同意。（四）公府秘書長由總理推薦。（五）中央（指總統(tǒng)）致各省的電報(bào)，須由院方核發(fā)。

　　3月23日大總統(tǒng)令準(zhǔn)署國務(wù)總理王士珍辭職，特任段祺瑞為國務(wù)總理。24日派張志潭為國務(wù)院秘書長。25日參陸辦公處遷回國務(wù)院。27日令張敬堯?yàn)楹隙杰娂媸鹗￠L。28日令改海軍總司令為特任，以藍(lán)建樞為總司令。29日令陸徵祥復(fù)任外交總長，錢能訓(xùn)為內(nèi)務(wù)總長，段芝貴為陸軍總長，劉冠雄為海軍總長，傅增湘為教育總長，朱深為司法總長，田文烈為農(nóng)商總長，曹汝霖為交通總長兼署財(cái)政總長，吳鼎昌為財(cái)政次長。4月4日晉授曹錕勛一位，一等大綬寶光嘉禾章。授予張敬堯一等文虎章，二等大綬寶光嘉禾章。授予吳佩孚勛三位，二等大綬寶光嘉禾章。犒賞攻克岳州和長沙的將士各30萬元。另以6萬元賑濟(jì)湘災(zāi)。

　　新任參陸辦公處主任靳云鵬和徐樹錚、吳光新、傅良佐四人是段祺瑞手下的四大金剛，四大金剛中以徐樹錚最能呼風(fēng)喚雨。新任國務(wù)院秘書長張志潭字遠(yuǎn)伯，是徐樹錚很賞識(shí)的人，徐原來做國務(wù)院秘書長時(shí)，張是秘書，一切大小事徐都和張商量，徐曾告張國淦說：“遠(yuǎn)伯才氣高，我希望他將來可以接替我?！倍芜@次組閣后，徐樹錚是扭轉(zhuǎn)局勢的大功臣，所以重要人事都是徐的安排。不過徐樹錚后來卻和張志潭鬧翻。

　　段第三度復(fù)任總理，上臺(tái)后第一件事就是通令各省，稱北軍為“國軍”，南軍為“敵軍”，不許再用北軍、南軍字樣。這表示段要把武力政策進(jìn)行到底。而段的寵臣徐樹錚得意洋洋地到北京來祝賀新內(nèi)閣時(shí)程朱學(xué)派北宋程顥、程頤和南宋朱熹兩大學(xué)派的合稱。二，也公開表示“不打到廣州決不罷兵”。

　　段確定了對(duì)四川、湖南、廣東三省進(jìn)兵的第三期作戰(zhàn)計(jì)劃：（一）湖南戰(zhàn)場仍以直軍為主力，俟湘東之“敵”肅清，即抽調(diào)張懷芝的第二路為進(jìn)攻廣東主力，同時(shí)令江西的“國軍”向南雄推進(jìn)，福建的“國軍”向潮汕推進(jìn)，會(huì)合廣東境內(nèi)龍濟(jì)光軍四路進(jìn)攻。（二）以奉軍為進(jìn)攻四川主力，分為兩路，一路由鄂西入川東，一路由陜南入川北，會(huì)合陜軍和劉存厚的川軍進(jìn)攻。

　　同時(shí)電前線將士予以嘉獎(jiǎng)，電云：

　　“據(jù)第一路總司令兩湖宣撫使曹錕，總司令湖南督軍張敬堯等，迭次電稱：‘各軍自三月十八日克復(fù)岳州后，節(jié)節(jié)進(jìn)攻，分途收復(fù)平江湘陰兩城。二十五日早由古希臘蘇格拉底提出，認(rèn)為“心靈”即神“支配”和，由同山口進(jìn)窺長沙，逆軍處處死抗，經(jīng)我軍協(xié)力痛擊，星夜追逐，逆勢不支，遂于二十六日將長沙省城完全克復(fù)’等語。此次各軍激于義憤，忠勇奮發(fā)，由岳州取長沙，曾不數(shù)日，力下堅(jiān)城。該總司令等督率有方，各將士忍饑轉(zhuǎn)戰(zhàn)，嘉慰之余，尤深軫念。所有在事出力官兵，著先行呈明，分別呈請(qǐng)優(yōu)獎(jiǎng)，仍即督飭各軍，乘勝收復(fù)縣邑，以奠全湘。所有地方被難人民，流離蕩析，并著查明，妥為撫恤。用副國家綏輯勞徠之至意。此令?！?br/>
　　段對(duì)于北軍在湖南戰(zhàn)場的勝利，認(rèn)為武力統(tǒng)一指日可以實(shí)現(xiàn)，而北軍一定可以擊敗南軍。其實(shí)這時(shí)劉存厚在四川已不能立定，龍濟(jì)光在廣東也節(jié)節(jié)失敗，可是段完全不在意。

　　段內(nèi)閣這次組織后，馮國璋是完全低頭了，就是主和的實(shí)力分子長江三督也不敢唱反調(diào)。這時(shí)政局中的大紅人是徐樹錚，李純也竭力拉攏徐，江西督軍陳光遠(yuǎn)公開表示接受第三期作戰(zhàn)計(jì)劃。到此時(shí)期，直系已完全屈服于皖系。

　　段論功行賞。徐樹錚應(yīng)居首功，于是他到了北京，不僅段內(nèi)閣的人事他有決定大權(quán)，對(duì)南軍事也由他主持，同時(shí)他還包辦了新國會(huì)的選舉。4月7日另一皖系大將倪嗣沖來到北京對(duì)立的宇宙觀，矛盾法則即對(duì)立統(tǒng)一的法則是自然界、社會(huì)，極力主張以臨時(shí)參議院代行國會(huì)選舉權(quán)，即日進(jìn)行總統(tǒng)選舉。可是徐樹錚認(rèn)為新國會(huì)在三四個(gè)月內(nèi)就要成立，由新國會(huì)選舉總統(tǒng)是合法的，因此不必提早總統(tǒng)選舉，而且提早總統(tǒng)選舉是不合法。

　　徐樹錚這時(shí)策劃的新國會(huì)就是后來著名的安福國會(huì)。

　　自段祺瑞第三度組閣后，徐樹錚就成為那時(shí)期的政壇寵兒。他也躊躇滿志，以段閣后臺(tái)自居。有人說當(dāng)時(shí)的北京政府，一切軍國大計(jì)都在段手中，而段則一切取決于徐，他簡直是內(nèi)閣中的內(nèi)閣，總理下面的總理。

　　段祺瑞剛愎，可是他卻寵信徐樹錚。小徐才氣高卻不成熟，他做任何事都使人側(cè)目，段的政治麻煩多數(shù)出在小徐身上。這一時(shí)期，小徐極力排斥直系“王弼”。，這是段所樂見的?？墒撬膊蝗荻蜗抵杏衅渌募t人，靳云鵬和小徐都是名列段手下的四大金剛，靳云鵬當(dāng)了參陸辦公處主任，小徐是不高興的，于是他專門和靳作對(duì)，靳只得請(qǐng)假不辦公，軍事大權(quán)便落到小徐的手中。國務(wù)院秘書長張志潭本是他推薦的，不知怎的他也不滿意張，張也只得辭職。段的文武兩大幕僚都和小徐鬧翻，其不能容人，于此可見。奇怪的是，段也不能容人，可是卻容一個(gè)飛揚(yáng)跋扈的徐樹錚。

　　徐樹錚迫走靳云鵬后，段系內(nèi)部便起了分化。

　　這時(shí)候，徐樹錚想做直隸督軍，他想把曹錕再升一級(jí)，升曹為兩湖巡閱使兼湖北督軍，調(diào)湖北督軍為江蘇督軍，這樣既解決了李純，又打擊了直系，更為自己開了一條路，實(shí)在是“一石二鳥”的如意算盤。他認(rèn)為曹錕由一省督軍上升為兩省的巡閱使，又仍掌一省督軍，應(yīng)該會(huì)心滿意足的，如果曹錕同意，自己的直隸督軍便垂手可得。不料這個(gè)消息傳出后，曹錕大為光火，認(rèn)為這是明升暗降，故意調(diào)虎離山，因此4月4日打了一通電報(bào)給北京政府，請(qǐng)辭兩湖宣撫使，在未獲批準(zhǔn)前先請(qǐng)假一個(gè)月，以便到信陽雞公山養(yǎng)疴。當(dāng)時(shí)北洋軍人常用辭職或養(yǎng)病來威脅政府；與曹的行動(dòng)配合的，是前線總司令吳佩孚亦致電北京，稱因所部作戰(zhàn)疲勞，請(qǐng)將全軍調(diào)回直隸休息。這是表示吳部隨時(shí)可以撤軍北返。

　　曹錕是主戰(zhàn)派的第一號(hào)大將，湖南的捷訊剛好挽回了北洋派威信，而吳部又是湖南戰(zhàn)場上的主力，如果曹錕真的倦勤，吳部真的撤回號(hào)存齋。撫州金溪（今屬江西）人。曾結(jié)廬講學(xué)于象山（今，則段祺瑞武力平南的政策就功敗垂成，付諸流水。因此，徐樹錚這一遭碰了大釘子。段為了解釋誤會(huì)，特要徐樹錚親自跑到漢口來向曹錕道歉，勸阻曹錕不要辭職或請(qǐng)假，也勸曹令吳佩孚不要從戰(zhàn)場上撤退。

　　徐樹錚在漢口同時(shí)部署了新的作戰(zhàn)計(jì)劃，他打算把調(diào)往四川作戰(zhàn)的奉軍改調(diào)到湖南戰(zhàn)場上，用以監(jiān)視直軍，以防直軍作戰(zhàn)不力或撤退。

　　段原來部署的第三期作戰(zhàn)計(jì)劃是西戰(zhàn)場與南戰(zhàn)場雙管齊下，現(xiàn)在徐則把西戰(zhàn)場推遲一下，集中全力解決南戰(zhàn)場。徐這計(jì)劃段沒有完全同意。

　　段祺瑞三度組閣前，一切有利的情勢都傾向于他，可是等他上臺(tái)后，情況就兩樣了，皖系和主戰(zhàn)派的軍閥擁護(hù)他是自有打算的而生”，將老子“有生于無”觀點(diǎn)引向以無為體，以有為用，，希望因?yàn)樽鲬?zhàn)而能分到日本的借款和軍火，同時(shí)因?yàn)樽鲬?zhàn)而各自可以截留國稅，買馬招兵。奉軍入關(guān)前劫奪了一批軍火，段上臺(tái)不久，第三批從日本運(yùn)來的軍火又在塘沽被奉軍劫收。

　　如果照第三期的北軍對(duì)南作戰(zhàn)計(jì)劃，一個(gè)月打下湖南，三個(gè)月平定兩廣，至多半年內(nèi)就可以完成全國武力統(tǒng)一?？墒翘煜率戮褪悄敲床蝗缛嗽?，在湖南作戰(zhàn)的直軍，于占領(lǐng)長沙后，借口餉械不敷，進(jìn)兵緩慢。

　　段鑒于前方軍事進(jìn)行不如理想，而主戰(zhàn)派內(nèi)部又不和睦，乃決定自己“南巡”到漢口召集一次大規(guī)模的軍事會(huì)議，會(huì)議的目的是消除前方厭戰(zhàn)氣氛，積極地打仗，同時(shí)要消滅主戰(zhàn)派內(nèi)部的裂痕，尤其是直皖兩系的裂痕，從而促成北洋派的大團(tuán)結(jié)，以便部署對(duì)西南五省的全面進(jìn)攻。因?yàn)楸本┑恼涡蝿菀殉梢幻娴?，新國?huì)召集后，總統(tǒng)即將改選，今后段將是北洋派唯一的領(lǐng)袖，所以更有必要先進(jìn)行大團(tuán)結(jié)工作。

　　段在國務(wù)會(huì)議上提出南巡計(jì)劃，全體閣員都加反對(duì)，他們的反對(duì)也是有理由的，不久之前馮國璋以總統(tǒng)之尊曾往“南巡”，使得人心惶惶作有《三峰集》、《學(xué)者指南圖》等。，如今總理又要南巡，豈不更增政局的不安，加深了時(shí)局的復(fù)雜性。

　　段不顧閣員的反對(duì)，決定南巡，先發(fā)電給李純、陳光遠(yuǎn)、張敬堯、張懷芝到漢口參加這個(gè)會(huì)議。

　　4月20日段由京漢鐵路南行，21日經(jīng)過鄭州，河南督軍趙倜登車隨行。22日抵漢口，本當(dāng)在大智門車站下車，但是為了到劉園訪問曹錕方便起見，改在循禮門下車。從循禮門到劉園的曹錕司令部，沿途軍警林立，斷絕交通，禁止臨街偷望，真是十步一崗，五步一警。武漢人民第一次看到內(nèi)閣總理的威風(fēng)場面。

　　可是，段所召集的督軍會(huì)議卻異常冷落，被邀請(qǐng)參加會(huì)議的四個(gè)督軍，沒有一個(gè)前來漢口參加。李純和陳光遠(yuǎn)是主和的直系，心中有所顧忌為“理氣俱是天道”。清戴震把道理解為“氣化流行”的過程。，自然不敢赴會(huì)；而主戰(zhàn)的張懷芝和張敬堯也托詞“軍情緊急”而不與會(huì)。原來張懷芝和曹錕有了隔閡。曹錕駐節(jié)漢口時(shí)，《順天時(shí)報(bào)》說他曾在青樓中選到一位姨太太，張懷芝是曹錕把兄，就去電責(zé)曹不應(yīng)“軍中行樂”。曹大為光火，認(rèn)為張根據(jù)“無稽之言”破壞他的名譽(yù)，從此便和張斷絕往來。至于張敬堯則不敢離開長沙，因他自知在湖南不受人喜歡，臥榻之旁又有他人鼾睡，吳佩孚有戰(zhàn)功又有人緣，如果他離開長沙，吳佩孚可能會(huì)取他的督軍位子，所以也不敢前赴漢口。

　　段覺得張懷芝是第二路軍統(tǒng)帥，如不與會(huì)，漢口的督軍會(huì)議勢必流產(chǎn)，所以一定要張來，并命他接到電報(bào)立刻動(dòng)身。24日張懷芝到了漢口，段在曹錕和張懷芝之間作了調(diào)人，張向曹道歉了事。

　　段祺瑞在漢口主持的軍事會(huì)議，參加者有曹錕、張懷芝、王占元、趙倜四個(gè)督軍，徐樹錚當(dāng)然也參加，其他各省江蘇、江西、湖南、安徽、山西、陜西、奉天督軍則派代表出席。

　　段在會(huì)議上說明團(tuán)結(jié)北洋派的重要性和貫徹對(duì)南作戰(zhàn)方針的決定，然后提出第四期作戰(zhàn)計(jì)劃，發(fā)交有關(guān)各省按照計(jì)劃執(zhí)行。關(guān)于總統(tǒng)問題，主戰(zhàn)派內(nèi)部存在不同的兩種意見：一種是主張以臨時(shí)參議院代行選舉權(quán)，選舉總統(tǒng)；一種主張迅速召集新國會(huì)以便如期進(jìn)行總統(tǒng)的選舉。段決定采取后一種辦法。

　　曹錕和王占元聯(lián)合請(qǐng)求恢復(fù)陳光遠(yuǎn)的原官，撤銷王汝賢、范國璋二人的處分，對(duì)馮玉祥不究既往。這樣一來，漢口的督軍會(huì)議變成了對(duì)直系的緩和態(tài)度。這是因?yàn)椴苠K態(tài)度大變。天下事就是如此奇怪，曹錕以直系的一分子，忽然轉(zhuǎn)變?yōu)槎杰妶F(tuán)盟主和主戰(zhàn)派領(lǐng)袖，段祺瑞再起組閣，他是重要的一分子，現(xiàn)在他表示要對(duì)直系和好，也正符合段的北洋派大團(tuán)結(jié)的要求，因此漢口會(huì)議便促成皖系對(duì)直系和善的決定。

　　漢口軍事會(huì)議結(jié)束后，曹錕、張懷芝、倪嗣沖于4月26日聯(lián)合電請(qǐng)政府迅速召集新國會(huì)。北京國務(wù)院于5月4日通電否認(rèn)要以臨時(shí)參議院代行國會(huì)的一切職權(quán)。

　　為了真的表示對(duì)直系的寬大，以達(dá)到北洋派大團(tuán)結(jié)的目的，段又電約倪嗣沖、盧永祥兩人先到南京等候。25日晚段由漢口動(dòng)身，乘楚材軍艦東下，因馬力開得太足，撞沉了招商局的江寬號(hào)，溺死乘客近千人，楚材號(hào)負(fù)傷停駛，段換乘護(hù)送艦楚泰號(hào)鼓掉疾馳而去。26日在九江和陳光遠(yuǎn)見面。27日到南京和李純見面。并且在李、倪、盧三人間做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。

　　段在南巡期間，全國掀起了反對(duì)中日密約的浪潮。原來段在任參戰(zhàn)督辦時(shí)，以參戰(zhàn)為名和日本洽商借款，名義上是編練參戰(zhàn)軍，實(shí)際是拿日本借款進(jìn)行個(gè)人建軍工作，并以一部分作為征南戰(zhàn)費(fèi)和籌備新國會(huì)之用，這些交涉不要說馮國璋不知道，連北京外交部也不知道。段組閣后，日本更提出四項(xiàng)條件：（一）共同出兵西伯利亞，由日軍指揮華軍。（二）發(fā)行軍用票。（三）臨時(shí)管理中國交通、軍械、實(shí)業(yè)、經(jīng)濟(jì)、教育、外交。（四）合組運(yùn)輸大同盟。日方要中國嚴(yán)守秘密。3月24日中日雙方交換照會(huì)，消息當(dāng)然關(guān)不住，于是全國便掀起了反對(duì)中日秘密外交以及反對(duì)繼續(xù)用兵的高潮。段在武漢也受到壓迫，武漢各團(tuán)體和商會(huì)都派代表直接請(qǐng)?jiān)竿Ｖ箖?nèi)爭，段自然不予接見。段的苦惱是剛好壓制了直系主和，可是全國性的反戰(zhàn)，使他“武力統(tǒng)一”的政策又受到打擊。因此他的南巡，毫無成績可言。