11年6月12日，黎元洪發(fā)表了兩道命令：

　　第一道命令是發(fā)表新內(nèi)閣名單如下——

　　國(guó)務(wù)總理顏惠慶署理。

　　外交總長(zhǎng)顏惠慶兼。

　　內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)譚延闿。（署）

　　陸軍總長(zhǎng)吳佩孚。（署）

　　海軍總長(zhǎng)李鼎新。

　　農(nóng)商總長(zhǎng)張國(guó)淦。（署）

　　司法總長(zhǎng)王寵惠。（署）

　　教育總長(zhǎng)黃炎培。（署）

　　財(cái)政總長(zhǎng)董康。

　　交通總長(zhǎng)高恩洪。（署）

　　第二道命令是撤銷民國(guó)6年“解散國(guó)會(huì)的命令”。

　　在內(nèi)閣人事方面，黎是獨(dú)斷獨(dú)行的，并未征求曹吳的意見，這是近幾年來北京政府一直未辦到的事。內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)本來決定由孫洪伊擔(dān)任，后來得到消息，這位以前是親黎反段祺瑞的政客，現(xiàn)在是站在廣東方面反對(duì)黎元洪復(fù)職，所以改派譚延闿。譚可以算是黎的老朋友，并且是與西南方面有關(guān)的人物，此時(shí)不在湖南，可以借重。至于農(nóng)商總長(zhǎng)張國(guó)淦，是黎的老幕僚，又是同鄉(xiāng)。王寵惠是當(dāng)時(shí)知名之士，也和西南有關(guān)。董康和高恩洪則是吳佩孚所欣賞的。請(qǐng)吳佩孚做陸軍總長(zhǎng)是想借他的威望和影響力去完成裁兵，同時(shí)把全國(guó)的軍權(quán)交付給他，這樣他就不會(huì)再眷戀一個(gè)巡閱使的地位，如果他率先放棄巡閱使，以他的威望作號(hào)召就可達(dá)到廢督的目的。

　　還有參謀總長(zhǎng)問題，本來決定齊燮元，這是為了把他調(diào)到北京來，以裁撤江蘇督軍做為倡導(dǎo)，可是吳佩孚則竭力推薦李烈鈞，吳的發(fā)言力量太大，黎不能不答應(yīng)，所以參謀總長(zhǎng)便給了李烈鈞。

　　不管怎么說，這個(gè)內(nèi)閣人事總算實(shí)現(xiàn)了黎的愿望，而黎的愿望與直系的愿望不謀而合，就是用政治手段瓦解南方，以收全國(guó)統(tǒng)一之效。所以黎和新閣員都有電報(bào)迎接伍廷芳北上組閣，同時(shí)黎還電邀孫中山、張謇、王士珍，靳云鵬、熊希齡等到北京來籌商統(tǒng)一問題。

　　吳佩孚除電請(qǐng)孫中山下野外，還邀請(qǐng)伍廷芳、李烈鈞北上主持大計(jì)。直系軍人發(fā)出一片敦勸孫下野和歡迎西南人物北上的呼聲。

　　因此，好像全國(guó)統(tǒng)一呼之欲出，北方軍人過去在戰(zhàn)場(chǎng)上得不到的東西，現(xiàn)在想通過恢復(fù)法統(tǒng)、迎黎復(fù)職一套手法來實(shí)現(xiàn)。

　　6月13日吳佩孚親赴北京慶賀總統(tǒng)復(fù)職，但他并未就任陸軍總長(zhǎng)，他向黎元洪祝賀后，就回保定去了。

　　6月15日浙江督軍盧永祥倡導(dǎo)自行廢督，改稱軍務(wù)善后督辦。他雖不承認(rèn)黎是合法總統(tǒng)，卻也承認(rèn)他是事實(shí)總統(tǒng)，打來電報(bào)稱為“暫行大總統(tǒng)職權(quán)”。黎就職電中也不以合法總統(tǒng)自居。

　　黎復(fù)職初期頗得中外好感，外交團(tuán)對(duì)黎呼吁廢督裁兵一事極為贊同，且對(duì)直系不以總統(tǒng)自為，而以維護(hù)法統(tǒng)迎黎復(fù)職，極為欣賞。

　　西南各省早已拋棄了護(hù)法的旗幟，主張組織聯(lián)省自治政府，對(duì)于“法統(tǒng)”問題并不感到興趣，不過也不反對(duì)黎復(fù)任總統(tǒng)。

　　吳佩孚早在倡議迎黎元洪復(fù)職時(shí)，就曾向湖南督軍趙恒惕獻(xiàn)策，吳、趙私交甚睦，因此不拘行跡。吳曾于5月31日電趙，替趙出了三個(gè)主意：（一）與廣東陳炯明、四川劉湘一致，贊成恢復(fù)法統(tǒng)；（二）仍然保持自治，對(duì)南北采取中立態(tài)度；（三）既不贊成，也不反對(duì)。趙恒惕是西南各省推行自治的領(lǐng)導(dǎo)人物，吳希望趙能首先取消“自治”，同時(shí)利用他的影響力疏通西南聯(lián)治派采取一致行動(dòng)，趙對(duì)這個(gè)問題沒有答復(fù)給吳。

　　不過，黎復(fù)職前后，貴州的袁祖銘（6月3日），四川的劉湘（6月8日），云南的唐繼堯（6月28日）和川軍將領(lǐng)劉成勛（第三軍），但懋辛（第一軍），楊森（第二軍）及旅長(zhǎng)以上軍官（6月9日）都有電報(bào)贊成恢復(fù)法統(tǒng)，對(duì)黎表示擁護(hù)。

　　廣東的陳炯明雖然沒有直接表示，但在他6月19日給伍廷芳的電報(bào)中曾露骨地說：

　　“國(guó)會(huì)恢復(fù)，偽府取消，護(hù)法目的已達(dá)。黃陂復(fù)職，法律之爭(zhēng)應(yīng)候法律解釋。非常國(guó)會(huì)擅舉總統(tǒng)，惡例一開，亂及百世。炯明力爭(zhēng)無效，以此獲罪?，F(xiàn)維仗公之力，切勸孫公敝屣尊榮，示天下以無私?！?br/>
　　廣東省議會(huì)及各團(tuán)體也于6月20日通電贊成統(tǒng)一，電報(bào)中竟稱黎為總統(tǒng)而稱孫中山為先生。這些都顯示陳炯明的叛變事件在醞釀中。

　　黎元洪上臺(tái)后首先撤銷了對(duì)孫中山的通緝令以緩和南北之間的局勢(shì)，并于6月15日下令全國(guó)各地一律停戰(zhàn)。這時(shí)各地都有戰(zhàn)爭(zhēng)，孫的北伐軍已經(jīng)改道江西北伐，榆關(guān)又發(fā)生了直奉戰(zhàn)爭(zhēng)。黎認(rèn)為南北停戰(zhàn)是實(shí)現(xiàn)統(tǒng)一的首要步驟，因此派歐陽(yáng)斌前往江西說服雙方停止戰(zhàn)斗，并且加委孫所同意的謝遠(yuǎn)涵為江西省長(zhǎng)。其實(shí)孫早已任命謝為江西省長(zhǎng)。黎這一行動(dòng)順得姑情失嫂意，由直系派出的援贛軍總司令蔡成勛，看到黎這道人事命令，立刻加以拒絕。

　　黎在總統(tǒng)府很忙，每天忙于發(fā)電報(bào)，他一再地邀請(qǐng)孫中山、陳炯明、唐紹儀、李烈鈞、岑春煊、譚延闿等到北京來共商大計(jì)，并且還派出代表多人分途去迎接。

　　內(nèi)閣問題和統(tǒng)一問題是相連的，因此黎相信他要伍廷芳復(fù)任總理是一個(gè)好辦法，同時(shí)邀請(qǐng)一些知名之士與南方有關(guān)系的人物參加北京政府是有益于統(tǒng)一的。其實(shí)他這個(gè)辦法首先就讓擁他出山的直系所不高興，這就像徐世昌一樣，徐是安福國(guó)會(huì)所擁立的，他上臺(tái)后也以為自己可以統(tǒng)一中國(guó)，因此他的做法先讓皖系和安福系所不滿，如今，黎也走不出徐的舊路。

　　黎的夢(mèng)想逐漸落空，6月15月譚延闿表示不就內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)，16日黃炎培表示不就教育總長(zhǎng)，他們的電報(bào)都是打給顏惠慶的，好像根本不承認(rèn)黎元洪的總統(tǒng)地位。譚的電報(bào)說：“延闿從西南義師之后，不能悖護(hù)法政府之主張，為湖南人民之一，當(dāng)服從聯(lián)省自治之主義?！崩杷笸奈橥⒎家膊焕砝?，6月20日發(fā)出通電，認(rèn)為黎的復(fù)職沒有根據(jù)，不敢茍同，末了并說：“行將息影家園，再研靈學(xué)?！崩盍意x則參加了一個(gè)聯(lián)名的電報(bào)，這個(gè)電報(bào)上公開罵黎叛國(guó)，罵黎元洪和舊國(guó)會(huì)都是直系的傀儡。

　　這一連串的反對(duì)和置之不理態(tài)度，真把黎元洪打得個(gè)發(fā)昏，簡(jiǎn)直是十七八桶冷水潑到他的頭上，使他一團(tuán)高興和一些自以為很不錯(cuò)的做法，完全付諸流水。黎想拉攏南方人物參加內(nèi)閣，以期促進(jìn)統(tǒng)一的計(jì)劃現(xiàn)在是徹底地落空了。

　　更傷腦筋的，是顏惠慶也不肯長(zhǎng)期署理國(guó)務(wù)總理，吳佩孚也表示不就陸軍總長(zhǎng)。黎勸吳如果不能長(zhǎng)期在北京，亦可遙領(lǐng)，不必堅(jiān)辭，吳卻擺起面孔說怎可尸位素餐。

　　這一來，內(nèi)閣不僅不能促進(jìn)全國(guó)統(tǒng)一，而且根本就殘破不全，七拼八湊，不為各方所重視。除了許多熱中名利的小政客奔走熱鬧，像戲臺(tái)上鑼鼓喧天和跑龍?zhí)锥猓瑢?duì)政局毫無改善。

　　黎元洪上臺(tái)前唱出廢督裁兵，且以此為條件，當(dāng)他上臺(tái)后究竟廢督裁兵實(shí)行情形如何呢？

　　先講廢督，首先實(shí)行廢督的，是江西。江西督軍陳光遠(yuǎn)于6月10日自動(dòng)宣布解除督軍職務(wù)，為什么陳光遠(yuǎn)如此漂亮呢？原來這時(shí)廣東的北伐軍長(zhǎng)驅(qū)直入江西，使陳光遠(yuǎn)無法立足，只好借廢督下臺(tái)。陳自動(dòng)解除督軍職務(wù)后，曹錕馬上保薦“援贛總司令”蔡成勛繼任江西督軍。黎元洪打電報(bào)給吳佩孚，希望廢督從江西開始，所有贛軍可以歸蔡成勛節(jié)制指揮，吳佩孚對(duì)此無意見。

　　6月15日黎政府的第一次國(guó)務(wù)會(huì)議開會(huì)，黎自稱以旁聽資格列席，在會(huì)中建議批準(zhǔn)陳光遠(yuǎn)辭職，派蔡成勛節(jié)制江西各軍，嗣后督軍如果辭職或出缺，一概不許簡(jiǎn)派。黎的建議獲得通過，當(dāng)天就發(fā)布了準(zhǔn)陳光遠(yuǎn)辭職和派蔡成勛節(jié)制江西各軍的命令，17日又補(bǔ)下了廢除江西督軍的命令。事實(shí)上，這位節(jié)制各軍的總司令根本就是變形易貌的督軍。

　　第二個(gè)實(shí)行廢督的，是浙江。浙江的盧永祥，對(duì)北京是半獨(dú)立狀態(tài)，6月15日他邀集浙江省議會(huì)及各團(tuán)體舉行聯(lián)席會(huì)議，宣布廢除督軍，但又聲明，本人并不服從北京政府，廢督后仍以第十師師長(zhǎng)名義維持全省治安。接著浙軍第二師師長(zhǎng)張載揚(yáng)發(fā)言，認(rèn)為師長(zhǎng)與師長(zhǎng)之間必須有一個(gè)聯(lián)系機(jī)構(gòu)，希望大家作一個(gè)決定。于是盧永祥宣稱請(qǐng)各團(tuán)體在兩天內(nèi)商定善后辦法，本人一定服從。第二天浙江各團(tuán)體通過了“浙江軍務(wù)善后辦法大綱”，這個(gè)大綱規(guī)定設(shè)立善后督辦一人，仍推盧永祥擔(dān)任。同一天浙軍第二師師長(zhǎng)張載揚(yáng)，北洋軍第四師師長(zhǎng)陳樂山，浙軍第一師師長(zhǎng)潘國(guó)綱聯(lián)名推舉盧永祥為浙江軍務(wù)善后督辦，浙江各團(tuán)體通電贊成。20日盧宣布接受新職，并公布“善后綱要”七條。這一廢督措施并不是擁護(hù)黎元洪，卻是對(duì)北京政府的變相獨(dú)立，因?yàn)樯坪缶V要的要點(diǎn)為：“自廢督后，浙江境內(nèi)不受任何方面干犯，以防督軍制之恢復(fù)，并變相督軍制之發(fā)生。如其假借名義侵入本省，當(dāng)本諸民意，力圖抵抗。自廢督之日起，在合法政府成立前，浙江一切維持原狀?！边@就是變相的獨(dú)立，如果北京政府敢于變更浙江現(xiàn)狀，浙江就要武力對(duì)抗。因此這一措施引起了直系極大的忿怒，準(zhǔn)備向浙江和上海用兵，以鏟除皖系的殘余勢(shì)力。曹錕、吳佩孚電請(qǐng)北京政府裁撤淞滬護(hù)軍使，改設(shè)上海鎮(zhèn)守使，歸江蘇督軍節(jié)制。新任海軍總司令杜錫珪準(zhǔn)備裝載蘇軍6000人在上海登陸，何豐林在上海頒布了戒嚴(yán)命令，可是黎元洪不主張用兵，曹、吳也不敢干為戎首，遂授意齊燮元和杜錫珪向盧永祥、何豐林解釋誤會(huì)，江浙之間的大戰(zhàn)才告避免。

　　第三個(gè)表示贊成廢督的是奉系領(lǐng)袖張作霖，他也承認(rèn)黎元洪為事實(shí)上的總統(tǒng)，并且寫信給黎贊成廢督裁兵。事實(shí)上東三省已經(jīng)沒有督軍了，因?yàn)榉钕祽?zhàn)敗退回關(guān)外時(shí)，他就改用東三省保安總司令的名義行使東三省的統(tǒng)治權(quán)，孫烈臣和吳俊升則用“保安副司令”的名義行使吉林和黑龍江的統(tǒng)治權(quán)。奉直停戰(zhàn)協(xié)定成立后，黎本打算叫張作霖用“鎮(zhèn)威上將軍”名義辦理東三省軍務(wù)善后事宜，這也就是變相的東三省巡閱使，因?yàn)橛杀本┌l(fā)布了這道命令，就在形式上使東三省仍成為北京政府的管轄區(qū)，而廢督的省區(qū)又增加了三個(gè)，豈不是使黎面子好看得多，可是由于不能打通吳佩孚這一關(guān)，所以這一道命令沒有發(fā)出。

　　吳佩孚對(duì)于廢督裁兵問題，主張?jiān)谌珖?guó)范圍內(nèi)建立幾個(gè)軍區(qū)，實(shí)際上“軍區(qū)長(zhǎng)”就是“巡閱使”，黎早在魚電中表示反對(duì)，未便接受。由于全面廢督問題有困難，黎又打算下一道先行裁兵的命令。正在這個(gè)時(shí)候，曹錕打來一個(gè)電報(bào)，認(rèn)為督可廢，而兵不可裁。理由是北伐軍深入江西，奉軍仍圖再舉，各省土匪橫行，裁兵必須推遲進(jìn)行。曹錕這通電報(bào)到了北京，裁兵命令便留中不發(fā)了。

　　因此黎元洪的廢督裁兵，變成了督不能廢，兵不能裁，吳佩孚又不肯就任陸軍總長(zhǎng)，使黎的第一炮完全放不響。黎為了下臺(tái)，遂在國(guó)務(wù)會(huì)議上建議設(shè)立全國(guó)裁兵委員會(huì)，以北洋派王士珍為委員長(zhǎng)，南方的李烈鈞為副委員長(zhǎng)。這個(gè)建議也無法實(shí)現(xiàn)，因?yàn)橥酢⒗顑扇硕疾豢暇吐?。其?shí)，即使他們就了職，也無法貫徹裁兵的任務(wù)。

　　后來，黎終于想出了一個(gè)好主意，對(duì)于兼任省長(zhǎng)的督軍，裁去督軍，存留省長(zhǎng)，就用省長(zhǎng)名義辦理一省的軍務(wù)善后，對(duì)于不兼省長(zhǎng)的督軍，改派為督理軍務(wù)善后事宜。

　　黎打電報(bào)給山西督軍閻錫山，勸他辭去督軍名義專任山西省長(zhǎng)。又召見新疆駐京代表，叫他勸楊增新辭去新疆督軍。

　　又打算派馮玉祥為蘇豫皖剿匪總司令而將河南督軍一職裁撤。

　　山西的閻錫山和新疆的楊增新都不理睬黎元洪的主張，根本就不答復(fù)黎。同時(shí)江蘇的齊燮元?jiǎng)t反對(duì)黎把江蘇劃入蘇豫皖剿匪區(qū)域，因此黎的這三個(gè)打算也都無法實(shí)現(xiàn)。從6月18日到7月24日，黎下令任命高凌霨為直隸省長(zhǎng)，張紹曾為陜西省長(zhǎng)，張其锽為廣西省長(zhǎng)，王永江為奉天省長(zhǎng)，湯薌銘為湖北省長(zhǎng)，王瑚為山東省長(zhǎng)，韓國(guó)鈞為江蘇省長(zhǎng)，原任直隸省長(zhǎng)曹銳是曹錕的兄弟，高凌霨怎敢取而代之，黎乃改派王承斌。后來除了王承斌和韓國(guó)鈞外，其他五位黎任命的省長(zhǎng)都沒有到任。

　　黎元洪的廢督工作由于受制于軍人，因此根本行不通，徹底破產(chǎn)。而曹錕和吳佩孚還和他開玩笑，一再來電保薦蔡成勛繼任江西督軍。黎既不敢拒絕，又不愿接受。因?yàn)榻麟m因情勢(shì)改變面廢督，可是究竟還是第一個(gè)廢督的省份，所以他只好用參陸辦公處的名義，派蔡成勛“督理江西軍務(wù)善后”。這和盧永祥改稱軍務(wù)善后督“辦”只有一字之差。

　　裁兵問題也一樣破產(chǎn)，曹吳電保靳云鶚升任第十四師師長(zhǎng)（旅擴(kuò)充為師），周蔭人升任第十二師師長(zhǎng)（這一師本是陳光遠(yuǎn)兼師長(zhǎng)，陳已下臺(tái)）。黎對(duì)于曹、吳這個(gè)電報(bào)違反裁兵原則，不好答復(fù)，改由陸軍部批準(zhǔn)備案。