黎元洪一上臺(tái)，立即下令撤銷對孫中山的通緝令，并電邀孫中山入京籌商國事；內(nèi)閣組成后，黎元洪和一些內(nèi)閣成員分別發(fā)電迎接伍廷芳北上組閣，并電邀唐紹儀、陳炯明、岑春煊、譚延闿等來京共商大計(jì)；與此同時(shí)，吳佩孚等直系軍閥除要求孫中山下野外，也分別電請孫中山、伍廷芳、李烈鈞等北上共謀國是。他們這樣做的目的是造成“全國統(tǒng)一”的氣氛。
南方人士已看出這是虛偽的表示，加以拒絕，被邀人士無一北上。其中，譚延闿表示不就內(nèi)務(wù)總長職，黃炎培表示不就教育總長職。伍廷芳發(fā)出通電，認(rèn)為黎元洪復(fù)職沒有法律根據(jù)。李烈鈞態(tài)度更為強(qiáng)硬，聯(lián)名發(fā)表通電，斥罵黎元洪叛國，說他和舊國會(huì)都是直系軍閥的傀儡。結(jié)果，黎元洪拉攏西南人物入閣的計(jì)劃落空。
陳炯明秘密策劃推倒孫中山，但他的兵力不足，北伐軍兵力逾4萬人以上，他的兵力不滿1．3萬人。利令智昏的陳炯明于1922年6月13日跨出了最后的一步，召集葉舉等人在石龍秘密召集會(huì)議，討論叛亂軍事部署。他們認(rèn)為，要阻止孫中山北伐，就要斷其財(cái)源，拘捕廖仲愷，鎖住“孫大炮的荷包”。
6月14日，陳炯明給廖仲愷打來一封電報(bào)，假稱請廖到惠州領(lǐng)款及協(xié)商要事。廖雖然感到陳炯明居心叵測，但為了爭取陳炯明懸崖勒馬，于15日如約前往惠州。他剛抵石龍資產(chǎn)階級(jí)哲學(xué)學(xué)說和派別之一。產(chǎn)生于19世紀(jì)上半期，創(chuàng)始，陳炯明就密電將廖仲愷扣留，旋將廖囚禁在廣州西郊石井兵工廠。
同日，葉舉在白云山調(diào)動(dòng)部隊(duì)，作好炮擊觀音山總統(tǒng)府和粵秀樓的準(zhǔn)備。孫中山接二連三接到報(bào)告：“陳家軍將謀不軌，請暫作回避?！钡珜O中山認(rèn)為，“競存惡劣當(dāng)不至此”。直到16日晨2時(shí)，又有一軍官向?qū)O中山報(bào)告：“粵軍各營，炊事已畢，約定2時(shí)出發(fā)，并聲言備足20萬，以為謀害總統(tǒng)之賞金，且言事成，準(zhǔn)各營兵士，大放假3日?！?br/>
16日3時(shí)，總統(tǒng)府的粵秀樓上已聽到敵人出發(fā)的號(hào)音，于是秘書林直勉、參軍林樹巍、輜重隊(duì)長陸志云催促孫中山立即離開。孫中山才化裝成醫(yī)生，出粵秀樓，幾經(jīng)周折，到達(dá)海珠海軍司令部，旋乘小艇到白鵝潭，登上楚豫艦。
葉舉指揮陳家軍分兵3路向總統(tǒng)府和粵秀樓發(fā)起進(jìn)攻，震耳欲聾的槍炮聲，打破了深夜的寧靜。敵人一面用步槍、機(jī)關(guān)槍、大炮向總統(tǒng)府和粵秀樓狂轟亂射，用煤油燒毀粵秀樓到總統(tǒng)府的棧橋，以斷孫中山的退路；一面派兵埋伏于總統(tǒng)府四周民房內(nèi)新實(shí)證主義的馬克思主義意大利德拉F沃爾佩（Galvano，以便孫中山乘車出總統(tǒng)府時(shí)，加以狙擊，企圖置孫中山及總統(tǒng)府警衛(wèi)隊(duì)于死地。
50多名總統(tǒng)府警衛(wèi)隊(duì)員在團(tuán)長陳可鈺、營長葉挺、薛岳、衛(wèi)士隊(duì)隊(duì)長姚觀順等人的帶領(lǐng)下，對敵人的圍攻，展開了頑強(qiáng)的反擊，多次擊退叛軍的輪番進(jìn)攻。上午10時(shí)左右，警衛(wèi)隊(duì)傷亡過多，被迫放棄粵秀樓。叛軍放火焚燒粵秀樓，孫中山的著作手稿及珍貴藏書，都被大火吞沒。
警衛(wèi)隊(duì)為了吸引敵人的火力，掩護(hù)孫中山脫險(xiǎn)，同敵人激戰(zhàn)，到下午3時(shí)，叛軍仍然無法攻克總統(tǒng)府。4時(shí)，葉舉請廣州衛(wèi)戍司令魏邦平派出軍使馬毓藩與警衛(wèi)隊(duì)團(tuán)長陳可鈺講和。正在談判間，叛軍乘警衛(wèi)隊(duì)毫無戒備，不顧信義地沖開總統(tǒng)府前面的兩層鐵門，一轟而進(jìn)，大肆搶掠總統(tǒng)府的槍彈、財(cái)物。
警衛(wèi)隊(duì)只好撤退出總統(tǒng)府，為掩護(hù)孫中山而留守在總統(tǒng)府的宋慶齡，也在葉挺和孫中山的副官馬湘、黃惠龍等人的護(hù)送下，脫離險(xiǎn)境。
孫中山脫險(xiǎn)后，率領(lǐng)永豐、永翔、楚豫、豫章、同安、廣玉、寶璧等7艦向大沙頭、白云山、沙河、觀音山、五層樓等處叛軍據(jù)點(diǎn)發(fā)炮轟擊。叛軍巡河兵艦也向軍艦炮擊，靜謐的白鵝潭，硝煙彌漫、惡浪滔天。雙方激戰(zhàn)多時(shí)，孫中山才因陸上沒有支援，只好率艦退回黃埔。
6月18日，孫中山電告在寧波的蔣介石：“事緊急盼速來！”26日，蔣介石風(fēng)塵仆仆地趕到黃埔，一見孫中山單膝跪下說：“先生，我來遲了！”
孫中山連忙扶起他，感慨萬端：“難得你這樣忠誠，不畏艱險(xiǎn)。當(dāng)初，你因?yàn)槲也豢嫌懛リ惥济鳎銞壩叶?，現(xiàn)在想來，倒是你有先見之明?！彼鞂⒑Ｉ现笓]大權(quán)交給了蔣介石。
陳炯明見武力威脅未逞，便指使親信利用省議會(huì)名義，強(qiáng)迫各社團(tuán)，聯(lián)名電促孫中山下野。他又致電伍廷芳：“切勸孫公，敝屣尊號(hào)，示天下無私?！?br/>
伍廷芳不為所動(dòng)，以總統(tǒng)府外交總長的身份，照會(huì)駐粵各國領(lǐng)事，嚴(yán)守中立，勿助叛軍。
7月1日，陳炯明派鐘榮光持函到永豐艦虛偽地向?qū)O中山表示：“國事至此，痛心何極！炯雖下野，萬難辭咎”?！拔┠钍昊茧y相從，此心未敢絲毫有負(fù)鈞座?！钡詈笕砸獙O中山下野，離開廣州。
孫中山對陳炯明嚴(yán)詞痛斥。
陳炯明不惜重金，誘賄海軍，以分化擁護(hù)孫中山的海軍力量。心懷異志的海軍司令溫樹德在陳炯明的誘迫下，秘密地與叛軍簽訂了議和條件。他在7月8日晚接受了陳炯明的26萬元賄賂后，擅自率領(lǐng)海圻、海琛、肇和3大艦息燈起錨，離開黃埔，駛出蓮花山河面。
叛軍以為3大艦離開黃埔后，孫中山的座艦永豐艦等就完全暴露在魚珠炮臺(tái)的火力監(jiān)視之下，黃埔后方的海心崗水深僅有6尺，軍艦難以通過，后路已絕。魚珠炮臺(tái)封鎖前路，永豐艦等或困死于黃埔，或葬身炮火之中。
但孫中山早有準(zhǔn)備，他事先派人測得新的航道，永豐艦等從容地?cái)[脫敵人炮火封鎖，移碇新造村河面與馬伯麟駐守的長洲要塞互為犄角，陳炯明謀害孫中山的陰謀再次破產(chǎn)。
不料，海軍陸戰(zhàn)隊(duì)司令孫祥夫率部反戈，7月9日長洲炮臺(tái)為敵人占據(jù)，停泊在新造河面的永豐艦等，頓失屏障，處境險(xiǎn)惡。
孫中山于10日拂曉，率永豐、楚豫、豫章、廣玉、寶璧等艦，開足馬力，駛向白鵝潭。沿途遭到叛軍猛烈的炮擊，永豐艦連重6彈。孫中山命令各艦還擊，迅速壓制叛軍的炮火，艦隊(duì)終于冒著紛飛的炮火，穿過叛軍的層層封鎖，駛?cè)氚座Z潭。
白鵝潭緊連沙面租界，叛軍不敢向艦隊(duì)開炮。但英國粵海關(guān)稅務(wù)司卻派人到永豐艦，以白鵝潭為通商港口和毗鄰沙面租界為借口，無理要求孫中山撤離白鵝潭。孫中山嚴(yán)詞痛斥：“此為我之領(lǐng)土，我可往來自由。決不受無理之干涉?！?br/>
陳炯明再次圖謀謀害孫中山，派人在永豐艦下布下水雷，幸好潮水退落，永豐艦剛剛掉轉(zhuǎn)船頭，未造成傷亡。
陳炯明一計(jì)不成，又設(shè)一計(jì)，他派人在江門裝修鋼板小輪船32艘，招募敢死隊(duì)300名，偷襲艦隊(duì)。又計(jì)劃賄買孫中山艦隊(duì)士兵，發(fā)炮轟擊沙面租界，造成糾紛，嫁禍于孫中山。
孫中山曾在陳炯明叛亂的第3天電令李烈鈞、許崇清等北伐軍回師廣東，討平叛逆。6月23日，北伐軍將領(lǐng)召開軍事會(huì)議，決定迅速回粵靖難。26日，粵軍第二軍、滇軍、福軍之全部及粵軍一師回師廣東，李烈鈞等部留守贛境，以作后援，但是，粵軍一師梁鴻楷在回師途中率部擅自脫離隊(duì)伍。
7月2日，北伐軍到達(dá)粵境，決定兵分?jǐn)?shù)路向韶關(guān)、翁源叛軍發(fā)起進(jìn)攻。陳炯明抽調(diào)叛軍翁式亮、楊坤如等幾十營兵力，并利用有利地形，密布鐵絲網(wǎng)，構(gòu)筑防御工事，布置2道防線。
7月10日，雙方展開正面交鋒。由于叛軍防御工事十分堅(jiān)固，雙方鏖戰(zhàn)多日，成相持局面。7月17日、18日，北伐軍向翁源展開猛烈進(jìn)攻，叛軍雖然死命防守，終究抵擋不住北伐軍的銳利攻勢。北伐軍遂于18日進(jìn)占翁源城外諸高山，翁源城內(nèi)4000余叛軍退出城外，埋伏在戰(zhàn)壕里，當(dāng)北伐軍乘勝攻城時(shí)，伏軍突起。于是，兩軍在城外展開血肉相搏戰(zhàn)。深夜，北伐軍派出飛機(jī)在英德附近沙口地方，拋下炸彈。翁源叛軍恐后方被包抄，趕緊退卻，北伐軍占據(jù)翁源。是役，雙方陣亡不下千人。
陳炯明要求吳佩孚派兵夾擊北伐軍。吳佩孚調(diào)沈鴻英部由湘南配合蔡成勛部，會(huì)攻留贛的北伐軍。李烈鈞部被迫退回粵境。
陳炯明調(diào)動(dòng)叛軍多部增援翁源。兩軍在翁源苦戰(zhàn)多日，直到7月26日，叛軍銳氣漸挫，全線開始向韶關(guān)退卻。北伐軍一直追擊逼近馬壩車站和韶關(guān)車站。不料，投敵的梁鴻楷師于28日趕來，與連續(xù)苦戰(zhàn)的北伐軍作戰(zhàn)。北伐軍已疲備不堪，遂退回火山一線，在以后的幾天內(nèi)，繼續(xù)后退。
8月3日，北伐軍在南雄召開軍事會(huì)議，決定分東西兩路撤退。許崇清、李福林等部經(jīng)江西入福建，李烈鈞、李明揚(yáng)、賴世璜等部經(jīng)湘南進(jìn)廣西，繼續(xù)討逆。
8月9日，堅(jiān)守在白鵝潭的孫中山得知北伐軍回師失利，他已是孤軍無援，決定離粵赴滬。下午3時(shí)，他乘英艦“摩軒號(hào)”到香港，次日，改坐“俄國皇后號(hào)”赴滬。
陳炯明對與孫中山有聯(lián)系的國民黨人，下令“剪草除根”。于是廣州叛軍，對于民黨黨員，大行屠殺，凡與民黨稍有關(guān)系者，格殺無論。李烈鈞、許崇清、汪精衛(wèi)、胡漢民、伍朝樞等在廣州的居處財(cái)產(chǎn)，也被叛軍洗劫殆盡。孫中山的家鄉(xiāng)香山也遭叛軍洗劫。叛軍在香山的殘暴兇淫，有史未見。
8月15日，陳炯明由惠州回到廣州，僭任粵軍總司令。
8月18日，何香凝來到白云山找陳炯明，要他釋放廖仲愷，并說：“仲愷有什么對不起你？你們說仲愷幫孫先生籌款，難道仲愷沒有幫助過你嗎？你在漳州兩年多，幫助你的不是仲愷嗎？”
陳炯明考慮到貿(mào)然公開殺害廖仲愷，于己不利，便下手令釋放廖仲愷。
何香凝估計(jì)陳炯明要派人暗殺廖仲愷，動(dòng)員廖仲愷立即離開廣州。19日凌晨3時(shí)，廖仲愷同何香凝坐小船到白鵝潭，再轉(zhuǎn)大輪赴香港，然后赴上海。
上午10時(shí)，陳炯明派士兵去抓廖仲愷，結(jié)果撲了個(gè)空。
退往上海的孫中山發(fā)表討伐陳炯明的宣言，歷數(shù)陳炯明的罪行。為了集中力量消滅陳炯明叛軍，孫中山?jīng)Q定利用直系與皖系的矛盾，與皖系合作，利用段祺瑞的勢力驅(qū)逐投直的福建軍閥李厚基。
10月，孫中山將駐扎福建的北伐軍改為討賊軍，任命許崇清為東路討賊軍總司令兼第2軍軍長，黃大偉、李福林為第1、3軍軍長，蔣介石為參謀長。討賊軍在駐閩皖軍王永泉的配合下，多次打敗了李厚基及增援的直軍唐謨部，迅速占領(lǐng)了福州，并計(jì)劃取道閩南進(jìn)攻潮汕。
孫中山又派鄒魯以特派員名義駐香港，負(fù)責(zé)策劃與駐廣西的滇、桂軍及駐西江的粵軍聯(lián)系，組織滇、桂、粵軍聯(lián)合的西路討賊軍，東下討賊。林直勉、鄧澤如、廖湘蕓等，也奉命入桂，進(jìn)行策反工作。
陳炯明對孫中山無日不在戒備之中，他的注意力集中在福建的討賊軍，派叛軍尹驥、李云復(fù)、黃風(fēng)倫、翁式亮、鐘景棠各部，配合直軍進(jìn)攻北伐軍。叛軍在閩南肆意搶劫財(cái)物，污辱婦女，被暴軍強(qiáng)奸致死的良家婦女，竟以數(shù)百計(jì)，引起人民的強(qiáng)烈不滿。許崇清討賊軍迅速地?fù)魸⒘伺衍?，叛軍潰退潮汕。人怨甚深的李厚基和直軍，同樣在慘敗之余，退出閩境。
陳炯明把廣西方面交給桂軍名將林虎，指令桂軍第1師劉震寰部和粵軍四師歸林虎管轄。劉震寰久想取得廣西總司令的地位，因而對陳炯明不滿，他借口接洽軍火問題，到香港同鄒魯密談，表示加入討陳隊(duì)伍，孫中山委任劉為中央直轄桂軍第二路總司令。最有勢力的沈鴻英部，也不滿于陳炯明扶植林虎的作法。孫中山通過岑春煊的關(guān)系，將沈鴻英爭取過來，委任他為中央直轄桂軍第一路總司令。孫中山又把滇軍張開儒部爭取過來，委任掌握實(shí)權(quán)的張開儒部將楊希閔為中央直轄滇軍總司令。
12月26日，受孫中山委任的中央直轄滇軍總司令楊希閔、中央直轄桂軍第一路總令沈鴻英、中央直轄桂軍第二路總司令劉震寰及擁護(hù)孫中山的粵軍等各派代表，在廣西大湟江白馬廟舉行會(huì)議，會(huì)商討陳戰(zhàn)略和合作問題。
白馬會(huì)盟后，討賊軍迅速向陳軍發(fā)起進(jìn)攻。駐守梧州的粵軍中級(jí)軍官莫雄、陳濟(jì)棠、鄧演達(dá)等，早與西路討賊軍秘密聯(lián)系，約定與討賊軍里應(yīng)外合，因此，討賊軍未費(fèi)一槍一彈，就收復(fù)了梧州。爾后西路討賊軍兵分3路，長驅(qū)直入，挺進(jìn)粵境。
陳軍兵敗如山倒。1923年1月14日，陳軍1師師長梁鴻楷、3師師長陳章甫通電擁戴魏邦平主持粵局。次日，洪兆麟在汕頭宣布脫離陳炯明，擁護(hù)孫中山回粵。
陳炯明只好于1月15日通電下野，率葉舉、熊略等殘部，敗退惠州。
次日，西路討賊軍進(jìn)入廣州。20日，孫中山任命胡漢民為廣東省長、許崇清為粵軍總司令、魏邦平為廣州衛(wèi)戍司令，并以胡漢民、李烈鈞、許崇清、魏邦平、鄒魯為全權(quán)委員，代行總統(tǒng)職權(quán)。
2月15日，孫中山偕同譚延回到廣州，3月1日，建立了陸海軍大元帥府，以廖仲愷，伍朝樞、譚延闿分別任財(cái)政、外交、內(nèi)務(wù)部長，蔣介石為大本營參謀長，朱培德為參軍長。
孫中山回到廣州，沒有一時(shí)安穩(wěn)的日子，陳炯明在東江虎視眈眈，已歸順孫中山的桂滇軍閥也是靠不住的。4月，桂系軍閥沈鴻英重演陳炯明的故伎，他接受北京政府所任命的廣東督理一職，發(fā)動(dòng)了對廣州的攻勢，一場新的叛亂開始了。孫中山親自督戰(zhàn)平叛，很快把沈鴻英叛軍平定了。沈只身逃往香港。
一波未平，一波又起。陳炯明乘沈鴻英反叛之機(jī)，又來攻擊孫中山部。孫中山知道陳炯明不去大患未除，便命各路軍隊(duì)圍攻惠州。這一仗，稱為東江之戰(zhàn)，反反復(fù)復(fù)，撲朔迷離，東起廈門，西至廣州，共打了4個(gè)多月，未分勝敗。孫中山見陳炯明的勢力一時(shí)難除，戰(zhàn)爭給廣東人民帶來沉重的負(fù)擔(dān)和痛苦，若要死戰(zhàn)，徒苦軍民，便暫且保守地界，休息一陣子。
孫中山感到趕走一個(gè)軍閥，又來了一個(gè)軍閥，終不是辦法，他接受蘇俄代表的建議：聯(lián)俄，聯(lián)共，改組國民黨，此是后話，暫且不提。
黎元洪上臺(tái)后，局勢不穩(wěn)，內(nèi)閣屢變。黎元洪一直是想請南方有影響的人物出面組閣，以便促成南北統(tǒng)一。他先準(zhǔn)備恢復(fù)伍廷芳為國務(wù)總理，因曹錕、吳佩孚反對，又改為任顏惠慶組閣。由于許多閣員不肯出任，又請王寵惠代理國務(wù)總理。1922年7月下旬，黎想讓南方名流唐紹儀組閣，便派人去保定、洛陽分別征求曹錕、吳佩孚的意見。曹、吳分別提出要自己的親信高凌霨、汪士元、張紹曾、高恩洪為閣員，內(nèi)閣總理由總統(tǒng)選派。8月15日，黎元洪正式發(fā)表唐紹儀組閣令。
唐紹儀答允出任內(nèi)閣總理，但他深知北京政府為直系軍閥所左右，各種矛盾相當(dāng)復(fù)雜，他不急于就任，先讓親信盧信入閣，自己北上天津，以探聽信息。
唐紹儀欲走馬上任。不料，曹、吳提出異議，說唐雖北洋出身，但投向革命黨，出賣北洋，唐組閣對北洋不利，公開表示反對。唐紹儀面對直系軍閥的干涉，束手無策，只好放棄內(nèi)閣總理一職，自天津匆匆南返。
王寵惠自覺長期代理內(nèi)閣總理名不正言不順，遂于9月14日提出辭職。黎元洪不得不正式任命王寵惠為內(nèi)閣總理。
直系內(nèi)部，曹錕與吳佩孚的想法不同。前面說過，吳佩孚與陳炯明攜手，計(jì)劃以黎元洪作為過渡，北倒曹錕，南倒孫中山，吳佩孚、陳炯明為正副總統(tǒng)。曹錕的想法，也是讓黎元洪為過渡階梯，然后自己擔(dān)任總統(tǒng)。曹、吳的出發(fā)點(diǎn)不同，分歧也就越來越明顯，發(fā)生利害沖突。吳反對曹過早地做總統(tǒng)，曹則怕吳威望過高，勢力太大，搶了他的總統(tǒng)位子。曹、吳各拉山頭，形成兩派。因曹錕以直魯豫巡閱使駐保定，其弟曹銳以直隸省長駐天津，故稱為“津?！迸桑欢鴧且愿毖查喪柜v洛陽，故稱“洛陽”派。兩派斗爭的焦點(diǎn)是內(nèi)閣問題，黎元洪在兩派之間受夾板氣。
王寵惠內(nèi)閣被人稱為“洛派內(nèi)閣”，因?yàn)閮?nèi)閣中的內(nèi)務(wù)總長孫丹林以前是吳佩孚的秘書長，交通總長高恩洪是吳佩孚的同鄉(xiāng)和忠實(shí)親信，陸軍總長張紹曾是吳佩孚的兒女親家。總理王寵惠和財(cái)政總長羅文干明顯地站在吳佩孚方面。曹錕大怒，認(rèn)為吳佩孚在發(fā)展個(gè)人勢力，于是暗使眾議院正副議長吳景濂、張伯烈反對“洛派內(nèi)閣”，王寵惠于11月25日提出辭職。
黎元洪面對洛派與津保派的爭斗，一時(shí)被弄得暈頭轉(zhuǎn)向，無所措手足，趕忙派人分頭去約請靳云鵬、顧維鈞、周樹模等人暫時(shí)代理內(nèi)閣總理。但這幾個(gè)，誰也不肯代理，一時(shí)間，北京政府成了無政府狀態(tài)。
11月29日，黎元洪提出由汪大燮組閣。汪聲明維持10日，10日期滿去職。
黎元洪又提出張紹曾組閣，黎以為張傾向津保派，又是吳佩孚的兒女親家。讓他組閣也許可以兩邊都不得罪，可是津保派對張紹曾并不放心，曹錕也希望無人組閣，長期處于無政府狀態(tài)，以便逼黎元洪下臺(tái)。于是，張紹曾內(nèi)閣一時(shí)難產(chǎn)。黎元洪只好托外交總長王正廷代理總理，王提出代理期限為10日。
1923年1月4日，黎元洪總算正式任命了張紹曾內(nèi)閣。張紹曾一上臺(tái)，即標(biāo)榜南北和平統(tǒng)一，這與黎元洪的政治夙愿暗合，但與吳佩孚的武力統(tǒng)一相沖突。曹錕、吳佩孚要求內(nèi)閣任命沈鴻英、孫傳芳為南方政府控制地盤的廣東、福建省督理，張紹曾認(rèn)為此舉有背于和平統(tǒng)一，嚴(yán)加拒絕，并憤然提出辭職，黎元洪極力挽留。
南方人士已看出這是虛偽的表示，加以拒絕，被邀人士無一北上。其中，譚延闿表示不就內(nèi)務(wù)總長職，黃炎培表示不就教育總長職。伍廷芳發(fā)出通電，認(rèn)為黎元洪復(fù)職沒有法律根據(jù)。李烈鈞態(tài)度更為強(qiáng)硬，聯(lián)名發(fā)表通電，斥罵黎元洪叛國，說他和舊國會(huì)都是直系軍閥的傀儡。結(jié)果，黎元洪拉攏西南人物入閣的計(jì)劃落空。
陳炯明秘密策劃推倒孫中山，但他的兵力不足，北伐軍兵力逾4萬人以上，他的兵力不滿1．3萬人。利令智昏的陳炯明于1922年6月13日跨出了最后的一步，召集葉舉等人在石龍秘密召集會(huì)議，討論叛亂軍事部署。他們認(rèn)為，要阻止孫中山北伐，就要斷其財(cái)源，拘捕廖仲愷，鎖住“孫大炮的荷包”。
6月14日，陳炯明給廖仲愷打來一封電報(bào)，假稱請廖到惠州領(lǐng)款及協(xié)商要事。廖雖然感到陳炯明居心叵測，但為了爭取陳炯明懸崖勒馬，于15日如約前往惠州。他剛抵石龍資產(chǎn)階級(jí)哲學(xué)學(xué)說和派別之一。產(chǎn)生于19世紀(jì)上半期，創(chuàng)始，陳炯明就密電將廖仲愷扣留，旋將廖囚禁在廣州西郊石井兵工廠。
同日，葉舉在白云山調(diào)動(dòng)部隊(duì)，作好炮擊觀音山總統(tǒng)府和粵秀樓的準(zhǔn)備。孫中山接二連三接到報(bào)告：“陳家軍將謀不軌，請暫作回避?！钡珜O中山認(rèn)為，“競存惡劣當(dāng)不至此”。直到16日晨2時(shí)，又有一軍官向?qū)O中山報(bào)告：“粵軍各營，炊事已畢，約定2時(shí)出發(fā)，并聲言備足20萬，以為謀害總統(tǒng)之賞金，且言事成，準(zhǔn)各營兵士，大放假3日?！?br/>
16日3時(shí)，總統(tǒng)府的粵秀樓上已聽到敵人出發(fā)的號(hào)音，于是秘書林直勉、參軍林樹巍、輜重隊(duì)長陸志云催促孫中山立即離開。孫中山才化裝成醫(yī)生，出粵秀樓，幾經(jīng)周折，到達(dá)海珠海軍司令部，旋乘小艇到白鵝潭，登上楚豫艦。
葉舉指揮陳家軍分兵3路向總統(tǒng)府和粵秀樓發(fā)起進(jìn)攻，震耳欲聾的槍炮聲，打破了深夜的寧靜。敵人一面用步槍、機(jī)關(guān)槍、大炮向總統(tǒng)府和粵秀樓狂轟亂射，用煤油燒毀粵秀樓到總統(tǒng)府的棧橋，以斷孫中山的退路；一面派兵埋伏于總統(tǒng)府四周民房內(nèi)新實(shí)證主義的馬克思主義意大利德拉F沃爾佩（Galvano，以便孫中山乘車出總統(tǒng)府時(shí)，加以狙擊，企圖置孫中山及總統(tǒng)府警衛(wèi)隊(duì)于死地。
50多名總統(tǒng)府警衛(wèi)隊(duì)員在團(tuán)長陳可鈺、營長葉挺、薛岳、衛(wèi)士隊(duì)隊(duì)長姚觀順等人的帶領(lǐng)下，對敵人的圍攻，展開了頑強(qiáng)的反擊，多次擊退叛軍的輪番進(jìn)攻。上午10時(shí)左右，警衛(wèi)隊(duì)傷亡過多，被迫放棄粵秀樓。叛軍放火焚燒粵秀樓，孫中山的著作手稿及珍貴藏書，都被大火吞沒。
警衛(wèi)隊(duì)為了吸引敵人的火力，掩護(hù)孫中山脫險(xiǎn)，同敵人激戰(zhàn)，到下午3時(shí)，叛軍仍然無法攻克總統(tǒng)府。4時(shí)，葉舉請廣州衛(wèi)戍司令魏邦平派出軍使馬毓藩與警衛(wèi)隊(duì)團(tuán)長陳可鈺講和。正在談判間，叛軍乘警衛(wèi)隊(duì)毫無戒備，不顧信義地沖開總統(tǒng)府前面的兩層鐵門，一轟而進(jìn)，大肆搶掠總統(tǒng)府的槍彈、財(cái)物。
警衛(wèi)隊(duì)只好撤退出總統(tǒng)府，為掩護(hù)孫中山而留守在總統(tǒng)府的宋慶齡，也在葉挺和孫中山的副官馬湘、黃惠龍等人的護(hù)送下，脫離險(xiǎn)境。
孫中山脫險(xiǎn)后，率領(lǐng)永豐、永翔、楚豫、豫章、同安、廣玉、寶璧等7艦向大沙頭、白云山、沙河、觀音山、五層樓等處叛軍據(jù)點(diǎn)發(fā)炮轟擊。叛軍巡河兵艦也向軍艦炮擊，靜謐的白鵝潭，硝煙彌漫、惡浪滔天。雙方激戰(zhàn)多時(shí)，孫中山才因陸上沒有支援，只好率艦退回黃埔。
6月18日，孫中山電告在寧波的蔣介石：“事緊急盼速來！”26日，蔣介石風(fēng)塵仆仆地趕到黃埔，一見孫中山單膝跪下說：“先生，我來遲了！”
孫中山連忙扶起他，感慨萬端：“難得你這樣忠誠，不畏艱險(xiǎn)。當(dāng)初，你因?yàn)槲也豢嫌懛リ惥济鳎銞壩叶?，現(xiàn)在想來，倒是你有先見之明?！彼鞂⒑Ｉ现笓]大權(quán)交給了蔣介石。
陳炯明見武力威脅未逞，便指使親信利用省議會(huì)名義，強(qiáng)迫各社團(tuán)，聯(lián)名電促孫中山下野。他又致電伍廷芳：“切勸孫公，敝屣尊號(hào)，示天下無私?！?br/>
伍廷芳不為所動(dòng)，以總統(tǒng)府外交總長的身份，照會(huì)駐粵各國領(lǐng)事，嚴(yán)守中立，勿助叛軍。
7月1日，陳炯明派鐘榮光持函到永豐艦虛偽地向?qū)O中山表示：“國事至此，痛心何極！炯雖下野，萬難辭咎”?！拔┠钍昊茧y相從，此心未敢絲毫有負(fù)鈞座?！钡詈笕砸獙O中山下野，離開廣州。
孫中山對陳炯明嚴(yán)詞痛斥。
陳炯明不惜重金，誘賄海軍，以分化擁護(hù)孫中山的海軍力量。心懷異志的海軍司令溫樹德在陳炯明的誘迫下，秘密地與叛軍簽訂了議和條件。他在7月8日晚接受了陳炯明的26萬元賄賂后，擅自率領(lǐng)海圻、海琛、肇和3大艦息燈起錨，離開黃埔，駛出蓮花山河面。
叛軍以為3大艦離開黃埔后，孫中山的座艦永豐艦等就完全暴露在魚珠炮臺(tái)的火力監(jiān)視之下，黃埔后方的海心崗水深僅有6尺，軍艦難以通過，后路已絕。魚珠炮臺(tái)封鎖前路，永豐艦等或困死于黃埔，或葬身炮火之中。
但孫中山早有準(zhǔn)備，他事先派人測得新的航道，永豐艦等從容地?cái)[脫敵人炮火封鎖，移碇新造村河面與馬伯麟駐守的長洲要塞互為犄角，陳炯明謀害孫中山的陰謀再次破產(chǎn)。
不料，海軍陸戰(zhàn)隊(duì)司令孫祥夫率部反戈，7月9日長洲炮臺(tái)為敵人占據(jù)，停泊在新造河面的永豐艦等，頓失屏障，處境險(xiǎn)惡。
孫中山于10日拂曉，率永豐、楚豫、豫章、廣玉、寶璧等艦，開足馬力，駛向白鵝潭。沿途遭到叛軍猛烈的炮擊，永豐艦連重6彈。孫中山命令各艦還擊，迅速壓制叛軍的炮火，艦隊(duì)終于冒著紛飛的炮火，穿過叛軍的層層封鎖，駛?cè)氚座Z潭。
白鵝潭緊連沙面租界，叛軍不敢向艦隊(duì)開炮。但英國粵海關(guān)稅務(wù)司卻派人到永豐艦，以白鵝潭為通商港口和毗鄰沙面租界為借口，無理要求孫中山撤離白鵝潭。孫中山嚴(yán)詞痛斥：“此為我之領(lǐng)土，我可往來自由。決不受無理之干涉?！?br/>
陳炯明再次圖謀謀害孫中山，派人在永豐艦下布下水雷，幸好潮水退落，永豐艦剛剛掉轉(zhuǎn)船頭，未造成傷亡。
陳炯明一計(jì)不成，又設(shè)一計(jì)，他派人在江門裝修鋼板小輪船32艘，招募敢死隊(duì)300名，偷襲艦隊(duì)。又計(jì)劃賄買孫中山艦隊(duì)士兵，發(fā)炮轟擊沙面租界，造成糾紛，嫁禍于孫中山。
孫中山曾在陳炯明叛亂的第3天電令李烈鈞、許崇清等北伐軍回師廣東，討平叛逆。6月23日，北伐軍將領(lǐng)召開軍事會(huì)議，決定迅速回粵靖難。26日，粵軍第二軍、滇軍、福軍之全部及粵軍一師回師廣東，李烈鈞等部留守贛境，以作后援，但是，粵軍一師梁鴻楷在回師途中率部擅自脫離隊(duì)伍。
7月2日，北伐軍到達(dá)粵境，決定兵分?jǐn)?shù)路向韶關(guān)、翁源叛軍發(fā)起進(jìn)攻。陳炯明抽調(diào)叛軍翁式亮、楊坤如等幾十營兵力，并利用有利地形，密布鐵絲網(wǎng)，構(gòu)筑防御工事，布置2道防線。
7月10日，雙方展開正面交鋒。由于叛軍防御工事十分堅(jiān)固，雙方鏖戰(zhàn)多日，成相持局面。7月17日、18日，北伐軍向翁源展開猛烈進(jìn)攻，叛軍雖然死命防守，終究抵擋不住北伐軍的銳利攻勢。北伐軍遂于18日進(jìn)占翁源城外諸高山，翁源城內(nèi)4000余叛軍退出城外，埋伏在戰(zhàn)壕里，當(dāng)北伐軍乘勝攻城時(shí)，伏軍突起。于是，兩軍在城外展開血肉相搏戰(zhàn)。深夜，北伐軍派出飛機(jī)在英德附近沙口地方，拋下炸彈。翁源叛軍恐后方被包抄，趕緊退卻，北伐軍占據(jù)翁源。是役，雙方陣亡不下千人。
陳炯明要求吳佩孚派兵夾擊北伐軍。吳佩孚調(diào)沈鴻英部由湘南配合蔡成勛部，會(huì)攻留贛的北伐軍。李烈鈞部被迫退回粵境。
陳炯明調(diào)動(dòng)叛軍多部增援翁源。兩軍在翁源苦戰(zhàn)多日，直到7月26日，叛軍銳氣漸挫，全線開始向韶關(guān)退卻。北伐軍一直追擊逼近馬壩車站和韶關(guān)車站。不料，投敵的梁鴻楷師于28日趕來，與連續(xù)苦戰(zhàn)的北伐軍作戰(zhàn)。北伐軍已疲備不堪，遂退回火山一線，在以后的幾天內(nèi)，繼續(xù)后退。
8月3日，北伐軍在南雄召開軍事會(huì)議，決定分東西兩路撤退。許崇清、李福林等部經(jīng)江西入福建，李烈鈞、李明揚(yáng)、賴世璜等部經(jīng)湘南進(jìn)廣西，繼續(xù)討逆。
8月9日，堅(jiān)守在白鵝潭的孫中山得知北伐軍回師失利，他已是孤軍無援，決定離粵赴滬。下午3時(shí)，他乘英艦“摩軒號(hào)”到香港，次日，改坐“俄國皇后號(hào)”赴滬。
陳炯明對與孫中山有聯(lián)系的國民黨人，下令“剪草除根”。于是廣州叛軍，對于民黨黨員，大行屠殺，凡與民黨稍有關(guān)系者，格殺無論。李烈鈞、許崇清、汪精衛(wèi)、胡漢民、伍朝樞等在廣州的居處財(cái)產(chǎn)，也被叛軍洗劫殆盡。孫中山的家鄉(xiāng)香山也遭叛軍洗劫。叛軍在香山的殘暴兇淫，有史未見。
8月15日，陳炯明由惠州回到廣州，僭任粵軍總司令。
8月18日，何香凝來到白云山找陳炯明，要他釋放廖仲愷，并說：“仲愷有什么對不起你？你們說仲愷幫孫先生籌款，難道仲愷沒有幫助過你嗎？你在漳州兩年多，幫助你的不是仲愷嗎？”
陳炯明考慮到貿(mào)然公開殺害廖仲愷，于己不利，便下手令釋放廖仲愷。
何香凝估計(jì)陳炯明要派人暗殺廖仲愷，動(dòng)員廖仲愷立即離開廣州。19日凌晨3時(shí)，廖仲愷同何香凝坐小船到白鵝潭，再轉(zhuǎn)大輪赴香港，然后赴上海。
上午10時(shí)，陳炯明派士兵去抓廖仲愷，結(jié)果撲了個(gè)空。
退往上海的孫中山發(fā)表討伐陳炯明的宣言，歷數(shù)陳炯明的罪行。為了集中力量消滅陳炯明叛軍，孫中山?jīng)Q定利用直系與皖系的矛盾，與皖系合作，利用段祺瑞的勢力驅(qū)逐投直的福建軍閥李厚基。
10月，孫中山將駐扎福建的北伐軍改為討賊軍，任命許崇清為東路討賊軍總司令兼第2軍軍長，黃大偉、李福林為第1、3軍軍長，蔣介石為參謀長。討賊軍在駐閩皖軍王永泉的配合下，多次打敗了李厚基及增援的直軍唐謨部，迅速占領(lǐng)了福州，并計(jì)劃取道閩南進(jìn)攻潮汕。
孫中山又派鄒魯以特派員名義駐香港，負(fù)責(zé)策劃與駐廣西的滇、桂軍及駐西江的粵軍聯(lián)系，組織滇、桂、粵軍聯(lián)合的西路討賊軍，東下討賊。林直勉、鄧澤如、廖湘蕓等，也奉命入桂，進(jìn)行策反工作。
陳炯明對孫中山無日不在戒備之中，他的注意力集中在福建的討賊軍，派叛軍尹驥、李云復(fù)、黃風(fēng)倫、翁式亮、鐘景棠各部，配合直軍進(jìn)攻北伐軍。叛軍在閩南肆意搶劫財(cái)物，污辱婦女，被暴軍強(qiáng)奸致死的良家婦女，竟以數(shù)百計(jì)，引起人民的強(qiáng)烈不滿。許崇清討賊軍迅速地?fù)魸⒘伺衍?，叛軍潰退潮汕。人怨甚深的李厚基和直軍，同樣在慘敗之余，退出閩境。
陳炯明把廣西方面交給桂軍名將林虎，指令桂軍第1師劉震寰部和粵軍四師歸林虎管轄。劉震寰久想取得廣西總司令的地位，因而對陳炯明不滿，他借口接洽軍火問題，到香港同鄒魯密談，表示加入討陳隊(duì)伍，孫中山委任劉為中央直轄桂軍第二路總司令。最有勢力的沈鴻英部，也不滿于陳炯明扶植林虎的作法。孫中山通過岑春煊的關(guān)系，將沈鴻英爭取過來，委任他為中央直轄桂軍第一路總司令。孫中山又把滇軍張開儒部爭取過來，委任掌握實(shí)權(quán)的張開儒部將楊希閔為中央直轄滇軍總司令。
12月26日，受孫中山委任的中央直轄滇軍總司令楊希閔、中央直轄桂軍第一路總令沈鴻英、中央直轄桂軍第二路總司令劉震寰及擁護(hù)孫中山的粵軍等各派代表，在廣西大湟江白馬廟舉行會(huì)議，會(huì)商討陳戰(zhàn)略和合作問題。
白馬會(huì)盟后，討賊軍迅速向陳軍發(fā)起進(jìn)攻。駐守梧州的粵軍中級(jí)軍官莫雄、陳濟(jì)棠、鄧演達(dá)等，早與西路討賊軍秘密聯(lián)系，約定與討賊軍里應(yīng)外合，因此，討賊軍未費(fèi)一槍一彈，就收復(fù)了梧州。爾后西路討賊軍兵分3路，長驅(qū)直入，挺進(jìn)粵境。
陳軍兵敗如山倒。1923年1月14日，陳軍1師師長梁鴻楷、3師師長陳章甫通電擁戴魏邦平主持粵局。次日，洪兆麟在汕頭宣布脫離陳炯明，擁護(hù)孫中山回粵。
陳炯明只好于1月15日通電下野，率葉舉、熊略等殘部，敗退惠州。
次日，西路討賊軍進(jìn)入廣州。20日，孫中山任命胡漢民為廣東省長、許崇清為粵軍總司令、魏邦平為廣州衛(wèi)戍司令，并以胡漢民、李烈鈞、許崇清、魏邦平、鄒魯為全權(quán)委員，代行總統(tǒng)職權(quán)。
2月15日，孫中山偕同譚延回到廣州，3月1日，建立了陸海軍大元帥府，以廖仲愷，伍朝樞、譚延闿分別任財(cái)政、外交、內(nèi)務(wù)部長，蔣介石為大本營參謀長，朱培德為參軍長。
孫中山回到廣州，沒有一時(shí)安穩(wěn)的日子，陳炯明在東江虎視眈眈，已歸順孫中山的桂滇軍閥也是靠不住的。4月，桂系軍閥沈鴻英重演陳炯明的故伎，他接受北京政府所任命的廣東督理一職，發(fā)動(dòng)了對廣州的攻勢，一場新的叛亂開始了。孫中山親自督戰(zhàn)平叛，很快把沈鴻英叛軍平定了。沈只身逃往香港。
一波未平，一波又起。陳炯明乘沈鴻英反叛之機(jī)，又來攻擊孫中山部。孫中山知道陳炯明不去大患未除，便命各路軍隊(duì)圍攻惠州。這一仗，稱為東江之戰(zhàn)，反反復(fù)復(fù)，撲朔迷離，東起廈門，西至廣州，共打了4個(gè)多月，未分勝敗。孫中山見陳炯明的勢力一時(shí)難除，戰(zhàn)爭給廣東人民帶來沉重的負(fù)擔(dān)和痛苦，若要死戰(zhàn)，徒苦軍民，便暫且保守地界，休息一陣子。
孫中山感到趕走一個(gè)軍閥，又來了一個(gè)軍閥，終不是辦法，他接受蘇俄代表的建議：聯(lián)俄，聯(lián)共，改組國民黨，此是后話，暫且不提。
黎元洪上臺(tái)后，局勢不穩(wěn)，內(nèi)閣屢變。黎元洪一直是想請南方有影響的人物出面組閣，以便促成南北統(tǒng)一。他先準(zhǔn)備恢復(fù)伍廷芳為國務(wù)總理，因曹錕、吳佩孚反對，又改為任顏惠慶組閣。由于許多閣員不肯出任，又請王寵惠代理國務(wù)總理。1922年7月下旬，黎想讓南方名流唐紹儀組閣，便派人去保定、洛陽分別征求曹錕、吳佩孚的意見。曹、吳分別提出要自己的親信高凌霨、汪士元、張紹曾、高恩洪為閣員，內(nèi)閣總理由總統(tǒng)選派。8月15日，黎元洪正式發(fā)表唐紹儀組閣令。
唐紹儀答允出任內(nèi)閣總理，但他深知北京政府為直系軍閥所左右，各種矛盾相當(dāng)復(fù)雜，他不急于就任，先讓親信盧信入閣，自己北上天津，以探聽信息。
唐紹儀欲走馬上任。不料，曹、吳提出異議，說唐雖北洋出身，但投向革命黨，出賣北洋，唐組閣對北洋不利，公開表示反對。唐紹儀面對直系軍閥的干涉，束手無策，只好放棄內(nèi)閣總理一職，自天津匆匆南返。
王寵惠自覺長期代理內(nèi)閣總理名不正言不順，遂于9月14日提出辭職。黎元洪不得不正式任命王寵惠為內(nèi)閣總理。
直系內(nèi)部，曹錕與吳佩孚的想法不同。前面說過，吳佩孚與陳炯明攜手，計(jì)劃以黎元洪作為過渡，北倒曹錕，南倒孫中山，吳佩孚、陳炯明為正副總統(tǒng)。曹錕的想法，也是讓黎元洪為過渡階梯，然后自己擔(dān)任總統(tǒng)。曹、吳的出發(fā)點(diǎn)不同，分歧也就越來越明顯，發(fā)生利害沖突。吳反對曹過早地做總統(tǒng)，曹則怕吳威望過高，勢力太大，搶了他的總統(tǒng)位子。曹、吳各拉山頭，形成兩派。因曹錕以直魯豫巡閱使駐保定，其弟曹銳以直隸省長駐天津，故稱為“津?！迸桑欢鴧且愿毖查喪柜v洛陽，故稱“洛陽”派。兩派斗爭的焦點(diǎn)是內(nèi)閣問題，黎元洪在兩派之間受夾板氣。
王寵惠內(nèi)閣被人稱為“洛派內(nèi)閣”，因?yàn)閮?nèi)閣中的內(nèi)務(wù)總長孫丹林以前是吳佩孚的秘書長，交通總長高恩洪是吳佩孚的同鄉(xiāng)和忠實(shí)親信，陸軍總長張紹曾是吳佩孚的兒女親家。總理王寵惠和財(cái)政總長羅文干明顯地站在吳佩孚方面。曹錕大怒，認(rèn)為吳佩孚在發(fā)展個(gè)人勢力，于是暗使眾議院正副議長吳景濂、張伯烈反對“洛派內(nèi)閣”，王寵惠于11月25日提出辭職。
黎元洪面對洛派與津保派的爭斗，一時(shí)被弄得暈頭轉(zhuǎn)向，無所措手足，趕忙派人分頭去約請靳云鵬、顧維鈞、周樹模等人暫時(shí)代理內(nèi)閣總理。但這幾個(gè)，誰也不肯代理，一時(shí)間，北京政府成了無政府狀態(tài)。
11月29日，黎元洪提出由汪大燮組閣。汪聲明維持10日，10日期滿去職。
黎元洪又提出張紹曾組閣，黎以為張傾向津保派，又是吳佩孚的兒女親家。讓他組閣也許可以兩邊都不得罪，可是津保派對張紹曾并不放心，曹錕也希望無人組閣，長期處于無政府狀態(tài)，以便逼黎元洪下臺(tái)。于是，張紹曾內(nèi)閣一時(shí)難產(chǎn)。黎元洪只好托外交總長王正廷代理總理，王提出代理期限為10日。
1923年1月4日，黎元洪總算正式任命了張紹曾內(nèi)閣。張紹曾一上臺(tái)，即標(biāo)榜南北和平統(tǒng)一，這與黎元洪的政治夙愿暗合，但與吳佩孚的武力統(tǒng)一相沖突。曹錕、吳佩孚要求內(nèi)閣任命沈鴻英、孫傳芳為南方政府控制地盤的廣東、福建省督理，張紹曾認(rèn)為此舉有背于和平統(tǒng)一，嚴(yán)加拒絕，并憤然提出辭職，黎元洪極力挽留。
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