孫中山在盧、孫、張倒直三角同盟形成時(shí)，便派徐謙將三角同盟的情況告知馮玉祥，并敦促馮早日發(fā)動倒直行動。不久，孫中山又派徐謙見馮，將自己的《建國大綱》交給他，此后孔祥熙又奉孫中山之命，將其親書的《建國大綱》交給馮，并進(jìn)一步勸馮倒直。國民黨人徐謙、鈕永建、王法勤、丁惟汾、李石曾等奉孫中山之命，時(shí)常同馮聯(lián)系，勸馮采取聯(lián)合奉、皖，將直系軍閥吳佩孚推翻。馮受到感動，決心倒直。
奉系首領(lǐng)張作霖也派來馬炳南到北京與馮玉祥取得聯(lián)系。馬既是張作霖的親信副官，又同馮玉祥有舊交，他們在20鎮(zhèn)時(shí)相識。馬還代表張學(xué)良趁馮玉祥同李德全結(jié)婚的時(shí)機(jī)，前來賀喜。
馮的元配妻子劉德貞患產(chǎn)科病去世。馮同基督教女青年會總干事李德全結(jié)識，李為北京惠文女子中學(xué)的教師，畢業(yè)于北京匯文女子大學(xué)，學(xué)識出眾，思想開明，精明能干，生活儉樸。馮與李戀愛之前，大總統(tǒng)曹錕擬將其女嫁給馮玉祥為妻，托人向馮說媒，馮不為大總統(tǒng)的權(quán)勢和曹小姐的顯貴所動，婉言加以謝絕。
馬炳南的不斷往返，奉軍又秘密接濟(jì)了馮軍一些補(bǔ)給。奉方又派郭瀛洲為代表和馮聯(lián)系倒直問題，馮表示贊同聯(lián)合。雙方約定，以奉軍不入關(guān)為主要條件，共同反直。
居住在天津的段祺瑞與山東督軍、皖系軍閥鄭士琦、山西督軍閻錫山聯(lián)絡(luò)反直活動。馮玉祥派遣參議劉之龍赴天津與段祺瑞洽談，約定將來孫中山主政，段祺瑞主軍。
馮玉祥積極爭取北方將領(lǐng)孫岳、胡景翼秘密聯(lián)盟。
15混成旅旅長孫岳，早年加入同盟會，從灤州起義前就與馮玉祥結(jié)交，兩人長期往來無間。孫對吳佩孚的驕橫專權(quán)，早已心懷不滿，與馮見面時(shí)，常常滿腹牢騷，對國家的前途和個(gè)人的遭遇，感到悲觀失望。馮和孫不但在遭受吳佩孚的排擠方面有共同點(diǎn)，而且又是志同道合的好友。他們交換了倒直的意見，在南苑一草亭密商了反直的協(xié)議，歷史上稱為“草亭協(xié)議”。
馮與孫準(zhǔn)備共同起兵反直，并決定由孫岳與胡景翼聯(lián)系。
胡景翼原是著名的同盟會會員，在馮玉祥督陜時(shí)與馮建立友誼。胡是陜軍第1師師長，部隊(duì)駐防于彰德、順德一帶，吳佩孚排擠胡，令胡部南下攻廣東。胡素有革命思想，不愿對南方作戰(zhàn)，遲遲不開拔，引起吳的不滿。胡部不僅在餉項(xiàng)給養(yǎng)方面受到刁難，而且遲早有被吳消滅的危險(xiǎn)，他不得不密謀準(zhǔn)備武裝行動。恰巧孫岳來與他面談，胡大喜，遂派部屬高級將領(lǐng)岳維峻去京見馮，表示絕對服從馮的命令。數(shù)日后，胡景翼借口到北京就醫(yī)，親自與馮密談，表示與馮合作的決心。至此，馮、胡、孫三角同盟形成。
馮玉祥再與黃郛建立聯(lián)系。黃郛是志同盟會員，在辛亥革命時(shí)曾參與上海光復(fù)，與陳其美、蔣介石訂為盟兄弟。馮經(jīng)張紹曾認(rèn)識黃郛，黃是1923年入北洋政府內(nèi)閣的，先后任外交總長、教育總長。馮、黃經(jīng)過交談，彼此有許多共同的見解。馮每星期都請黃到南苑兵營講述軍事政治學(xué)，講救國救民之道，為馮部參謀將士解釋國際及國家大勢，每次演講約兩個(gè)小時(shí)，馮親自與全軍營長以上官佐一同聽講。黃利用職務(wù)為馮探聽政界消息。
1924年9月5日，孫中山移師北伐，為了配合盧永祥，準(zhǔn)備攻取江西，孫中山密約馮玉祥、胡景翼、孫岳早日行動。
因事前盧永祥、張作霖、孫中山倒直三角同盟約定共同出兵，齊盧之戰(zhàn)爆發(fā)，張作霖的奉軍分6軍，即以姜登選為第一軍司令，出兵山海關(guān)；李錦林為第二軍司令，由錦縣攻朝陽；張學(xué)良為第三軍司令，出兵山海關(guān)；張作相為第四軍司令，作援軍；吳俊升為第五軍司令，作援軍；許蘭洲為第六軍司令，由開魯攻赤峰。張作霖自任總司令。
曹錕一日三驚，連連給吳佩孚發(fā)電報(bào)，又接連派出使者，懇求吳佩孚速速進(jìn)京。9月17日，吳佩孚來到北京，曹錕在總統(tǒng)府設(shè)宴為吳佩孚洗塵。吳佩孚即席作詩：
少年惜春華，勝日斗芳菲。
來路作歸程，風(fēng)景仍依稀。
周公徂山東，憂讒亦畏譏。
軍中名將老，江上昔人非。
建樹須及時(shí)，動靜宜見機(jī)。
何日摧狂虜，發(fā)揚(yáng)見國威。
不問個(gè)人瘦，惟期天下肥。
曹錕請吳佩孚攝行陸海軍大元帥職，吳佩孚便在中南海四照堂召集“討逆軍總司令部”軍事會議。吳任討逆軍總司令王承斌為副總司令兼直省后方警備總司令。彭壽莘為第一軍總司令，沿京奉鐵路出發(fā)，對付山海關(guān)、九門口一線；王懷慶為第二軍總司令，出喜峰口，趨平泉、朝陽；馮玉祥為第三軍總司令，出北古口，趨赤峰；張福來為援軍總司令，組織直、魯、豫、鄂、陜、川等10路援軍。
吳佩孚表面上派馮玉祥擔(dān)任這一路總司令，并說：此路非勁旅不克勝任，實(shí)際上是想置馮于死地。這一路不僅路途遙遠(yuǎn)，而且山脈橫亙，道路崎嶇，行軍極困難，赤峰東北復(fù)有沙漠處，人煙稀少。北方氣候寒冷，馮軍只有單衣，吳又規(guī)定行軍沿途，概不設(shè)兵站，糧秣餉項(xiàng)，統(tǒng)由各軍隨地籌辦。馮部所經(jīng)各地十分荒僻，往往百里之內(nèi)不見人煙，根本談不上就地籌糧，況且馮一向不愿搜刮地方。吳企圖借刀殺人，即借奉軍之手消滅馮軍。萬一不被奉軍消滅，也將以戰(zhàn)敗的罪名懲辦馮。
吳佩孚令胡景翼率部跟隨馮玉祥，并囑咐道，如果馮有什么異動，就近解決。可吳哪想到，胡和馮已有密約。胡把吳的話原原本本地告訴了馮，更增加了馮倒戈的決心。吳佩孚倒是聰明反被聰明誤了。
馮玉祥在吳佩孚發(fā)布作戰(zhàn)命令后，在北京城內(nèi)布置倒直的軍事內(nèi)應(yīng)，向曹錕建議：將王懷慶的13師開赴前線，孫岳的15混成旅調(diào)來拱衛(wèi)首都。曹錕同意這一建議，即調(diào)孫率部到京，任命孫為北京警備副司令之職。
馮向來主張兵貴神速，這次卻遲遲按兵不動，經(jīng)吳佩孚再三催促，才于9月21日開出先頭部隊(duì)。馮令部隊(duì)每日行程二三十里，司令部也慢慢移動。馮的司令部到達(dá)古北口后，借籌措給養(yǎng)為名，停留下來。一面督飭沿途各縣修路作回師準(zhǔn)備，一面令鹿鐘麟部每日從駐地向北京方向練習(xí)行軍，或50里，或60里折回，其意圖不僅是作為急行軍回師的準(zhǔn)備，而且使沿途人們對其行軍動作習(xí)為常見，不至使?fàn)柡蟀鄮熞鹜忾g的注意。
直軍第一二軍同奉軍作戰(zhàn)，第二軍總司令王懷慶是個(gè)庸懦腐朽之人。他采用舊式戰(zhàn)法，即一個(gè)人扛著大旗前面開路，密集的大隊(duì)形隨大旗行動。奉軍看到直軍如此無能，非常高興，立即拉開散兵線，一下子把王懷慶的13師的兩個(gè)營包圍起來，并迅速把他們消滅。王懷慶全軍頓時(shí)潰不成軍，敗退下來。氣得吳佩罕撤掉王懷慶的職務(wù)，急派親信張福來赴前線接替。
第一軍總司令彭壽莘是直軍中有名的勇將，但副總司令馮玉榮既無勇猛拼搏精神，又無隨機(jī)應(yīng)變之能力，他率部守九門口，奉軍發(fā)動進(jìn)攻之后，未交幾合，即棄關(guān)后撤。奉軍占領(lǐng)了九門口，西可攻下石門寨，南可威脅山海關(guān)正面陣地。
吳佩孚得知九門口失守，大驚失色，命彭壽莘立即將馮玉榮陣前正法。彭即率部阻馮敗退。馮玉榮進(jìn)退不得，遂服毒自殺。直軍的陣腳已亂，彭告急的電報(bào)頻頻飛向北京。
吳佩孚于10月10日乘火車到前線督戰(zhàn)，把總司令部放在秦皇島。吳佩孚所到之處，奉軍炮彈跟蹤而至，因有人向奉軍暗通消息。吳佩孚只好在火車上辦公。
皖系領(lǐng)袖段祺瑞令國務(wù)院參議袁良帶上他致黃郛的親筆信，建議：“當(dāng)吳佩孚到京之時(shí)，起而捕之，減少殺害無數(shù)生命?！庇忠篑T玉祥在行動上，宜早勿遲，遲了害處大，請黃善為指導(dǎo)之。
馮玉祥的指揮部到達(dá)古北口時(shí)，張作霖的代表馬炳南又來見馮，遞交了張作霖的信：“只要推翻曹、吳，奉方的目的即達(dá)到，決不再向關(guān)內(nèi)進(jìn)兵?！瘪T同馬炳南約定，如果兩軍相遇，均應(yīng)向天空鳴槍。
馮玉祥從古北進(jìn)抵灤平后，派劉治洲等人到通州與胡景翼秘密聯(lián)系，要胡暫緩開拔，并商討班師日期。劉治州又與段祺瑞接洽合作辦法，段說已同山西的閻錫山、山東的鄭士琦接洽妥當(dāng)，屆時(shí)定能采取一致行動。
吳佩孚又加派副總司令王承斌督促馮部向赤峰前進(jìn)。王承斌原是23師師長，善于打仗，但吳佩孚認(rèn)為他是奉天人，總懷疑他與張作霖有聯(lián)系，處處防備他，先是撤掉了23師師長職務(wù)，因王是親曹錕派，后來雖任命為討逆軍副總司令，并沒有實(shí)權(quán)。馮知道王對吳心懷怨恨，故將倒直的計(jì)劃告訴了他。王表示同情，但既不參與馮的行動，又不向吳告密。
張作霖因與馮有協(xié)議，即將進(jìn)攻赤峰方面的兵力抽出大部移到山海關(guān)方面作戰(zhàn)，從而加重了對吳佩孚親自統(tǒng)率的直軍第一軍的壓力，吳佩孚十分氣憤，被迫抽出3個(gè)師的兵力到赤峰方面作戰(zhàn)，但尚未到達(dá)地點(diǎn)，北京發(fā)生了政變，3個(gè)師被奉軍收編。
馮玉祥早已布置留守北京的蔣鴻遇向總統(tǒng)府及有關(guān)方面搜集吳佩孚的情報(bào)，以便及時(shí)報(bào)告?？偨y(tǒng)府內(nèi)的機(jī)要人員，有許多人與馮取得聯(lián)系，暗通消息。
馮得知吳在前線失利的消息后，為進(jìn)一步證實(shí)，給吳發(fā)去電報(bào)，探詢山海關(guān)戰(zhàn)況。吳的參謀長張方嚴(yán)復(fù)電：“此間形勢危急，不有意外勝利，恐難挽回頹勢?！?br/>
馮又接到蔣鴻遇的電報(bào)：“前方戰(zhàn)事緊急，吳已將長辛店、豐臺一帶所駐之第3師悉數(shù)調(diào)往前線增援?！钡?師是吳的看家兵力。蔣鴻遇曾告訴馮，一定要等吳的精銳部隊(duì)第3師從豐臺調(diào)赴由海關(guān)前線，班師回京的時(shí)機(jī)才算成熟。
馮為了慎重起見，密派劉之龍返京，和黃郛商量。馮曾給黃郛密電碼一冊，與黃約定互通消息，來往密電由黃夫人親譯。雖然通電頻繁，外人卻無法察覺。黃以親筆復(fù)信托劉帶給馮，并致電馮：“立志救國，在此一舉?！?br/>
馮玉祥遂于10月19日召集張之江、鹿鐘麟、李鳴鐘、劉郁芬、劉驥、熊斌等舉行緊急秘密軍事會議，胡景翼的代表鄧寶珊也趕來參加會議。馮試探了將領(lǐng)們的意向，然后鄭重宣布班師回京和政變計(jì)劃，將領(lǐng)們表示一致?lián)碜o(hù)。會議規(guī)定隊(duì)伍總稱為國民軍。因?yàn)楸本┱冇瓕O中山北上，擁護(hù)孫中山主義，孫中山所領(lǐng)導(dǎo)的黨叫國民黨，馮玉祥也把自己的部隊(duì)改名為國民軍。
馮玉祥命令胡景翼率領(lǐng)開赴喜峰口及通縣的部隊(duì)，星夜南下，攻占京奉路之軍糧城、灤州一帶，截?cái)嗑h路直軍之聯(lián)絡(luò)，并防阻吳佩孚西歸；命鹿鐘麟率部兼程返京，會同孫良誠、張維璽兩旅開往北苑，再與蔣鴻遇旅會同入城；命李鳴鐘率兵一旅直趨長辛店，截?cái)嗑h、京奉兩路交通；命已抵承德的張之江、宋哲元兩旅，限日班師。通知孫岳秘密監(jiān)視曹錕的衛(wèi)隊(duì)及吳佩孚的留守部隊(duì)，以防意外。同時(shí)又下令封鎖京熱大道，扣留有關(guān)人員，以防走漏消息。
馮玉祥動員之后，部隊(duì)開始行動，徒步以每日行程200里左右的速度返回北京，3日內(nèi)行程六七百里，先頭部隊(duì)的營幕和炊具均留置沿途不動，以便后續(xù)部隊(duì)到達(dá)時(shí)縮短吃飯和休息的時(shí)間，因此，數(shù)萬之眾，一路行來，狀如流水。鹿鐘麟首先于22日到達(dá)北苑。鹿與蔣鴻遇會商后，即將各部隊(duì)分配戰(zhàn)斗任務(wù)，先派兵一團(tuán)以接運(yùn)給養(yǎng)為名，押大車數(shù)百輛魚貫入城，所有武器皆藏在大車內(nèi)，當(dāng)晚8時(shí)由北苑出發(fā)，12時(shí)抵安定門。孫岳早已接到通知，即令徐永昌城防軍守城門衛(wèi)兵大開城門，迎入城內(nèi)。
鹿鐘麟首先指揮部隊(duì)接收了全城的防務(wù)，又把全城電話線割斷，封鎖曹錕與外界的聯(lián)絡(luò)。城內(nèi)各重要交通路口均用大車加以封鎖，總統(tǒng)府衛(wèi)隊(duì)由孫岳派兵包圍繳械，另由鹿派兵一營守衛(wèi)總統(tǒng)府。曹錕被監(jiān)視在中南海延慶樓內(nèi)，不準(zhǔn)與外間接觸。
鹿鐘麟的指揮部設(shè)在太廟，一切急需做的事情都在一夜之中辦好了。次日早晨，北京全城貼滿國民軍的安民布告，主要街道上布滿了國民軍崗哨，站崗的士兵臂上纏著“誓死救國，不擾民，真愛民”的白色袖章。
次日，馮玉祥來到北苑，發(fā)出主和通電，提出反戰(zhàn)主和，一切政治善后問題請全國賢達(dá)商補(bǔ)救之方，開更新之局。同時(shí)，馮部國民軍頒布文告，指責(zé)吳佩孚不顧人民的痛苦，興無名之師為孤注之?dāng)S。又宣布，首都重地，使館林立，商務(wù)云集，國民軍將負(fù)責(zé)維持地方秩序，保護(hù)外人之生命財(cái)產(chǎn)。
馮玉祥邀集胡景翼、孫岳、王承斌、王芝祥、鹿鐘麟、劉驥、張之江等在北苑開會商議正式改組軍隊(duì)的事宜。會上推馮為中華民國國民軍總司令兼第1軍軍長，胡、孫二人為副司令，分別任第2第3軍軍長，還決定成立攝政內(nèi)閣。曹錕賄選禍國，強(qiáng)令曹錕下令停戰(zhàn)，免除吳佩孚本兼各職，曹本人自動退位。
會后，馮玉祥等通電全國，并公布《建國大綱》。
馮玉祥于10月23日下令逮捕原財(cái)政總長王克敏和總統(tǒng)府收支處長李彥青等貪官污吏。王聞訊逃入租界，李拒絕交出贓款，遂被槍決，對此人們拍手稱快。隨后，馮又將大貪污犯曹錕之弟曹銳押解到案，令曹銳交出贓款，曹銳畏罪吞服鴉片自殺。
馮玉祥又接受張紹曾的建議，成立以黃郛為首的攝政內(nèi)閣?？偨y(tǒng)和總理的職權(quán)，由黃郛一人兼任，黃還兼任交通、教育兩部總長，王正廷兼任外交、敗政兩部總長，王永江為內(nèi)務(wù)總長，李書城為陸軍總長，張耀曾為司法總長，杜錫圭為海軍總長，王乃斌為農(nóng)商總長。黃郛、王正廷都是馮軍回師舉行政變的內(nèi)幕人物，因此，這個(gè)內(nèi)閣是以馮系為核心。
11月2日，王承斌到公府勸曹錕辭職，曹即向國會提出辭職咨文，并令內(nèi)閣攝行總統(tǒng)職權(quán)。曹錕看到前來逼他下臺的人，就是一年前劫車奪印捧他上臺的王承斌，不由得百感交集，十分難受。
吳佩孚接到馮玉祥的10月23日通電，雖然大吃一驚，但又疑心是張作霖捏造出來的假電報(bào)。他查明屬實(shí)后，又懷疑胡景翼未必加入馮軍，即命胡為第三軍總司令以代馮，叫張敬堯去胡部傳達(dá)命令。胡把這個(gè)倒霉使者扣留起來。
一切真相大白，吳佩孚才心慌意亂地把前方作戰(zhàn)的任務(wù)交給張福來主持，自己率領(lǐng)精兵七八千人回救北京。吳急電南方直系將領(lǐng)率兵北援，不料京漢、津浦兩線受阻，無法應(yīng)援。
馮玉祥、胡景翼的軍隊(duì)已開到廊坊，準(zhǔn)備進(jìn)攻天津。張紹曾為避免戰(zhàn)禍，出面調(diào)停，勸吳佩孚接受“和平救國大綱”。吳的態(tài)度仍然十分倔強(qiáng)，不肯罷休。雙方軍隊(duì)在楊村一帶開戰(zhàn)。此時(shí)陰雨連綿，楊村一帶除鐵路兩旁及永定河堤等高地外，盡是一片汪洋，作戰(zhàn)十分艱難。開戰(zhàn)后，雙方相持一天，不分勝負(fù)。馮派劉郁芬、蔣鴻遇兩旅，迂回到吳軍后方，從吳軍背后進(jìn)攻，又派李鳴鐘由豐臺抽調(diào)部隊(duì)，協(xié)助正面進(jìn)攻。張之江、石友三、谷良友部，協(xié)助李云龍旅，一致向吳軍擺出攻勢。此戰(zhàn)生俘了吳部的旅長潘鴻鈞以下數(shù)千人并乘勝進(jìn)擊。11月3日上午，馮軍占領(lǐng)了津浦鐵路沿線的天津附近的北倉，隨后占領(lǐng)天津。
國民軍攻占天津后，吳佩孚仍作困獸之斗，把司令部移駐軍糧城。胡景翼軍如果向前推進(jìn)，和奉軍兩頭一擠，吳佩孚即無處可逃。但馮玉祥、胡景翼接受了張紹曾的勸告，給吳佩孚放一條生路。
吳軍殘部在軍糧城兩頭被包圍。吳看到只有從海上逃跑一條路，大哭一場，在英國軍艦掩護(hù)下，由大沽乘海軍運(yùn)輸艦?zāi)咸?。?jīng)上海轉(zhuǎn)武漢，后又回到河南重整旗鼓。但吳從此元?dú)獯髠?，未能再抖起昔日的“威風(fēng)”。
馮玉祥一貫痛恨封建帝制，北京政變后，決心以全力，行其素志，把溥儀逐出宮去。11月5日，攝政內(nèi)閣作出修正優(yōu)待清室條件，永遠(yuǎn)廢除皇帝專號，將故宮一律開放，備充國立圖書館、博物館之用。馮玉祥當(dāng)天就令北京警備總司令鹿鐘麟和警察總監(jiān)張璧執(zhí)行，將宮內(nèi)太監(jiān)470余人、宮女百余人分別給資遣散，又用汽車5輛，送溥儀及清室“后妃”移居什剎海“醇王府”。11月29日，溥儀偕同鄭孝胥、陳寶琛兩人，由“醇王府”逃往日本公使館，不久，又從日本公使館逃往天津日租界。
11月6日，馮玉祥電請段祺瑞出山，稱：國民軍大元帥一席，非公莫屬，萬懇俯念國難方殷，國民屬望，即日就職。
段祺瑞于11月21日入京，就任中華民國臨時(shí)執(zhí)政。黃郛的攝政內(nèi)閣遂告結(jié)束。段任臨時(shí)執(zhí)政后，一批批安福系余孽聯(lián)袂入京，政局急轉(zhuǎn)直下。奉系軍閥張作霖背棄與馮玉祥達(dá)成的“奉軍不得入關(guān)”的協(xié)議，將大批奉軍開入關(guān)內(nèi)，以圖乘機(jī)擴(kuò)大地盤，覬覦北京。段祺瑞和張作霖互相勾結(jié)，聯(lián)合排擠馮玉祥。馮玉祥認(rèn)識到擁段出山是個(gè)錯(cuò)誤，稱為“失之毫厘，謬以千里！”斷送了北京政變的全功，十分懊悔，表現(xiàn)為萬分消極。
馮玉祥感到糊糊涂涂混下去，豈不是為強(qiáng)盜馬賊當(dāng)伙計(jì)？國民軍第二軍將領(lǐng)岳維峻、鄧寶珊向馮玉祥獻(xiàn)上一計(jì)：趁張作霖、張學(xué)良父子倆只帶少數(shù)衛(wèi)隊(duì)在北京之機(jī)，舉行暴動，把他們父子倆捉住槍斃，以快人心，而戡禍亂！
馮認(rèn)為這樣做會激起奉軍異動，釀成混戰(zhàn)之局，日本會趁機(jī)進(jìn)占東三省，不同意此計(jì)。
皖系盧永祥企圖恢復(fù)江蘇地盤，慫恿奉軍南下，而吳佩孚又企圖北上實(shí)行報(bào)復(fù)。馮面臨著奉、直、皖幾方面的軍事壓力，決定辭職下野回避矛盾。
馮對張作霖說自己精神不好，要上山休養(yǎng)。張作霖故意跳起來說：
“你不能走！我若讓你走了，我就是混賬王八蛋！”
馮玉祥便避入北京西郊天臺山去，在天臺山隱居。鹿鐘麟等來請示今后如何辦？馮玉祥說：
“你們第一要聽中山先生的招呼，其次要多和李大釗先生多多見面談話，還有胡景翼、孫岳諸位，必須常通聲氣，結(jié)在一起。這3件是大事，其余你們商量著辦就是了。”
段祺瑞一方面借助張作霖的軍事力量扼制馮玉祥，另一方面又感到如果沒有馮的軍事力量，自己就會受奉張擺布。因此，他對馮的辭職堅(jiān)決挽留，并對馮部略施撫慰手腕，于1925年元月任命馮玉祥為西北邊防督辦。
段祺瑞一方面拉攏馮，不讓馮下野，另一方面慫恿奉系的李景林以督辦直隸軍務(wù)的名義，迫使國民軍第三軍孫岳部讓出保定、大名等地，將馮與孫岳的聯(lián)系切斷。又命令國民軍第二軍胡景翼率師南下攻擊吳佩孚；同時(shí)密令劉鎮(zhèn)華的鎮(zhèn)嵩軍憨玉琨入豫，以牽制國民軍第二第三軍。
胡景翼部隊(duì)打敗吳佩孚部隊(duì)后，又在孫岳的幫助下，打敗了憨部。馮玉祥保薦孫岳督陜，胡景翼部收編了吳佩孚部的王為蔚、陳交釗、田維勤等。
馮玉祥赴張家口就任西北邊防督辦職。馮本來就任陸軍檢閱使并兼有西北邊防督辦名義，現(xiàn)在無形中失去了檢閱使名義。
馮玉祥經(jīng)過國民黨人徐謙的介紹，認(rèn)識了共產(chǎn)黨人李大釗。以李大釗為首的中共北方區(qū)委。在北京政變后，便確定了爭取國民軍，打擊段祺瑞、張作霖的革命策略。
李大釗、徐謙介紹馮玉祥與蘇聯(lián)駐華大使加拉罕會晤。
李大釗設(shè)法使馮玉祥振作起來，勸他不要消極。蘇聯(lián)方面也認(rèn)為，只有馮玉祥振作起來，國民軍才有可能形成中國北方一支反帝反軍閥的力量，國民軍也感到必須有老馮出山支撐著局面，才能爭取到有利的軍事、政治形勢。
通過李大釗、徐謙和加拉罕的協(xié)商，由馮軍和胡景翼軍、孫岳軍各選派25名青年軍官到蘇聯(lián)軍多學(xué)院學(xué)習(xí)。馮又從學(xué)兵團(tuán)挑選15名優(yōu)秀連排長，進(jìn)入蘇聯(lián)基輔軍官學(xué)校學(xué)習(xí)。之后，馮玉祥又派參謀長熊斌率團(tuán)級軍官魯崇義等，赴蘇參觀。
馮玉祥又根據(jù)李大釗的建議，向蘇聯(lián)政府請求派遣專家和援助武器。1925年3月，蘇聯(lián)派來了兩個(gè)軍事顧問組，共約三四十位顧問，各類專門人才具備，到國民軍擔(dān)任教官。馮玉祥在蘇聯(lián)專家的幫助下，在豐鎮(zhèn)廳建立了騎兵學(xué)校、在平地泉建立了炮兵學(xué)校，隨后在張家口成立了高級軍官學(xué)校，又在張家口建立了機(jī)槍學(xué)校、反間諜工作學(xué)校，小型通迅學(xué)校、小型工兵學(xué)校。蘇聯(lián)顧問還幫助國民軍建立了軍械工廠，裝備了修理廠，建造了彈藥生產(chǎn)設(shè)備，培養(yǎng)了一定數(shù)量的技師，提供圖紙，并具體指導(dǎo)建造了第一批裝甲列車。
在一年多的時(shí)間內(nèi)，蘇聯(lián)援助國民軍大批軍火和裝備，其中有步槍、子彈、馬刀、大炮、山炮、手榴彈、機(jī)槍、迫擊炮、火焰噴射器、以及飛機(jī)等。
馮玉祥還采納了李大釗的建議，建立軍隊(duì)中的政治工作，設(shè)立俱樂部作為政治工作的基地。馮玉祥委托李大釗、徐謙負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)國民軍的政治工作。12名國民黨員和蘇聯(lián)顧問在俱樂部內(nèi)講課。
馮玉祥在擁護(hù)段祺瑞出山的同時(shí)，電請孫中山北上主持國事，又派馬伯援持親筆信南下，迎接孫中山。孫中山是反直三角同盟中的一員，段祺瑞、張作霖也先后邀請他北上討論時(shí)局問題。孫中山接受了共產(chǎn)黨關(guān)于乘機(jī)宣傳革命的建議，決定北上。
奉系首領(lǐng)張作霖也派來馬炳南到北京與馮玉祥取得聯(lián)系。馬既是張作霖的親信副官，又同馮玉祥有舊交，他們在20鎮(zhèn)時(shí)相識。馬還代表張學(xué)良趁馮玉祥同李德全結(jié)婚的時(shí)機(jī)，前來賀喜。
馮的元配妻子劉德貞患產(chǎn)科病去世。馮同基督教女青年會總干事李德全結(jié)識，李為北京惠文女子中學(xué)的教師，畢業(yè)于北京匯文女子大學(xué)，學(xué)識出眾，思想開明，精明能干，生活儉樸。馮與李戀愛之前，大總統(tǒng)曹錕擬將其女嫁給馮玉祥為妻，托人向馮說媒，馮不為大總統(tǒng)的權(quán)勢和曹小姐的顯貴所動，婉言加以謝絕。
馬炳南的不斷往返，奉軍又秘密接濟(jì)了馮軍一些補(bǔ)給。奉方又派郭瀛洲為代表和馮聯(lián)系倒直問題，馮表示贊同聯(lián)合。雙方約定，以奉軍不入關(guān)為主要條件，共同反直。
居住在天津的段祺瑞與山東督軍、皖系軍閥鄭士琦、山西督軍閻錫山聯(lián)絡(luò)反直活動。馮玉祥派遣參議劉之龍赴天津與段祺瑞洽談，約定將來孫中山主政，段祺瑞主軍。
馮玉祥積極爭取北方將領(lǐng)孫岳、胡景翼秘密聯(lián)盟。
15混成旅旅長孫岳，早年加入同盟會，從灤州起義前就與馮玉祥結(jié)交，兩人長期往來無間。孫對吳佩孚的驕橫專權(quán)，早已心懷不滿，與馮見面時(shí)，常常滿腹牢騷，對國家的前途和個(gè)人的遭遇，感到悲觀失望。馮和孫不但在遭受吳佩孚的排擠方面有共同點(diǎn)，而且又是志同道合的好友。他們交換了倒直的意見，在南苑一草亭密商了反直的協(xié)議，歷史上稱為“草亭協(xié)議”。
馮與孫準(zhǔn)備共同起兵反直，并決定由孫岳與胡景翼聯(lián)系。
胡景翼原是著名的同盟會會員，在馮玉祥督陜時(shí)與馮建立友誼。胡是陜軍第1師師長，部隊(duì)駐防于彰德、順德一帶，吳佩孚排擠胡，令胡部南下攻廣東。胡素有革命思想，不愿對南方作戰(zhàn)，遲遲不開拔，引起吳的不滿。胡部不僅在餉項(xiàng)給養(yǎng)方面受到刁難，而且遲早有被吳消滅的危險(xiǎn)，他不得不密謀準(zhǔn)備武裝行動。恰巧孫岳來與他面談，胡大喜，遂派部屬高級將領(lǐng)岳維峻去京見馮，表示絕對服從馮的命令。數(shù)日后，胡景翼借口到北京就醫(yī)，親自與馮密談，表示與馮合作的決心。至此，馮、胡、孫三角同盟形成。
馮玉祥再與黃郛建立聯(lián)系。黃郛是志同盟會員，在辛亥革命時(shí)曾參與上海光復(fù)，與陳其美、蔣介石訂為盟兄弟。馮經(jīng)張紹曾認(rèn)識黃郛，黃是1923年入北洋政府內(nèi)閣的，先后任外交總長、教育總長。馮、黃經(jīng)過交談，彼此有許多共同的見解。馮每星期都請黃到南苑兵營講述軍事政治學(xué)，講救國救民之道，為馮部參謀將士解釋國際及國家大勢，每次演講約兩個(gè)小時(shí)，馮親自與全軍營長以上官佐一同聽講。黃利用職務(wù)為馮探聽政界消息。
1924年9月5日，孫中山移師北伐，為了配合盧永祥，準(zhǔn)備攻取江西，孫中山密約馮玉祥、胡景翼、孫岳早日行動。
因事前盧永祥、張作霖、孫中山倒直三角同盟約定共同出兵，齊盧之戰(zhàn)爆發(fā)，張作霖的奉軍分6軍，即以姜登選為第一軍司令，出兵山海關(guān)；李錦林為第二軍司令，由錦縣攻朝陽；張學(xué)良為第三軍司令，出兵山海關(guān)；張作相為第四軍司令，作援軍；吳俊升為第五軍司令，作援軍；許蘭洲為第六軍司令，由開魯攻赤峰。張作霖自任總司令。
曹錕一日三驚，連連給吳佩孚發(fā)電報(bào)，又接連派出使者，懇求吳佩孚速速進(jìn)京。9月17日，吳佩孚來到北京，曹錕在總統(tǒng)府設(shè)宴為吳佩孚洗塵。吳佩孚即席作詩：
少年惜春華，勝日斗芳菲。
來路作歸程，風(fēng)景仍依稀。
周公徂山東，憂讒亦畏譏。
軍中名將老，江上昔人非。
建樹須及時(shí)，動靜宜見機(jī)。
何日摧狂虜，發(fā)揚(yáng)見國威。
不問個(gè)人瘦，惟期天下肥。
曹錕請吳佩孚攝行陸海軍大元帥職，吳佩孚便在中南海四照堂召集“討逆軍總司令部”軍事會議。吳任討逆軍總司令王承斌為副總司令兼直省后方警備總司令。彭壽莘為第一軍總司令，沿京奉鐵路出發(fā)，對付山海關(guān)、九門口一線；王懷慶為第二軍總司令，出喜峰口，趨平泉、朝陽；馮玉祥為第三軍總司令，出北古口，趨赤峰；張福來為援軍總司令，組織直、魯、豫、鄂、陜、川等10路援軍。
吳佩孚表面上派馮玉祥擔(dān)任這一路總司令，并說：此路非勁旅不克勝任，實(shí)際上是想置馮于死地。這一路不僅路途遙遠(yuǎn)，而且山脈橫亙，道路崎嶇，行軍極困難，赤峰東北復(fù)有沙漠處，人煙稀少。北方氣候寒冷，馮軍只有單衣，吳又規(guī)定行軍沿途，概不設(shè)兵站，糧秣餉項(xiàng)，統(tǒng)由各軍隨地籌辦。馮部所經(jīng)各地十分荒僻，往往百里之內(nèi)不見人煙，根本談不上就地籌糧，況且馮一向不愿搜刮地方。吳企圖借刀殺人，即借奉軍之手消滅馮軍。萬一不被奉軍消滅，也將以戰(zhàn)敗的罪名懲辦馮。
吳佩孚令胡景翼率部跟隨馮玉祥，并囑咐道，如果馮有什么異動，就近解決。可吳哪想到，胡和馮已有密約。胡把吳的話原原本本地告訴了馮，更增加了馮倒戈的決心。吳佩孚倒是聰明反被聰明誤了。
馮玉祥在吳佩孚發(fā)布作戰(zhàn)命令后，在北京城內(nèi)布置倒直的軍事內(nèi)應(yīng)，向曹錕建議：將王懷慶的13師開赴前線，孫岳的15混成旅調(diào)來拱衛(wèi)首都。曹錕同意這一建議，即調(diào)孫率部到京，任命孫為北京警備副司令之職。
馮向來主張兵貴神速，這次卻遲遲按兵不動，經(jīng)吳佩孚再三催促，才于9月21日開出先頭部隊(duì)。馮令部隊(duì)每日行程二三十里，司令部也慢慢移動。馮的司令部到達(dá)古北口后，借籌措給養(yǎng)為名，停留下來。一面督飭沿途各縣修路作回師準(zhǔn)備，一面令鹿鐘麟部每日從駐地向北京方向練習(xí)行軍，或50里，或60里折回，其意圖不僅是作為急行軍回師的準(zhǔn)備，而且使沿途人們對其行軍動作習(xí)為常見，不至使?fàn)柡蟀鄮熞鹜忾g的注意。
直軍第一二軍同奉軍作戰(zhàn)，第二軍總司令王懷慶是個(gè)庸懦腐朽之人。他采用舊式戰(zhàn)法，即一個(gè)人扛著大旗前面開路，密集的大隊(duì)形隨大旗行動。奉軍看到直軍如此無能，非常高興，立即拉開散兵線，一下子把王懷慶的13師的兩個(gè)營包圍起來，并迅速把他們消滅。王懷慶全軍頓時(shí)潰不成軍，敗退下來。氣得吳佩罕撤掉王懷慶的職務(wù)，急派親信張福來赴前線接替。
第一軍總司令彭壽莘是直軍中有名的勇將，但副總司令馮玉榮既無勇猛拼搏精神，又無隨機(jī)應(yīng)變之能力，他率部守九門口，奉軍發(fā)動進(jìn)攻之后，未交幾合，即棄關(guān)后撤。奉軍占領(lǐng)了九門口，西可攻下石門寨，南可威脅山海關(guān)正面陣地。
吳佩孚得知九門口失守，大驚失色，命彭壽莘立即將馮玉榮陣前正法。彭即率部阻馮敗退。馮玉榮進(jìn)退不得，遂服毒自殺。直軍的陣腳已亂，彭告急的電報(bào)頻頻飛向北京。
吳佩孚于10月10日乘火車到前線督戰(zhàn)，把總司令部放在秦皇島。吳佩孚所到之處，奉軍炮彈跟蹤而至，因有人向奉軍暗通消息。吳佩孚只好在火車上辦公。
皖系領(lǐng)袖段祺瑞令國務(wù)院參議袁良帶上他致黃郛的親筆信，建議：“當(dāng)吳佩孚到京之時(shí)，起而捕之，減少殺害無數(shù)生命?！庇忠篑T玉祥在行動上，宜早勿遲，遲了害處大，請黃善為指導(dǎo)之。
馮玉祥的指揮部到達(dá)古北口時(shí)，張作霖的代表馬炳南又來見馮，遞交了張作霖的信：“只要推翻曹、吳，奉方的目的即達(dá)到，決不再向關(guān)內(nèi)進(jìn)兵?！瘪T同馬炳南約定，如果兩軍相遇，均應(yīng)向天空鳴槍。
馮玉祥從古北進(jìn)抵灤平后，派劉治洲等人到通州與胡景翼秘密聯(lián)系，要胡暫緩開拔，并商討班師日期。劉治州又與段祺瑞接洽合作辦法，段說已同山西的閻錫山、山東的鄭士琦接洽妥當(dāng)，屆時(shí)定能采取一致行動。
吳佩孚又加派副總司令王承斌督促馮部向赤峰前進(jìn)。王承斌原是23師師長，善于打仗，但吳佩孚認(rèn)為他是奉天人，總懷疑他與張作霖有聯(lián)系，處處防備他，先是撤掉了23師師長職務(wù)，因王是親曹錕派，后來雖任命為討逆軍副總司令，并沒有實(shí)權(quán)。馮知道王對吳心懷怨恨，故將倒直的計(jì)劃告訴了他。王表示同情，但既不參與馮的行動，又不向吳告密。
張作霖因與馮有協(xié)議，即將進(jìn)攻赤峰方面的兵力抽出大部移到山海關(guān)方面作戰(zhàn)，從而加重了對吳佩孚親自統(tǒng)率的直軍第一軍的壓力，吳佩孚十分氣憤，被迫抽出3個(gè)師的兵力到赤峰方面作戰(zhàn)，但尚未到達(dá)地點(diǎn)，北京發(fā)生了政變，3個(gè)師被奉軍收編。
馮玉祥早已布置留守北京的蔣鴻遇向總統(tǒng)府及有關(guān)方面搜集吳佩孚的情報(bào)，以便及時(shí)報(bào)告?？偨y(tǒng)府內(nèi)的機(jī)要人員，有許多人與馮取得聯(lián)系，暗通消息。
馮得知吳在前線失利的消息后，為進(jìn)一步證實(shí)，給吳發(fā)去電報(bào)，探詢山海關(guān)戰(zhàn)況。吳的參謀長張方嚴(yán)復(fù)電：“此間形勢危急，不有意外勝利，恐難挽回頹勢?！?br/>
馮又接到蔣鴻遇的電報(bào)：“前方戰(zhàn)事緊急，吳已將長辛店、豐臺一帶所駐之第3師悉數(shù)調(diào)往前線增援?！钡?師是吳的看家兵力。蔣鴻遇曾告訴馮，一定要等吳的精銳部隊(duì)第3師從豐臺調(diào)赴由海關(guān)前線，班師回京的時(shí)機(jī)才算成熟。
馮為了慎重起見，密派劉之龍返京，和黃郛商量。馮曾給黃郛密電碼一冊，與黃約定互通消息，來往密電由黃夫人親譯。雖然通電頻繁，外人卻無法察覺。黃以親筆復(fù)信托劉帶給馮，并致電馮：“立志救國，在此一舉?！?br/>
馮玉祥遂于10月19日召集張之江、鹿鐘麟、李鳴鐘、劉郁芬、劉驥、熊斌等舉行緊急秘密軍事會議，胡景翼的代表鄧寶珊也趕來參加會議。馮試探了將領(lǐng)們的意向，然后鄭重宣布班師回京和政變計(jì)劃，將領(lǐng)們表示一致?lián)碜o(hù)。會議規(guī)定隊(duì)伍總稱為國民軍。因?yàn)楸本┱冇瓕O中山北上，擁護(hù)孫中山主義，孫中山所領(lǐng)導(dǎo)的黨叫國民黨，馮玉祥也把自己的部隊(duì)改名為國民軍。
馮玉祥命令胡景翼率領(lǐng)開赴喜峰口及通縣的部隊(duì)，星夜南下，攻占京奉路之軍糧城、灤州一帶，截?cái)嗑h路直軍之聯(lián)絡(luò)，并防阻吳佩孚西歸；命鹿鐘麟率部兼程返京，會同孫良誠、張維璽兩旅開往北苑，再與蔣鴻遇旅會同入城；命李鳴鐘率兵一旅直趨長辛店，截?cái)嗑h、京奉兩路交通；命已抵承德的張之江、宋哲元兩旅，限日班師。通知孫岳秘密監(jiān)視曹錕的衛(wèi)隊(duì)及吳佩孚的留守部隊(duì)，以防意外。同時(shí)又下令封鎖京熱大道，扣留有關(guān)人員，以防走漏消息。
馮玉祥動員之后，部隊(duì)開始行動，徒步以每日行程200里左右的速度返回北京，3日內(nèi)行程六七百里，先頭部隊(duì)的營幕和炊具均留置沿途不動，以便后續(xù)部隊(duì)到達(dá)時(shí)縮短吃飯和休息的時(shí)間，因此，數(shù)萬之眾，一路行來，狀如流水。鹿鐘麟首先于22日到達(dá)北苑。鹿與蔣鴻遇會商后，即將各部隊(duì)分配戰(zhàn)斗任務(wù)，先派兵一團(tuán)以接運(yùn)給養(yǎng)為名，押大車數(shù)百輛魚貫入城，所有武器皆藏在大車內(nèi)，當(dāng)晚8時(shí)由北苑出發(fā)，12時(shí)抵安定門。孫岳早已接到通知，即令徐永昌城防軍守城門衛(wèi)兵大開城門，迎入城內(nèi)。
鹿鐘麟首先指揮部隊(duì)接收了全城的防務(wù)，又把全城電話線割斷，封鎖曹錕與外界的聯(lián)絡(luò)。城內(nèi)各重要交通路口均用大車加以封鎖，總統(tǒng)府衛(wèi)隊(duì)由孫岳派兵包圍繳械，另由鹿派兵一營守衛(wèi)總統(tǒng)府。曹錕被監(jiān)視在中南海延慶樓內(nèi)，不準(zhǔn)與外間接觸。
鹿鐘麟的指揮部設(shè)在太廟，一切急需做的事情都在一夜之中辦好了。次日早晨，北京全城貼滿國民軍的安民布告，主要街道上布滿了國民軍崗哨，站崗的士兵臂上纏著“誓死救國，不擾民，真愛民”的白色袖章。
次日，馮玉祥來到北苑，發(fā)出主和通電，提出反戰(zhàn)主和，一切政治善后問題請全國賢達(dá)商補(bǔ)救之方，開更新之局。同時(shí)，馮部國民軍頒布文告，指責(zé)吳佩孚不顧人民的痛苦，興無名之師為孤注之?dāng)S。又宣布，首都重地，使館林立，商務(wù)云集，國民軍將負(fù)責(zé)維持地方秩序，保護(hù)外人之生命財(cái)產(chǎn)。
馮玉祥邀集胡景翼、孫岳、王承斌、王芝祥、鹿鐘麟、劉驥、張之江等在北苑開會商議正式改組軍隊(duì)的事宜。會上推馮為中華民國國民軍總司令兼第1軍軍長，胡、孫二人為副司令，分別任第2第3軍軍長，還決定成立攝政內(nèi)閣。曹錕賄選禍國，強(qiáng)令曹錕下令停戰(zhàn)，免除吳佩孚本兼各職，曹本人自動退位。
會后，馮玉祥等通電全國，并公布《建國大綱》。
馮玉祥于10月23日下令逮捕原財(cái)政總長王克敏和總統(tǒng)府收支處長李彥青等貪官污吏。王聞訊逃入租界，李拒絕交出贓款，遂被槍決，對此人們拍手稱快。隨后，馮又將大貪污犯曹錕之弟曹銳押解到案，令曹銳交出贓款，曹銳畏罪吞服鴉片自殺。
馮玉祥又接受張紹曾的建議，成立以黃郛為首的攝政內(nèi)閣?？偨y(tǒng)和總理的職權(quán)，由黃郛一人兼任，黃還兼任交通、教育兩部總長，王正廷兼任外交、敗政兩部總長，王永江為內(nèi)務(wù)總長，李書城為陸軍總長，張耀曾為司法總長，杜錫圭為海軍總長，王乃斌為農(nóng)商總長。黃郛、王正廷都是馮軍回師舉行政變的內(nèi)幕人物，因此，這個(gè)內(nèi)閣是以馮系為核心。
11月2日，王承斌到公府勸曹錕辭職，曹即向國會提出辭職咨文，并令內(nèi)閣攝行總統(tǒng)職權(quán)。曹錕看到前來逼他下臺的人，就是一年前劫車奪印捧他上臺的王承斌，不由得百感交集，十分難受。
吳佩孚接到馮玉祥的10月23日通電，雖然大吃一驚，但又疑心是張作霖捏造出來的假電報(bào)。他查明屬實(shí)后，又懷疑胡景翼未必加入馮軍，即命胡為第三軍總司令以代馮，叫張敬堯去胡部傳達(dá)命令。胡把這個(gè)倒霉使者扣留起來。
一切真相大白，吳佩孚才心慌意亂地把前方作戰(zhàn)的任務(wù)交給張福來主持，自己率領(lǐng)精兵七八千人回救北京。吳急電南方直系將領(lǐng)率兵北援，不料京漢、津浦兩線受阻，無法應(yīng)援。
馮玉祥、胡景翼的軍隊(duì)已開到廊坊，準(zhǔn)備進(jìn)攻天津。張紹曾為避免戰(zhàn)禍，出面調(diào)停，勸吳佩孚接受“和平救國大綱”。吳的態(tài)度仍然十分倔強(qiáng)，不肯罷休。雙方軍隊(duì)在楊村一帶開戰(zhàn)。此時(shí)陰雨連綿，楊村一帶除鐵路兩旁及永定河堤等高地外，盡是一片汪洋，作戰(zhàn)十分艱難。開戰(zhàn)后，雙方相持一天，不分勝負(fù)。馮派劉郁芬、蔣鴻遇兩旅，迂回到吳軍后方，從吳軍背后進(jìn)攻，又派李鳴鐘由豐臺抽調(diào)部隊(duì)，協(xié)助正面進(jìn)攻。張之江、石友三、谷良友部，協(xié)助李云龍旅，一致向吳軍擺出攻勢。此戰(zhàn)生俘了吳部的旅長潘鴻鈞以下數(shù)千人并乘勝進(jìn)擊。11月3日上午，馮軍占領(lǐng)了津浦鐵路沿線的天津附近的北倉，隨后占領(lǐng)天津。
國民軍攻占天津后，吳佩孚仍作困獸之斗，把司令部移駐軍糧城。胡景翼軍如果向前推進(jìn)，和奉軍兩頭一擠，吳佩孚即無處可逃。但馮玉祥、胡景翼接受了張紹曾的勸告，給吳佩孚放一條生路。
吳軍殘部在軍糧城兩頭被包圍。吳看到只有從海上逃跑一條路，大哭一場，在英國軍艦掩護(hù)下，由大沽乘海軍運(yùn)輸艦?zāi)咸?。?jīng)上海轉(zhuǎn)武漢，后又回到河南重整旗鼓。但吳從此元?dú)獯髠?，未能再抖起昔日的“威風(fēng)”。
馮玉祥一貫痛恨封建帝制，北京政變后，決心以全力，行其素志，把溥儀逐出宮去。11月5日，攝政內(nèi)閣作出修正優(yōu)待清室條件，永遠(yuǎn)廢除皇帝專號，將故宮一律開放，備充國立圖書館、博物館之用。馮玉祥當(dāng)天就令北京警備總司令鹿鐘麟和警察總監(jiān)張璧執(zhí)行，將宮內(nèi)太監(jiān)470余人、宮女百余人分別給資遣散，又用汽車5輛，送溥儀及清室“后妃”移居什剎海“醇王府”。11月29日，溥儀偕同鄭孝胥、陳寶琛兩人，由“醇王府”逃往日本公使館，不久，又從日本公使館逃往天津日租界。
11月6日，馮玉祥電請段祺瑞出山，稱：國民軍大元帥一席，非公莫屬，萬懇俯念國難方殷，國民屬望，即日就職。
段祺瑞于11月21日入京，就任中華民國臨時(shí)執(zhí)政。黃郛的攝政內(nèi)閣遂告結(jié)束。段任臨時(shí)執(zhí)政后，一批批安福系余孽聯(lián)袂入京，政局急轉(zhuǎn)直下。奉系軍閥張作霖背棄與馮玉祥達(dá)成的“奉軍不得入關(guān)”的協(xié)議，將大批奉軍開入關(guān)內(nèi)，以圖乘機(jī)擴(kuò)大地盤，覬覦北京。段祺瑞和張作霖互相勾結(jié)，聯(lián)合排擠馮玉祥。馮玉祥認(rèn)識到擁段出山是個(gè)錯(cuò)誤，稱為“失之毫厘，謬以千里！”斷送了北京政變的全功，十分懊悔，表現(xiàn)為萬分消極。
馮玉祥感到糊糊涂涂混下去，豈不是為強(qiáng)盜馬賊當(dāng)伙計(jì)？國民軍第二軍將領(lǐng)岳維峻、鄧寶珊向馮玉祥獻(xiàn)上一計(jì)：趁張作霖、張學(xué)良父子倆只帶少數(shù)衛(wèi)隊(duì)在北京之機(jī)，舉行暴動，把他們父子倆捉住槍斃，以快人心，而戡禍亂！
馮認(rèn)為這樣做會激起奉軍異動，釀成混戰(zhàn)之局，日本會趁機(jī)進(jìn)占東三省，不同意此計(jì)。
皖系盧永祥企圖恢復(fù)江蘇地盤，慫恿奉軍南下，而吳佩孚又企圖北上實(shí)行報(bào)復(fù)。馮面臨著奉、直、皖幾方面的軍事壓力，決定辭職下野回避矛盾。
馮對張作霖說自己精神不好，要上山休養(yǎng)。張作霖故意跳起來說：
“你不能走！我若讓你走了，我就是混賬王八蛋！”
馮玉祥便避入北京西郊天臺山去，在天臺山隱居。鹿鐘麟等來請示今后如何辦？馮玉祥說：
“你們第一要聽中山先生的招呼，其次要多和李大釗先生多多見面談話，還有胡景翼、孫岳諸位，必須常通聲氣，結(jié)在一起。這3件是大事，其余你們商量著辦就是了。”
段祺瑞一方面借助張作霖的軍事力量扼制馮玉祥，另一方面又感到如果沒有馮的軍事力量，自己就會受奉張擺布。因此，他對馮的辭職堅(jiān)決挽留，并對馮部略施撫慰手腕，于1925年元月任命馮玉祥為西北邊防督辦。
段祺瑞一方面拉攏馮，不讓馮下野，另一方面慫恿奉系的李景林以督辦直隸軍務(wù)的名義，迫使國民軍第三軍孫岳部讓出保定、大名等地，將馮與孫岳的聯(lián)系切斷。又命令國民軍第二軍胡景翼率師南下攻擊吳佩孚；同時(shí)密令劉鎮(zhèn)華的鎮(zhèn)嵩軍憨玉琨入豫，以牽制國民軍第二第三軍。
胡景翼部隊(duì)打敗吳佩孚部隊(duì)后，又在孫岳的幫助下，打敗了憨部。馮玉祥保薦孫岳督陜，胡景翼部收編了吳佩孚部的王為蔚、陳交釗、田維勤等。
馮玉祥赴張家口就任西北邊防督辦職。馮本來就任陸軍檢閱使并兼有西北邊防督辦名義，現(xiàn)在無形中失去了檢閱使名義。
馮玉祥經(jīng)過國民黨人徐謙的介紹，認(rèn)識了共產(chǎn)黨人李大釗。以李大釗為首的中共北方區(qū)委。在北京政變后，便確定了爭取國民軍，打擊段祺瑞、張作霖的革命策略。
李大釗、徐謙介紹馮玉祥與蘇聯(lián)駐華大使加拉罕會晤。
李大釗設(shè)法使馮玉祥振作起來，勸他不要消極。蘇聯(lián)方面也認(rèn)為，只有馮玉祥振作起來，國民軍才有可能形成中國北方一支反帝反軍閥的力量，國民軍也感到必須有老馮出山支撐著局面，才能爭取到有利的軍事、政治形勢。
通過李大釗、徐謙和加拉罕的協(xié)商，由馮軍和胡景翼軍、孫岳軍各選派25名青年軍官到蘇聯(lián)軍多學(xué)院學(xué)習(xí)。馮又從學(xué)兵團(tuán)挑選15名優(yōu)秀連排長，進(jìn)入蘇聯(lián)基輔軍官學(xué)校學(xué)習(xí)。之后，馮玉祥又派參謀長熊斌率團(tuán)級軍官魯崇義等，赴蘇參觀。
馮玉祥又根據(jù)李大釗的建議，向蘇聯(lián)政府請求派遣專家和援助武器。1925年3月，蘇聯(lián)派來了兩個(gè)軍事顧問組，共約三四十位顧問，各類專門人才具備，到國民軍擔(dān)任教官。馮玉祥在蘇聯(lián)專家的幫助下，在豐鎮(zhèn)廳建立了騎兵學(xué)校、在平地泉建立了炮兵學(xué)校，隨后在張家口成立了高級軍官學(xué)校，又在張家口建立了機(jī)槍學(xué)校、反間諜工作學(xué)校，小型通迅學(xué)校、小型工兵學(xué)校。蘇聯(lián)顧問還幫助國民軍建立了軍械工廠，裝備了修理廠，建造了彈藥生產(chǎn)設(shè)備，培養(yǎng)了一定數(shù)量的技師，提供圖紙，并具體指導(dǎo)建造了第一批裝甲列車。
在一年多的時(shí)間內(nèi)，蘇聯(lián)援助國民軍大批軍火和裝備，其中有步槍、子彈、馬刀、大炮、山炮、手榴彈、機(jī)槍、迫擊炮、火焰噴射器、以及飛機(jī)等。
馮玉祥還采納了李大釗的建議，建立軍隊(duì)中的政治工作，設(shè)立俱樂部作為政治工作的基地。馮玉祥委托李大釗、徐謙負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)國民軍的政治工作。12名國民黨員和蘇聯(lián)顧問在俱樂部內(nèi)講課。
馮玉祥在擁護(hù)段祺瑞出山的同時(shí)，電請孫中山北上主持國事，又派馬伯援持親筆信南下，迎接孫中山。孫中山是反直三角同盟中的一員，段祺瑞、張作霖也先后邀請他北上討論時(shí)局問題。孫中山接受了共產(chǎn)黨關(guān)于乘機(jī)宣傳革命的建議，決定北上。
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