飛鳥盡，良弓藏；狡兔死，走狗烹。清政府在剿滅捻軍的軍事行動結(jié)束之后，對李鴻章的態(tài)度有了明顯的冷落。李鴻章看出了朝廷對自己的猜忌，于是效仿恩師曾國藩，開始裁撤淮軍。

李鴻章為了保留淮軍的精銳，求助于新上任的兩江總督馬新貽，希望在軍餉上能夠繼續(xù)得到他的支持。湘軍和淮軍的軍餉一直主要來源于兩江地區(qū)。馬新貽不敢得罪李鴻章和曾國藩，爽快地答應(yīng)了李鴻章的要求。李鴻章還把湖廣的厘金和關(guān)稅的百分之四十充作軍餉，使淮軍的軍餉比以前大大增加了。

李鴻章在湖廣期間，清政府給他安排了很多雜事。一會兒被派去四川，一會兒被派到貴州，還派他去協(xié)助左宗棠到陜西鎮(zhèn)壓回民起義。李鴻章實在不喜歡左宗棠這個人，不愿意再與左宗棠合作，他寫信給曾國藩說，和左宗棠共事的滋味如同嚼蠟。于是李鴻章找種種理由拖延去陜西的時間，直到接受命令的4個月之后，才趕到西安。這時候，是1870年的7月。

1870年6月21日，發(fā)生了震驚中外的“天津教案”。教案的起因是這樣的：在此前后，法國天主教育嬰堂的嬰兒由于傳染病死了30多個，老百姓紛紛謠傳，說是教會的人雇人用迷藥拐騙兒童，然后把孩子弄死，挖出心肝做藥。這一天，天津的群眾抓了一個拐騙兒童的人販子叫武蘭珍。武蘭珍交代說，賣給自己迷藥的是一個名叫王三的教徒。群眾群情激憤，跑到教堂去要人，結(jié)果教堂里沒有王三這個人。聞訊趕來的法國駐天津領(lǐng)事豐大業(yè)氣勢洶洶地要求崇厚（當(dāng)時的三口通商大臣）鎮(zhèn)壓，崇厚沒有答應(yīng)。豐大業(yè)氣急敗壞，朝崇厚連開兩槍，崇厚躲開了。豐大業(yè)后來遇見了前來勸和的天津知縣劉杰，又向劉杰開槍，打傷了劉杰的助手。群眾見豐大業(yè)如此蠻橫，沖上去打死了豐大業(yè)和他的秘書。然后，沖進教堂，打死了20名洋人和傳教士，并放火燒毀了法國教堂望海樓和育嬰堂、法國仁慈堂、美國布道堂、英國講經(jīng)堂等多處。

事后，法國聯(lián)合美、英、俄、德等多國向清政府提出抗議，各國軍艦聚集于天津和煙臺，進行武力恐嚇。在剿捻成功之后，清政府因為曾國藩的赫赫軍功，同時也是懼他坐大地方，就以裭（chǐ）奪兵權(quán)、明提暗抑之手段，將他直接調(diào)來中樞，任直隸總督兼北洋大臣。天津教案一發(fā)，朝廷即派曾氏前去處理。曾國藩深知，此事事關(guān)洋人，干系十分重大。臨行前，他甚至給兒子寫好了遺書，并買好一口楠木棺材，準(zhǔn)備以死赴任。曾國藩這一生，自殺多次，多次寫過遺書。也許，這是曾國藩內(nèi)心深處的那種強烈的悲觀主義色彩的體現(xiàn)。在處理天津教案過程中，曾國藩迫于洋人的壓力，先后逮捕了80多人，其中定為死罪的20人，流放的25人。還把天津知縣劉杰、知府張光藻革職充軍。一時間，輿論嘩然，紛紛指責(zé)曾國藩“賣國求榮”，“為洋人獻媚”。曾國藩面對內(nèi)外壓力，支撐不住，希望朝廷另請高明。

事實上，這個時期的李鴻章也沒閑著，他自天津教案發(fā)生之后，就一直在觀望曾國藩的處理方式。事實上，他對曾國藩的做法也是不甚滿意。恰在這時，李鴻章忽然接到詔令，朝廷讓他火速帶兵到京畿一帶備戰(zhàn)，并任命他為直隸總督以接替曾國藩。李鴻章馬上渡過黃河，到達直隸邊境，但是他并不急于馬上去天津接任。他給朝廷寫信說，淮軍只能在直隸邊境駐扎，如果離北京、天津太近，容易引起列強的疑心，引發(fā)戰(zhàn)爭。

李鴻章到達保定之后，又給曾國藩寫信說，自己的肝病復(fù)發(fā)，需要調(diào)養(yǎng)一段時間。李鴻章把自己處在一個可進可退的位置，并不去理會曾國藩的煩惱。這時候的李鴻章，在官場使用手段謀略遠遠超過自己的老師。這也應(yīng)驗了曾國藩當(dāng)年對李鴻章的評價。當(dāng)年，提到對李鴻章未來的展望，曾國藩曾對李瀚章說過“青出于藍而勝于藍”的話。

李鴻章在奏折中明確提出：

第一，說教堂拐賣兒童、挖心肝、挖眼并沒有確鑿的證據(jù)。

第二，崇厚平時對外國人獻媚的行為早就深深引起了百姓的不滿，所以此事是個導(dǎo)火索。

第三，豐大業(yè)開槍射的是朝廷命官，也是罪不可赦。

第四，群眾僅打死20個洋人。

可見，中外雙方各有不是。所以處理時應(yīng)本著和平解決的原則，一是必須捉拿兇手，一是應(yīng)當(dāng)賠錢。但是，賠錢一定要有限度，更不能以割地為要挾。李鴻章在奏折上還說，如果我方在于情于理都站得住腳的原則下妥善處理之后，洋人還敢無理取鬧，我們就和他們決一死戰(zhàn)。李鴻章和外國人巧妙周旋，據(jù)理力爭。他通過談判，把死刑犯人數(shù)減少了四名。有人提出火燒望海樓的主謀是陳國瑞，李鴻章多方努力，保住了他。

此外，協(xié)助辦理教案的丁日昌偷偷用大牢里的死刑犯換出了真正的反洋教領(lǐng)袖。

據(jù)說，這也是李鴻章授意所為。李鴻章還籌集各方面的捐助并和曾國藩拿出自己的積蓄，總共湊了兩萬兩銀子送給張光藻和劉杰，算是對他們經(jīng)濟上的一點補償。

李鴻章后來給曾國藩寫信說，和洋人交往，不妨稍微用一點“痞子腔”，不要輕易用死來逃避責(zé)任。說起“痞子腔”，還有一個故事。李鴻章在接辦教案前，曾國藩問他，去天津之后會經(jīng)常和洋人打交道，你準(zhǔn)備用什么方式和洋人交往呢？李鴻章回答說，和洋人交往，我不妨就用點“痞子腔”（安徽話，就是耍一點青皮流氓的手段）。曾國藩勸慰道，我認為，洋人也是人，你和洋人交往還是應(yīng)該篤信一個“誠”字，以誠待人。李鴻章總結(jié)多年和洋人交往的體會，好像并沒有聽從老師的話。

1872年3月12日，曾國藩因病去世。臨死前，他對“天津教案”一事的處理悔恨交加，自責(zé)不已。

曾國藩一輩子都講究處事原則，講究品德和修行的重要性，未料到自己晚節(jié)不保，心中的苦楚可想而知。李鴻章聞訊悲痛不已，熱淚盈眶，他提筆寫下挽聯(lián)：

師事近三十年，薪盡火傳，筑室忝為門生長；

威名震九萬里，內(nèi)安外攘，曠世難逢天下才。