1945年1月，蔣經(jīng)國辭去贛州專員，全力以赴任三青團(tuán)中央干部學(xué)校教育長，青年軍政治部主任、青年軍政工班主任。不久，張治中調(diào)往新疆任職，三青團(tuán)中央團(tuán)部組織處處長康澤被蔣介石安排赴美考察，由蔣經(jīng)國接任該職。陳誠雖重掛三青團(tuán)書記長虛名，蔣經(jīng)國實際上已成為三青團(tuán)領(lǐng)袖。

1945年5月5日國民黨第六次全國代表大會在重慶浮屠關(guān)中央干部學(xué)校禮堂開幕。大會期間，會場內(nèi)外出現(xiàn)不少批評意見。蔣介石對會內(nèi)質(zhì)詢是痛罵，對黨內(nèi)干部的評價又提出新的標(biāo)準(zhǔn)。如，盛世才在新疆殺人如麻，代表們要求追究他的責(zé)任。蔣介石卻說：“盛同志（世才）帶來了伍萬兩黃金給中央，試問民國以來，有這樣好的人嗎？”會場大嘩。

國民黨“六大”還出現(xiàn)一場小鬧劇，據(jù)與會多位代表回憶：陳立夫、程天放等五十九名CC派提議總裁要改為終身制，受到國民黨元老的反對。CC派又糾合五屆中央委員和代表三百人要“奉獻(xiàn)”選舉權(quán)給領(lǐng)袖，由領(lǐng)袖替他們選舉中央委員，標(biāo)榜他們一向以服從領(lǐng)袖為榮幸。三青團(tuán)代表們知道后，聯(lián)名上書蔣介石，表示異議，認(rèn)為選舉權(quán)不能私相授受，針鋒相對。蔣介石一見此局面，便由他個人提出五百名候選人名單，中央委員由原定三百名增為四百八十名，各代表在五百名中劃去二十名即可。這個以“劃去”代替選舉的奇怪辦法一經(jīng)宣讀，許多代表啼笑皆非，喧鬧起來。蔣介石在會上振振有辭地說，已有三百名代表把選舉權(quán)給他支配，所以這個辦法不容反對。接著，大聲喊道：“贊成本案者請起立！”坐在前面的應(yīng)聲而起，坐在后面的稀稀落落繼之，蔣介石不令人清點人數(shù)，大聲宣布：“大多數(shù)贊成通過?！苯又职l(fā)一張印有五百人名單為選票，誰也不知道劃去最多二十人的是什么人。5月20日報上發(fā)表的中央委員名單又由蔣介石親自審定調(diào)整，已大不一樣?！爸姓徽?，總裁獨裁?！北澈蟠韨兊呐u，迅即如歌謠一樣傳遍了重慶內(nèi)外。不過，國民黨“六大”，三青團(tuán)中央團(tuán)部各處處長，全部當(dāng)選為國民黨中央委員。

三青團(tuán)的實力隨著抗戰(zhàn)勝利，跟隨蔣經(jīng)國的步履在全國展開，迅速增長。

1945年7、8月中蘇莫斯科談判關(guān)于東北和外蒙問題，宋子文任首席代表，蔣經(jīng)國、錢昌照、沈鴻烈組團(tuán)前往。無奈早在1945年2月雅爾塔會議，羅斯福為了換取斯大林的出兵，已將外蒙和中國東北權(quán)益拱手相送給蘇聯(lián)。此時中國代表堅決反對，也不能改變。當(dāng)時中國在美國和蘇聯(lián)心目中什么地位，一目了然。中國代表于7月底回重慶匯報，錢昌照回憶：“蔣介石召開中央政治會議，討論外蒙問題，決議用公民投票的方式?jīng)Q定外蒙歸屬問題。這實在是在開玩笑。外蒙實際上自1924年起即名義上獨立，怎么還能投票回到中國來呢？蔣介石的真意是，只要蘇聯(lián)在戰(zhàn)后，無論在政治方面，或經(jīng)濟(jì)方面都以蔣介石為中國的唯一對手，蘇方所提一系列問題，我方都可酌量讓步（有秘密換文）。宋子文了解這些情況后，決定不替蔣介石背這個黑鍋，向蔣介石辭去兼外交部長職務(wù)，蔣介石派王世杰繼任。

8月14日，承認(rèn)外蒙獨立的《中蘇友好條約》在莫斯科簽字，由王世杰代表中國政府簽字。”

1946年1月3日，國民政府發(fā)布公告，對外承認(rèn)外蒙古獨立。

抗戰(zhàn)勝利后，蔣經(jīng)國曾作為東北行轅秘書長，輾轉(zhuǎn)東三省，盼望將東北打造為第二個贛南。1945年11月1日，蔣經(jīng)國在日記中寫道：“日人統(tǒng)制東北時，國人食白米者輒處死刑；現(xiàn)在一般平民亦少有能吃白米飯者，此皆為日本侵略與壓迫之結(jié)果。我老百姓之痛苦深矣。今后吾人對東北，必先以全力求其安定，再求人民生活之改良。尤其對于東北新生之力，必培養(yǎng)而扶持之?！?/p>