毛澤東極少用如此嚴厲的口吻批評一位戰(zhàn)區(qū)將領。嚴厲的批評中既反映出他對東北戰(zhàn)局的焦慮，也反映出他對林彪寄予著極大期待，他期待著東北野戰(zhàn)軍為全國戰(zhàn)局的轉(zhuǎn)變發(fā)揮重要作用。

接到毛澤東起草的這封電報后，林彪、羅榮桓、劉亞樓感到了問題的嚴重。第二天，他們致電中央軍委，委婉地解釋了毛澤東批評他們的有關問題，并再一次強調(diào)：“由北滿運糧到熱河路途遙遠需要鐵路，但鐵路要八月有日（二十五日）才可能修到阜新，因此，預定部隊在八月底開始南下?，F(xiàn)則突因異乎往年的大雨情況，故部隊原定的出動時間遂無十分把握做到。目前仍盡力爭取早日出動，只要雨勢不繼續(xù)上漲能逐漸下降，則仍可能做到按時出動?！?/p>

為了適應南下作戰(zhàn)的需要，中共東北局請求將東北軍區(qū)和東北野戰(zhàn)軍機關分開。八月十四日，中央軍委任命林彪任東北軍區(qū)司令員、政治委員兼東北野戰(zhàn)軍司令員，羅榮桓任東北軍區(qū)第一副政治委員兼東北野戰(zhàn)軍政治委員，劉亞樓任東北軍區(qū)第一參謀長兼東北野戰(zhàn)軍參謀長，譚政任東北軍區(qū)兼東北野戰(zhàn)軍政治部主任?？梢钥闯?，中央軍委賦予了林彪在東北戰(zhàn)區(qū)指揮作戰(zhàn)的絕對權力。

林彪終于下定了南下作戰(zhàn)的決心。

九月三日，林彪、羅榮桓、劉亞樓致電中央軍委，報告了他們擬定的南下作戰(zhàn)部署：“我軍擬以靠近北寧線（北平至沈陽）的各部，突然包圍北寧線各城，然后待北面主力陸續(xù)到達后，進行逐一殲滅敵人，而以北線主力控制于沈陽以西及西南地區(qū)，監(jiān)視沈陽敵人，并準備殲滅由沈陽向錦州增援之敵或殲滅由長春突圍南下之敵。對長春之敵，以現(xiàn)有圍城兵力，繼續(xù)包圍敵人，并準備乘敵突圍時殲滅該敵。”——林彪南下作戰(zhàn)的目標，重點在錦州至沈陽之間，強調(diào)的是準備殲滅從沈陽出動增援或從長春南下突圍的敵人，錦州依舊不是作戰(zhàn)的主要方向——林彪還是沒有下定集中主力攻擊錦州以徹底關閉東北“大門”的決心。

五日，毛澤東在回電中同意了東北野戰(zhàn)軍的作戰(zhàn)部署，但還是著重提醒道：“在你們未攻錦州以前，長、沈敵人在你們強大兵力威脅之下，是否敢于有所行動，還不敢斷定，恐怕要在你們打錦州時，才不得不出動?！彪妶蟀l(fā)出僅僅一天之后，毛澤東再次致電林彪、羅榮桓、劉亞樓，要求他們“重新考慮作戰(zhàn)計劃”——這是解放戰(zhàn)爭史上一封具有重大意義的電報：

……你們同意我們五日電所提意見，甚好甚慰。我們準備五年左右［從一九四六年七月算起］根本上打倒國民黨，這是具有可能性的……你們?nèi)绻茉诰?、十兩月或再多一點時間內(nèi)殲滅錦州至唐山一線之敵，并攻克錦州、榆關、唐山諸點，就可以達到殲敵十八個旅左右之目的。為了殲滅這些敵人，你們現(xiàn)在就應準備使用主力于該線，而置長春、沈陽兩敵于不顧，并準備在打錦州時殲滅可能由長、沈援錦之敵。因為錦、榆、唐三點及其附近之敵相互孤立，攻殲取勝比較確實可靠，攻錦打援亦較有希望……如果在你們進行錦、榆、唐戰(zhàn)役［第一個大戰(zhàn)役］期間，沈、長之敵傾巢援錦［因為你們主力不是位于新民而是位于錦州附近，衛(wèi)立煌才敢于來援］，則你們便可以不離開錦、榆、唐線連續(xù)大舉殲滅援敵，爭取將衛(wèi)立煌全軍就地殲滅。這是最理想的情況。于此，你們應當注意：（一）確立攻占錦、榆、唐三點并全部控制該線的決心。（二）確立打你們前所未有的大殲滅戰(zhàn)的決心，即在衛(wèi)立煌全軍來援的時候敢于同他作戰(zhàn)。（三）為適應上述兩項決心，重新考慮作戰(zhàn)計劃并籌辦全軍軍需［糧食、彈藥、新兵等］和處理俘虜事宜……

置長春和沈陽守敵于不顧，確立攻擊并控制錦州的決心，確立打前所未有的大殲滅戰(zhàn)的決心，最終“將衛(wèi)立煌全軍就地殲滅”——遼沈戰(zhàn)役的總體作戰(zhàn)原則由此確定。

九月初，東北軍區(qū)部隊和東北野戰(zhàn)軍部隊開始了前所未有的大規(guī)模移動。夜晚，火車一列接一列地向南開進，白天空車返回，太陽落山之后繼續(xù)運載部隊和物資南下。東北軍區(qū)副政治委員兼后勤部長李富春負責運輸，軍工部長何長工負責調(diào)運軍火，鐵路總局局長呂正操負責調(diào)度車輛，野戰(zhàn)軍后勤部副部長李聚奎負責物資供應。他們不但要在最短的時間內(nèi)和最秘密的情況下將主力部隊送往前線，而且還要從哈爾濱、齊齊哈爾等城市將大量的糧食、彈藥和物資運往前線。火車是做了嚴密偽裝的，在接近前線的地區(qū)，部隊下車開始步行。與大軍隨行前進的，是支援東北野戰(zhàn)軍作戰(zhàn)的民工，這支聲勢浩大的支前隊伍趕運著從火車上卸下來的物資：七千多萬斤糧食、一萬一千多噸油料、一千多萬發(fā)子彈、十五萬枚手榴彈、二十萬發(fā)炮彈、五萬斤炸藥、上百萬套棉衣、棉帽和棉鞋以及大量的醫(yī)療和通訊器材。