此時，楊振聲因感到與傅的性格和顧頡剛的做學(xué)問理念有異，同時又覺得兩姑之間難為婦，已棄廣州到清華任教。傅信中“其詞若有憾”，顯然是有道歉之意，二人后來一直作為朋友相處。但后面所說的怕“為人吞了”，當(dāng)是指顧頡剛無疑。所謂“滿著”等語，自然包括顧給胡適密信中所說的要在北平辦所之隱情，可見傅對顧的忌恨之心一直縈繞于心頭。既然雙方都有了如此之異心，只有分道揚(yáng)鑣的結(jié)局。顧決定退出史語所，把挑子扔給傅斯年。當(dāng)中研院史語所正式宣告成立時，顧頡剛沒有出席成立大會。這次事件，宣告了傅、顧之間同窗之誼與十幾年密友關(guān)系的破裂。

1929年2月，顧頡剛趁戴季陶、朱家驊不在校之機(jī)，攜眷悄然離開廣州返回北平。同年7月28日，顧分別致信戴、朱二人，正式辭卻中山大學(xué)教職，謂：“在薪金上，在地位上，我在燕大所居都比中大為低，但是我本不計較這些，我所計較者只在生活上安靜與學(xué)問進(jìn)步。燕大既在北平鄉(xiāng)間，甚為僻靜，又一星期只有三小時功課，不擔(dān)任事務(wù)，我可以依我六年前所定的計劃，將應(yīng)讀的書讀著，應(yīng)研究的學(xué)問研究者。我無所愛于燕京大學(xué)，我所愛的是自己的學(xué)業(yè)?！薄?1】同年9月，顧終于應(yīng)燕京大學(xué)之聘，出任歷史系教授、國學(xué)研究所導(dǎo)師及學(xué)術(shù)會議委員。10月31日，顧頡剛致書中山大學(xué)文史兩系同學(xué)，表達(dá)其戀戀不舍之情。同時對廣東人“有信仰、肯干、肯吃苦”的精神給予了高度贊揚(yáng)，認(rèn)為：“這是無論做什么事情的基本條件，而不幸長江黃河兩流域的人都缺少了它，使得具有這種精神的我在這敷衍因循的社會中成了一個特殊的人，旁人都笑我，而我則以之自傲。但到了廣東以后，我就覺得此道不孤，我明白廣東人的勢力所以遠(yuǎn)被的緣故，我祝頌廣東能成為將來的文化中心?！毙胖?，顧頡剛對自己離開廣東另擇燕大作了誠摯的解釋：“這個學(xué)校固然是教會立的，但因設(shè)在北平，吸著文化中心的空氣，故思想比較自由。他們與哈佛大學(xué)合辦的國學(xué)研究所，經(jīng)費更為穩(wěn)固。又有前輩先生主持，用不著我去擔(dān)負(fù)事務(wù)的責(zé)任?！薄?2】自此，顧頡剛徹底脫離了中大，中大失去了顧頡剛。而傅、顧二人天南地北，時聚時散，卻是咫尺天涯，互不提攜，終生再也沒有一起共事。后來，傅斯年接替胡適在北大辦文科研究所，曾想與顧頡剛重續(xù)舊緣，聘顧氏為北大研究所教授，但顧表示堅決不重做馮婦，再為傅氏驅(qū)使，以免遭到壓迫與征服的恥辱。傅斯年因失了面子甚覺惱火，再度暴跳起來，并寫信挖苦顧頡剛：“燕京有何可戀，豈先為亡國之準(zhǔn)備乎？”顧頡剛閱信后則漠然置之，在日記上反諷曰：“我入燕京為功為罪，百年之后自有公評，不必辯也。中國學(xué)校聘外國教員亦多，豈此外國教員亦為作亡國之準(zhǔn)備乎？”【43】

顧頡剛出走后，作為中央研究院史語所所長的傅斯年，開始以他的霸氣與超人的辦事才能，四處網(wǎng)羅人才，并把目光投向了清華國學(xué)研究院陳寅恪、趙元任兩位導(dǎo)師身上。