在“南學會”的示范、帶動下，湖南各地各種學會如同雨后春筍般冒出來，除了“南學會”的分會，還有輿地學會、算術學會、公法學會、化學會等等。很多年后，史家張朋園在《湖南現(xiàn)代化的早期進展》中評價湖南新政運動：“在政治方面提倡參與，以群策群力來發(fā)揮團結一致的力量；在經(jīng)濟方面，力主開發(fā)富源，以提高人民生活，增強社會實力；在社會方面，提倡教育，發(fā)展人民知識，主張自由平等，期望人民皆能為國家效力?！?/p>

以開民智為宗旨的時務學堂受到光緒帝的關注，他曾夜讀時務學堂章程，并特批以湖南部分鹽稅資助經(jīng)費。1897年8月28日，第一次招生考試，錄取學生40人，參加過那場考試的章士釗、楊樹達等人回憶，陳寶箴親自“監(jiān)臨收卷”，陳三立親自“校閱文卷”。當年，黃遵憲向陳寶箴建議請康有為擔任長沙時務學堂總教習，陳三立主張請梁啟超，他說自己讀過梁的文章，“其論說似勝于其師，不如舍康而聘梁”。最后請了梁。在寫給汪康年的信中，陳三立說自己第一次讀到《時務報》，“心氣舒豁，頓為之喜”，認為“必能漸開風氣”，此前他聽說梁啟超“乃曠代奇才，今窺一斑，益為神往矣”。事實證明，梁啟超到時務學堂講學，對湖南影響很深。無論是選學生還是請先生，都顯示了陳三立不尋常的見識。1922年，他和梁啟超在南京重逢，談及蔡鍔，他告訴梁，當年蔡鍔來考時務學堂時只有十四歲，文章不通，已經(jīng)被排除在錄取名單外，是他看蔡鍔年少特別錄取的，后來果然有大成。這只是其中的一個例子。

在推行新政的過程中，阻力一直存在，1898年春天，左都御史、長沙人徐樹銘在保守派的慫恿下，上疏彈劾陳寶箴、江標、徐仁鑄等，要求責令撤換梁啟超，另外請人主持時務學堂。6月22日，楊深秀上折（康有為代草）請褒揚陳寶箴，當天光緒稱許陳“銳意整頓”。到7月29日，楊深秀再次上折（康有為代草）《請獎陳寶箴折》，同日光緒帝的上諭要求陳“務必堅持定見，實力舉行，慎勿為浮言所動”，實際是督促陳不要有所退縮。

同年6月18日，陳寶箴保薦了“名位未顯，而志行可稱，才識殊眾”的17人，其中包括楊銳、劉光弟、陳寶琛等，劉光弟與他素不相識，楊銳則是張之洞的門生。陳寶箴想不到，正是這次舉薦將為他們父子帶來災難。當戊戌政變的消息傳來，他并沒有意識到自己處境的危險，還致電榮祿，希望能“息黨禍，維元氣”。9月24日，張蔭桓、徐致靖、楊深秀及譚嗣同、楊銳等“軍機四卿”被革職拿辦，28日“戊戌六君子”被殺。接著，張蔭桓被發(fā)配新疆。御史黃桂鎏先后兩次上折彈劾遠在湖南的陳寶箴。10月6日上諭下達：“湖南巡撫陳寶箴，以封疆大吏濫保匪人，實屬有負委任，陳寶箴著即行革職永不敘用。伊子吏部主事陳三立，招引奸邪，著一并革職?！蓖瑫r被革職永不敘用的還有江標、熊希齡。據(jù)說這已是榮祿、王文韶在慈禧太后面前苦求的結果，否則他也有發(fā)配新疆的可能。

在移交完湖南巡撫印信后，陳寶箴一家踏上了返鄉(xiāng)之路，父子“一生政治抱負，遂盡于此”。陳三立憂國之念雖未泯滅，從此“不再與聞政事”。當年陳寅恪只有9歲。1965年與1966年，離陳寅恪生命的終點已近，他寫下《寒柳堂記夢未定稿》，對祖父和父親親歷的維新事業(yè)和悲劇命運有過冷靜的記述。湖南新政的實績確是陳氏父子齊心協(xié)力造成，梁啟超說陳寶箴在湖南的治績“多其（指陳三立）所贊畫”。他們父子被罷黜后，有人以為陳寶箴為兒子所誤，王闿運嘆息“江西人好聽兒子說話”，并從宋、明歷史中找出依據(jù)，說王安石變法時，遇事都由兒子主持，嚴嵩當國，也唯兒子世藩之言是從。這不過是江西人的慣例，不值得奇怪。對陳氏父子的謠言從沒有停止過，陳三立主持礦務，一位朋友謀職被拒，心懷怨望，在陳家落難后，寫匿名信嘲諷：“翩翩濁世佳公子，不學平原學太原?！标惙蛉擞崦髟娍戳?，微笑說：“此二句卻佳?！标惾⒈蛔u為“晚清四公子”之一，與譚嗣同齊名。戊戌變法失敗對陳家的打擊之沉重是外人難以體會的，陳三立再也未能恢復元氣。但是，有了湖南新政的那一幕，他就將永遠站立在歷史中。