幕府的治罰是一回事，彌三郎的實力是另一回事，何況他還有細川家以及大和國的僧侶集團筒井氏的支持。不過這一次，畠山義就學(xué)聰明了，他知道斬草除根的重要性，于是他在享德四年（1455）繼承家督后，就立刻正式討伐彌三郎，畠山義就沒想到一拳打出，卻打在了棉花上，筒井氏就像麥芽糖一樣死纏爛打，畠山義就打了四年沒搞定，而且打得郁悶不已。彌三郎的幕后支持者細川勝元本來對畠山義就搶位的事情感覺無奈，這時就乘機跳出來做和事佬，長祿三年（1459）再次取消幕府對彌三郎的治罰令。但是就在這個時候，彌三郎死了。

義就的對手不失時機地推出了又一個繼承人--彌三郎的弟弟畠山政長，這一推舉得到了細川勝元的默許，也得到了細川家的實力支持。而正在中國地區(qū)和四國與細川明爭暗斗的山名家，則暗中扶植畠山義就，所以，兩個畠山的背后都站著一大群粉絲助威團，他們摩拳擦掌，隨時準備親自上陣。

細川家首先動手了。寬正元年（1460），細川勝元利用將軍足利義政對畠山義就的不滿，通過幕府宣布畠山政長為畠山家家督。畠山義就當(dāng)然不干，到手的東西哪有交出來的道理。幕府將畠山義就的行為定性為抗命，由細川勝元主持討伐義就。

畠山義就是一員猛將，面對幕府、大和國的僧侶以及畠山政長的聯(lián)合軍，他能在兵力劣勢的情況下展開對抗，雖然野戰(zhàn)不足，但守城有余。幕府軍和畠山政長合流，進攻畠山義就駐扎的岳山城。

這一打就打了三年，幕府軍內(nèi)部爾虞我詐，互相扯皮，尤其是細川家和名義上遵守幕府命令的山名家。而岳山城的地形很好，在金剛山麓，畠山義就依靠地形和源源不斷的糧草救濟，竟然一守就守了三年，這讓細川家感覺很沒面子。一直到寬正四年（1463），幕府軍攻克了岳山城，畠山義就棄城而去，瀟灑地走出了重重包圍。

寬正五年（1464），畠山政長正式接替畠山家督，同年接替細川勝元出任幕府管領(lǐng)。這一段兩畠山內(nèi)亂告一段落。在這次爭端中，作為幕府將軍的足利義政卻是任人擺布，毫無決斷力。而在長祿三年（1459），由于年初的大旱，加上關(guān)東的連綿戰(zhàn)亂以及畿內(nèi)地區(qū)發(fā)生的臺風(fēng)，導(dǎo)致了日本當(dāng)年收成不足。特別是那場臺風(fēng)，引發(fā)了京都附近的賀茂川泛濫，近畿地區(qū)災(zāi)民遍野，饑荒一直延續(xù)到寬正二年（1461）。這場長祿·寬正大饑饉更進一步激化了社會矛盾。身為將軍的義政卻在此時沉迷藝術(shù)，修建花之御所，無視局勢的惡劣。畠山義就和支持他的山名家也在暗中蓄力，準備反噬，這個機會很快來了。