獲取稻葉山城的竹中重治卻做出了一個令人出乎意料的決定，他拒絕了織田信長的誘降，而把稻葉山城交還給前任主人齋藤龍興，自己則前往侍奉近江的淺井長政，成為淺井家的一名客將，不久，他辭職回到巖手城隱居。這個說法歷來史家爭議頗多，有人認為竹中重治沒有控制美濃的實力，把城交還給齋藤龍興其實是形勢所迫的無奈之舉，這一說法合情合理。

如果此時的齋藤龍興能夠吸取教訓，拉攏重臣，重新建立美濃的內(nèi)部和諧關(guān)系，那么這一次稻葉山城失守或許就成為齋藤家中興的一個轉(zhuǎn)折機會。可惜的是，齋藤龍興并沒有從這個大事件中吸取教訓。他繼續(xù)原有作風，也對家臣離心離德的現(xiàn)狀不做任何舉動。這就導致了美濃本已緊張的局勢變得更為惡劣。

齋藤龍興的無作為加深了美濃內(nèi)部的裂痕。在織田一方面，織田信長開始著手分化瓦解美濃內(nèi)部。他趁稻葉山城騷亂的機會解決了犬山城的織田信清，從而拔掉了他進軍美濃路上的一顆釘子。接著，信長進駐小牧山城，完成墨俁筑城的任務。在織田的影響之下，東美濃的豪族開始紛紛倒向尾張一方。接著，作為美濃三大支柱的西美濃三人眾由于對齋藤龍興的不滿而相繼倒向信長，成為信長進軍美濃的內(nèi)應。美濃國昔日的統(tǒng)治基礎(chǔ)土崩瓦解。

永祿十年（1567），織田信長以西美濃三人眾為內(nèi)應，聯(lián)合三人眾的兵力攻打稻葉山城，眾叛親離的齋藤龍興無力抵抗，在得到“保全性命”的允諾以后，被迫交出稻葉山城。齋藤家三代在美濃的統(tǒng)治宣告結(jié)束。美濃也成為織田信長此后得以發(fā)家崛起的根據(jù)地。齋藤道三在臨終前曾經(jīng)宣稱“把美濃作為嫁妝贈送給女婿信長”。這個允諾經(jīng)過長長的12年時光，終于成為現(xiàn)實。

失去土地的齋藤龍興成為一名“流浪大名”，他自然不會忘記信長奪取美濃的仇恨。于是，在他一生剩余的時間中，他加入了信長的仇敵陣營，繼續(xù)和信長作戰(zhàn)。在離開稻葉山城以后，齋藤龍興首先加盟了伊勢長島的一向宗勢力，成為長島一向一揆的堅定參與者。接著，他在信長上洛以后，又投靠了三好三人眾，于永祿十三年（1570）參與了攻擊信長所擁立的幕府將軍足利義昭的軍事行動。此后又“流竄”到了越前，投靠朝倉，在決定朝倉家命運的刀彌坂合戰(zhàn)中，朝倉義景的錯誤指揮導致了朝倉軍隊全盤皆輸，不但朝倉家的人才損失慘重，齋藤龍興作為一名客將，也成為這場戰(zhàn)役的犧牲品。美濃齋藤氏的命運就這樣在刀彌坂的屠殺中結(jié)束了。

當然，也有些有關(guān)龍興未死的傳聞。據(jù)說齋藤龍興未死，而是在興國寺出家為僧，在寬永九年（1632）以80余歲的高齡而圓寂。這，或許只是不喜歡信長這位兇暴的“第六天魔王”的人們所編織的美麗傳說罷了。