袁世凱死后，張勛再次攪動北京政府政局，率辮子軍進(jìn)京復(fù)辟，“再造共和”的北洋軍人們與張勛對抗。其中，吳佩孚帶兵與張勛部戰(zhàn)于豐臺、天壇，獲全勝。國體再度從帝制轉(zhuǎn)為共和制，但中華民國的“臨時(shí)約法”、“天壇憲法”等國體的大經(jīng)大法都已如同廢紙。段祺瑞領(lǐng)銜內(nèi)閣，迭令各省取消獨(dú)立服從中央，南方軍閥不服，孫中山利用南方軍閥發(fā)起“護(hù)法運(yùn)動”，段祺瑞命令大軍南征，以期“武力統(tǒng)一”，其中最銳者，即吳佩孚的陸軍第三師。吳佩孚隨曹錕出師討伐南方，任前敵總指揮，在湖南岳陽、長沙等地與護(hù)法軍作戰(zhàn)，連克重鎮(zhèn)，時(shí)稱“常勝將軍”。
　　
　　在當(dāng)時(shí)人眼中，國家統(tǒng)一的希望寄托在吳佩孚身上。因?yàn)槟戏饺宰龈锩髩舻膶O中山?jīng)]有實(shí)力，有實(shí)力的云南、廣西、廣東軍閥們各有算盤，歷史幾乎不用假設(shè)：只要吳佩孚一聲令下，他的大軍即可底定三湘并進(jìn)而蕩平粵桂兩省，北京政府“武力統(tǒng)一”的夢想則指日可待！為了籠絡(luò)吳佩孚，段祺瑞親往前線勞軍，于1918年 6月破格授予吳“孚威將軍”銜。但是，擔(dān)任代理總統(tǒng)的直系首領(lǐng)馮國璋與皖系總理段祺瑞爭權(quán)奪利，吳佩孚附和馮國璋，與段祺瑞相對抗。在捷報(bào)頻傳之際，吳反而突然按兵不動。孫中山的護(hù)法運(yùn)動失敗，他在 5月即宣布辭去南方軍政府的大元帥職，孫在辭電中說下他一生中最好的名言之一：軍閥“南與北如一丘之貉”。但時(shí)人更欣賞的是吳佩孚，1918年 8月，吳佩孚息兵湖南衡陽，他發(fā)出通電，反對段祺瑞的武力統(tǒng)一政策，主張南北議和，所謂“罷兵主和”。
　　
　　十九世紀(jì)末二十世紀(jì)初，電報(bào)技術(shù)引入我國。但直到帝制與共和、中央與地方拉鋸戰(zhàn)的時(shí)代，電報(bào)才大派用場，通電成為軍政大員們政治表態(tài)最好的工具。在影響當(dāng)政者決策國是方面，軍界諸侯的表態(tài)往往比學(xué)生的游行和教授的演講更有分量。在這些通電中，吳佩孚的通電是一二百軍閥中最為可圈點(diǎn)的通電了，他的通電出來，總是能夠?yàn)樗麕韽V泛的聲譽(yù)。他為北京政府立下大功，大軍盤踞中原兩湖一帶，但他罷兵主和的理由卻讓任何人挑不出理由：“鬩墻煮豆，何敢言功？”“并非寇仇外患，何須重兵防守？對外不能爭主權(quán)，對內(nèi)寧忍設(shè)防線？”
　　
　　北京政府為吳的罷兵猜測不已，吳又公開宣布自己的“四不主義”：不做督軍，不住租界，不結(jié)交外國人，不舉外債。他后來實(shí)踐了自己的做人原則。吳的政治生命是微妙的，也是注定了的。他是秀才出身，不及曾國藩能夠“內(nèi)圣外王”，又沒有李鴻章的條件，有一個(gè)大清王朝的平臺可依托可施展。他的上面也是軍閥，處于風(fēng)雨飄搖之中。沒有曾國藩、大清王朝、孫中山那樣政統(tǒng)、道統(tǒng)意識強(qiáng)大的力量為依靠，他就只能如傳統(tǒng)的軍人關(guān)羽、岳飛那樣為主盡忠，主公不行，他就只能以亞父、更準(zhǔn)確地說是以長子自居行權(quán)獨(dú)裁。雖然他只是馮國璋、曹錕派系下的一個(gè)師長，但這種行權(quán)使他很快脫穎而出，成為全國軍政界的新星。
　　
　　1919年，巴黎和會，列強(qiáng)瓜分我國的條約出臺，五四運(yùn)動爆發(fā)，國人中呼吁拒簽和約的，是知識階級和一般民眾。而北京政府擔(dān)憂危及與西方列強(qiáng)的關(guān)系，大都主張接受這一條約。不到一周時(shí)間即 5月 9日，遠(yuǎn)在湖南衡山的吳佩孚發(fā)言，這個(gè)“言人所皆欲言，諫人所不敢諫”的區(qū)區(qū)師長，直接向大總統(tǒng)徐世昌發(fā)出通電：“大好河山，任人宰割，稍有人心，誰無義憤？彼莘莘學(xué)子，激于愛國熱忱而奔走呼號，前仆后繼，民草擊鐘，經(jīng)卵投石 ……其心可憫，其志可嘉，其情更可有原！”吳被輿論譽(yù)為“愛國將軍”。數(shù)日后，吳佩孚又致電南北雙方將領(lǐng)聯(lián)名通電，反對在《巴黎和約》上簽字，主張取消中日密約。那些手握重兵把守各地的督軍、省長們，也因此紛紛致電政府，表達(dá)愛國熱情，措詞強(qiáng)硬地要求拒簽“和約”。同年 12月，馮國璋病死，吳佩孚成為地位僅次于曹錕的直系軍閥首領(lǐng)。