1906年 2月 1日，二十四歲的宋教仁入早稻田大學預科學習。在此期間，他翻譯了《日本憲法》、《英國制度要覽》、《德國官制》、《美國制度概要》、《萬國社會黨大會略史》、《各國警察制度》、《國際私法講義》等十多部有關國家制度和法律的著作，著譯增進了他對資本主義各國政治制度和憲法的了解，使他成為中國人中研究近代政治制度方面屈指可數(shù)的理論家，被視為憲法的化身。
　　
　　這個年輕的理論家開拓了一片屬于自己的園地，但他在革命實踐領域同樣當仁不讓。當孫中山、黃興策動東南沿海會黨起義的時候，宋教仁則看到東北地區(qū)的“馬俠”也可加利用。1907年 3月，他把同盟會代理庶務之職移交給劉揆一，隨后回國到遼寧安東（今丹東）縣，與大孤山“馬俠”首領李逢春等人取得聯(lián)系，并聯(lián)絡在東北的革命黨人建立了同盟會遼東支部，作為領導東北地區(qū)活動的領導核心。
　　
　　在此期間，中日之間為“間島”發(fā)生爭議。“間島”是圖們江口與朝鮮接壤的中國領土，后日本于該地駐兵，交涉初起，清廷與民間苦于無法擊破日本的陰謀。對歷史地理學爛熟于心的宋教仁先后到漢城圖書館和日本帝國大學圖書館查閱了大量資料，于1908年寫成長達六萬多字的《間島問題》一書，綜合各種資料證明“間島”乃中國領土，論據(jù)堅強不可破。書中引用日、韓方面的資料尤其豐富。書稿為日本人所知，重金購買不得；宋教仁將書稿交由清駐日公使謄正轉(zhuǎn)交清外務部，在中日交涉中起了重要作用。袁世凱電令駐日公使，特致意宋教仁來京予以擢用，宋教仁說：“我是通緝有案的人，怎能歸國？”袁世凱得公使館報告后復電，允請西太后取消通緝，并賞四品京堂官銜，遭到宋的拒絕。袁世凱通知駐日公使饋贈酬金兩千元，宋教仁不接受，駐日公使堅持要給，宋教仁就把這些錢散發(fā)給留學生中的困乏者。后來，當俄國企圖派兵駐守撒拉時美時，宋教仁旁征博引，作《承化寺說》，以翔實的史料考證撒拉時美即中國古代之承化寺，各國輿論為之折服。連素以高傲古怪著稱的章太炎也對他敬服不已，稱“遁初有總理之才”。
　　
　　革命黨人在東南沿海起義的多次失敗，使身在日本的宋教仁、譚人鳳等人深感憂慮，他們征得趙聲的同意，數(shù)次召集在東京的部分革命黨人開會，討論革命進行方略。宋教仁提出了著名的“革命三策”，即在邊地進行為下策，在長江流域進行為中策，在首都和北方進行為上策。開始時，大家以為“下策不濟事”，“上策太不容易”，應以中策為宜，后來與會同志“咸主激進”，最后通過了由譚人鳳提出的“事權統(tǒng)一，責任分擔，不限時期為原則”的修正方案。
　　
　　這一時期，東京同盟會本部經(jīng)濟異常拮據(jù)，宋教仁負債累累，一籌莫展。他于 1910年 12月 31日離開東京，啟程回滬。適值于右任正在上海辦報，便請宋教仁擔任《民立報》主筆。他以“漁父”的筆名，發(fā)表了大量文章，抨擊清政府的內(nèi)外政策，宣傳“三民主義”等民主革命思想，在社會上引起強烈反響。
　　
　　1911年 4月，黃花崗起義以失敗告終，革命的精英損失慘重，同盟會的軍心受到極大動搖。宋教仁對軍事行動進行反思，與陳其美等人再推他的革命三策：效仿法國大革命，直接占領北京，號令全國，實行中央革命，此為上策；在長江流域，各樹潛力，同時并舉，創(chuàng)立政府，然后北伐，此為中策；在邊陲各省起義，此為下策。經(jīng)過分析，大家一致認為中策可行。7月 31日，宋教仁和譚人鳳、陳其美等各省代表二十九人，齊集上海北四川路湖北小學校，召開中國同盟會中部總會（簡稱中部同盟會）正式成立大會，作為領導中部起義的指揮中心。中部同盟會根據(jù)宋教仁謀“長江革命”的方略，決定首先在武昌發(fā)難，并在湖北、湖南、安徽、四川等省設立分會，以便屆時組織響應。三個月后武昌起義的勝利，證明了這個戰(zhàn)略決策的成功，盡管武昌起義的勝利也極為偶然。