蔣介石的談話許多地方使周恩來難以接受，特別是在關(guān)于實(shí)行組織合作的原則及邊區(qū)政府組成等問題上，周恩來均表示了不同意見。關(guān)于軍隊(duì)指揮與人事問題，周恩來更是與蔣介石“爭論很久”，他無論如何難以理解蔣介石何以上次明確表示三師以上可以設(shè)立總的指揮部，他只派人聯(lián)絡(luò)，這次不僅不同意設(shè)立總的指揮部，而且還堅(jiān)持要邊區(qū)及各地紅軍的領(lǐng)袖統(tǒng)統(tǒng)離開部隊(duì)。但爭來爭去，蔣介石最后只讓步到可在三師之上設(shè)一政治訓(xùn)練處代行指揮之權(quán)。對此，周恩來十分不滿，接連與宋子文、宋美齡及張沖“往返磋商”，請代為轉(zhuǎn)達(dá)意見，“仍不能解決”。蔣介石并托宋子文轉(zhuǎn)告周：“（一）共黨目標(biāo)不要太大，易引起外間恐懼；（二）共黨要首先取得全國信用；（三）共黨不要使蔣太為難，以便將來發(fā)展?！笔Y介石在日記中的考慮是，成立國民革命同盟會，兩黨各派代表五人。

對于這次廬山談判，中共中央總的來說還是肯定的。這時(shí)中共首先看重的是國民黨的合作誠意，在中共中央看來，蔣介石在廬山的談話是表現(xiàn)了某種合作的愿望的。其次，中共中央更為注重的是保持自身組織上的獨(dú)立性問題，爭取實(shí)現(xiàn)邊區(qū)和紅軍自辦，這對共產(chǎn)黨是最重要的。因此，其他問題在中共中央看來主要只是形式問題，是應(yīng)當(dāng)爭取但并非不可做某些妥協(xié)的。故周恩來回到延安后，即致電張沖表示：“歸來轉(zhuǎn)達(dá)蔣先生領(lǐng)導(dǎo)合作誠意，黨中同志極感興奮，目前正在磋商一切具體辦法并起草宣言，一俟擬就即當(dāng)首途南來?！?/p>

中共中央這時(shí)態(tài)度上之積極，可以從他們迅速表示接受蔣介石關(guān)于成立國民革命同盟會的提議，并很快擬就組織原則草案上報(bào)共產(chǎn)國際一事清楚地看出來。在不得不承認(rèn)國民黨事實(shí)上的領(lǐng)導(dǎo)地位，并依照國民黨政府的要求進(jìn)行改編改制的情況下，保持自身組織的獨(dú)立性在中共中央看來是關(guān)鍵之關(guān)鍵。而涉及到中共及邊區(qū)生死存亡的軍隊(duì)指揮權(quán)問題，尤其是如此。因此，在設(shè)立自己的總指揮部問題上，中共中央仍舊難以退讓。周恩來回延后為此再三致電張沖及蔣介石，稱：雖然各項(xiàng)重要原則問題已經(jīng)接近于解決，“惟總的指揮機(jī)關(guān)及主持人選，此間同志均認(rèn)為非有此實(shí)無法進(jìn)行改編，尤以朱同志去留影響極大”，故“請予改變處置”，以“渡此難關(guān)”。周同日有致牯嶺蔣委員長侍從室錢主任轉(zhuǎn)蔣夫人順密蔣先生電，內(nèi)中此段文字為：“唯三師以上之指揮機(jī)關(guān)及主持人選，黨中同志僉認(rèn)如有此實(shí)無法進(jìn)行，尤以朱同志去留影響極大，務(wù)請鑒察此間實(shí)情，改變處置為至幸?！?/p>

但是，蔣介石也深知此一問題之重要。盡管他這時(shí)未必打算乘機(jī)奪取中共軍隊(duì)，考慮到一勞永逸地消除來自共產(chǎn)黨的威脅和平息黨內(nèi)各種反對容共的意見，蔣這時(shí)也一味堅(jiān)持能不給中共名義上的指揮權(quán)。在這種情況下，張沖、顧祝同等自然也只有諾諾而已，絕不會代周進(jìn)言。張沖幾度來電表示，既然蔣堅(jiān)持己見，周也曾再三與宋美齡、宋子文磋商交涉而無結(jié)果，目前似不亦力爭，不如爭取改日再見蔣介石時(shí)再行商談。顧祝同這時(shí)也復(fù)電周恩來，轉(zhuǎn)達(dá)蔣介石的意見說，蔣“以環(huán)境關(guān)系及現(xiàn)時(shí)事實(shí)上之困難”，對此實(shí)難讓步，還望“轉(zhuǎn)告貴方諸同人體念委座處境之苦”，不必斤斤計(jì)較于此“區(qū)區(qū)小枝節(jié)”。