眾多的事實(shí)可以表明現(xiàn)代醫(yī)學(xué)還存在著很多的不足和局限，大致有以下幾點(diǎn)：

理論不完善?，F(xiàn)代醫(yī)學(xué)的理論基礎(chǔ)并不完善，所以它并不一定有效。該理論認(rèn)為，我們的身體像復(fù)雜的機(jī)器，疾病的發(fā)生只與微生物和基因有關(guān)。醫(yī)學(xué)在很大程度上是建立在“微生物理論”的基礎(chǔ)上，這一理論認(rèn)為，大部分疾病是因?yàn)榧?xì)菌和病毒的入侵造成的，而與他的營(yíng)養(yǎng)狀況、生理狀況、精神狀況和環(huán)境條件無(wú)關(guān)。目前，逐漸增多的證據(jù)表明，機(jī)體對(duì)疾病的易感性決定著是否患病，即包括情感狀況、生理狀況和對(duì)所處環(huán)境的反應(yīng)。現(xiàn)代醫(yī)學(xué)理論的最大缺陷在于，它認(rèn)為我們都是通過(guò)同樣的途徑生病的——也就是說(shuō)，所有的疾病都出于同樣的原因，所有疾病行為相似，并且也只有惟一的方式可以治愈它們。

許多疾病的病因不明。至今，仍有許多疾病病因不明或者尚未完全明了，其中包括原發(fā)性高血壓、冠心病、糖尿病、慢性腎小球腎炎、再生障礙性貧血、白血病等。這是因?yàn)樵S多復(fù)雜疾病的病因十分隱匿，而現(xiàn)代醫(yī)學(xué)“頭疼醫(yī)頭、腳疼醫(yī)腳“的方式很難對(duì)其進(jìn)行全面的研究。

許多疾病的發(fā)病機(jī)制不清。即使已知病因的疾病，其具體發(fā)病機(jī)制和過(guò)程尚不十分清楚，如慢阻肺中80%—90%為吸煙者，但吸煙者中只有10%—15%會(huì)發(fā)展為慢阻肺。又比如，雖然已知某些因素可以導(dǎo)致惡性腫瘤的發(fā)生，但具體環(huán)節(jié)還沒(méi)完全弄清。

缺乏早期敏感、特異的診斷手段。盡管采用了各種現(xiàn)代化檢查，如CT、磁共振、PET等，而且經(jīng)過(guò)多級(jí)醫(yī)生診斷，甚至醫(yī)院會(huì)診，有些病人最后仍得不到確切的診斷，只能冠以發(fā)熱待查、咯血待查、腹痛待查等，有的病人直到死亡甚至尸體解剖仍不能確診。這意味著目前人們所掌握的各種檢查手段尚不能揭示人類所患各種疾病的本質(zhì)和規(guī)律，在某些疾病診斷問(wèn)題上，仍處于束手無(wú)策的境地。

許多檢查手段有創(chuàng)傷、有風(fēng)險(xiǎn)。醫(yī)生為了確診進(jìn)行的一些檢查，如胃鏡、結(jié)腸鏡、支氣管鏡、腹腔鏡、宮腔鏡等，不僅在實(shí)施過(guò)程中會(huì)給病人帶來(lái)一定的痛苦，而且可能引起出血、感染、臟器穿孔甚至生命危險(xiǎn)。各種介入檢查，如心導(dǎo)管檢查、動(dòng)脈造影等也有一定程度的風(fēng)險(xiǎn)。

治療方向錯(cuò)誤?，F(xiàn)代醫(yī)學(xué)認(rèn)為自然機(jī)體是不完善的，所以在這種前提下，要經(jīng)常進(jìn)行各種治療?，F(xiàn)代醫(yī)學(xué)在機(jī)體的各個(gè)環(huán)節(jié)進(jìn)行干預(yù)，笨拙地破壞了人體的微妙平衡，并因此導(dǎo)致比原先要解決的問(wèn)題還要糟糕的問(wèn)題。例如注射維生素K是為了預(yù)防幼兒死于一種罕見(jiàn)的新生兒出血疾病，但是，最近在布里斯托爾的幼兒健康研究所發(fā)現(xiàn)，這種治療措施能使幼兒癌癥發(fā)病率增加25倍。另外一些地區(qū)的研究者們發(fā)現(xiàn)，懷孕期間鐵儲(chǔ)量降低并不會(huì)引起很大的問(wèn)題，這并不是疾病的征兆，而是健康的表現(xiàn)，表明胎兒正在迅速成長(zhǎng)。而那些用于缺鐵婦女的補(bǔ)鐵藥劑和注射劑可能導(dǎo)致早產(chǎn)。

許多疾病缺乏有效的治療方法。一些惡性腫瘤至今仍無(wú)治愈良策，大家最熟悉的高血壓、冠心病、糖尿病、慢性支氣管炎、慢性肝炎、潰瘍病以及腎小球腎炎、各種腦血管病、癲癇等，均缺乏根治方法。絕大多數(shù)的內(nèi)科治療，只能不同程度地緩解癥狀，而不能從根本上解決問(wèn)題。外科手術(shù)雖然對(duì)外傷、良性腫瘤可以收到良好的效果，但是更多情況下，如各種臟器腫瘤，外科手術(shù)切除也無(wú)法從根本上解決問(wèn)題。

藥物能治病也能致病。藥物是一柄雙刃劍，世界上沒(méi)有一種毫無(wú)副作用的藥物。藥物的不良反應(yīng)雖然在藥物說(shuō)明書(shū)上都有相當(dāng)明確的描述，但醫(yī)生很難預(yù)測(cè)這種不良反應(yīng)會(huì)發(fā)生在哪些病人身上。

慢性病的病變過(guò)程不可逆轉(zhuǎn)。許多慢性疾病病人的器官損害是不可逆的。換句話說(shuō)，即使采用了各種先進(jìn)的治療手段也無(wú)法逆轉(zhuǎn)這種局面，使其恢復(fù)到無(wú)病狀態(tài)，這種情況相當(dāng)普遍，如冠心病、風(fēng)濕性心臟病、肝硬化、慢性腎小球腎炎、腦血栓、腦出血、癲癇等。