由于派閥領(lǐng)袖在政治資金和決定入閣人選等利益方面具有舉足輕重的作用，因此，自民黨內(nèi)長期存在著多個派閥。有的派閥領(lǐng)袖的號召力和影響力甚至高于自民黨總裁，這也成為自民黨內(nèi)密室政治和長老支配的主要原因。而能否成為派閥領(lǐng)袖，其關(guān)鍵取決于其資金實力和集資圈錢能力，這往往都與腐敗有著千絲萬縷的聯(lián)系。在過去很長一段時期里，派閥領(lǐng)袖往往又是成為自民黨總裁、問鼎首相寶座不可缺少的前提和環(huán)節(jié)。

截止此次大選公示時，自民黨內(nèi)共有大大小小8個派閥，分別是町村派（又稱清和政策研究會，下同）、津島派（平成研究會）、古賀派（宏池會）、山崎派（近未來政治研究會）、伊吹派（志帥會）、麻生派（為公會）、二階派（新的波浪）、高村派（番町政策研究會）。另外，還存在一個所謂“無派”之派。

這些派閥往往從自己的團體利益出發(fā)，相互之間既斗爭又合作。斗爭和合作的目的都是為了謀求本派閥利益。因此，有人曾戲稱自民黨是一個由多個政黨和團體聚合而成的長期執(zhí)政聯(lián)盟。

自民黨在此次大選中遭遇慘敗也使各派閥勢力受到重創(chuàng)。尤其是在淪為在野黨以后，派閥存在的意義進一步下降，其衰退將不可避免。此次落選的原自民黨副總裁、山崎派會長山崎拓8月31日通過電郵雜志談了自己大選后的心境。他說：“小泉首相強行進行了結(jié)構(gòu)改革，我們在繼任者的選擇上也有發(fā)生錯誤的時候，自民黨真的毀了。”

在此次參選的7名派閥領(lǐng)袖（不包括選舉前已經(jīng)宣布引退的津島派會長、原厚生大臣津島雄二）中，除了山崎拓之外，前官房長官（選舉當(dāng)時）、最大派閥町村派會長町村信孝，原自民黨干事長、伊吹派會長伊吹文明都在小選舉區(qū)的選舉中敗北。后來兩人通過比例代表選舉實現(xiàn)了“復(fù)活當(dāng)選”，總算是撿回了議席。而在自民黨的以往歷史上，派閥領(lǐng)袖竟然在自己的地盤落敗，簡直是不可想象的。然而，這一切都已經(jīng)一去不復(fù)返了。

經(jīng)過此次大選，自民黨各派都損兵折將。最大派閥町村派的眾議員數(shù)量減少到只有選舉公示前的三分之一，雖然加上參議員人數(shù)，仍然維持了自民黨內(nèi)第一大派閥的位置，但在眾議院已經(jīng)退為第二大派閥。古賀派取而代之，成為自民黨在眾院的第一大派閥，但人數(shù)由選舉前的51人減少到了25人。

二階派的眾議員只剩下會長、經(jīng)濟產(chǎn)業(yè)大臣二階俊博，連同參議員，只有３人。

9月3日，町村派、津島派、山崎派和麻生派四派分別召開會議，對此次大選進行總結(jié)。其他四派則或由于議員人數(shù)劇減或由于落選議員忙著給新當(dāng)選議員“騰房”而未能開成總結(jié)大會。麻生太郎首相在該派會議上再次對大選慘敗表示道歉。他說：“作為總裁，作為派閥會長，失去了這么多同志，我表示道歉?！痹诖舜未筮x中落選的山崎派會長山崎拓留任該派會長，他說“這是建黨以來的危機。一定要實現(xiàn)卷土重來”，表示有意參加下一次大選。

津島派9月7日再次召開臨時會議，決定由該派代理會長、原財務(wù)大臣額賀福志郎接替津島雄二就任該派新會長。津島在此次大選前已經(jīng)宣布從政界引退。由此，津島派已經(jīng)演變?yōu)轭~賀派。

自民黨從成立之日起就存在并為長期執(zhí)政立下汗馬功勞的派系結(jié)構(gòu)，在此次選舉中遭遇到了毀滅性的打擊，可以斷言，今后自民黨的內(nèi)部運作，也將改變其以派系為基本單位的特征。在此大選中落選的原防衛(wèi)大臣小池百合子向町村派提出了退會申請并被受理。小池在其電郵雜志上解釋說：“不應(yīng)以派閥為單位，而應(yīng)該全黨團結(jié)一致。”