12月12日，中國科學(xué)院成立思想改造“學(xué)習(xí)委員會”，由院長郭沫若擔(dān)任主任委員，副院長李四光、陶孟和、竺可楨、吳有訓(xùn)擔(dān)任副主任委員。12月25日上午，中科院召開動員大會，郭沫若在大會上說：“官僚主義為貪污與浪費的根源，要肅清貪污與浪費，必須清除官僚主義。為此須發(fā)動群眾，要大家把公物視為神圣不可侵犯，這要改造思想，所以……思想改造和三反運動要雙管齊下”。這就是說，無論你有沒有貪污浪費行為，有沒有官僚主義作風(fēng)，都要從思想改造的角度，積極投入這場政治運動。

會后，竺可楨擔(dān)任中科院三反運動的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)“節(jié)約檢查委員會”主任。當(dāng)天下午，竺召開節(jié)約檢查委員會第一次會議，“決定頭十天閱讀文件，發(fā)動群眾檢舉，以后俟進(jìn)程如何再定辦法，預(yù)期十至十二星期可以結(jié)束（同上，第495頁）。發(fā)動群眾檢舉揭發(fā)他人的罪行，必然會造成一種人人自危的恐怖局面。除此之外，讓知識分子使用批評與自我批評的“武器”，也是發(fā)動政治運動的一個殺手锏。12月27日，中科院學(xué)習(xí)委員會召開會議。按照事先安排，由竺可楨談“批評與自我批評”的體會?他講了三個問題：一、自我批評與古代自省有何不同，二、批評與西方代議制有何不同，三、批評與自我批評是不是剝奪了個人自由。由于準(zhǔn)備不足，或者說尚未想明白，竺可楨認(rèn)為自己“講[得]一塌糊涂”（第496頁）。這顯然與竺可楨從未接觸過這類“游戲規(guī)則”有關(guān)。作為運動領(lǐng)導(dǎo)的竺可楨尚且如此，其他人可想而知。

1952年元旦，竺可楨與陶孟和、吳有訓(xùn)、錢三強(qiáng)應(yīng)邀出席了毛澤東在中南海設(shè)的晚宴，親耳聆聽了毛澤東關(guān)于三反運動的講話。第二天上午，中科院院長郭沫若根據(jù)形勢的要求召開臨時會議，決定“即日發(fā)動‘三反’運動，……希望十天以內(nèi)有結(jié)果?！惫洪L還要求從當(dāng)天下午起，中科院停止辦公，全力以赴投入運動。郭沫若是通天人物，他的這些作法顯然與中共中央隨后發(fā)出的《關(guān)于立即限期發(fā)動群眾開展“三反”斗爭的指示》有關(guān)。

元月3日上午，竺可楨召開“節(jié)約檢查委員會”會議，“討論如何響應(yīng)毛主席號召，發(fā)動大眾熱情來做‘三反’運動?！闭谶@時，中科院黨組成員兼該委員會辦公室負(fù)責(zé)人曹日昌的母親去世，要回老家奔喪，竺可楨勸他不要回去。可見當(dāng)時的氣氛緊張到什么程度。當(dāng)天晚上十點半，竺可楨收到政務(wù)院文教委員會?信，要他在第二天八點半之前匯報運動情況，同時提交書面報告。竺可楨立刻通知曹日昌，讓他連夜準(zhǔn)備書面報告（第532頁）。第二天一早，竺可楨與曹日昌前往文委會進(jìn)行匯報。曹日昌準(zhǔn)備的書面報告分五個部分：（1）是否已經(jīng)自上而下檢討工作，（2）自下而上的發(fā)動工作怎樣，（3）“三反”運動的重點何在，（4）檢查組織狀況如何，（5）存在何種基本問題。運動剛剛開始，曹日昌就能寫出如此報告，真不容易！有意思的是，就在大家積極響應(yīng)毛澤東號召，大張旗鼓地投入“三反”運動的時候，《人民日報》發(fā)表龔育之的文章：《糾正科學(xué)刊物中脫離政治、脫離實際的傾向——評〈科學(xué)通報〉第二卷》。文章說：《人民日報》重新發(fā)表毛澤東《實踐論》之后，中科院主辦的《科學(xué)通報》沒有轉(zhuǎn)載，對《毛澤東選集》的出版也不注意。另外，該刊只介紹資產(chǎn)階級國家的科學(xué)狀況，沒有把國內(nèi)科技成果放在突出位置。這都是“脫離政治、脫離實際、忽視了宣傳毛澤東思想和馬克思列寧主義”的表現(xiàn)?？吹竭@篇文章以后，竺可楨馬上與郭沫若商量，“決計從第三卷一期起改變方針，將已付印之稿收回，但損失將數(shù)千萬元（按，舊幣，下同）。”（第539頁）可見在“三反”運動中，并不反對所有浪費。為了宣傳毛澤東思想，浪費再大也無所謂。

三、竺可楨“無法應(yīng)付”

1952年1月6日下午，中科院召開大會，副院長陶孟和、竺可楨、吳有訓(xùn)分別作了檢查。竺可楨在檢查中說，除了官僚主義外，他還有“本位主義和敵我不分兩個缺點”。與會者對他提出以下意見：一是有?客思想，二是沒有接觸實際，三是利用公家運器材的機(jī)會搬過家具。此外，大家對他們動用巨額公款修建院長宿舍也有很大意見（第534至535頁）。

一個月以后，由于文教委員會要求限期完成思想改造任務(wù)，竺可楨去找另一位副院長李四光商量。他說：“余輩均五十歲以上人，講思想改造不及年青人之速。而且高高在上，脫離群眾，脫離實際，……這實在使人焦急?！绷硗?，他還聽錢三強(qiáng)說：現(xiàn)在“近代物理所年青人亦莫知所從，正如一群雞鴨，但聞四處呼聲，遂致彷徨歧途?！睘榇?，他希望當(dāng)時兼任副院長的陳伯達(dá)能夠“到院多主?思想改造或至少能一星期來一次?！保ǖ?55頁）

這時，三反運動已經(jīng)變成人人過關(guān)了，因此不要說普通知識分子，就連竺可楨也覺得“莫知所從”。為了表示積極，他請沈自敏對自己進(jìn)行幫助。沈在抗日戰(zhàn)爭時期擔(dān)任過浙江大學(xué)學(xué)生會會長，當(dāng)時在中科院近代史研究所工作。面對自己老校長，沈毫不客氣地指出：你屬于“買辦資產(chǎn)階級，改良主義態(tài)度，所以最能壓制學(xué)生”。此外他還批評竺可楨的文章“沒有階級爭斗性”。

2月28日下午，竺可楨在會上再作檢查。檢查之后，沈自敏說竺可楨“在浙大培?了強(qiáng)固的反動集團(tuán)”，曹日昌認(rèn)為他“對教授治校沒有批判”。此外，還有人說他是御用學(xué)者，與蔣介石見面不用通報（第569頁）。對于沈自敏的說法，竺可楨雖然不能接受，但也不敢反駁，只是在日記中流露了一點不滿情緒。

3月15日，竺可楨繼續(xù)在小組會上做檢查。這次檢查的問題包括“向上爬、宗派主義、崇美思想及國民黨時代學(xué)生運動”，其中重點是學(xué)生運動。檢查之后，許多人提了意見。小組會結(jié)束時，院黨組成員、歷史學(xué)家劉大年要求他進(jìn)一步檢查自己的問題。