成吉思汗統(tǒng)一西域

12世紀(jì)末，西遼在西域的統(tǒng)治出現(xiàn)了危機(jī)，與此同時，蒙古在北方草原興起，13世紀(jì)初，蒙古統(tǒng)一了散處于葉尼塞河上游一帶的斡亦刺惕部。1209年，高昌國王亦都護(hù)不堪忍受西遼壓榨，擊殺了鎮(zhèn)守官，歸順了成吉思汗，成吉思汗認(rèn)他為第五子，并把公主婚配給他。西遼的重要屬部噶邏祿等也向成吉思汗投誠。1218年，成吉思汗派大將者別率兵兩萬越過阿爾泰山，攻滅西遼，殺屈出律?？κ哺翣?、莎車、和田等城相繼降服，蒙古統(tǒng)一了西域。1219年，成吉思汗親率二十萬大軍西征，次年攻滅阿姆河下游的花剌子模，兼并了中亞地區(qū)。

蒙古統(tǒng)一西域后，即在高昌、別失八里（即北庭，在今吉木薩爾縣境內(nèi)）、阿力麻里（今霍爾果斯附近）、哈實哈爾（喀什）、葉爾羌（今莎車）、斡端（今和田）等地設(shè)達(dá)魯花赤（地方最高長官），監(jiān)治西域各地。

成吉思汗晚年，將所征服的領(lǐng)土封給四個兒子，長子術(shù)赤分得欽察草原；次子察合臺分得伊犁河流域、河中地區(qū)、焉耆以西直到咸海地區(qū)；三子窩闊臺分得天山北路的塔城、額敏、和布克賽爾、阿勒泰等地和蒙古高原西部；幼子拖雷繼承成吉思汗領(lǐng)地，即蒙古中心地區(qū)。高昌作為屬國，亦都護(hù)的領(lǐng)土予以保留。其中，次子察合臺與三子窩闊臺的封地分別位于今新疆北部及中亞的草原地帶。至于西域及中亞的各綠洲農(nóng)業(yè)區(qū)，則歸大汗委派的斷事官（達(dá)魯花赤）直接管轄，達(dá)魯花赤負(fù)責(zé)編查戶口、征收賦稅、簽發(fā)兵丁，權(quán)力很大。最先投奔成吉思汗的高昌亦都護(hù)，則被賦予了蒙古王族的待遇，繼續(xù)統(tǒng)轄境內(nèi)畏兀爾百姓，但必須接受達(dá)魯花赤的監(jiān)督，上繳賦稅。1251年，蒙哥汗繼位，在別失八里（今吉木薩爾）設(shè)立行尚書省，委派麻速忽為省事，管轄天山東部的綠洲農(nóng)業(yè)區(qū)，又在中亞設(shè)立阿姆河行尚書省，委派阿爾渾為省事，管理天山以南、中亞南部綠洲地區(qū)。

海都叛亂

1260年，忽必烈即位為蒙古大汗。1271年，忽必烈即位為皇帝，建立元朝。在此期間，窩闊臺汗海都和察合臺汗八喇不滿忽必烈繼承汗位，于是發(fā)動了叛亂，元朝在西域的領(lǐng)地為其奪取。

窩闊臺即大汗位時，全體宗王曾立下”只要是從窩闊臺合罕子孫中出來的，哪怕是一塊臭肉，我們?nèi)砸邮芩麨楹埂暗氖难?，貴由汗即位的忽里臺大會上，諸王也有類似的宣誓。因此，海都認(rèn)定拖雷后人占據(jù)大汗之位是非法的，故而很早就萌生了反叛的想法。蒙哥死后，阿里不哥與忽必烈爭奪大汗位，海都依附于阿里不哥，與忽必烈為敵，阿里不哥失敗后，海都拒絕歸附忽必烈。至元五年（1268年），開始舉兵東犯元境。他與察合臺汗國的八剌先是互相爭戰(zhàn)，繼而相結(jié)納，取得伊犁河谷與可失哈耳（中國新疆喀什）地區(qū)，并糾集窩闊臺、察合臺、術(shù)赤三系諸宗王，在答剌速河（中國塔拉斯河）畔召開忽里臺。八剌死后，察合臺汗國實際上成為海都所操持的附庸，它的統(tǒng)治者篤哇追隨海都，多次進(jìn)擾元朝的西北邊境。海都統(tǒng)治下的窩闊臺汗國所控制地域，西至可失哈耳與答剌速河谷，南及天山南坡諸城，東抵哈剌火州（中國新疆吐魯番），北有也兒的石河上游之地，而以伊犁河與答剌速河流域為中心，成為中亞的一大勢力。它的存在，對元朝政治軍事形勢的發(fā)展、元朝與西方諸汗國的聯(lián)系、中西交通的往來等方面都帶來巨大影響。中亞、蒙古的某些地區(qū)也因之?dāng)?shù)遭殘破，造成大量流民內(nèi)徙。

不久，元軍收復(fù)阿里麻里，并相繼奪回斡端（和田）與可失哈爾（喀什噶爾）等地。為了加強(qiáng)對西域的控制，1271年，忽必烈派北平王那木罕建牙（今伊犁霍城），并派兵戍守。1279年，元朝設(shè)置斡端（和田）宣慰使司元帥府，作為管理西域屯戍事宜的最高機(jī)構(gòu)。在此前后，察合臺軍不斷反攻，元朝先后被迫放棄了阿里麻里、斡端等地。隨著戰(zhàn)線由南向北轉(zhuǎn)移，元朝又設(shè)立了別失八里、火州（吐魯番）等處宣慰使司都元帥府，管理天山東部的駐屯事宜。1286年，元朝又罷黜了斡端元帥府，改別失八里宣慰使司為元帥府，成為西域駐屯軍的最高領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)。1295年，元朝再次設(shè)立了北庭都元帥府，管理東天山北麓的軍政事務(wù)。此外，元朝還先后設(shè)立提刑按察司、北庭都護(hù)府以及哈喇火州總管府等機(jī)構(gòu)，管理吐魯番地區(qū)。

經(jīng)過與元朝的長期對抗，窩闊臺汗國與察合臺汗國的勢力也日漸削弱。大德五年（1301年），海都侵犯元朝的邊境，在與元朝軍隊?wèi)?zhàn)斗中受傷，回師途中死去，海都的兒子察八兒繼立。1303年與1306年，察合臺汗篤哇與窩闊臺汗察八爾先后歸順元朝，西北宗王之亂平定。大德八年（1309年），篤哇起而與察八兒爭戰(zhàn)，察八兒被篤哇掠奪了其窩闊臺汗國西部大部分的城池。元朝海山的軍隊也同時逾阿爾泰山，大破察八兒軍。察八兒窮無所依，投往篤哇。窩闊臺汗國所屬的諸大藩部一部分歸附元朝，大部分降于篤哇。當(dāng)時的西域，除了別失八里、火州（吐魯番）、哈密力（哈密）以外，都屬于察合臺汗國的統(tǒng)治范圍。1348年，察合臺汗國分為東、西兩部。西域又處于東察合臺汗國的統(tǒng)治之下。