泡沫經(jīng)濟破裂之后，面對三大過剩，日本式經(jīng)營也面臨著考驗：面對雇傭過剩，日本的企業(yè)還能不能持續(xù)他們的終身雇傭制和年功序列制？面對債務過剩，日本的企業(yè)還能不能延續(xù)他們主辦銀行和企業(yè)相互持股的治理模式？在挑戰(zhàn)面前，日本企業(yè)打破了日本式經(jīng)營的思維限制，從自我膨脹的陶醉中清醒過來，對自身進行客觀的審視和思考，從人員雇用、治理模式等方面進行了徹頭徹尾的自我變革。

終身雇傭制曾經(jīng)因為在員工忠誠度方面的貢獻而備受日本企業(yè)推崇，并逐漸成為日本式經(jīng)營的關鍵代表因素，在這種制度下只要不違法亂紀或者企業(yè)不倒閉，被雇用者就可在企業(yè)工作到退休為止，不必忍受中途失業(yè)之苦。但從20世紀90年代開始，這種曾經(jīng)令日本人感到自豪的制度卻被越來越多的企業(yè)所拋棄。20世紀末被稱為日本“中高年白領受難的時代”。那些為日本的經(jīng)濟高度增長、為日本企業(yè)發(fā)展作出過貢獻的中高年員工在20世紀末被無情地拋棄了。日本企業(yè)的雇傭過剩從1993年開始顯現(xiàn)出來，在1994年達到了150萬人的水平，其后，稍有改善，但1997年再度開始惡化，并于1999年上升到228萬人的高峰。當時，在日本企業(yè)一方，過剩感特別強的是企業(yè)的中高年白領階層的員工。在這一時期，許多日本的大企業(yè)發(fā)布了大規(guī)模的裁員計劃：日本政府持有53%的股份的NTT發(fā)表了裁員11萬人的驚人計劃，其他宣布裁員計劃的企業(yè)還包括日產(chǎn)、日立、東芝、富士通等。日本40家具有代表性的大企業(yè)總共計劃裁員15萬人。據(jù)日本政府總務廳的調(diào)查數(shù)據(jù)顯示，1999年失業(yè)的人數(shù)達到了313萬人，完全失業(yè)率高達，比美國的還要高。企業(yè)與終身雇傭制的這種決裂，固然是日本經(jīng)濟長期衰退的必然結果，但是更為值得注意的是，日本企業(yè)已不再排斥歐美式的雇用方式，并期待通過被雇用者的充分流動來喚起早已消失的危機意識和崗位競爭意識。與此同時，面對終身雇傭制的瓦解，被雇用者的觀念也在發(fā)生變化，在他們看來企業(yè)不再是帶有“共同體”色彩的“家”，他們的內(nèi)心追求正在由“愛社精神”向?qū)崿F(xiàn)自我價值轉變。

與終身雇傭制相配套，長期以來日本企業(yè)在工資報酬上采用年功序列制。在這種工資制度下，工資隨工齡的增加而增加，比較有益于控制工資成本，但由于被雇用者在能力上的差異沒有受到重視，職位工資在收入中的比重也不大，所以在鼓勵被雇用者創(chuàng)造業(yè)績方面缺乏激勵作用。

年功序列制的這一弊病在過去雖未對企業(yè)發(fā)展構成嚴重影響，但泡沫經(jīng)濟破裂后的情況則大不相同，因為被它所忽略的因素恰恰是企業(yè)擺脫困境所必須充分調(diào)動的積極因素，因此幾乎所有的企業(yè)都視之為桎梏將其拋棄，開始實行按能力和業(yè)績確定報酬水準的工資制度。根據(jù)日本有關方面調(diào)查，到2004年末，已有90%的企業(yè)進行了改革，確立了以能力和業(yè)績?yōu)樵瓌t的工資制度。

隨著終身雇傭制和年功序列制的香銷玉殞，日本主銀行制的法人治理結構也岌岌可危。日本主銀行制的公司治理結構具有以下三個突出特點：一是股權結構上的法人相互持股。在日本的上市公司中，其股份主要被金融機構和企業(yè)法人持有。二是經(jīng)營者主導與內(nèi)部治理機制。相互持股的股權結構，產(chǎn)生了大量不行使股東權益的“安定股東”，由于堅持相互之間互不干涉的立場，使董事會形同虛設，而經(jīng)營者處于主導地位。三是主銀行相機治理。主銀行一般是指與企業(yè)具有專屬、持續(xù)以及綜合交易關系的銀行，它是該企業(yè)的主要股東并為該企業(yè)提供最多的貸款額度。在企業(yè)財務狀況較好時，主銀行只作為企業(yè)平靜的伙伴而存在，向企業(yè)提供日常金融服務，聽任經(jīng)營者自主經(jīng)營。當企業(yè)出現(xiàn)嚴重財務危機時，主銀行參與對企業(yè)重大問題的決議和處理。