北朝的實際控制者足利尊氏在被光明天皇正式任命為“征夷大將軍”后重啟武家政治，在京都建立了足利幕府。幕府建立不久，為了整頓武家制度，改革朝政，足利尊氏頒布了武家法典《建武式目》?！督ㄎ涫侥俊诽岢觥熬影菜嘉！钡挠^點，認(rèn)為首要之責(zé)是“早休萬人愁”，“政在安民”。在這一思想的指導(dǎo)下，《建武式目》提出要禁止奢侈，力行節(jié)儉，不得受賄行賄；選用賢能之人擔(dān)任地方官，并要求豪強不得兼并私宅，以減少破產(chǎn)流浪者；委任效忠足利氏的有功、有才干的將領(lǐng)為各地守護(hù)。

1339年8月16日，53歲的后醍醐天皇因病去世。相傳他臨死前，一手握著《法華經(jīng)》，一手撫劍，還立下遺詔：“縱領(lǐng)玉骨已埋南山，魂魄亦當(dāng)常望北闕。”因此，后醍醐天皇的陵墓也與一般的朝南座北的傳統(tǒng)葬式不一樣，而是朝北坐南埋葬。后醍醐天皇死后沒多久，追隨他的幾個南朝著名武將也相繼戰(zhàn)死，南朝似乎“氣數(shù)已盡”，但是由于足利尊氏與其弟足利直義的內(nèi)杠，南朝又殘喘了50多年。

足利尊氏在起兵討伐鐮倉幕府之初，足利直義就一直輔佐足利尊氏，足利尊氏也視足利直義為左膀右臂，對他極為器重。足利幕府建立后，足利尊氏的家臣高師直擔(dān)任重要職位，深得尊氏信任，備受恩寵，然后職權(quán)越高，驕奢越重，手下部將很是不滿，足利直義對此也深為憤恨，決心除掉高師直。

1349年，足利直義與高師直的斗爭發(fā)展到了白熱化階段，高師直要求足利尊氏革除足利直義的一切職務(wù)。足利尊氏答應(yīng)了高師直的要求，撤掉了其弟全部職務(wù)。此后，高師直更為驕恣，而足利尊氏與足利直義之間的關(guān)系也因此日趨緊張。

1350年，足利尊氏與足利直義兵戎相見，足利直義投奔南朝，并于次年大敗足利尊氏統(tǒng)領(lǐng)的北朝軍隊。尊氏派人求和，足利直義殺死高師直，隨后足利尊氏與足利直義攜手言和。第二年，足利尊氏與其子一同歸順了南朝。但是兄弟倆的和睦局面并沒有維系多久，不久，足利尊氏又與足利直義產(chǎn)生了沖突，1352年2月，足利尊氏毒死了自己的弟弟。足利直義雖死，但他養(yǎng)子足利直冬率領(lǐng)著斯波高經(jīng)、桃井直常、石堂義房、山名時氏等舊足利直義派依然與足利尊氏作戰(zhàn)，先后數(shù)次占領(lǐng)過京都。

1358年4月30日，足利尊氏病故，時年54歲，埋在京都的衣笠山下的等侍寺內(nèi)。足利尊氏死后，其子足利義詮繼任將軍，在執(zhí)事斯波義將的輔佐下，足利義詮穩(wěn)固了幕府統(tǒng)治，并逐步壓制住了南朝勢力。

1368年，年僅10歲的足利義滿繼任第三代幕府將軍，由管領(lǐng)細(xì)川賴之任輔佐。足利義滿成年親政后，顯示出卓越的統(tǒng)治與領(lǐng)導(dǎo)能力，先后平定了土岐賴康、山名氏清等地方守護(hù)的叛亂，幕府統(tǒng)治得以進(jìn)一步鞏固。同時，經(jīng)過幾次大的征伐，南朝的勢力徹底衰退。1392年，足利義滿對南朝提出統(tǒng)一的呼吁，并順利實現(xiàn)南北朝合體，成功地結(jié)束長達(dá)60年的分割狀態(tài)。由此，足利義滿在全國范圍確立起幕府將軍的絕對統(tǒng)治權(quán)，成為室町幕府最盛期的締造者。