除了關(guān)東御所，幕府還在各地設(shè)置了“守護”和“地頭”，其名稱雖與鐮倉幕府相同，但是性質(zhì)卻各異。鐮倉幕府的守護與地頭都是將軍的御家人，兩者之間是主仆關(guān)系，而室町幕府的“守護”和“地頭”多數(shù)由將軍的直系族人和有力家臣擔(dān)任。為了保護這些守護、地頭的利益，室町幕府授予了其裁判訴訟、處理無主田地、征收稅款的特權(quán)。這些守護、地頭利用特權(quán)在地方大肆侵吞莊園，將管轄地的武士變成自己的家臣，培植自己的私人武裝，逐漸發(fā)展為守護領(lǐng)國的守護大名。

這些守護大名在自己領(lǐng)國內(nèi)肆意妄為，不奉幕府詔命，截留本應(yīng)上繳給幕府的年貢，尤其是其日漸壯大起來的武裝力量，對幕府構(gòu)成了最直接的威脅。1391年，足利氏的同族、最大的守護大名，領(lǐng)有11國守護的山名氏清反叛，舉兵向京都進(jìn)攻。足利義滿隧起兵討平山名氏清，山名氏清戰(zhàn)死，山名家勢力急劇衰落，史稱“明德之亂”。

在削弱了山名氏清家族的勢力后，足利義滿將下一個目標(biāo)鎖定在了大內(nèi)義弘的身上。大內(nèi)義弘擁有6國領(lǐng)地，是關(guān)西地區(qū)最有實力的守護大名。1399年，大內(nèi)義弘宣布反叛幕府，足利義滿親任總大將，派遣細(xì)川氏、京極氏和赤松氏為前鋒，以總兵力3.6萬人攻打大內(nèi)義弘。兩軍交戰(zhàn)，大內(nèi)義弘戰(zhàn)死，幕府軍隊大獲全勝。此役發(fā)生于應(yīng)永六年，故史稱“應(yīng)永之亂”。

在削弱了各地守護大名的實力后，室町幕府加強了對財政方面的管理。除了分散各地的約200處的直轄領(lǐng)“御料所”為其主要經(jīng)濟來源外，幕府還增加了向各地大名征收年貢米和年貢錢的數(shù)量。幕府還在畿內(nèi)的交通要道設(shè)“關(guān)所”，征收“關(guān)錢”，在渡口收取“津料”，并且對京都內(nèi)的當(dāng)鋪業(yè)和釀酒業(yè)課征稅收。

除此之外，與明朝進(jìn)行的“勘合貿(mào)易”，也是室町幕府重要的財政收入來源。所謂“勘合貿(mào)易”，是明朝對外國來華進(jìn)行朝貢貿(mào)易的一種稱呼，也稱“貢舶貿(mào)易”。“勘合貿(mào)易”必須在特定時間、特定地點進(jìn)行。由于這期間倭寇猖獗，為了對倭寇和幕府官方船只加以區(qū)別，明朝發(fā)給室町幕府勘合符以示區(qū)分。幕府的貿(mào)易船只到港后，需出示勘合符，經(jīng)明朝官員查驗無誤后，方能進(jìn)行交易。

隨著對外貿(mào)易的發(fā)展，一些港口城市日益顯現(xiàn)出繁榮的景象，手工業(yè)和紡織業(yè)快速發(fā)展，不同產(chǎn)品之間的交換也日趨頻繁，城市的商業(yè)形式也變得日趨多樣。每月三次的定期市場“三齋市”從室町中期開始，改為每月六次的“六齋市”。隨著市場的繁榮和貨品種類的增加，還出現(xiàn)了類似于今天行業(yè)協(xié)會的組織--座。越是經(jīng)濟發(fā)達(dá)的地方，“座”越多。由于“座”的普及與發(fā)達(dá)，行業(yè)種類也隨之增多，分工越來越細(xì)，促進(jìn)了商品質(zhì)量的提高。

隨著商業(yè)活動的蓬勃發(fā)展，貨物運輸業(yè)也興盛起來。在一些工商業(yè)發(fā)達(dá)地區(qū)，出現(xiàn)了“馬借”、“車借”等運輸組織。海上運輸出現(xiàn)了駁船，容積達(dá)千石的也為數(shù)不少。