中華人民共和國成立后，人民政府接管了北京大學。1951年6月，著名學者馬寅初被任命為新中國第一任北大校長。

學者謝泳認為：馬寅初是新政權建立后首任北大校長。他是中國國立大學校長中最后一位在政府和校長之間顯示了自由精神的知識分子。

1952年，全國高校進行院系調整，清華大學、燕京大學的文、理科部分師資并入北京大學，北京大學工學院機、電、土、建4系合并到清華大學，化工系合并到天津大學；農學院、醫(yī)學院、地質系、政法專業(yè)等脫離北京大學，或組建成新的高等院校，或并入其他相關院校。北大自北京城內遷入燕園。

此后，北京大學成為一所以文理基礎教學和研究為主的綜合性大學，為國家培養(yǎng)了大批人才。據不完全統(tǒng)計，北大校友和教師迄今有近600位兩院院士，中國人文社科界有影響的人士也相當多地出自北大，并且產生了一批重大研究成果。

改革開放以來，北京大學進入了一個前所未有的大發(fā)展、大建設的新時期，并成為國家“211工程”“985工程”重點建設的兩所大學之一。

2000年4月3日，北京大學與原北京醫(yī)科大學合并，組建新的北京大學。原北京醫(yī)科大學的前身是國立北京醫(yī)學?？茖W校，創(chuàng)建于1912年10月26日。20世紀三四十年代，學校一度更名為北平大學醫(yī)學院，并于1946年7月并入北京大學。1952年在全國高校院系調整中，北京大學醫(yī)學院脫離北京大學，獨立為北京醫(yī)學院，后改名北京醫(yī)科大學。1985年，北京大學成為國家首批“211工程”重點支持的醫(yī)科大學。

近年來，北京大學大力推進教學改革，按照“加強基礎，淡化專業(yè)，因材施教，分流培養(yǎng)”的方針，修訂了教學計劃，加強了基礎教學，充實、更新了教學內容，注重培養(yǎng)學生的創(chuàng)新能力和創(chuàng)造精神。在教學管理上，實行學分制，提高選修課比例，鼓勵學生跨專業(yè)選課、修讀輔修專業(yè)或第二學士學位，提前修滿學分的學生可以提前畢業(yè)，并推薦品學兼優(yōu)的應屆畢業(yè)生免試攻讀碩士、博士學位。

蔡元培校長

蔡元培，中國民主革命家、教育家、科學家，中國知識界的卓越前驅。清光緒進士，翰林院編修。光緒二十四年（1898）棄官南下，投身于推翻清朝封建統(tǒng)治的舊民主主義革命。

蔡元培校長

蔡元培回到浙江家鄉(xiāng)，曾任紹興中西學堂監(jiān)督、上海南洋公學特班總教習等職。1902年，同章太炎等人在上海發(fā)起創(chuàng)立中國教育會，任會長；并創(chuàng)辦愛國學社、愛國女學，宣傳民主革命思想。1904年與陶成章等組織光復會，翌年加入同盟會。1907年赴德國留學，入萊比錫大學研究心理學、美學、哲學等。

1911年辛亥革命后，蔡元培回國。1912年1月任南京臨時政府教育總長，發(fā)表《對于教育方針之意見》，反對清末欽定教育宗旨，認為“‘忠君’與共和政體不合，‘尊孔’與信仰自由相違”。主張教育應從造成現(xiàn)世幸福出發(fā)，而以達到“實體世界”（即觀念世界）為最終目的。并認為國民教育、實利教育與公民道德教育是造成現(xiàn)世幸福的教育，“世界觀教育”是追求實體世界的教育，美感教育則為達到實體世界之手段。并起草《大學令》，確立“學”與“術”的分離，以“教授高深學問，養(yǎng)成碩學宏材，以應國家需要”為大學教育宗旨。他的這些教育觀點，后來成為民國政府制定教育方針的依據。任職期間，曾提出修改學制、小學男女同校、廢除讀經等改革措施。同年7月，因不滿袁世凱專制統(tǒng)治，退出內閣。1913年赴法國考察教育，1915年與吳玉章等倡辦留法勤工儉學會。

1917年，蔡元培，任北京大學校長，提倡學術研究與學術民主，主張對新舊思想“兼容并包”，實行民主管理與教授治校，并提出許多措施整頓校風，使經過改造的北大成為新文化運動的中心，也使北大不斷地發(fā)展成為中國文理綜合的第一學府。此后10年，北大達到發(fā)展的最頂峰。五四運動期間，他積極支持學生的愛國行動，多方營救北京各大專學校被捕學生。五四運動后被迫辭職，赴歐美考察教育。1920年初在北京創(chuàng)辦中法大學。

1927年，蔡元培任國民黨政府大學院院長，后改任中央研究院院長。1931年“九一八事變”后，主張抗日，與宋慶齡、楊杏佛等組織中國民權保障同盟，任副主席。1940年3月5日在香港病逝。中共中央和毛澤東發(fā)了唁電，稱他為“學界泰斗，人世楷?！?。

1917年1月，蔡元培出任北京大學校長，他“循思想自由原則、取兼容并包之義”，使得北大思想解放，學術繁榮。1月9日在就任北大校長的演說上，他對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置于首位，即“培養(yǎng)人格”。

1918年，蔡元培更明確地指出：“大學為純粹研究學問之機關，不可視為養(yǎng)成資格之所，亦不可視為販賣知識之所。學者當有研究學問之興趣，尤當養(yǎng)成學問家之人格。”他強烈反對工具論的觀點，聲稱：“教育是幫助被教育的人，給他能發(fā)展自己的能力，完成他的人格，于人類文化上能盡一分子的責任；不是把被教育的人，造成一種特別的器具，給抱有他種目的的人去應用的?！?/p>

1920年2月，蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園等3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開我國公立大學招收女生之先例。

陳獨秀、李大釗、朱家驊、胡適、劉半農、錢玄同、傅斯年、羅家倫、周作人、沈尹默、劉文典、徐悲鴻、馬裕藻、馬寅初、李四光、翁文灝、丁文江、李石曾、周鯁生、陶孟和、陳垣等一批重要歷史人物，都曾在此時期被蔡元培邀請到北大任教。魯迅也在此兼任講師。再加上先后來到北大的辜鴻銘、黃侃、劉師培、梁漱溟、馬敘倫、顧頡剛、錢穆等，一時大師云集，北大因而成為開風氣之先的“新文化運動”中心和多種社會思潮的策源地。

北大也是中國共產主義思想的重要發(fā)源地和中國共產黨早期活動的重要基地。北大教授“南陳北李”相約分別在南方和北方籌建中國共產黨，陳獨秀當選為第一屆中共中央總書記。曾任北大圖書館管理員的毛澤東，自1935年至1976年逝世，長期作為中共中央實際的領袖人物。

據曾在北京大學就讀的朱偰回憶：

在蔡元培到北大以前，代理校長是胡仁源。胡本是前清進士，后來到英國去留學，在推爾蒙大學畢業(yè)，專門學工業(yè)。1913年擔任北京大學預科學長，后來又擔任工科學長、代理校長。他所聘請的一些教授，大多是前清遺老，和封建士大夫階級的一些所謂名流。在教授中間，有拖著辮子的?；庶h辜鴻銘，也有封建文人如黃侃、劉師培、姚仲實、陳石遺等。在學生中間，也大多是著長袍馬褂、捧著水煙袋的遺少，上也者在報章上寫寫文章，捧捧女伶；下也者則打打麻將，逛逛八大胡同。學術研究的風氣異常缺乏。