黎元洪就職后，擬進(jìn)攻漢口清軍。鄂軍都督府設(shè)在諮議局，其組織分為：秘書(shū)處，楊玉如為秘書(shū)長(zhǎng)；參謀部，部長(zhǎng)楊開(kāi)甲；軍令部，部長(zhǎng)杜錫鈞；軍務(wù)部，部長(zhǎng)孫武。戰(zhàn)時(shí)總司令部參謀長(zhǎng)是李書(shū)城。

在都督府中，軍務(wù)部的權(quán)力最大，首腦是三武：孫武、張振武、蔣翊武。他們是起義的領(lǐng)導(dǎo)人物，很受人尊敬，但實(shí)際上他們對(duì)黎元洪和黃興還稱(chēng)得上唯命是從。光復(fù)之后，戰(zhàn)事展開(kāi)，蔣翊武被牽制。武漢三鎮(zhèn)光復(fù)，舉黎元洪為都督，黎元洪任命蔣翊武為軍事顧問(wèn)，擬出兵武勝關(guān)，阻遏清軍南下。正猶豫間，清軍已直抵漢口，蔣翊武決定馬上迎戰(zhàn)，否則無(wú)以生。遂受命為防御使，又有人跳出反對(duì)，改以張景良為總指揮，以牽制之。凡蔣翊武的計(jì)策，他都予以推翻，于是導(dǎo)致指揮丟分，難以抵御馮國(guó)璋部隊(duì)。

早先攝政王要給光緒帝報(bào)仇，待他掌權(quán)之后，立將袁世凱開(kāi)缺，而對(duì)親貴委以重任。載洵負(fù)責(zé)海軍，載濤為軍諮府大臣，蔭昌任陸軍大臣，載澤為度支大臣，瑞澂為兩湖總督，他和載澤互為姻親。清朝親貴，賄賂公行，乃真實(shí)之寫(xiě)照。載洵掌海軍，到英國(guó)購(gòu)置戰(zhàn)艦，貨未見(jiàn)到，先談回扣，聲名狼藉，貽羞中外。

這是清廷自取滅亡之道，也造成武昌首義的有利條件。當(dāng)時(shí)清朝軍界又出現(xiàn)分化，即舊軍出身之軍官和北洋將領(lǐng)的互相輕視和抵觸，對(duì)于瑞澂的因應(yīng)之策，當(dāng)時(shí)外部左侍郎曹汝霖認(rèn)為很有失著之處，即已搜得起義參加者的花名冊(cè)，牽涉新軍士官很多。這些軍官害怕株連或秋后算賬，于是一不做，二不休，干脆紛紛躍起響應(yīng)。

南來(lái)鎮(zhèn)壓的蔭昌，帶著副手姜桂題，兵力為毅軍二十營(yíng)。蔭昌本是在德國(guó)留學(xué)專(zhuān)修軍事，他娶了德國(guó)的太太，德語(yǔ)嫻熟，但對(duì)軍事不感興趣，更未經(jīng)實(shí)戰(zhàn)。而新軍在灤州秋操，載濤正忙著，蔭昌還不大敢惹他。載濤年少氣盛，傲慢成性，就是慶親王也讓他三分。所以蔭昌只得和姜桂題南下，姜氏帶的兵，也缺乏新式訓(xùn)練。這班家伙各自為政，出發(fā)至劉家店，兵車(chē)阻塞，亂成一團(tuán)，經(jīng)京漢鐵路局長(zhǎng)率領(lǐng)一批精干人員前來(lái)疏通調(diào)度，才勉強(qiáng)通行。到了接近湖北的地方，才發(fā)現(xiàn)武器多不能投入戰(zhàn)斗，有攜炮身而忘炮彈的，有炮彈不合炮膛的，有炮身炮彈相合而基座又不合的，這樣已經(jīng)遷延一月有余。

清軍在湖北的原有駐軍多潰散，于是清廷湖北當(dāng)局臨時(shí)加封委爵，以打爛賬方式收拾潰兵，近一營(yíng)之?dāng)?shù)即為營(yíng)長(zhǎng)，得一團(tuán)之?dāng)?shù)即派為團(tuán)長(zhǎng)，拼湊起來(lái)有將近兩個(gè)師的部隊(duì)。這時(shí)清廷首先派遣陸軍大臣蔭昌率近畿兩鎮(zhèn)援鄂，不料此公行動(dòng)遲緩，起義軍恰好利用此機(jī)會(huì)編練部隊(duì)。蔭昌司令部設(shè)于火車(chē)，車(chē)前后各置一車(chē)頭，勝則揮師前進(jìn)，敗則開(kāi)足馬力后退，行動(dòng)堪稱(chēng)靈便，而其用兵的虛怯，由此可見(jiàn)。

蔭昌無(wú)心戀戰(zhàn)，清廷將其調(diào)回，起用袁世凱為湖廣總督，節(jié)制援鄂各軍。袁世凱派馮國(guó)璋率生力軍前來(lái)鎮(zhèn)壓。

馮國(guó)璋對(duì)武昌起義的鎮(zhèn)壓，并不全是對(duì)清廷的盡忠，而是北洋集團(tuán)別有懷抱。1911年的秋間，清廷于直隸永平府舉行秋操，馮國(guó)璋任東路軍指揮。秋操進(jìn)行中，武昌起義發(fā)生，辛亥革命軍占領(lǐng)武漢三鎮(zhèn)。清政府派陸軍大臣蔭昌率領(lǐng)第一軍南下鎮(zhèn)壓革命，派馮國(guó)璋組織第二軍南下赴援。但馮國(guó)璋等北洋諸將領(lǐng)不愿聽(tīng)從蔭昌指揮，進(jìn)軍遲緩，馮率軍至河南彰德時(shí)，便只身看望袁世凱，袁氏授意他“慢慢行，等等看”六字秘訣。清廷迫不得已，起用袁世凱總攬軍權(quán)。馮國(guó)璋兒子馮家邁回憶道：袁世凱奏請(qǐng)馮國(guó)璋接替蔭昌任第一軍軍統(tǒng)，并對(duì)馮說(shuō)：“非籌備周妥，計(jì)出萬(wàn)全，斷難督師進(jìn)攻?！?/p>

袁世凱重新出山后，督師南下，命馮國(guó)璋攻打漢口、漢陽(yáng)。馮國(guó)璋第一軍協(xié)統(tǒng)李純、王占元、陳光遠(yuǎn)都是其心腹。