不久之后，兩位君主發(fā)生了內(nèi)訌，克麗奧佩特拉被迫逃亡至敘利亞。公元前48年，克麗奧佩特拉在敘利亞糾結了一支軍隊，準備返回埃及復辟她的王位；她的弟弟兼丈夫托勒密十三世則在珀魯修擺開戰(zhàn)場準備迎戰(zhàn)……

正在雙方劍拔弩張之時，五十四歲的羅馬鐵腕統(tǒng)治者愷撒（GaiusJuliusCaesar），在與政敵龐培的軍事較量中，將對方追擊到了埃及。托勒密十三世為了爭取愷撒的支持，叫重臣波希紐斯用計誘殺了龐培，割下他的頭獻給愷撒。但此舉并未博得愷撒的歡心，因為愷撒不希望作為羅馬人的龐培為異族所殺?？梢哉f，這時候的愷撒對埃及將由誰來統(tǒng)治一點兒也不感興趣，只要埃及同意成為羅馬的行省他便可以回家了。因此，對埃及的內(nèi)部紛爭愷撒一開始就持中立態(tài)度，或者說一開始就非常漠然。

但是，克麗奧佩特拉在這關鍵的時刻投下了一枚超重砝碼，那便是她自己——公元前47年3月，二十一歲的克麗奧佩特拉離開她在敘利亞的大本營，從海上悄然直抵塔爾塞斯。28日登陸這天，經(jīng)過仔細沐浴后，令家奴在她嬌艷的身體上涂遍香油，然后將她裹入一張地毯，在必欲置她于死地而后快的波希紐斯眼皮下，將這卷地毯大搖大擺地抬進了愷撒的營房中。當?shù)靥盒煨煺归_時，素有色魔之稱的愷撒在克麗奧佩特拉那美得令人心醉的嬌軀面前徹底驚呆了，這位羅馬的軍事統(tǒng)帥囁嚅著請求女王賜予他愛。緊接著，他們在尼羅河上度過了長達兩個月之久的蜜月。

面對急轉直下的政治局勢，托勒密十三世和波希紐斯只能孤注一擲了：他們仗恃著埃及龐大的陸戰(zhàn)部隊，圍困了愷撒只有四千人的羅馬軍團。愷撒被迫投身這力量懸殊的攻防戰(zhàn)中。長達三個月的惡戰(zhàn)差一點使愷撒遭受滅頂之災，幸虧羅馬援軍及時趕到，扭轉了戰(zhàn)局。結果埃及軍團被摧毀，波希紐斯被殺，托勒密十三世溺斃在這次失敗的騷亂中。騷亂過后，克麗奧佩特拉獨踞了埃及王位，并為愷撒生了個兒子叫愷撒里昂（Caesraion）。