1938年4月，與蔣介石時合時分的桂系將領(lǐng)李宗仁，率部在山東第一次讓日軍吃了敗仗（譯按：即臺兒莊大捷)。然而，這并不能阻止日軍推進，蔣下令破壞黃河河堤。黃河決堤之后，大水阻滯日軍好幾個月，但是也沖走四千個村莊，使黃河改道，出?？诒緛碓谏綎|半島北方，變成在山東半島南方。夏末，日軍沿長江流域深入，進襲武漢。蘇聯(lián)軍機猛轟武漢周圍日軍陣地，火力薄弱的國軍亦英勇展開保衛(wèi)戰(zhàn)。7月，日本要求蘇聯(lián)部隊撤出中、蘇、朝鮮邊區(qū)，聲稱這塊地區(qū)屬于滿洲國領(lǐng)土。日本皇軍開進這片爭議地區(qū)，不料蘇聯(lián)遠東地區(qū)紅軍部隊告捷，擊敗日軍，這也算是日、俄交戰(zhàn)中俄國備嘗敗績的一個歷史轉(zhuǎn)折。

10月25日，日軍終于占領(lǐng)斷垣殘壁的武漢，蔣委員長已在長江三峽上游的重慶，建立抗日陪都。同樣在10月間，日軍占領(lǐng)廣州，切斷國民政府的海上通路。蔣介石繼續(xù)對散布在各地的部隊實施統(tǒng)帥權(quán)，可是派系斗爭已經(jīng)使得國民政府旗下三百多個實力不足的師級部隊，不能有任何重大整合。戰(zhàn)爭進行了一年，日本已屠殺兩百萬中國軍民；北起東北、南迄中、越邊境、占領(lǐng)一百五十萬平方公里土地，破壞許多城市，也摧毀中國的工業(yè)和基礎(chǔ)建設(shè)。

1939年3月中旬，日軍第一○一師已推進到距南昌數(shù)英里的城郊。難民及政府公務(wù)員眷屬開始往南疏散。熊式輝下令保安司令部的新兵督練處遷到南邊的贛州。南昌在3月27日棄守，幾天前，經(jīng)國一家人坐上軍車南撤，一路上盡是流離逃難的長龍。方良緊緊抱住襁褓中的孝章以及三歲的孝文。

江西南部山區(qū)的章水、貢水合流，成為贛江，就在兩河匯合處有一塊平原，贛州城在此矗立。經(jīng)國一家抵達時，贛縣人口大約十萬人，城里一條大馬路南市街，兩旁是經(jīng)年累月炊煙熏黑了的磚房。黃包車在石子路上顛簸，街上還有一座九層寶塔。

蔣家住到俯瞰贛州城一座小山上的西式洋房。蔣經(jīng)國的新職是第四區(qū)行政專員兼保安司令；這塊統(tǒng)稱贛南的第四區(qū)，涵蓋整個江西南部十一個縣，人口約兩百萬。這塊地區(qū)長久以來受到桂系軍閥和地方土匪的控制，非常貧困落后。12

蔣經(jīng)國邀請幾位過去在莫斯科中山大學的同學，到贛南專員公署幫忙。其中之一是黃中美，中大同學認為他曾經(jīng)替蘇聯(lián)特務(wù)機關(guān)當內(nèi)線。黃中美出任經(jīng)國的主任秘書，兼負成立情報網(wǎng)的任務(wù)。周百皆和俞季虞兩個中大同學，出任科長，另一位同學徐季元則擔任緝煙科科長。13自稱曾被下放到西伯利亞勞改營的舊托派分子屈武，也到贛州任職。14同時，蔣介石命令他在黃埔軍校的得意門生胡軌，也到贛州輔佐經(jīng)國。蔣經(jīng)國指派胡軌擔任三民主義青年團江西支團干事長，日后胡成為小蔣親信股肱。

蔣經(jīng)國奉派行政專員新職之后，立刻有系統(tǒng)地遍訪轄區(qū)各個角落。他每天走八十公里，不久就走遍一千五百公里，到處與農(nóng)民、商人、公務(wù)員、文藝人士和難民交談?？墒?，所到之處并不是人人都歡迎他。傲慢的地方士紳難掩輕蔑之意，對他疑心十足。奸商不理他，照樣經(jīng)營賭場、鴉片館，深信已經(jīng)打點好的貪官污吏會保護他們。鄉(xiāng)間強盜攔路行搶，各姓宗族不時互相械斗，老百姓久經(jīng)欺凌，已經(jīng)心如死水、漠不關(guān)心。

蔣經(jīng)國認為恢復地方治安是第一要務(wù)，定下為期一年的“掃蕩行動”。熊式輝應(yīng)他之請，把贛南已有三千兵力的保安隊再擴編；經(jīng)國另外又成立一個有六百名兵勇的自衛(wèi)隊。不過，他對付土匪是剿撫并用。有一天，他率領(lǐng)幾個隨從，不攜武器，只帶幾瓶好酒，親到崇義山區(qū)找土匪頭子周盛連。周某有如水滸中人，以攔路搶來的錢賑濟地方窮人。周某告訴蔣經(jīng)國，是地方上的貪官逼得他走上梁山，落草為寇。酒過數(shù)巡之后，蔣經(jīng)國提出過去一切罪行既往不咎，請周放棄不法行為，跟隨他一起做好事。周某大受感動，同意只要經(jīng)國在贛南做行政專員，他一定不為非作歹?？偣灿腥拿练祟^子接受招安。15據(jù)報道說，到了當年年底，共有五百四十一名土匪自首，經(jīng)國指揮的各路警力也逮捕了兩千兩百四十六名盜匪，處死若干重犯。