抗戰(zhàn)結(jié)束后不久，經(jīng)國和父親回到溪口老家，安排工人修建毀于炮火的豐鎬房及蔣家其他產(chǎn)業(yè)。12月，經(jīng)國帶著家人又回到溪口為母親遷葬。經(jīng)國的祖母王太夫人墳地居高俯瞰山色，母親安息之地只是鎮(zhèn)外一座小廟后方八尺的土冢。他遵循古禮，請名人給墓碑題字，老師吳稚暉受托，題下：“顯妣毛太君之墓”，小心翼翼地不提死者和蔣介石的關(guān)系。據(jù)當(dāng)天參加安葬儀式的艾啟明說，經(jīng)國痛哭流涕，哀痛逾恒。

經(jīng)國經(jīng)常到上海處理學(xué)生騷動事件。他在上海反制共產(chǎn)黨校園活動，握有一項重要資產(chǎn)，就是上海有數(shù)千名青年軍復(fù)員軍人，尤其其中五百多人已轉(zhuǎn)入大學(xué)念書，雖然可以動用此一群眾組織強力對抗，他卻不肯這么做。當(dāng)時主持上海復(fù)員青年軍聯(lián)誼會的陳正卿，回憶起有一次經(jīng)國處理復(fù)旦、暨南大學(xué)學(xué)生示威活動的情形。蔣經(jīng)國指示陳正卿，把已轉(zhuǎn)為大學(xué)生的青年軍復(fù)員軍人動員起來，號召復(fù)課。青年軍復(fù)員之大學(xué)生如命集會，可是大批左派學(xué)生聞訊，組成人墻，擋住復(fù)旦大學(xué)校門，不讓他們進(jìn)去。蔣經(jīng)國不僅沒有下令突破人墻，闖進(jìn)復(fù)旦校園，還指揮他們移動到虹口公園，聽他演講。蔣經(jīng)國在演講中強調(diào)，使用暴力阻止學(xué)生進(jìn)入自己校園的是共產(chǎn)黨，這充分顯示“未來，我們在大學(xué)里還有許多工作要做”。

東北戰(zhàn)事仍持續(xù)進(jìn)行。蔣經(jīng)國在8月和10月，再次接觸羅申，否認(rèn)國民政府走親美路線，也再次提到中方與斯大林舉行高峰會議的可能性。8月間，杜魯門總統(tǒng)向蔣介石提出警告，除非和解有真正進(jìn)展，美援不太可能持續(xù)。然而，國共停火還是無法持續(xù)。中共部隊現(xiàn)在已改稱“人民解放軍”，國軍在華北攻占由中共長久控制的兩座主要城市。林彪的部隊跨越結(jié)冰的松花江，攻擊孫立人部隊，旋即北撤。1946年12月，杜魯門重申美國不干預(yù)中國內(nèi)戰(zhàn)的政策。美軍陸戰(zhàn)隊撤出華北，馬歇爾也回國就任國務(wù)卿新職。馬歇爾離華前發(fā)表聲明指稱，美方調(diào)處失敗是因為國民黨“反動派”和共產(chǎn)黨“激進(jìn)派”掣肘之故。

1947年臺灣爆發(fā)“二二八”慘劇，凸顯出國民黨根本上的弱點——大批高級官員把官職當(dāng)做自己，乃至家人、部屬發(fā)財?shù)拇蠛脵C會。日本自從甲午戰(zhàn)爭之后的1895年就搶走臺灣，1945年9月，國軍在一小支美國部隊協(xié)助下登陸臺灣，接管行政。臺灣在日據(jù)時期經(jīng)濟繁榮起來，農(nóng)業(yè)方面可以自給自足，工業(yè)也略有基礎(chǔ)。雖然受到戰(zhàn)火波及，港口和交通設(shè)施嚴(yán)重?fù)p毀，臺灣經(jīng)濟比起中國大陸任何省份都要強得多。島上居民百分之九十八為漢人，他們一向痛恨日本人的高壓殖民統(tǒng)治，光復(fù)之初，非常歡迎國民政府來解救。

蔣介石派遣1911年起即追隨他的陳儀，擔(dān)任臺灣省行政長官。六十二歲的陳儀，率領(lǐng)大批大陸人到臺灣，接收政治、行政及安全方面的要職。大陸人也接管了公營事業(yè)，并立刻搜刮、自肥。極力幫助國民政府的魏德邁將軍都說：國軍的行為“有如征服者”。

2月28日，臺北街頭因為警察拘捕一名販?zhǔn)巯銦煹膵D女而引發(fā)抗議，旋即升級為動亂。陳儀認(rèn)定亂事是臺灣精英中的親日人士，以及反對臺灣回歸中國的激進(jìn)分子在背后煽動。蔣介石派出一支高級代表團到臺灣，和地方領(lǐng)袖會商，并決定改組省政府。臺灣各界匆匆組織一個臺北處理委員會，也采取溫和語調(diào)，收回早先提出的撤銷臺灣警備司令部、解除國軍武裝之主張。可是，街頭的異議分子已失去控制，若干極端分子攻擊政府機關(guān)及軍警單位。 8

3月9日，國軍槍決數(shù)百名為首者，在街頭也屠殺數(shù)千人。這正是傳統(tǒng)的殺雞儆猴——“清鄉(xiāng)戰(zhàn)術(shù)”。（1995年，國民黨為處理“二二八”事件過當(dāng)正式道歉，承認(rèn)遇難者高達(dá)一萬八千至兩萬八千人之多。）3月17日，國防部長白崇禧率領(lǐng)一個由軍政大員（包括蔣經(jīng)國在內(nèi)）組成的代表團到臺北，調(diào)查事件始末。在臺灣停留三星期之后，白崇禧發(fā)表一份聲明，為陳儀處理事件之做法辯護。4月17日，美國大使提供一份觀點全然不同的報告給國民政府主席蔣介石。隔了幾天，蔣介石派出文人接替陳儀（譯按，行政長官公署撤廢，改為省政府，魏道明接任省主席），但是另派新職給陳儀。