在談判的同時，武力營救的準備也在緊鑼密鼓地進行。雖然俄方已經(jīng)接受了恐怖分子的許多條件，但在這種情況下，車臣恐怖分子仍然開始殺人，現(xiàn)在惟一的辦法就是對劇院發(fā)動閃電突擊。在人質(zhì)安危系于一旦的危急情況下，普京簽署了突擊命令。

突擊計劃早在人質(zhì)事件發(fā)生之初便由俄內(nèi)政部、內(nèi)衛(wèi)部隊、聯(lián)邦安全局、緊急情況部擬定好了。參加突擊行動的部隊，即“阿爾法”、“信號旗”和內(nèi)衛(wèi)部隊也早就到位。其中“阿爾法”在行動中唱主角，“信號旗”負責支援突擊，內(nèi)衛(wèi)部隊則負責支援突擊隊的任務。據(jù)內(nèi)務部人員透露，在三天事件中，特種部隊人員一直準備作戰(zhàn)，他們早己在劇院后面的外墻挖了洞口，特種兵早已潛入劇院內(nèi)，并隱蔽起來。一些記者事后想起來，從出現(xiàn)人質(zhì)危機的２３日那天起，就看見一些“工人”在劇場附近“施工”，挖開或鑿開排污管道和暖氣輸送管道。

“阿爾法”特種部隊的軍官透露，其實發(fā)動強攻的想法，在恐怖分子劫持人質(zhì)的第一天，現(xiàn)場指揮部就已經(jīng)開始考慮了。之所以這樣考慮，是因為指揮部的高級指揮人員不愿意看到１９９５年車臣綁匪在布瓊諾天卡劫持人質(zhì)的悲劇在莫斯科重演?，F(xiàn)場指揮部當時坐落在工會大街上。他們很擔心決定提前進攻劇院的消息被走漏，因為當時俄羅斯安全局人員已經(jīng)通知他們，在人質(zhì)被扣押的劇院附近，發(fā)現(xiàn)綁匪的幫兇通過手機給里面的綁匪通報部隊的調(diào)遣情況。

在發(fā)起突擊之前，“阿爾法”和“信號旗”的指揮官再次向突擊隊員們強調(diào)了兩條原則：一是無論如何都要確保人質(zhì)的生命安全，這就要求突擊隊員必須在第一時間內(nèi)快、準、狠地殲滅所有身上攜有炸彈的車臣寡婦敢死隊員；二是千萬不要導致劇院倒塌，這就要求突擊隊員們決不容許恐怖分子引爆埋設(shè)的地雷和安放在劇院支柱上的炸彈。為保證突擊行動的最大成功性，突擊隊員進行了精心準備。根據(jù)俄羅斯總統(tǒng)于事發(fā)當天制定的“決不妥協(xié)、談判和動武兩手準備、立足武力營救”方針，應急指揮中心便開始根據(jù)各種可能情況擬定多種作戰(zhàn)預案，籌劃武力營救實施準備工作。

首先是進行周密的偵察。一是偵察部門通過各種手段查明劇院內(nèi)的情況。這些手段是技術(shù)偵察，包括偵聽綁匪電話、技術(shù)測向定位等。二是潛伏偵察?！鞍柗ā毙〗M的隊員通過地下道潛入劇院下面，在一些部位安裝了攝像頭。三是詢問脫險人員及與人質(zhì)電話交談（上面說過，綁匪允許人質(zhì)與親屬通過手機通話）。在人質(zhì)與親屬通話時，偵察人員就接過電話，詢問劇院內(nèi)的情況。此外，進入劇院談判、治療、送食物的人員也可以向安全部門提供一些信息。通過以上手段，指揮中心基本判明恐怖分子的具體位置，所攜帶武器種類、爆炸物性能，并根據(jù)劇院的建筑結(jié)構(gòu)繪制了作戰(zhàn)詳圖。

其次是進行有針對性的作戰(zhàn)訓練。為以最小的代價贏得勝利，指揮中心制定了周密的作戰(zhàn)預案，并組織參戰(zhàn)部隊反復進行針對性演練：一是明確分工。各參戰(zhàn)部隊被分成狙擊、潛伏、突擊、排爆、支援等若干小組，各小組任務明確，既獨立行動，又相互支援。二是重點演練多路向心突擊?！鞍柗ā毙〗M提前潛入劇院隱蔽，一但接到攻擊命令立即從內(nèi)部攻擊；內(nèi)務部特戰(zhàn)部隊埋伏在劇院各處通道和主要出入口，突擊時使用高爆炸藥炸開門窗和墻壁，從多個方向向劇院迅猛突擊；莫斯科市特警部隊則待劇院內(nèi)部戰(zhàn)斗打響后從正面突擊，合力殲敵。三是輕重裝備搭配。為防止人員在行動中遭到襲擊，俄將裝甲輸送車等重裝備部署在劇院正面，一旦行動開始，增援人員立即在裝甲車掩護下迅速接近目標。

第三是確定突擊行動的戰(zhàn)法。在制定營救計劃時，最讓指揮和參謀人員頭痛的就是如何防止恐怖分子狗急跳墻引爆炸彈。事后查明，綁匪們攜帶有１３０公斤的爆炸物，包括兩枚１５２毫米口徑榴彈炮炮彈、１８枚手雷、８０余件其他炸彈。１８名女綁匪攜帶著這些爆炸物，均勻地分布在人質(zhì)之間，隨時準備與人質(zhì)同歸于盡。據(jù)專家說，即使只有一枚１５２毫米榴彈炮彈爆炸，就足以將大廳內(nèi)的所有人炸死。在這種情況下，傳統(tǒng)的作戰(zhàn)方法都無法保證在綁匪引爆炸彈之前就將其全部消滅。指揮中心遂決定打破常規(guī)，采用特殊戰(zhàn)法制敵。同時，考慮到匪首巴拉耶夫兇殘狡詐，具有豐富的作戰(zhàn)經(jīng)驗，指揮中心做出了專門布置，力爭在戰(zhàn)斗一打響就將其擊斃。