身為生物學(xué)家，亞里士多德不怕把手弄臟。他率先有系統(tǒng)地匯整前人的觀察結(jié)果，搜羅對(duì)象不僅是哲學(xué)家，還包括漁夫、農(nóng)夫、旅行者及其他對(duì)動(dòng)物有第一手知識(shí)的人。更重要的是，他以多年的時(shí)間去耐心地觀察、研究與解剖動(dòng)物。他總共描述了將近600種物種，包括昆蟲、甲殼類、魚類、兩棲動(dòng)物、爬蟲類、哺乳類與鳥類。他的觀察品質(zhì)相當(dāng)卓越，例如他發(fā)現(xiàn)盲鼴鼠有一雙隱藏的眼睛；雌土狼盡管有類似雄性的生殖器，但并不是雌雄同體；河鯰魚是由雄性照顧幼魚。他非常細(xì)心地研究蜜蜂，試圖了解它們?nèi)绾畏敝场Ｔ谶@個(gè)過程中，他成為2100年來第一個(gè)注意到蜜蜂舞蹈語言的人。

亞里士多德在論述生物學(xué)的著作中，清楚地將觀察置于理論之上。在提出關(guān)于蜜蜂繁殖的結(jié)論后，他加上：“然而事實(shí)尚未完全確定，若真能確定的話，則應(yīng)先信任觀察而非理論，唯有與觀察結(jié)果一致的理論方可信任?！彼€跳脫出愛奧尼亞前輩的思維，將焦點(diǎn)從萬物如何形成，轉(zhuǎn)換至它們的現(xiàn)況。他埋首研究真實(shí)的、活生生的生物，這一點(diǎn)跟前人及他的老師有很大的差別。蘇格拉底曾經(jīng)說：“我決定通過決定現(xiàn)實(shí)真相的辯論，擺脫感覺造成的混淆?！卑乩瓐D判定先前的哲學(xué)家會(huì)重生為鳥類或魚類，因?yàn)樗麄儭白⒁馓焐系奈矬w，單純到以為有關(guān)這些物質(zhì)最確鑿的證據(jù)是眼中所見”。

亞里士多德甚至超越自己的研究成果。在邏輯學(xué)的領(lǐng)域里，他是分類大師。他發(fā)明了“排中律”，即單一類別無法同時(shí)包含特定性質(zhì)以及與其相反的性質(zhì)。這個(gè)定律在數(shù)與形式邏輯上非常適用，以數(shù)而言，數(shù)不是奇數(shù)就是偶數(shù)，不是質(zhì)數(shù)就是復(fù)合數(shù)。但在真實(shí)世界，這個(gè)定律卻碰上了麻煩。椅子可以當(dāng)睡椅使用，橘色會(huì)變?yōu)辄S色；有不會(huì)飛的鳥，也有會(huì)飛的哺乳動(dòng)物。亞里士多德想要分類所有的生物，認(rèn)為這是使生物學(xué)成為真正科學(xué)的第一步。但他發(fā)現(xiàn)無法有邏輯地分類動(dòng)物，至少不能把它們當(dāng)作以預(yù)制模鑄造的硬幣一般處理。他反而花了許多年的時(shí)間，將相似處與差異處匯總，記下關(guān)系遠(yuǎn)近的征象，并試圖辨識(shí)出自然本身的歸類。他看出有些物種擁有共有特定的重要特征，例如有羽毛或鱗、為溫血或冷血、只棲身在水中或只在陸地、以卵生或胎生繁殖。亞里士多德從這類的共同特征，識(shí)別出許多我們今天認(rèn)定的主要?jiǎng)游锓诸?。由于他是根?jù)自然而非以人工方式進(jìn)行歸類，因此能正確地將許多物種分類。例如，他了解鯨魚與海豚并非魚類而是哺乳類，并且以驚人的客觀性指出猩猩與人類的關(guān)系相近。

當(dāng)然，若是沒有理論，亞里士多德也不可能會(huì)有進(jìn)展。在對(duì)物理學(xué)的研究中，他大力強(qiáng)調(diào)熱與冷的性質(zhì)。有時(shí)這種做法很有用，例如他因此能用溫血或冷血作為動(dòng)物的明確特征。但在其他領(lǐng)域，這卻讓他迷失方向。例如，他認(rèn)為肺的主要功能是冷卻身體。此外，他仍無法完全跳脫柏拉圖的完美觀，并且試圖將動(dòng)物從最不完美排列到最完美。后來他相信生物有其獨(dú)特性，一種能令物質(zhì)變得有活力并具有形態(tài)的靈魂或生命力。他認(rèn)為“靈魂”是由雄性通過精子傳送給雌性的。

如我們所知，西方科學(xué)隨著羅馬帝國的滅亡而進(jìn)入漫長的蟄伏期。當(dāng)西方在將近1000年后終于蘇醒時(shí)，它重新發(fā)現(xiàn)亞里士多德，并尊稱他為“最博學(xué)的大師”。中世紀(jì)的學(xué)者大量吸收他的觀點(diǎn)，而且絕大部分是在不加批判的情況下照單全收。在物理學(xué)等許多領(lǐng)域，科學(xué)唯有揚(yáng)棄亞里士多德學(xué)派的思路，直接探索自然，才有可能進(jìn)步。但是生物學(xué)的情況不同，亞里士多德已經(jīng)指出一條路，不是提供一整套的柏拉圖系統(tǒng)，而是以自己作為博物學(xué)家進(jìn)行研究的模范，他可說是世界上第一位也是最好的博物學(xué)家。他創(chuàng)建了生物學(xué)這門科學(xué)，提出深?yuàn)W的問題，并證明這些問題是可以回答的，只不過尋找答案唯一的途徑是耐心辛苦地和大自然進(jìn)行對(duì)話。