甲申之變的成功解決，朝鮮王室雖對(duì)袁世凱心懷感激，但國(guó)王李熙軟弱無(wú)能，凡事多仗閔妃。閔妃重用親信，獨(dú)斷專(zhuān)行，肆意妄為，并與俄國(guó)暗中往來(lái)，企圖變朝鮮為俄“保護(hù)國(guó)”。袁世凱為了遏制閔妃，想讓前兩三年被擒拿至天津的大院君李昰應(yīng)回國(guó)，利用李昰應(yīng)的影響和聲勢(shì)，鉗制閔妃，遂向李鴻章提出大膽建議，謂：“大院君智謀才略，實(shí)勝其子數(shù)倍，頗為其國(guó)人所尊敬，且深明大義，光緒八年不得已而擄歸，茲宜曉以大義，赦其回歸，使其父子同心協(xié)力，于其國(guó)計(jì)頗有裨益。這建議與李的想法基本一致。在甲申之變前，李鴻章就有釋放大院君回國(guó)的想法，只因閔妃（諸閔）、趙太妃等對(duì)大院君回朝多加阻攔；李也擔(dān)心大院君回國(guó)后，過(guò)多干預(yù)朝政，使朝鮮陷入內(nèi)亂。但甲申政變爆發(fā)后，李鴻章深感朝鮮朝廷軟弱無(wú)能，搖擺不定，如有大院君坐鎮(zhèn)，情況當(dāng)大不一樣，遂更加贊同袁世凱提出的”以父臨子“的主張?！短旖驐l約》后，袁世凱深感”韓王昏聵糊涂，最易受人煽感，又復(fù)見(jiàn)異思遷……久必為日俄所愚，叛我獨(dú)立“，遂上書(shū)李鴻章，赦大院君回國(guó)，以收拾人心，抑制閔妃，父子同心，共為國(guó)家計(jì)。李鴻章經(jīng)袁世凱不斷陳情，遂堅(jiān)定赦大院君回國(guó)之決心。加上，本來(lái)猶豫不決的清廷也因俄人侵朝愈演愈烈，一改態(tài)度，毅然命李鴻章酌情辦理。李鴻章隨后派袁世凱護(hù)送李昰應(yīng)回國(guó)，并致書(shū)朝鮮國(guó)王，曰：袁世凱兩次帶兵貴邦，扶危定傾，人民信重。

赦免大院君回國(guó)，并不是李鴻章的得意之作，或曰失策之舉，主要原因是大院君與閔妃積怨太深。大院君一回國(guó)，諸閔就采取了極端手段，以剪大院君殘存的黨羽，搜捕金春永、李永植，并處以極刑。大院君的隨從十余人，也都人人自危。后雖經(jīng)袁世凱從中斡旋、交涉，迫害事件得以停止，但諸閔遂對(duì)袁世凱及清廷不滿(mǎn)，這對(duì)中國(guó)鞏固在朝鮮的宗主權(quán)地位產(chǎn)生諸多不利影響。對(duì)于這些，袁世凱在護(hù)送大院君之前，也是欠考慮的；護(hù)送途中，袁世凱對(duì)朝鮮王室沒(méi)有派員前來(lái)迎接大院君的怠慢行為多為氣憤；護(hù)送回國(guó)后，袁世凱才深切體會(huì)到大院君與諸閔矛盾一時(shí)難以化解。后來(lái)，袁世凱雖有意冷落大院君，以平諸閔之氣或拉攏諸閔，但閔妃權(quán)貴猜忌叢生，對(duì)袁世凱也萌生了敵意?！睙o(wú)論袁的本意或其表面的做法僅是在維護(hù)大院君本人，而諸閔則始終不能消除一種本能的疑懼，認(rèn)定袁助大院君復(fù)掌政權(quán)?！斑@些都是袁世凱所未能料及也是考慮不周的。

光緒十一年（1885年）九月，李鴻章在聽(tīng)取袁世凱護(hù)送之事匯報(bào)后，頗為滿(mǎn)意，遂向朝廷發(fā)了奏折，謂：“查有分省補(bǔ)用同知袁世凱，膽略兼優(yōu)，能知大體。前隨吳長(zhǎng)慶帶兵東渡，久駐王京，壬午、甲申兩次定亂，情形最為熟悉，朝鮮新舊黨人咸相敬重。此次派命伴送李昰應(yīng)歸國(guó)，該國(guó)君臣殷殷尉留。昨接朝王來(lái)函，亦敦請(qǐng)?jiān)搯T在彼襄助。若令前往接辦，當(dāng)能措置裕如。”隨后朝廷準(zhǔn)奏，正式任命袁世凱為“駐扎朝鮮總理交涉通商事宜大臣”，俟補(bǔ)缺后以道臺(tái)升用，加三品銜。此前，大清駐朝鮮的代表是陳樹(shù)棠。陳樹(shù)棠“忠厚有余，才智不足”，陳的職位是“總辦商務(wù)委員”，顧名思義，只是專(zhuān)辦商務(wù)而已，與領(lǐng)事不能“同品”。而此次改任袁世凱，稱(chēng)袁為“駐扎朝鮮總理交涉通商事宜大臣”，冠以“交涉”兩字，端在“優(yōu)其事權(quán)……略示與外交之意”。十月初，袁世凱在天津拜別李鴻章后，赴朝履新。李鴻章還致朝鮮國(guó)王書(shū)一封，曰袁世凱“奉旨令駐扎漢城，襄助一切。以后貴國(guó)內(nèi)治外交緊要事宜，望隨時(shí)開(kāi)誠(chéng)布公，與以商榷，必于大局有裨”。爾后袁世凱對(duì)朝鮮內(nèi)政外交事宜，多有干預(yù)，權(quán)限越來(lái)越大，中國(guó)在朝鮮的宗主權(quán)也得以強(qiáng)化。