因此，朱棣對(duì)這些歸附者仍有疑慮，例如他在進(jìn)軍時(shí)就要求將士加強(qiáng)戒備，并指出，如果有蒙古人往東走，可能是瓦剌派往韃靼的使者；如果有蒙古人往西走，可能是韃靼派往瓦剌的使者；而明軍一旦發(fā)現(xiàn)這些人，應(yīng)當(dāng)予以拘留。朱棣還在大戰(zhàn)結(jié)束之后的6月9日重申各路人馬要注意遵守戰(zhàn)場(chǎng)紀(jì)律，在廝殺時(shí)不許與敵人說話。這是因?yàn)槊鬈娭杏写罅繗w附的蒙古兵，他害怕這些人與瓦剌暗通消息。

明軍在戰(zhàn)區(qū)逗留了二三日來打掃戰(zhàn)場(chǎng)，便沿著進(jìn)軍的路線回師。當(dāng)天中午撤到回流甸的時(shí)候，朱棣遣使阿魯臺(tái)，通報(bào)擊敗瓦剌的戰(zhàn)況。

6月11日，北征大軍回到三峽口，峽口山上盤踞著一批瓦剌士兵，還有數(shù)百人在雙海子出沒。明軍用火器射擊雙海子，逼使敵人撤離了該地。峽口山上的敵人見勢(shì)不妙，也撤離了。八月初一日，朱棣率軍由安定門進(jìn)入北京。歸心似箭的明軍回師用了不到兩個(gè)月的時(shí)間，而進(jìn)軍則用了3個(gè)多月的時(shí)間，可見回師的速度比進(jìn)軍的速度要快得多。

史載，明軍與瓦剌軍作戰(zhàn)時(shí)，“殺其王子10余人，斬虜首數(shù)千級(jí)”。在戰(zhàn)爭(zhēng)中，戰(zhàn)死與戰(zhàn)傷的比例通常為1：3。故此可以判斷瓦剌在作戰(zhàn)中可能有過萬(wàn)人死亡或者受傷。而明軍的傷亡，據(jù)《明史紀(jì)事本末》的記載，與瓦剌差不多。

到目前為止，從神機(jī)營(yíng)參與的兩次北征來看，其作戰(zhàn)方式有進(jìn)攻、防御、埋伏、突擊等等。這支部隊(duì)在戰(zhàn)爭(zhēng)中經(jīng)常首當(dāng)其沖、全程使用，套用一句成語(yǔ)，叫做“勇冠三軍”。朱棣后來根據(jù)神機(jī)營(yíng)的優(yōu)異表現(xiàn)，規(guī)定在布陣時(shí)，手持神機(jī)銃的射手一定要布置在陣營(yíng)的前面，馬隊(duì)排在后面，因?yàn)榍懊娴年?duì)形疏散開來，便于射擊，而后面的隊(duì)形密集一些會(huì)使陣營(yíng)更加堅(jiān)固。這個(gè)戰(zhàn)術(shù)根據(jù)以往的作戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)而總結(jié)出來，意味著當(dāng)明軍與對(duì)手作戰(zhàn)時(shí)，將首先用神機(jī)銃發(fā)射彈丸挫敵鋒芒，然后再用騎兵沖擊。實(shí)踐證明，神機(jī)營(yíng)在其后的多次北征中不負(fù)眾望，縱橫馳騁于蒼茫塞外，如入無(wú)入之境，幾乎使那里成了自由開火區(qū)。

瓦剌遭到慘敗之后，不久，向明朝遣使謝罪，表示愿意重新歸附。韃靼的阿魯臺(tái)卻利用瓦剌中衰的機(jī)會(huì)，向西發(fā)動(dòng)一連串的進(jìn)攻，勢(shì)力獲得了較大的發(fā)展，并開始桀驁不馴，南下威脅明邊了。而明朝則于1413年（永樂十九年）遷都北京，以南京為陪都，顯然，遷都有利于經(jīng)略蒙古。