同治九年七月，馬新貽遇刺后，魁玉等嚴(yán)刑拷問，但張汶祥供詞屢變，呈交朝廷后，給事中王書瑞上奏，表示案件必有幕后主使，應(yīng)順藤摸瓜，找到根源。于是，漕運(yùn)總督張之萬參與二次會審。這次會審提供出了新的審訊記錄：張汶祥本來就是廣東的太平軍，后來又和海盜勾結(jié)。馬新貽在浙江任巡撫期間，大力打擊了南田海盜，張汶祥的很多同黨被清軍殺死，張汶祥自己的妻子也被人掠走。為此，張汶祥特地向馬新貽提起訴狀，希望得到解決。由于馬新貽不準(zhǔn)，遂挾仇行刺，并定性為報(bào)復(fù)殺人，無幕后指使。

慈禧看到審訊記錄，仍然不能相信，特意找到在天津的曾國藩征求意見，慈禧問曾國藩：“這事情不是很詭異嗎？”曾國藩表示同意。此后，曾國藩以新任兩江總督的頭銜會同刑部尚書鄭敦謹(jǐn)?shù)谌螌徖?，張汶祥的終審相當(dāng)于省長和公安部部長一起完成的。這次終審并無其他突破。按照清史的描述，馬新貽基本可以說是一等一的好官，生得光榮、死得偉大。但由于此案審理得反復(fù)漫長，過程中出現(xiàn)一些蹊蹺事情，讓正史版的“刺馬案”反倒不可信起來。

第二種：丑聞?wù)?。第二種版本是諸多“刺馬”文學(xué)、影視做品的藍(lán)本，在這個版本中，“刺馬案”本已水落石出，但清廷為遮丑，不得已偽造供詞、屈打成招，捏造出張汶祥通匪復(fù)仇的故事，讓案情得以了結(jié)。這個版本，也是坊間巷里傳得最廣的。

在這個版本中，馬新貽本無能耐，曾戰(zhàn)敗于太平軍被俘。當(dāng)時太平軍已經(jīng)日薄西山，遂有馬新貽誘之以利，與張汶祥、石錦標(biāo)、曹二虎三人結(jié)義。張汶祥即為《投名狀》中姜午陽的原型，曹二虎、石錦標(biāo)，名字雖然一樣，但性格已被大幅改動。

在丑聞版的刺馬內(nèi)幕故事中，馬新貽依靠張汶祥、石錦標(biāo)、曹二虎搏命獲得的軍功，累遷至巡撫、總督，張汶祥、石錦標(biāo)也升至四品左右，唯獨(dú)曹二虎因有勇無謀，最終只謀得五品官職。后來，曹二虎覓得佳人，卻被馬新貽瞄上，馬先是誘奸了義弟之妻，在事情敗露后，又設(shè)計(jì)殺了曹二虎。而張汶祥則離開馬新貽，最終伺機(jī)刺死馬新貽，復(fù)仇成功。

這個版本的來源，據(jù)說是張汶祥最終向鄭敦謹(jǐn)主動交代的，因?yàn)閺堛胂榫粗夭⑿湃芜@位“鄭青天”。但考慮到丑聞涉及朝廷命官，最終將張汶祥挾仇報(bào)復(fù)的審理結(jié)果作為判處依據(jù)。但在案件發(fā)生不久，還在審理期間，關(guān)于“刺馬案”的文戲就已經(jīng)在民間上演，戲中的故事就是馬新貽負(fù)友漁色，張汶祥為弟復(fù)仇。由于民間傳聞不可忽略的作用，最終的審判結(jié)果更被認(rèn)為是慈禧太后有意掩蓋丑聞，而馬新貽衣冠禽獸的評價也傳得越來越真切。

第三種：陰謀論。但隨著時間的推移，更多的小說家推出了陰謀論的解讀方式。馬新貽因政績累遷，不管是不是真的有政績，但他上表請求減去稅賦，興修水利工程，打擊盜賊的事情，應(yīng)該是不會作假也很難作假的。從這個角度來說，馬新貽在政治上，確有所作為。陰謀版把著眼點(diǎn)放在湘軍、淮軍的矛盾，曾國藩的命運(yùn)轉(zhuǎn)折，馬新貽與丁日昌的關(guān)系上。

天京（今南京）被湘軍攻陷后，太平天國失去了最后的據(jù)點(diǎn)，在太平天國興盛時期，洪秀全等太平天國首腦聚集了大量的財(cái)富，但最終，曾國藩向清廷呈交的數(shù)目卻相當(dāng)有限。財(cái)富去向，成了太平天國覆滅后的一大謎團(tuán)?？v觀曾國藩一生，雖也有起伏，卻絕無跌宕。

太平天國覆滅后，慈禧為防止曾國藩獨(dú)大江南，將其調(diào)離兩江，同時，通過李鴻章對湘軍進(jìn)行裁軍、削編和打壓。而這個軍事改革的執(zhí)行者，就是馬新貽。

馬新貽屬淮軍派系，用他來打壓湘軍，應(yīng)不會有勾結(jié)的可能。馬新貽任兩江總督前，曾得慈禧召見，按照一些歷史學(xué)者和小說家的推測，在這次接見當(dāng)中，馬新貽得到了調(diào)查太平天國財(cái)產(chǎn)去向的密旨。帶著這樣的雙重使命，馬新貽履新上任。在陰謀論的觀點(diǎn)當(dāng)中，曾國藩對于削編湘軍持默許態(tài)度，這也是他謀求自保的一個選擇。

但另外一方面，湘軍也不甘心坐以待斃，裁軍之后，大量湘軍反成土匪，靠殺人越貨謀生度日。作為匪徒，他們又一次站在了馬新貽的對立面上，第二次遭到馬新貽的打擊。于是，湘軍重金買兇，覓得張汶祥行刺。另一方面，為了混淆視聽、顛倒黑白，通過文人、戲班編排丑化馬新貽的文戲，誤導(dǎo)民眾認(rèn)知。